genome.fa.s1019.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1019
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  178109

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3705--3735	15	2.1	15	100	0	62	51	16	19	12	1.76
5749--5828	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
5814--5852	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
5955--6001	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
5957--5999	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
8376--8401	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
9379--9439	26	2.4	27	94	5	101	31	13	27	27	1.94
12322--12362	18	2.3	19	91	8	68	34	31	4	29	1.79
13709--13761	20	2.6	21	88	8	74	28	20	11	39	1.87
17134--17175	20	2.0	21	86	13	61	21	14	11	52	1.73
18874--18938	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
18892--18917	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
18874--18938	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
21137--21186	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
22982--23012	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
25093--25130	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
25242--25287	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
27626--27690	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
27644--27669	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
27626--27690	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
30338--30491	33	4.8	33	83	4	197	17	16	35	30	1.93
30338--30491	64	2.4	65	84	1	220	17	16	35	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30496--30549	27	2.0	28	85	3	74	37	12	24	25	1.91
30766--30871	52	2.0	52	81	3	124	41	17	19	20	1.90
32071--32133	12	5.5	11	74	14	56	1	3	12	82	0.86
32082--32130	6	8.7	6	80	14	52	0	2	14	83	0.73
32082--32113	17	1.9	16	93	6	55	0	0	12	87	0.54
32071--32133	20	3.2	18	77	18	56	1	3	12	82	0.86
36617--36646	16	1.9	15	93	6	51	0	0	13	86	0.57
37379--37421	22	1.9	23	95	4	79	6	23	13	55	1.62
38223--38305	43	2.0	41	85	4	112	28	21	24	25	1.99
38349--38407	10	5.7	10	74	7	55	22	1	0	76	0.88
38350--38406	18	3.2	17	80	14	62	21	1	0	77	0.86
38350--38406	26	2.1	27	81	15	66	21	1	0	77	0.86
38909--39645	42	17.4	42	72	5	360	35	18	28	17	1.93
39295--39616	83	3.8	83	79	1	347	35	19	27	17	1.94
39419--39698	125	2.2	126	84	0	373	36	19	27	17	1.94
38909--39698	84	9.3	84	79	3	528	35	18	28	16	1.93
42152--42177	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
42875--42918	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
43194--43261	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
43196--43258	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
43215--43239	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
43283--43347	33	2.0	33	87	0	94	27	15	13	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45686--46027	52	6.5	53	70	17	194	29	25	12	32	1.92
45803--45871	27	2.5	27	88	2	93	24	31	21	21	1.98
45749--46141	107	3.7	106	73	11	318	27	26	14	30	1.95
45691--46026	104	3.2	102	70	11	275	30	25	12	32	1.92
46016--46086	28	2.5	28	86	0	88	23	35	16	23	1.95
45691--46094	212	1.9	211	88	4	607	28	26	13	31	1.94
46041--46244	80	2.6	79	81	3	223	24	29	16	29	1.96
46041--46275	80	2.9	76	76	8	209	25	28	14	31	1.95
48066--48126	27	2.3	27	97	0	113	42	9	27	19	1.83
48847--48872	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
50951--50981	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
52784--52828	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
55043--55068	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
68357--68408	25	2.1	25	100	0	104	36	7	26	28	1.84
68929--68954	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
75192--75216	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
75225--75354	52	2.5	52	91	3	201	33	19	16	31	1.94
82424--82650	96	2.4	97	78	3	244	35	11	25	27	1.90
85530--86472	53	17.9	52	71	9	479	37	15	21	25	1.92
85530--86429	211	4.3	210	76	8	670	37	15	21	25	1.92
85750--86271	264	2.0	266	86	3	739	37	14	22	25	1.92
86045--86478	160	2.7	160	82	5	538	38	15	20	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91539--91579	20	2.0	20	100	0	82	24	29	21	24	1.99
91800--91852	10	5.2	10	88	4	79	83	16	0	0	0.66
91801--91850	11	4.6	11	82	9	59	86	14	0	0	0.58
91799--91852	21	2.6	21	91	2	83	81	18	0	0	0.69
91801--91850	23	2.1	24	88	3	75	86	14	0	0	0.58
93057--93916	28	30.1	28	86	4	958	29	29	17	23	1.97
93057--93916	142	6.0	141	86	4	1052	29	29	17	23	1.97
95472--95530	23	2.5	24	78	10	68	61	0	6	32	1.22
95540--95601	32	1.9	33	87	9	92	50	1	4	43	1.33
96199--96840	352	1.8	349	83	4	853	38	9	10	41	1.72
97321--97370	18	2.8	18	77	22	52	38	4	2	56	1.30
97408--97450	19	2.3	19	84	8	52	58	0	0	41	0.98
97433--97464	15	2.1	15	94	0	55	56	0	0	43	0.99
100846--100935	2	47.5	2	74	18	68	46	2	3	47	1.31
100821--100929	55	2.0	54	92	5	184	45	3	5	44	1.44
100944--100983	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
106438--106469	2	16.0	2	93	0	55	50	0	3	46	1.17
109554--109618	30	2.1	30	82	2	76	20	6	24	49	1.71
110894--110926	2	17.0	2	87	6	50	48	0	3	48	1.17
114062--114087	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
114740--114777	20	1.9	19	89	5	58	36	7	15	39	1.77
116295--116349	3	18.3	3	92	0	65	27	0	41	30	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123232--123287	20	2.9	20	86	5	71	37	12	16	33	1.86
126033--126083	16	3.2	16	80	0	66	11	7	29	50	1.67
126075--126132	16	3.6	15	75	11	53	12	6	27	53	1.63
126033--126134	32	3.2	33	84	4	127	12	7	28	50	1.68
130388--130550	84	1.9	84	80	4	186	26	17	10	44	1.81
130504--130565	28	2.2	30	75	16	69	27	24	6	41	1.79
136268--136328	19	3.5	19	72	25	71	34	19	11	34	1.88
136253--136333	32	2.5	32	89	2	126	33	17	13	35	1.89
136317--136356	21	2.0	20	85	9	55	27	10	17	45	1.80
138744--138789	24	1.9	24	86	8	67	76	0	21	2	0.90
139610--139656	20	2.3	21	88	3	69	34	10	21	34	1.88
148182--148241	13	5.0	13	70	25	51	35	11	18	35	1.87
148965--149207	49	4.9	50	80	8	264	32	18	24	23	1.97
148959--149215	47	5.2	47	76	13	207	33	18	24	22	1.97
149238--149374	34	4.1	34	81	8	124	33	15	29	21	1.94
149260--149369	35	3.2	34	84	5	132	39	12	30	17	1.87
149408--149497	32	2.8	33	76	10	103	34	15	31	18	1.93
149469--149679	57	3.7	57	92	3	316	20	14	33	32	1.92
149472--149674	30	7.1	28	78	16	211	20	14	32	32	1.93
150749--150862	1	114.0	1	67	0	57	0	5	11	83	0.80
150746--150823	4	19.5	4	80	10	70	0	2	14	83	0.75
150751--150861	28	3.9	28	82	15	138	0	5	11	82	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150737--150857	47	2.6	46	82	11	133	0	4	13	81	0.84
169159--169283	52	2.4	52	93	0	223	27	17	18	36	1.93
170541--170660	51	2.3	51	80	11	127	30	11	24	33	1.91
173083--173190	32	3.4	32	89	0	153	33	18	12	35	1.89
173128--173191	19	3.7	18	74	23	66	37	20	9	32	1.85
173228--173304	21	3.7	21	89	3	111	36	18	10	35	1.85
174035--174740	55	12.3	57	87	5	775	24	20	28	26	1.99
175710--175768	24	2.5	24	77	5	57	0	13	8	77	0.97

Tables:   1

The End!