genome.fa.s1036.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1036
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  169366

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157--3604	158	22.0	156	66	14	1348	32	16	14	36	1.90
11--3131	317	9.9	317	88	2	4113	32	16	14	36	1.90
3556--3791	127	1.9	127	87	3	350	35	17	16	30	1.92
3672--7508	317	12.1	317	87	2	4929	31	17	15	35	1.91
9--7508	634	12.0	632	82	5	7898	31	17	15	35	1.91
4069--15818	159	74.2	157	66	13	4225	31	17	15	35	1.91
4178--15594	476	24.0	475	65	14	1763	31	17	15	35	1.91
7488--15869	317	26.4	315	87	2	10689	31	17	14	35	1.91
7492--15869	952	8.8	950	86	1	11016	31	17	14	35	1.91
12993--15680	158	17.0	154	65	16	535	32	17	14	35	1.91
15611--16132	262	2.0	261	88	1	767	30	18	14	36	1.91
15878--18994	317	9.9	316	89	2	4436	31	17	15	35	1.91
20646--20695	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
25661--80299	317	172.2	317	85	3	64782	31	17	15	35	1.91
25661--77224	950	54.1	951	86	3	62097	31	17	15	35	1.91
70802--71273	236	2.0	237	91	2	761	31	16	15	36	1.91
71162--71498	171	2.0	171	90	3	536	31	18	16	34	1.93
71512--71931	221	1.9	222	90	1	664	32	15	14	37	1.88
71734--74786	318	9.6	317	90	2	4170	31	17	14	35	1.91
74586--75007	221	1.9	221	93	0	718	33	16	13	36	1.88
77025--77447	221	1.9	222	89	1	652	32	15	14	36	1.89
80100--80522	221	1.9	222	89	1	652	32	15	14	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80297--82612	317	7.3	317	88	1	3221	31	17	15	35	1.91
84245--84320	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
84244--84329	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
84235--84353	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
89369--90081	159	4.5	159	68	10	474	32	17	14	35	1.90
89331--90081	318	2.4	318	92	0	1236	32	17	14	36	1.90
89885--90306	221	1.9	221	89	1	650	32	15	14	36	1.89
90252--100599	159	65.0	155	64	17	2658	31	17	15	35	1.91
90081--100722	317	33.4	317	83	5	10910	31	17	15	35	1.91
92008--92430	221	1.9	222	89	1	652	32	15	14	36	1.88
93355--93733	192	2.0	192	82	1	463	29	18	15	36	1.92
90081--100722	633	16.7	633	83	5	11123	31	17	15	35	1.91
100714--101159	223	2.0	223	98	0	865	36	14	27	21	1.92
102556--102631	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
102555--102640	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
102546--102664	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
108851--108969	42	2.8	42	89	0	184	9	46	2	42	1.49
114879--116340	159	9.2	157	69	11	813	32	17	14	35	1.91
114830--118682	317	12.0	316	77	8	2584	31	17	14	35	1.91
116235--116584	192	1.8	192	83	1	468	30	17	15	36	1.91
115926--116902	508	1.9	510	85	2	1347	31	17	15	36	1.90
117377--117726	192	1.8	192	82	1	450	29	18	16	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117069--118050	508	1.9	508	87	1	1441	31	17	15	36	1.90
117540--118608	159	6.8	155	67	14	463	31	17	14	35	1.91
118692--119278	316	1.9	315	87	4	860	32	16	14	35	1.90
119113--119462	192	1.8	192	83	1	468	30	17	15	36	1.91
118805--119786	508	1.9	508	88	1	1459	31	16	15	36	1.90
119276--123588	317	13.6	317	87	1	5770	31	17	15	35	1.91
119276--123581	633	6.8	632	89	1	5829	31	17	15	35	1.91
123423--123772	192	1.8	192	83	1	468	30	17	15	36	1.91
123586--127281	316	11.7	317	87	1	4982	32	17	15	35	1.91
123586--127281	633	5.8	633	88	1	5124	32	17	15	35	1.91
128112--128151	15	2.7	15	80	0	53	82	2	12	2	0.87
128898--128973	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
128888--129006	42	2.8	42	93	0	202	42	1	46	9	1.46
128963--129012	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
133982--163500	317	93.2	317	85	3	26367	32	17	14	35	1.91
163484--169366	316	18.6	317	87	2	7845	32	17	14	35	1.91
163480--169366	633	9.3	633	87	2	7894	32	17	14	35	1.91

Tables:   1

The End!