genome.fa.s1047.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1047
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  197917

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9428--9452	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
9408--9476	32	2.1	33	94	2	122	34	10	18	36	1.85
17093--17150	19	3.4	19	71	26	65	31	18	13	36	1.90
17085--17155	32	2.2	32	94	0	124	32	19	12	35	1.90
17112--17136	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
17920--18398	49	10.2	49	78	10	425	32	16	25	25	1.96
17972--18398	92	4.6	96	80	10	467	32	17	25	25	1.97
18266--18380	41	2.8	42	91	1	187	26	19	26	27	1.99
18304--18367	21	3.0	21	63	14	51	28	15	26	29	1.96
18407--18645	28	8.4	28	83	7	286	18	16	30	33	1.93
18433--18710	57	4.8	57	84	8	341	20	15	31	32	1.94
18433--18710	29	9.7	29	85	6	293	20	15	31	32	1.94
20158--20233	1	76.0	1	73	0	62	0	2	10	86	0.66
20158--20234	11	6.9	11	78	14	86	0	2	11	85	0.69
20146--20232	27	3.2	26	87	8	120	0	2	12	85	0.70
20146--20233	43	2.1	42	86	2	122	0	2	12	85	0.70
20146--20234	16	5.4	16	79	12	90	0	2	13	84	0.72
34145--34172	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
34225--34310	19	4.7	19	70	21	67	32	15	13	38	1.87
34217--34287	32	2.2	32	94	0	124	35	16	12	35	1.87
36506--36542	10	3.9	9	86	13	56	8	16	0	75	1.02
37098--37544	167	2.7	165	85	4	549	52	8	10	28	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37155--37561	168	2.4	169	84	4	545	52	8	9	29	1.64
37098--37621	167	3.1	168	79	8	536	52	9	9	28	1.66
39261--39641	153	2.5	152	83	4	455	39	20	15	25	1.91
40741--40781	20	2.0	20	86	9	57	68	2	2	26	1.15
43257--43282	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
43321--43396	21	3.7	21	78	3	100	28	15	11	43	1.83
43342--43414	20	3.6	20	77	3	92	31	17	13	36	1.89
43321--43414	41	2.3	41	100	0	188	29	17	12	40	1.86
45861--45899	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
45885--45963	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
47971--48008	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
50023--50065	22	2.0	22	86	4	61	18	11	13	55	1.68
52070--52095	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
52134--52209	21	3.7	21	78	3	100	28	15	11	43	1.83
52155--52227	20	3.6	20	77	3	92	31	17	13	36	1.89
52134--52227	41	2.3	41	100	0	188	29	17	12	40	1.86
59170--59199	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
93513--93692	75	2.3	76	81	3	209	32	15	26	25	1.96
93676--93791	51	2.3	51	85	5	155	29	13	28	28	1.95
93622--93872	130	1.9	129	84	4	335	31	13	27	27	1.94
94632--95680	524	2.0	523	96	1	1915	28	21	23	26	1.99
98550--98574	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98627--98710	19	4.7	19	78	16	99	38	16	11	33	1.86
98665--98689	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
98646--98708	32	2.0	32	96	0	117	34	17	12	34	1.88
99904--99929	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
103995--104025	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
106041--106139	20	4.7	20	82	11	117	24	15	14	46	1.82
106125--106163	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
106284--106330	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
106286--106328	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
109445--109744	102	3.0	102	84	5	368	33	17	26	22	1.96
109569--109743	92	1.9	92	91	0	287	32	17	26	23	1.97
109453--109734	49	5.8	49	77	9	317	32	18	26	23	1.97
109748--109856	30	3.7	29	80	9	114	20	17	27	34	1.95
109832--110136	34	8.9	34	87	6	377	36	14	31	18	1.90
110103--110186	27	3.0	28	79	6	98	29	15	33	21	1.94
110103--110220	29	4.1	29	77	7	105	28	15	33	22	1.95
111219--111262	17	2.6	18	82	10	56	0	9	9	81	0.87
117075--117203	52	2.5	52	96	0	240	27	17	18	35	1.94
117209--117236	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
117289--117351	19	3.6	19	74	24	75	39	15	12	31	1.85
117281--117383	32	3.2	32	90	0	161	38	18	11	31	1.87
118985--119027	20	2.1	21	95	4	79	32	11	23	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119072--119112	21	2.0	21	95	0	73	26	17	9	46	1.79
119128--119179	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
119136--119221	19	4.7	19	72	20	76	34	16	12	36	1.87
119128--119200	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
119167--119228	19	3.2	19	76	13	63	29	14	14	41	1.85
119985--120058	20	3.6	20	75	7	85	37	13	17	31	1.89
119985--120079	42	2.3	42	98	1	183	41	12	16	29	1.86
120118--120143	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
124204--124242	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
126248--126326	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
126313--126351	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
128797--128869	20	3.6	20	77	3	92	36	13	17	31	1.89
128797--128889	41	2.3	40	98	1	177	39	12	17	30	1.87
128815--128889	20	3.7	21	78	5	91	42	12	16	29	1.83
128928--128953	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
129856--130078	119	1.9	118	80	10	267	39	13	26	21	1.90
130061--130361	61	5.3	55	81	7	327	24	21	27	26	1.99
130061--130831	55	13.8	55	73	13	461	24	20	28	25	1.99
130380--130831	116	3.9	115	86	5	567	24	21	27	26	1.99
130380--130831	55	7.8	59	84	7	483	24	21	27	26	1.99
130970--131011	21	2.0	21	95	0	75	30	19	9	40	1.83
131030--131100	32	2.2	32	89	0	106	36	16	8	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131067--131128	19	3.2	19	76	13	63	29	14	14	41	1.85
133485--133525	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
133559--133635	20	3.8	20	75	10	68	41	15	14	28	1.86
133712--133742	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
133730--133785	21	2.6	22	94	5	105	26	25	10	37	1.88
133868--133893	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
137945--137972	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
138017--138068	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
138025--138081	19	3.3	18	72	27	61	33	17	12	36	1.87
138017--138081	32	2.0	32	96	0	121	33	18	12	35	1.88
138024--138110	19	4.7	19	68	25	53	33	16	11	39	1.84
138862--139324	49	9.9	49	80	10	413	33	16	24	24	1.96
138943--139311	92	4.0	92	82	8	450	33	16	24	26	1.96
138914--139261	141	2.4	145	82	9	405	33	16	24	25	1.96
139191--139306	42	2.8	42	93	0	196	28	18	25	27	1.98
139227--139293	21	3.2	21	64	16	57	29	14	26	28	1.96
139333--139571	28	8.4	28	84	5	257	18	15	30	35	1.92
141028--141061	12	2.8	12	95	0	59	0	0	11	88	0.52
141014--141053	17	2.3	18	87	12	57	2	0	12	85	0.71
155039--155086	19	2.5	19	96	0	87	35	16	12	35	1.87
157796--158298	167	3.0	164	78	6	485	51	10	10	27	1.69
157761--158358	165	3.6	165	76	9	475	51	10	10	27	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159989--160404	153	2.7	152	82	5	489	37	20	16	25	1.93
164220--164245	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
168843--168887	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
171104--171129	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
173316--173351	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
184826--184972	76	1.9	78	84	5	201	32	12	27	27	1.93
185915--186963	524	2.0	523	97	0	1999	28	21	23	26	1.99
189831--189855	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
189908--189991	19	4.7	19	78	16	99	38	16	11	33	1.86
189946--189970	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2