Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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Indices: 1--6088 Score: 9108
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* * * *
1 TCAACCCAAATCTAGCGAGGTTAAAAAATAAAAATTGAAATGATGGGGGTGCAACACGAGGACTT
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGAT-GGGGTGCAACACGAGGACTT
*
66 CCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCATGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGG
65 CCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGG
* * *
131 GATCCAGTGCAATAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTG-CATAACAAACTACAAACTA
130 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAA-TA
*
195 CTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGT-GGCCCATGTCTCAACGGGTTTGTATTTTACTCGATT
194 CCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTC-ACGGGTTTGTATTTTACTCGATT
*
259 AAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATGAAATTATGT
258 AAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGT
324 GACTCG
323 GACTCG
* * * ** *
330 TCAACTCCGAATCTAGCGAGGTTAGGAAATAAAAATTAAAATGATGGGGTGCAACACCGAGGACT
1 TCAAC-CCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACA-CGAGGACT
* * * *
395 TCCAAAGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTC-CCCAAGCACGCTTAACTGCGGGGTTCTGATG
64 TCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATG
* *
459 GGATCCGGGGCGTTAG-GCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCAT-ACAAACTACAAATA
129 GGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATA
* *
522 CCATCCATTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCCTCACGGTTTTGTATTTTACTCGATT
194 CCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGT-CTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATT
* *
587 AAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATGAAATTATGT
258 AAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGT
652 GACTCG
323 GACTCG
* ** *
658 TCAACCCAAATCTAGTGAGGTTAAAAAAT-AAAATTAAAATGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* *
722 CTAGGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGA
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* * *
787 ATCCGGGGCGTTTGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
* *
852 ATCCTTTCTCGCTCTGTTACCCTTGTGGGCCCATGCCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
* *
917 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTTCGAAATTTTTTCATAAAATTATGTGA
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTT-AGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
982 CTCG
325 CTCG
* * *
986 TTAACCGAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACAAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* *
1051 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGAGGAGTTCTTATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* *
1116 ATCCAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACGAACTACAAATACC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
* *
1181 ATCCTTTCTCGCTTTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
*
1246 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAG-T--TAA-----T------ATTTTTCATAAAATTATGTGAC
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGAC
1297 TCG
326 TCG
* *
1300 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAACGATGGGGCGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
*
1365 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* *
1430 ATCCGGTGCATTAGTGCTAGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCCATAATAAACTACAAATAC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCT-GGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATAC
* *
1495 CATCTTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGGTTGTATTTTACTCGATTAA
195 CATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAA
* * ** * *
1560 ACGTCAACTGATTCGGTTTTTTCAGTTTGTAAGGCTTTCCGTAATTTTTTCATAAAATTATGTGA
260 ACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
1625 CTCG
325 CTCG
**
1629 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATAAGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * * * *
1694 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACAACTCTCGCCCAATCACGCTTAACTGCGGAGTTCTTATGAG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* * * * * *
1759 ATCCGGTGCAATAGAGCTGGTATGATCGCA-CCATCCCATTTTGCCATAACAAACTATAACTACT
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
* * *
1823 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTTTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
* * *
1888 CGTCAGCTAATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGC-TTCC-AAAATTTTTTCATAAAAATATGTGA
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAA-TTTTTCATAAAATTATGTGA
1951 CTCG
325 CTCG
* * **
1955 TCAACCCAAATCCAACGGGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAACATGGGGCACAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * * * *
2020 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGCACTACTCTCACCCAGGCACGCTTTACTGCGGAGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* *
2085 ATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCAATAACAAACTACAAATACC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
* * *
2150 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCATGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTCTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
* * *
2215 CGTTAGCTGATTCGGTTTTTTCAATTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGAC
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGAC
2280 TCG
326 TCG
* *
2283 TCAACCCAAATCAAACGAGGTTAAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGCGGACTT
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTT-AAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTT
* * * *
2348 CCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGAAGTTCTGATGG
65 CCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGG
*
2413 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCAT-CCCTTTTGCCATAACAAACTAAAAATAC
130 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATAC
* * *
2477 CATCCTTTCTCGTTCTGTCACCCTTGAGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGGTTAA
195 CATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAA
* * *
2542 ACGTGACCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
260 ACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
2607 CTCG
325 CTCG
2611 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* *
2676 CCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* * *
2741 ATCCGGTGCAATAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCCATAACAAACTACAAATACT
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
2806 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
*
2871 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATGAAATTATGTGAC
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGAC
2936 TCG
326 TCG
* * *
2939 TCAACCCAAATCTAGCGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAATGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * *
3004 CTAAGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTCCCCCAAGCACGCTTAACTGC-GAGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
3068 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
3133 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
* * * *
3198 CGTGACCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAA-TTTTCATAAAATTATCTGAC
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGAC
3262 TCG
326 TCG
3265 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* *
3330 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* * *
3395 ATCCGGTGCAATAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCCATAACAAACTACAAATACT
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
3460 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
*
3525 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATGAAATTATGTGA
261 CGTCAGCTGATTCGG-TTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
3590 CTCG
325 CTCG
* * *
3594 TCAACCCAAATCTAGCGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAATGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * * *
3659 CTAAGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTCCCCCAAGCACGCTTAACTGCGGGGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* *
3724 ATCCGGGGCGTTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
3789 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
*
3854 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATGAAATTATGTGAC
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGAC
3919 TCG
326 TCG
* ** *
3922 TCAACCCAAATCTAGTGAGGTT-AAAAATAAAAATTAAAATGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* *
3986 CTAGGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGA
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* *
4051 ATCCGGGGCGTTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTAC-AATACC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
*
4115 ATCCTTTCTCGCTCTGTTACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
* *
4180 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAA-TATGTGAC
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGAC
4244 TCG
326 TCG
4247 TCAA-CCAAATCCAACGAGGTT-AAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
*
4310 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG-CCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
4374 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTTGCCATAACAAACTACAAATAC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCC-TTTTGCCATAACAAACTACAAATAC
4439 CTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTA
195 C-ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTA
* *
4504 AACGT-AGCTGATTCGATTTTTTTCAGTTAATAAGG-TTTCCGAAAATTTTTCATGAAATTATGT
259 AACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTT-AGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGT
4567 GACTCG
323 GACTCG
* * * * *
4573 TCAACCCAAATCTAGCGAGG-TAAAACAATAAAAATTCAAATGATGGGGTGCAAAACGAGGAC-T
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAA-AATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTT
*
4636 CCTA-GAGGTCAAACCATCCTAGTACTACTCTCGACCCAAGCACGCTTAAACTGCGGAGTTTCTG
65 CCTAGGAGGTC-ACCCATCCTAGTACTACTCTCG-CCCAAGCACGCTT-AACTGCGGAG-TTCTG
* * * * * *
4700 ATGGGATCCGGGGCAGTTAGTGCGGGTATGATAG-ACACAGCCACTTTTGCCATAACAATACTAC
126 ATGGGATCCGGTGCA-TTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAA-ACTAC
* *
4764 -AATACAATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGT-GCCCCATGTCTCACGGGGTTTGTATTTTACT
189 AAATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCAC-GGGTTTGTATTTTACT
*
4827 CGATTTAAACGTCAGCTGATTTCGGTTTTTTTTTTTCAGTTAATAA-GCTTTTCCGAAATTTTTT
253 CGA-TTAAACGTCAGCTGA-TTCGG----TTTTTTT-AGTTAATAAGGC-TTTCCGAAAATTTTT
4891 CATAAAATTATGTGACTCG
310 CATAAAATTATGTGACTCG
* * * *
4910 TTAACCAAAATCCAACGAGGGT-AAAAAT-AAAATTAACAAAGATGGGGTGCAA-ACCAAAGGA-
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAA-AAAGATGGGGTGCAACA-C-GAGGAC
* *
4971 ATCCTAGGAGGTCACCCCTATCCTTAGTACTACTCTCG-CCAAGCACG-TTAACT-CAGAGATTC
63 TTCCTAGGAGGTCA-CCC-ATCC-TAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAG-TTC
* *
5033 TGATGGGATCCGGTTGCAATAGTGCTGGTATGATCGCACCCAT-CCTTTTTGCCATAACAAACTA
124 TGATGGGATCCGG-TGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTA
* * * *
5097 AAAATACTATTCCTTTCTCGTTCTGTCACCCTTGAGGG-CCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTAC
188 CAAATACCA-TCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTA-
**
5161 TCTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAA-TTTTCACGA
251 -CTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAA
*
5225 AATTA-GCGACTCG
315 AATTATGTGACTCG
* * ** * *
5238 TCAACCTAAATCTAGTGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAATGATGGGGTGCAAC-CG-GGATTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* *
5301 CTAGGAGGTCAACCAGCCTAGTACTACTCTCG-CCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* * *
5365 ATCCGGTGAAAATAG-GCTTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCCATAACAAACTACAAACT
131 ATCCGGTG-CATTAGTGC-TGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAA-T
* * *
5429 ATCCTTTCTCTTGCTCGCTCTGTCACCCTAGTGGGCCCATGTCTCTCACGGGTTTTGTATTTTAC
193 A-CC-ATC-CTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATG--TCTCACGGG-TTTGTATTTTAC
* * *
5494 TCGATTAAACATTAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTT-ATAA-GCTTTCCGAAAATTTTTTCATGAA
252 TCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAA-TTTTTCATAAA
5557 ATTATGTGACTCG
316 ATTATGTGACTCG
* * * * *
5570 TCAACCCAAATCTAGCGAGGTTAAAAAATAAAAAGTAAAATGATGGGGTGCAACAC-AGGACTAC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
5634 CTAGGAGGTCA-CCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCCACGCTTAACTGC-GAGTTCTGATGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAG-CACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGG
* *
5697 G-TCCGGGGCGTTAGTGCTGGTA-GATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAATA
130 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTAC-AAATA
* * *
5760 CCATCCTTTCTCTTCTCTGTCACGCTTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGAT
194 CCATCCTTTCTC-GCTCTGTCAC-CCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGAT
* *
5825 TAAAACGTGAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTA
257 T-AAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTT-AGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTA
5890 TGTGACTCG
320 TGTGACTCG
*
5899 TCAACCCAAAGCCAACGAGGGTTAAAAAAT-AAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGA-GACTT
1 TCAACCCAAATCCAACGA-GGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTT
* * * * *
5962 CCCAAGA-GTCACCCATCCTAGTACTACTCTCACTCTCGCCCAAAGCAAGC-TAACTACGAAGTT
65 CCTAGGAGGTCACCCATCCTAG---TA--CT-ACTCTCGCCC-AAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
*
6025 CTGATGGGATCCGGTGCA-TAATGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTA
123 CTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTA
6089 AA
Statistics
Matches: 5297, Mismatches: 341, Indels: 235
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
314 163 0.03
315 128 0.02
316 1 0.00
318 3 0.00
320 1 0.00
323 69 0.01
324 131 0.02
325 149 0.03
326 642 0.12
327 1101 0.21
328 950 0.18
329 1100 0.21
330 204 0.04
331 104 0.02
332 116 0.02
333 46 0.01
334 25 0.00
335 120 0.02
336 139 0.03
337 69 0.01
338 18 0.00
339 4 0.00
340 14 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (328 bp):
TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGAC
TCG
Found at i:1143 original size:329 final size:329
Alignment explanation
Indices: 1--6088 Score: 9116
Period size: 329 Copynumber: 18.6 Consensus size: 329
* * * *
1 TCAACCCAAATCTAGCGAGGTTAAAAAATAAAAATTGAAATGATGGGGGTGCAACACGAGGACTT
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGAT-GGGGTGCAACACGAGGACTT
*
66 CCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCATGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGG
65 CCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGG
* * *
131 GATCCAGTGCAATAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTG-CATAACAAACTACAAACTA
130 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAA-TA
*
195 CTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGT-GGCCCATGTCTCAACGGGTTTGTATTTTACTCGATT
194 CCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTC-ACGGGTTTGTATTTTACTCGATT
*
259 AAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTT-AGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATGAAATTATG
258 AAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATG
323 TGACTCG
323 TGACTCG
* * * ** *
330 TCAACTCCGAATCTAGCGAGGTTAGGAAATAAAAATTAAAATGATGGGGTGCAACACCGAGGACT
1 TCAAC-CCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACA-CGAGGACT
* * * *
395 TCCAAAGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTC-CCCAAGCACGCTTAACTGCGGGGTTCTGATG
64 TCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATG
* *
459 GGATCCGGGGCGTTAG-GCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCAT-ACAAACTACAAATA
129 GGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATA
* *
522 CCATCCATTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCCTCACGGTTTTGTATTTTACTCGATT
194 CCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGT-CTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATT
* *
587 AAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTT-AGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATGAAATTATG
258 AAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATG
651 TGACTCG
323 TGACTCG
* ** *
658 TCAACCCAAATCTAGTGAGGTTAAAAAAT-AAAATTAAAATGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* *
722 CTAGGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGA
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* * *
787 ATCCGGGGCGTTTGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
* *
852 ATCCTTTCTCGCTCTGTTACCCTTGTGGGCCCATGCCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
* *
917 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTTCGAAATTTTTTCATAAAATTATGTGA
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
982 CTCG
326 CTCG
* * *
986 TTAACCGAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACAAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* *
1051 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGAGGAGTTCTTATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* *
1116 ATCCAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACGAACTACAAATACC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
* *
1181 ATCCTTTCTCGCTTTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
1246 CGTCAGCTGATTCGG-TTTTTTCAG-T--TAA-----T------ATTTTTCATAAAATTATGTGA
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
1296 CTCG
326 CTCG
* *
1300 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAACGATGGGGCGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
*
1365 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* *
1430 ATCCGGTGCATTAGTGCTAGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCCATAATAAACTACAAATAC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCT-GGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATAC
* *
1495 CATCTTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGGTTGTATTTTACTCGATTAA
195 CATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAA
* ** * *
1560 ACGTCAACTGATTCGG-TTTTTTCAGTTTGTAAGGCTTTCCGTAATTTTTTCATAAAATTATGTG
260 ACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTG
1624 ACTCG
325 ACTCG
**
1629 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATAAGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * * * *
1694 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACAACTCTCGCCCAATCACGCTTAACTGCGGAGTTCTTATGAG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* * * * * *
1759 ATCCGGTGCAATAGAGCTGGTATGATCGCA-CCATCCCATTTTGCCATAACAAACTATAACTACT
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
* * *
1823 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTTTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
* *
1888 CGTCAGCTAATTCGG-TTTTTTCAGTTAATAAGGC-TTCC-AAAATTTTTTCATAAAAATATGTG
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAA-TTTTTCATAAAATTATGTG
1950 ACTCG
325 ACTCG
* * **
1955 TCAACCCAAATCCAACGGGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAACATGGGGCACAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * * * *
2020 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGCACTACTCTCACCCAGGCACGCTTTACTGCGGAGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* *
2085 ATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCAATAACAAACTACAAATACC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
* * *
2150 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCATGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTCTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
* *
2215 CGTTAGCTGATTCGG-TTTTTTCAATTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
2279 CTCG
326 CTCG
* *
2283 TCAACCCAAATCAAACGAGGTTAAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGCGGACTT
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTT-AAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTT
* * * *
2348 CCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGAAGTTCTGATGG
65 CCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGG
*
2413 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCAT-CCCTTTTGCCATAACAAACTAAAAATAC
130 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATAC
* * *
2477 CATCCTTTCTCGTTCTGTCACCCTTGAGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGGTTAA
195 CATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAA
* *
2542 ACGTGACCTGATTCGG-TTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTG
260 ACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTG
2606 ACTCG
325 ACTCG
2611 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* *
2676 CCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* * *
2741 ATCCGGTGCAATAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCCATAACAAACTACAAATACT
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
2806 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
*
2871 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTT-AGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATGAAATTATGTGA
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
2935 CTCG
326 CTCG
* * *
2939 TCAACCCAAATCTAGCGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAATGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * *
3004 CTAAGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTCCCCCAAGCACGCTTAACTGC-GAGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
3068 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
3133 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
* * *
3198 CGTGACCTGATTCGG-TTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAA-TTTTCATAAAATTATCTGA
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
3261 CTCG
326 CTCG
3265 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* *
3330 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* * *
3395 ATCCGGTGCAATAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCCATAACAAACTACAAATACT
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
3460 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
* *
3525 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATGAAATTATGTGA
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
3590 CTCG
326 CTCG
* * *
3594 TCAACCCAAATCTAGCGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAATGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * * *
3659 CTAAGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTCCCCCAAGCACGCTTAACTGCGGGGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* *
3724 ATCCGGGGCGTTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
3789 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
*
3854 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTT-AGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATGAAATTATGTGA
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
3918 CTCG
326 CTCG
* ** *
3922 TCAACCCAAATCTAGTGAGGTT-AAAAATAAAAATTAAAATGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* *
3986 CTAGGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGA
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* *
4051 ATCCGGGGCGTTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTAC-AATACC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
*
4115 ATCCTTTCTCGCTCTGTTACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
*
4180 CGTCAGCTGATTCGG-TTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAA-TATGTGA
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
4243 CTCG
326 CTCG
4247 TCAA-CCAAATCCAACGAGGTT-AAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
*
4310 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG-CCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
4374 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTTGCCATAACAAACTACAAATAC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCC-TTTTGCCATAACAAACTACAAATAC
4439 CTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTA
195 C-ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTA
* *
4504 AACGT-AGCTGATTCGATTTTTTTCAGTTAATAAGG-TTTCCGAAAATTTTTCATGAAATTATGT
259 AACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGT
4567 GACTCG
324 GACTCG
* * * * *
4573 TCAACCCAAATCTAGCGAGG-TAAAACAATAAAAATTCAAATGATGGGGTGCAAAACGAGGAC-T
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAA-AATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTT
*
4636 CCTA-GAGGTCAAACCATCCTAGTACTACTCTCGACCCAAGCACGCTTAAACTGCGGAGTTTCTG
65 CCTAGGAGGTC-ACCCATCCTAGTACTACTCTCG-CCCAAGCACGCTT-AACTGCGGAG-TTCTG
* * * * * *
4700 ATGGGATCCGGGGCAGTTAGTGCGGGTATGATAG-ACACAGCCACTTTTGCCATAACAATACTAC
126 ATGGGATCCGGTGCA-TTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAA-ACTAC
* *
4764 -AATACAATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGT-GCCCCATGTCTCACGGGGTTTGTATTTTACT
189 AAATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCAC-GGGTTTGTATTTTACT
*
4827 CGATTTAAACGTCAGCTGATTTCGGTTTTTTTTTTTCAGTTAATAA-GCTTTTCCGAAATTTTTT
253 CGA-TTAAACGTCAGCTGA-TTCGG----TTTTTTTCAGTTAATAAGGC-TTTCCGAAAATTTTT
4891 CATAAAATTATGTGACTCG
311 CATAAAATTATGTGACTCG
* * * *
4910 TTAACCAAAATCCAACGAGGGT-AAAAAT-AAAATTAACAAAGATGGGGTGCAA-ACCAAAGGA-
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAA-AAAGATGGGGTGCAACA-C-GAGGAC
* *
4971 ATCCTAGGAGGTCACCCCTATCCTTAGTACTACTCTCG-CCAAGCACG-TTAACT-CAGAGATTC
63 TTCCTAGGAGGTCA-CCC-ATCC-TAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAG-TTC
* *
5033 TGATGGGATCCGGTTGCAATAGTGCTGGTATGATCGCACCCAT-CCTTTTTGCCATAACAAACTA
124 TGATGGGATCCGG-TGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTA
* * * *
5097 AAAATACTATTCCTTTCTCGTTCTGTCACCCTTGAGGG-CCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTAC
188 CAAATACCA-TCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTA-
**
5161 TCTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTT-AGTTAATAAGGCTTTCCGAAAA-TTTTCACG
251 -CTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATA
*
5224 AAATTA-GCGACTCG
315 AAATTATGTGACTCG
* * ** * *
5238 TCAACCTAAATCTAGTGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAATGATGGGGTGCAAC-CG-GGATTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* *
5301 CTAGGAGGTCAACCAGCCTAGTACTACTCTCG-CCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* * *
5365 ATCCGGTGAAAATAG-GCTTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCCATAACAAACTACAAACT
131 ATCCGGTG-CATTAGTGC-TGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAA-T
* * *
5429 ATCCTTTCTCTTGCTCGCTCTGTCACCCTAGTGGGCCCATGTCTCTCACGGGTTTTGTATTTTAC
193 A-CC-ATC-CTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATG--TCTCACGGG-TTTGTATTTTAC
* * *
5494 TCGATTAAACATTAGCTGATTCGGTTTTTTT-AGTT-ATAA-GCTTTCCGAAAATTTTTTCATGA
252 TCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAA-TTTTTCATAA
5556 AATTATGTGACTCG
316 AATTATGTGACTCG
* * * * *
5570 TCAACCCAAATCTAGCGAGGTTAAAAAATAAAAAGTAAAATGATGGGGTGCAACAC-AGGACTAC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
5634 CTAGGAGGTCA-CCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCCACGCTTAACTGC-GAGTTCTGATGG
66 CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAG-CACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGG
* *
5697 G-TCCGGGGCGTTAGTGCTGGTA-GATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAATA
130 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTAC-AAATA
* * *
5760 CCATCCTTTCTCTTCTCTGTCACGCTTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGAT
194 CCATCCTTTCTC-GCTCTGTCAC-CCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGAT
* *
5825 TAAAACGTGAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTA
257 T-AAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTA
5890 TGTGACTCG
321 TGTGACTCG
*
5899 TCAACCCAAAGCCAACGAGGGTTAAAAAAT-AAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGA-GACTT
1 TCAACCCAAATCCAACGA-GGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTT
* * * * *
5962 CCCAAGA-GTCACCCATCCTAGTACTACTCTCACTCTCGCCCAAAGCAAGC-TAACTACGAAGTT
65 CCTAGGAGGTCACCCATCCTAG---TA--CT-ACTCTCGCCC-AAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
*
6025 CTGATGGGATCCGGTGCA-TAATGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTA
123 CTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTA
6089 AA
Statistics
Matches: 5299, Mismatches: 336, Indels: 241
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
314 163 0.03
315 128 0.02
316 1 0.00
318 3 0.00
320 1 0.00
323 69 0.01
324 131 0.02
325 149 0.03
326 649 0.12
327 1095 0.21
328 944 0.18
329 1107 0.21
330 204 0.04
331 104 0.02
332 116 0.02
333 46 0.01
334 25 0.00
335 120 0.02
336 139 0.03
337 69 0.01
338 18 0.00
339 4 0.00
340 14 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (329 bp):
TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
CTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
CTCG
Found at i:2263 original size:655 final size:657
Alignment explanation
Indices: 1--6088 Score: 9097
Period size: 655 Copynumber: 9.3 Consensus size: 657
* * * *
1 TCAACCCAAATCTAGCGAGGTTAAAAAATAAAAATTGAAATGATGGGGGTGCAACACGAGGACTT
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGAT-GGGGTGCAACACGAGGACTT
* *
66 CCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCATGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGG
65 CCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGG
* * *
131 GATCCAGTGCAATAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTG-CATAACAAACTACAAACTA
130 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAA-TA
*
195 CTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGT-GGCCCATGTCTCAACGGGTTTGTATTTTACTCGATT
194 CCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTC-ACGGGTTTGTATTTTACTCGATT
* *
259 AAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAA-TTTTTCATGAAATTATG
258 AAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTTCATAAAATTATG
* * * ** *
323 TGACTCGTCAACTCCGAATCTAGCGAGGTTAGGAAATAAAAATTAAAATGATGGGGTGCAACACC
323 TGACTCGTCAAC-CCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACA-C
* * * *
388 GAGGACTTCCAAAGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTC-CCCAAGCACGCTTAACTGCGGGGT
386 GAGGACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGT
* *
452 TCTGATGGGATCCGGGGCGTTAG-GCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCAT-ACAAACT
451 TCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACT
* *
515 ACAAATACCATCCATTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCCTCACGGTTTTGTATTTTA
516 ACAAATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGT-CTCACGGGTTTGTATTTTA
* * *
580 CTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATGAA
580 CTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAA
645 ATTATGTGACTCG
645 ATTATGTGACTCG
* ** *
658 TCAACCCAAATCTAGTGAGGTTAAAAAAT-AAAATTAAAATGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * *
722 CTAGGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGA
66 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* * *
787 ATCCGGGGCGTTTGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
* *
852 ATCCTTTCTCGCTCTGTTACCCTTGTGGGCCCATGCCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
*
917 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTTCG-AAATTTTTTCATAAAATTATGTG
261 CGTCAGCTGATTCGG-TTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTTCATAAAATTATGTG
* * *
981 ACTCGTTAACCGAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACAAGG
325 ACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGG
* *
1046 ACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGAGGAGTTCTT
390 ACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTG
* *
1111 ATGGGATCCAGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACGAACTACAA
455 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* *
1176 ATACCATCCTTTCTCGCTTTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGA
520 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGA
1241 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAG-T--TAA-----T------ATTTTTCATAAAATTAT
585 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTAT
1292 GTGACTCG
650 GTGACTCG
* *
1300 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAACGATGGGGCGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1365 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
66 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* *
1430 ATCCGGTGCATTAGTGCTAGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCCATAATAAACTACAAATAC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCT-GGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATAC
* *
1495 CATCTTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGGTTGTATTTTACTCGATTAA
195 CATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAA
* ** *
1560 ACGTCAACTGATTCGGTTTTTTCAGTTTGTAAGGCTTTCCG-TAATTTTTTCATAAAATTATGTG
260 ACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTTCATAAAATTATGTG
**
1624 ACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATAAGGTGCAACACGAGG
325 ACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGG
* * * *
1689 ACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACAACTCTCGCCCAATCACGCTTAACTGCGGAGTTCTT
390 ACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTG
* * * * *
1754 ATGAGATCCGGTGCAATAGAGCTGGTATGATCGCA-CCATCCCATTTTGCCATAACAAACTATAA
455 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * * * *
1818 CTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTTTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
520 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGA
* *
1883 TTAAACGTCAGCTAATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGC-TTCC-AAAATTTTTTCATAAAAATA
585 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAA-TTTTTCATAAAATTA
1946 TGTGACTCG
649 TGTGACTCG
* * **
1955 TCAACCCAAATCCAACGGGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAACATGGGGCACAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * * *
2020 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGCACTACTCTCACCCAGGCACGCTTTACTGCGGAGTTCTGATGGG
66 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* *
2085 ATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCAATAACAAACTACAAATACC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
* * *
2150 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCATGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTCTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
* *
2215 CGTTAGCTGATTCGGTTTTTTCAATTAATAAGGCTTTCCGAAAA-TTTTTCATAAAATTATGTGA
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTTCATAAAATTATGTGA
* *
2279 CTCGTCAACCCAAATCAAACGAGGTTAAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGCGG
326 CTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTT-AAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGG
* * * *
2344 ACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGAAGTTCTG
390 ACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTG
*
2409 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCAT-CCCTTTTGCCATAACAAACTAAAA
455 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * *
2473 ATACCATCCTTTCTCGTTCTGTCACCCTTGAGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGG
520 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGA
* *
2538 TTAAACGTGACCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTAT
585 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTAT
2603 GTGACTCG
650 GTGACTCG
2611 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
*
2676 CCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
66 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* * *
2741 ATCCGGTGCAATAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCCATAACAAACTACAAATACT
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
2806 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
* *
2871 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAA-TTTTTCATGAAATTATGTGA
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTTCATAAAATTATGTGA
* * *
2935 CTCGTCAACCCAAATCTAGCGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAATGATGGGGTGCAACACGAGGA
326 CTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGA
* * *
3000 CTTCCTAAGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTCCCCCAAGCACGCTTAACTGC-GAGTTCTGA
391 CTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGA
3064 TGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAA
456 TGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAA
3129 TACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGAT
521 TACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGAT
* * *
3194 TAAACGTGACCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAA-TTTTCATAAAATTATC
586 TAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATG
3258 TGACTCG
651 TGACTCG
3265 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
*
3330 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTCTGATGGG
66 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* * *
3395 ATCCGGTGCAATAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCCATAACAAACTACAAATACT
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
3460 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
* *
3525 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAA-TTTTTCATGAAATTATGTG
261 CGTCAGCTGATTCGG-TTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTTCATAAAATTATGTG
* * *
3589 ACTCGTCAACCCAAATCTAGCGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAATGATGGGGTGCAACACGAGG
325 ACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGG
* * * *
3654 ACTTCCTAAGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTCCCCCAAGCACGCTTAACTGCGGGGTTCTG
390 ACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTG
* *
3719 ATGGGATCCGGGGCGTTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
455 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
3784 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGA
520 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGA
* *
3849 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATGAAATTAT
585 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTAT
3914 GTGACTCG
650 GTGACTCG
* ** *
3922 TCAACCCAAATCTAGTGAGGTT-AAAAATAAAAATTAAAATGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * *
3986 CTAGGAGGTCAACCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGA
66 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* *
4051 ATCCGGGGCGTTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTAC-AATACC
131 ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
*
4115 ATCCTTTCTCGCTCTGTTACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
196 ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
4180 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCG-AAATTTTTTCATAAAA-TATGTGA
261 CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTTCATAAAATTATGTGA
4243 CTCGTCAA-CCAAATCCAACGAGGTT-AAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGA
326 CTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGA
*
4306 CTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCG-CCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGA
391 CTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGA
4370 TGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTTGCCATAACAAACTACAA
456 TGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCC-TTTTGCCATAACAAACTACAA
4435 ATACCTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCG
520 ATACC-ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCG
* *
4500 ATTAAACGT-AGCTGATTCGATTTTTTTCAGTTAATAAGG-TTTCCGAAAATTTTTCATGAAATT
584 ATTAAACGTCAGCTGATTCG-GTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATT
4563 ATGTGACTCG
648 ATGTGACTCG
* * * * *
4573 TCAACCCAAATCTAGCGAGG-TAAAACAATAAAAATTCAAATGATGGGGTGCAAAACGAGGAC-T
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAA-AATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTT
* *
4636 CCTA-GAGGTCAAACCATCCTAGTACTACTCTCGACCCAAGCACGCTTAAACTGCGGAGTTTCTG
65 CCCAGGAGGTC-ACCCATCCTAGTACTACTCTCG-CCCAAGCACGCTT-AACTGCGGAG-TTCTG
* * * * * *
4700 ATGGGATCCGGGGCAGTTAGTGCGGGTATGATAG-ACACAGCCACTTTTGCCATAACAATACTAC
126 ATGGGATCCGGTGCA-TTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAA-ACTAC
* *
4764 -AATACAATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGT-GCCCCATGTCTCACGGGGTTTGTATTTTACT
189 AAATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCAC-GGGTTTGTATTTTACT
4827 CGATTTAAACGTCAGCTGATTTCGGTTTTTTTTTTTCAGTTAATAA-GCTTTTCCG-AAATTTTT
253 CGA-TTAAACGTCAGCTGA-TTCGG-----TTTTTTCAGTTAATAAGGC-TTTCCGAAAATTTTT
* * *
4890 TCATAAAATTATGTGACTCGTTAACCAAAATCCAACGAGGGT-AAAAAT-AAAATTAACAAAGAT
310 TCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAA-AAAGAT
* *
4953 GGGGTGCAA-ACCAAAGGA-ATCCTAGGAGGTCACCCCTATCCTTAGTACTACTCTCG-CCAAGC
374 GGGGTGCAACA-C-GAGGACTTCCTAGGAGGTCA-CCC-ATCC-TAGTACTACTCTCGCCCAAGC
* *
5015 ACG-TTAACT-CAGAGATTCTGATGGGATCCGGTTGCAATAGTGCTGGTATGATCGCACCCAT-C
434 ACGCTTAACTGCGGAG-TTCTGATGGGATCCGG-TGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCC
* * * * *
5077 CTTTTTGCCATAACAAACTAAAAATACTATTCCTTTCTCGTTCTGTCACCCTTGAGGG-CCATGT
497 CCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACCA-TCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGT
*
5141 CTCACGGGTTTGTATTTTACTCTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTTAATAAGGC
561 CTCACGGGTTTGTATTTTA--CTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGC
** *
5206 TTTCCGAAAA-TTTTCACGAAATTA-GCGACTCG
624 TTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGACTCG
* * ** * *
5238 TCAACCTAAATCTAGTGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAATGATGGGGTGCAAC-CG-GGATTTC
1 TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
* * *
5301 CTAGGAGGTCAACCAGCCTAGTACTACTCTCG-CCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
66 CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
* * *
5365 ATCCGGTGAAAATAG-GCTTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCCATAACAAACTACAAACT
131 ATCCGGTG-CATTAGTGC-TGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAA-T
* * *
5429 ATCCTTTCTCTTGCTCGCTCTGTCACCCTAGTGGGCCCATGTCTCTCACGGGTTTTGTATTTTAC
193 A-CC-ATC-CTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATG--TCTCACGGG-TTTGTATTTTAC
* * * *
5494 TCGATTAAACATTAGCTGATTCGGTTTTTTTAGTT-ATAA-GCTTTCCGAAAATTTTTTCATGAA
252 TCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTTCATAAA
* * * *
5557 ATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCTAGCGAGGTTAAAAAATAAAAAGTAAAATGATGGGGTGCA
317 ATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCA
*
5622 ACAC-AGGACTACCTAGGAGGTCA-CCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCCACGCTTAACTGC
382 ACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAG-CACGCTTAACTGC
* *
5685 -GAGTTCTGATGGG-TCCGGGGCGTTAGTGCTGGTA-GATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAC
446 GGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAC
* * *
5747 AAACTACAAAATACCATCCTTTCTCTTCTCTGTCACGCTTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTA
511 AAACTAC-AAATACCATCCTTTCTC-GCTCTGTCAC-CCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTG
* *
5812 TATTTTACTCGATTAAAACGTGAGCTGATTCGGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAATTT
573 TATTTTACTCGATT-AAACGTCAGCTGATTCGG-TTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATT
5877 TTTCATAAAATTATGTGACTCG
636 TTTCATAAAATTATGTGACTCG
*
5899 TCAACCCAAAGCCAACGAGGGTTAAAAAAT-AAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGA-GACTT
1 TCAACCCAAATCCAACGA-GGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTT
* * * *
5962 CCCAAGA-GTCACCCATCCTAGTACTACTCTCACTCTCGCCCAAAGCAAGC-TAACTACGAAGTT
65 CCCAGGAGGTCACCCATCCTAG---TA--CT-ACTCTCGCCC-AAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
*
6025 CTGATGGGATCCGGTGCA-TAATGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTA
123 CTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTA
6089 AA
Statistics
Matches: 5012, Mismatches: 307, Indels: 215
0.91 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
642 164 0.03
643 307 0.06
644 120 0.02
645 3 0.00
648 1 0.00
649 1 0.00
650 75 0.01
651 188 0.04
652 147 0.03
653 31 0.01
654 651 0.13
655 1240 0.25
656 940 0.19
657 161 0.03
658 40 0.01
659 72 0.01
660 109 0.02
661 121 0.02
662 82 0.02
663 27 0.01
664 107 0.02
665 139 0.03
666 131 0.03
667 97 0.02
668 51 0.01
669 7 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (657 bp):
TCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTC
CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGG
ATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACC
ATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGATTAAA
CGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTTCATAAAATTATGTGA
CTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGA
CTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGA
TGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAA
TACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTATTTTACTCGAT
TAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATG
TGACTCG
Done.