genome.fa.s1097.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1097
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  152525

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5776--5923	79	1.9	79	90	2	235	31	11	27	29	1.92
5855--6021	51	3.3	51	82	4	171	32	12	25	28	1.92
5775--6099	178	1.8	181	87	3	487	32	12	25	28	1.93
5956--6364	76	5.3	76	86	5	552	32	14	26	26	1.94
5956--6362	155	2.6	154	92	1	670	32	14	26	27	1.95
6371--6545	52	3.4	50	82	4	197	32	10	26	31	1.90
6371--6555	51	3.6	50	83	5	208	32	10	25	31	1.89
8914--8955	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
8973--9044	32	2.2	32	92	0	117	37	15	11	36	1.83
8999--9023	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
9460--9505	23	2.0	23	87	4	67	32	2	30	34	1.70
10013--10051	20	2.0	19	95	5	69	35	23	10	30	1.88
10061--10085	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
10073--10125	20	2.6	21	82	8	65	37	13	16	32	1.88
10167--10218	20	2.7	20	90	3	79	38	21	13	26	1.90
11877--11908	16	2.0	16	93	0	55	53	0	6	40	1.26
12890--12923	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
13879--13955	6	12.5	6	69	20	52	59	0	0	40	0.97
13879--13955	13	6.2	12	69	20	52	59	0	0	40	0.97
13887--13932	17	2.6	17	79	6	56	60	0	0	39	0.97
14861--14894	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
20142--20182	20	2.0	21	90	4	66	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20233--20269	19	2.0	18	89	5	56	45	0	0	54	1.00
20608--20640	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
26099--26175	20	3.8	20	78	0	100	32	12	12	41	1.82
34924--34978	20	2.8	20	91	0	83	41	10	12	34	1.78
35549--36331	28	27.4	29	82	7	924	24	16	30	28	1.97
35578--36331	57	13.2	57	85	5	893	24	16	30	28	1.97
37563--37627	8	7.9	8	80	17	71	3	0	10	86	0.69
37551--37629	12	6.5	11	79	13	68	3	1	10	84	0.80
37562--37629	16	4.3	15	83	10	82	2	0	10	86	0.67
37564--37626	32	2.0	32	87	6	92	3	0	11	85	0.70
37562--37627	20	3.4	19	87	8	89	3	0	10	86	0.68
37565--37636	17	4.3	16	81	15	67	5	0	9	84	0.76
37562--37629	1	68.0	1	76	0	55	2	0	10	86	0.67
41391--41416	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
41471--41509	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
43589--43614	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
43735--43780	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
46159--46184	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
46141--46204	32	2.0	33	87	9	96	39	17	14	29	1.88
46239--46277	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
53328--53452	52	2.4	52	93	0	214	28	17	17	36	1.93
53328--53472	52	2.8	51	87	4	202	29	17	17	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53461--53498	13	2.9	13	100	0	76	36	15	15	31	1.90
53539--53608	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
53564--53588	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
57174--57205	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
57165--57221	16	3.4	16	78	7	51	50	1	5	42	1.35
57797--57865	9	7.6	9	77	3	66	78	0	2	18	0.88
59001--59172	79	2.2	79	80	6	188	26	26	15	31	1.95
59132--59230	51	1.9	51	89	0	153	27	27	11	34	1.90
59031--59328	130	2.3	129	82	4	375	26	26	13	33	1.94
68379--68435	19	2.9	19	86	2	78	35	15	14	35	1.88
70697--70739	21	2.1	20	83	12	52	53	6	13	25	1.65
70697--70739	20	2.1	21	83	12	54	53	6	13	25	1.65
74643--74669	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
76542--76597	22	2.5	22	80	5	60	37	5	33	23	1.78
77217--77269	20	2.7	20	100	0	106	37	15	15	32	1.88
77230--77281	13	4.5	13	71	26	53	38	15	15	30	1.88
77230--77305	34	2.3	34	86	6	102	35	14	17	32	1.90
77250--77284	13	2.7	13	95	0	61	34	14	17	34	1.90
81388--81448	28	2.2	27	82	2	77	27	27	18	26	1.98
81627--81778	32	4.8	32	75	4	128	28	27	21	21	1.99
81625--81778	64	2.4	65	80	8	156	28	27	21	22	1.99
81844--82272	49	8.9	45	72	13	193	25	26	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82049--82227	95	1.9	94	84	4	243	24	27	17	30	1.97
81887--82732	52	16.9	49	70	12	310	26	24	15	33	1.95
82381--82569	101	1.9	100	83	10	251	28	25	14	31	1.95
81855--82733	248	3.5	243	78	7	813	26	24	15	33	1.95
82036--82778	300	2.5	297	72	11	666	26	24	16	33	1.95
83414--83476	18	3.8	16	82	16	74	79	4	3	12	1.01
83414--83470	9	6.3	9	77	6	53	78	3	3	14	1.01
83404--83483	7	10.1	7	75	15	52	78	5	2	13	1.01
83607--83665	15	3.9	15	86	4	84	47	11	25	15	1.79
85746--86083	79	4.3	79	79	5	346	27	26	14	31	1.95
85975--86030	28	1.9	28	89	7	85	32	25	10	32	1.90
88770--88832	21	3.2	21	70	20	64	58	0	0	41	0.98
88790--88851	18	3.3	18	72	14	54	62	0	0	37	0.95
88750--88848	52	2.0	48	81	15	112	58	0	0	41	0.98
88820--88886	24	2.9	23	82	10	75	65	2	0	31	1.07
91832--91878	22	2.2	21	85	11	60	44	0	0	55	0.99
91830--91879	21	2.3	21	80	13	57	44	0	0	56	0.99
92028--92110	42	2.0	42	92	0	139	36	2	19	42	1.64
92144--92179	2	18.0	2	94	0	63	47	0	0	52	1.00
92641--92665	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
93302--93358	18	3.3	18	69	28	52	43	0	1	54	1.10
93269--93365	34	2.8	33	80	9	97	45	0	1	53	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94095--94149	23	2.4	23	81	3	67	50	0	0	49	1.00
95416--95459	13	3.2	13	82	17	61	61	0	0	38	0.96
95389--95472	29	2.8	28	78	10	87	47	1	2	48	1.22
95599--95674	40	1.9	39	89	2	116	38	1	2	57	1.21
95692--95743	19	2.9	18	83	8	61	55	0	3	40	1.18
95840--95926	39	2.3	39	82	13	101	41	3	4	50	1.40
96040--96133	31	3.0	31	87	0	134	43	14	5	36	1.69
96131--96227	38	2.8	32	72	20	88	51	2	3	43	1.29
96147--96220	39	1.9	39	91	2	123	51	2	2	43	1.30
96131--96230	31	3.0	31	71	20	83	53	2	3	42	1.28
96143--96237	39	2.5	38	81	9	115	52	2	3	42	1.29
96342--96387	19	2.5	19	89	3	67	36	4	2	56	1.31
96594--96623	16	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
103144--103189	15	2.9	16	83	6	67	52	21	4	21	1.64
106871--107041	64	2.7	63	90	4	263	33	17	21	26	1.96
112034--112102	18	3.8	18	70	21	54	44	0	4	50	1.21
112042--112089	19	2.6	19	73	26	57	37	0	6	56	1.25
113055--113102	21	2.2	22	82	14	55	45	2	0	52	1.12
113782--113814	2	17.0	2	87	6	50	51	0	0	48	1.00
114806--114857	13	3.9	13	73	11	52	46	0	1	51	1.12
114811--114872	28	2.2	29	82	8	83	43	1	1	53	1.20
115354--115396	23	1.9	22	90	4	68	41	0	6	51	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117129--117163	19	1.9	18	88	11	54	62	8	0	28	1.24
119186--119214	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
126173--126210	19	2.0	19	94	0	67	42	31	13	13	1.82
130153--130192	20	2.0	21	90	5	64	42	0	0	57	0.98
130137--130182	13	3.6	13	80	13	51	36	0	2	60	1.09
130681--130781	19	5.3	19	79	14	95	62	0	0	35	1.09
130686--130792	14	7.4	14	70	12	65	60	0	0	37	1.09
130680--130757	27	2.8	28	67	20	56	65	1	1	32	1.09
130680--130782	37	2.7	38	76	11	104	63	0	0	34	1.08
130739--130828	32	2.7	32	86	5	108	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2