Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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*
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* *
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAG-GGT
*
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
*
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*
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
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1 GCCACGGAGTTGTGGAC-TTAAAAGGGT
* *
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAG-GGT
*
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
* *
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG-T
*
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
*
131770 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAAGGT
1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
* **
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
*
131824 GCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
131851 GCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGT
1 GCCACGGAGTTGTGGAC-TTAAAAGGGT
* *
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAG-GGT
* * *
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
*
131961 GCCACGGAGTTGTGGTCTTAAAAGGGT
1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
131988 GCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGT
1 GCCACGGAGTTGTGGAC-TTAAAAGGGT
* *
132016 GCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGAGAT
1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAG-GGT
*
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
* *
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG-T
*
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
*
132153 GCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGT
1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
**
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1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
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132232 TCACAGTACT
Statistics
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0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
27 525 0.68
28 248 0.32
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Consensus pattern (27 bp):
GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGT
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131350 TACCTTACTA
* * *
131360 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTT
1 GCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTT
*
131425 GTGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAA
66 GTGGTCTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAA
131490 AAGAGAT
131 AAGAGAT
* *
131497 GCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTT
1 GCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTT
131562 GTGGTCTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAA
66 GTGGTCTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAA
131627 AAGAGAT
131 AAGAGAT
131634 GCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTT
1 GCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTT
* *
131699 GTGGTCTTAAAAGGGATGCCACAGAGTTGTGGAC-TTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTA
66 GTGGTCTTAAAAGGG-TGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTA
*
131763 AAAG-GGT
130 AAAGAGAT
* * * **
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1 GCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTT
*
131835 GTGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAA
66 GTGGTCTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAA
131900 AAGAGAT
131 AAGAGAT
* * *
131907 GCCAAGGAGTTATGGATTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTT
1 GCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTT
131972 GTGGTCTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAA
66 GTGGTCTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAA
132037 AAGAGAT
131 AAGAGAT
132044 GCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTT
1 GCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTT
* * *
132109 GTGGTCTTAAAAGGGATGCCACGGAGTTGTGGAC-TTAAAAGCGTGCCACGGAGTTATGGACTTA
66 GTGGTCTTAAAAGGG-TGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTA
*
132173 AAAG-GGT
130 AAAGAGAT
* **
132180 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAAAGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGG
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132232 TCACAGTACT
Statistics
Matches: 696, Mismatches: 35, Indels: 9
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
135 17 0.02
136 160 0.23
137 484 0.70
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GCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTT
GTGGTCTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAA
AAGAGAT
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131350 TACCTTACTA
* * ** *
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*
131490 AAGAGATGCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCA
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196 CGGAGTTGTGGTCTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTG
131620 GACTTAAAAGAGATGCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAG
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*
131685 GGTGCCACAGAGTTGTGGTCTTAAAAGGGATGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACGG
326 GGTGCCACAGAGTTGTGGTCTTAAAAGGGATGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGCGTGCCACGG
*
131750 AGTTGTGGACTTAAAAGGGT
391 AGTTATGGACTTAAAAGGGT
*
131770 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGAACTTAAAAGAATGCCACAGAGTT
1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGAATGCCACAGAGTT
131835 GTGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAA
66 GTGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAA
* *
131900 AAGAGATGCCAAGGAGTTATGGATTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCA
131 AAGAGATGCCAAGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCA
131965 CGGAGTTGTGGTCTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTG
196 CGGAGTTGTGGTCTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTG
132030 GACTTAAAAGAGATGCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAG
261 GACTTAAAAGAGATGCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAG
*
132095 GGTGCCACAGAGTTGTGGTCTTAAAAGGGATGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGCGTGCCACGG
326 GGTGCCACAGAGTTGTGGTCTTAAAAGGGATGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGCGTGCCACGG
132160 AGTTATGGACTTAAAAGGGT
391 AGTTATGGACTTAAAAGGGT
*
132180 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAAAGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAG
1 GCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAG
132231 GTCACAGTAC
Statistics
Matches: 447, Mismatches: 14, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
410 447 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.34, T:0.23
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AAGAGATGCCAAGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCA
CGGAGTTGTGGTCTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTG
GACTTAAAAGAGATGCCACGGAGTTATGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAG
GGTGCCACAGAGTTGTGGTCTTAAAAGGGATGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGCGTGCCACGG
AGTTATGGACTTAAAAGGGT
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Alignment explanation
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142720 ATCGGTTCAA
** *
142730 TTTCTCTTTTTTTTTTTTATG
1 TTTCTCTAATTTTTCTTTATG
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1 TTTCTCTAATTTTTCTTTA
142770 AAAATTACTT
Statistics
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0.84 0.16 0.00
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TTTCTCTAATTTTTCTTTATG
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143319 CAAGAAAATA
143329 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
143357 TTCAAGTTAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
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2 26 1.00
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AT
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146522 TTAAATATGA
146532 TAGGATTTC
1 TAGGATTTC
146541 TAGGATTTC
1 TAGGATTTC
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1 TAGGATTT
146558 AGGTTACCCT
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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9 17 1.00
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TAGGATTTC
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* *
147464 TAAATCATTTCA
1 TAAATTATTTAA
147476 T-AATTATTTAA
1 TAAATTATTTAA
147487 TAAATTATTTATA
1 TAAATTATTTA-A
147500 TAATTATTATTTTGAA
1 TAA--ATTA-TTT-AA
147516 TAAATTATT
1 TAAATTATT
147525 CATTATTGAA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 2, Indels: 11
0.76 0.04 0.20
Matches are distributed among these distances:
11 9 0.22
12 10 0.24
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TAAATTATTTAA
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1 TATATATATTACAAATA
*
147724 TATATACTATTATAAAT
1 TATATA-TATTACAAAT
147741 TATTGGGAGT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.40
18 9 0.60
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TATATATATTACAAATA
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Indices: 149196--149229 Score: 68
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149186 TACAGACTTT
149196 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
149230 GTAAAAATGA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
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TA
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1 ATATATATACAT
151715 ATA
1 ATA
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Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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ATATATATACAT
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* *
152081 TTTTTCTTTTTTTTTTC
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*
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1 TTTTT
152139 ACCTAACTTT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 7
0.78 0.07 0.16
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16 2 0.06
17 18 0.51
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TTTTTCTTTCTTTCTTC
Done.