genome.fa.s1099.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1099
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110392

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
675--855	79	2.3	79	86	0	281	34	14	24	26	1.94
790--906	51	2.3	51	84	0	153	34	13	24	27	1.93
838--1273	79	5.5	79	78	6	427	33	13	24	27	1.93
668--1064	209	1.9	209	79	6	455	34	13	24	27	1.92
3593--3719	50	2.5	50	77	8	141	40	11	19	27	1.87
4119--4181	33	1.9	32	84	12	83	34	17	11	36	1.85
4628--4690	32	1.9	33	83	3	83	36	19	6	38	1.77
6077--6138	20	3.5	20	67	28	66	37	14	19	29	1.91
6060--6141	33	2.5	33	97	0	155	40	15	15	28	1.89
8549--8637	44	2.0	44	97	0	169	34	13	14	37	1.86
12229--12266	20	2.0	20	94	5	69	36	15	10	36	1.82
12321--12360	13	3.1	13	77	0	53	40	12	12	35	1.81
12388--12461	20	3.8	19	78	8	69	39	14	13	32	1.86
13584--13793	41	5.0	41	84	4	240	39	11	25	23	1.89
13605--13833	45	5.3	41	83	6	212	38	12	26	21	1.90
13611--13833	82	2.6	82	83	7	223	39	12	26	21	1.89
13808--14509	62	11.4	62	82	4	825	30	18	25	25	1.98
13814--14509	244	2.8	246	86	3	940	30	18	25	25	1.98
14955--14981	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
14936--15000	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
14965--15022	19	2.9	19	87	5	80	32	15	17	34	1.91
15067--15097	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15051--15117	33	2.0	32	88	11	100	37	13	16	32	1.88
17755--17819	19	3.8	18	71	24	68	30	12	18	38	1.88
17757--17827	32	2.2	32	94	0	124	30	12	19	36	1.89
17892--18021	52	2.5	52	93	1	224	33	17	20	28	1.95
18864--18902	20	2.0	20	89	0	60	23	17	12	46	1.83
24899--24927	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
26358--26391	17	2.1	16	88	5	50	35	20	26	17	1.95
27294--27320	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
27275--27339	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
27304--27358	19	2.8	19	86	5	74	32	16	16	34	1.91
27412--27471	13	5.0	13	76	19	76	33	15	16	35	1.90
27390--27491	34	3.0	34	95	1	179	36	13	17	32	1.89
34299--34459	78	2.1	79	83	1	198	34	11	25	27	1.91
34413--34577	51	3.2	50	81	5	179	33	14	24	27	1.94
34514--34799	79	3.6	78	76	8	256	33	12	23	29	1.92
35555--35613	13	4.0	13	73	26	55	42	15	13	28	1.85
35569--35633	20	3.6	20	73	26	81	44	15	12	27	1.82
35556--35633	33	2.4	33	100	0	156	43	15	12	28	1.83
39681--39711	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
41777--41814	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
43609--43674	32	2.1	32	94	0	114	31	4	27	36	1.77
44400--44425	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56855--56928	7	10.3	7	78	12	71	79	1	17	1	0.87
56853--56921	18	3.9	18	71	19	56	78	1	18	1	0.91
56852--56929	11	6.9	11	71	11	59	79	1	17	1	0.87
56893--56930	15	2.5	15	91	0	67	84	0	15	0	0.63
56855--56930	8	9.4	8	73	11	57	78	1	18	1	0.88
58490--58610	34	3.6	34	75	10	122	29	30	11	28	1.92
58506--58623	36	3.4	36	73	11	129	28	29	14	27	1.95
58500--58643	36	4.3	31	73	15	101	29	29	13	27	1.94
58506--58740	67	3.6	67	84	8	252	28	29	15	25	1.96
58420--58740	33	9.6	33	75	10	178	28	28	15	26	1.96
58997--59407	53	7.7	53	74	7	289	24	21	15	38	1.92
58924--59407	215	2.3	211	82	5	580	25	21	15	38	1.92
59986--60036	20	2.5	21	93	3	86	37	9	19	33	1.85
62593--62882	97	2.9	98	80	7	291	28	23	12	36	1.90
66674--66699	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
66652--66719	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
66760--66812	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
66800--66824	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
66838--66876	20	2.1	18	90	9	60	25	10	23	41	1.86
70328--70404	38	2.1	38	82	7	95	33	23	6	36	1.81
70389--70424	16	2.2	16	95	0	63	13	36	5	44	1.68
70425--70468	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72273--72310	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
76209--76253	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
76387--76419	16	2.1	16	88	5	50	30	12	3	54	1.52
78479--78504	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
78459--78522	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
84967--84992	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
84945--85012	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
85053--85105	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
85093--85117	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
85127--85165	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
89030--89137	53	2.0	53	98	0	207	22	29	20	27	1.98
104163--104311	52	2.9	51	86	4	217	30	16	18	34	1.93
104300--104324	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
104365--104431	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
104387--104411	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
105172--105383	52	4.2	52	76	12	208	33	16	25	24	1.96
105279--105368	43	2.1	43	93	0	153	31	17	24	26	1.97
105372--105850	30	16.1	30	79	9	392	25	16	29	28	1.97
105374--105850	58	8.0	59	76	10	359	25	16	29	28	1.97
105374--105630	88	3.0	88	92	2	405	21	17	29	31	1.96
105681--105852	29	6.0	27	80	8	119	23	17	30	28	1.97
107289--107414	1	126.0	1	74	0	99	1	1	10	86	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107291--107415	42	3.0	41	83	13	141	1	1	11	85	0.74
107289--107414	61	2.1	57	86	7	171	1	1	10	86	0.71
107289--107414	10	12.4	10	80	12	116	1	1	10	86	0.71
107289--107414	30	4.1	31	82	6	166	1	1	10	86	0.71

Tables:   1

The End!