Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
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*
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* * *
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129 TTTGCATGGAAATCATTTCTTT-ACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCAT-CCCT-GAATTA-
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*
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* *
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*
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*
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*
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* * * *
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* * * * * *
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* *
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* * *
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*
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* * *
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* * *
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*
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* * *
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*
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* *
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*
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* * *
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* * *
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*
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* * *
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* * * *
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*
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* * *
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*
4606 GAATCAAAGTTTGGCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAG
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*
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*
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*
5148 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACAAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
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*
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* *
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* * * * * * *
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*
5841 TTTGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCATAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGAC
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*
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* * * *
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*
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*
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*
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*
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*
6667 TCTGTAAAGTCTAAGTTTATGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
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7209 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
7274 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
131 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
7339 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
7404 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
7469 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
326 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
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391 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
7599 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
7620 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
7685 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
7750 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
131 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
7815 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
*
7880 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACTGTTTTTGTTAG
261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
*
7945 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAAAAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
326 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
8010 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
391 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
8075 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
* * *
8096 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTTAAATGAGACAAACAAGGATTCTAGT-ATCGATCTTCATTA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAAT-GATCTTCATTC
* * * * * *
8160 ATTTTGTGATTACGCACTATAAATACATTC-TGTCCGTTATGATAAATGATATTCATGACTTTCT
65 ATTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAG-TAGGATAAATGATATTGATGATTTTCT
* *
8224 TTTGCATGGGAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCATAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGAC
129 TTTGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGAC
*
8289 AATTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCACTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTC
194 AATTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTC
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259 ATTAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTT
8419 AGAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCA
324 AGAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCA
*
8484 GGATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACAAAATTGATGCTTTGGATTCGCAA
389 GGATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAA
*
8549 GGATGGATTTCTTCACTCCAATT
454 GAATGGATTTCTTCACTCCAATT
* *
8572 TCTGTGAAGTCTAAGTTTATGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
* * *
8637 TTTTGTGATTACGCACTATAAACAAATTCTTTTCAGTTGGATAAATGATATTGATGATTTTGTTT
66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
8702 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
131 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
*
8767 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGATCTAAGAACCCAATCCCTTCAT
196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
8832 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
8897 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
326 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
8962 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
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456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
* * *
9048 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTTAAATGAGACAAACAAGGATTCTAGT-ATCGATCTTCATTA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAAT-GATCTTCATTC
* * * * * *
9112 ATTTTGTGATTAGGCACTATAAATACATTC-TTTCCGTATGATAAATGATATTCATGACTTTCTT
65 ATTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTT
*
9176 TTGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCATAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACA
130 TTGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACA
*
9241 ATTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCACTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCA
195 ATTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCA
* * *
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260 TTAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGC-CTCTACCGTTTTTGTT
*
9370 AGAATCAAAGTTTGGCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCA
324 AGAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCA
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454 GAATGGATTTCTTCACTCCAATT
* *
9523 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGGTTCTAGTAATAATCTTCATTCA
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66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
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131 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
*
9718 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCTT
196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
*
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261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
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456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
* * * *
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196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
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261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
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326 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
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456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
* *
10475 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAACAAGGATTCTAGTAATCGATCTTCATTA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAAT-GATCTTCATTC
* * * * *
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65 ATTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTT
*
10605 TTGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCATAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACA
130 TTGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACA
*
10670 ATTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCACTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCA
195 ATTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCA
* * *
10735 TTAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTTGTAAGAAAAGGCTTC-CTCTCTACCGTTTTTGTT
260 TTAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGC-CTCTACCGTTTTTGTT
10799 AGAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCA
324 AGAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCA
*
10864 GGATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGAAGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAA
389 GGATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAA
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454 GAATGGATTTCTTCACTCCAATT
10952 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
11017 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
11082 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
131 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
*
11147 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCACTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
11212 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
11277 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
326 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
11342 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
391 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
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456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
11428 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
11493 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
11558 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
131 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
11623 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
*
11688 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTTGCAAGAAAAGGTTTC-CTCTCTACCGTTTTTGTTA
261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGC-CTCTACCGTTTTTGTTA
11752 GAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAG
325 GAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAG
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390 GATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAG
11882 AATGGATTTCTTCACTCCAATT
455 AATGGATTTCTTCACTCCAATT
11904 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
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66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
12034 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
131 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
12099 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
12164 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
12229 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
326 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
12294 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
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456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
*
12380 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATAATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
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66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
12510 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
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12575 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
12640 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
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326 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
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456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
12856 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
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12986 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
131 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
13051 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
13116 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
13181 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
326 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
13246 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
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456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
*
13332 TCTGTAAAGTCTAAGTTTATGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
13397 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
13462 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
131 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
13527 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
13592 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
13657 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
326 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
13722 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
391 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
13787 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
13808 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
13873 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
13938 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
131 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
14003 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
14068 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
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391 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
14263 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
14284 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
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14544 TTAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTA
260 TTAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTA
14609 GAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAG
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* *
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*
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*
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* * *
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*
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* * *
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*
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* * *
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* * * * * *
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*
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*
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* * *
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*
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*
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455 AATGGATTTCTTCACTCCAATT
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*
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456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
18569 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAAGTAATGATCTTCATTC
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCT-AGTAATGATCTTCATTC
18634 ATTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTT
65 ATTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTT
18699 TTGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACA
130 TTGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACA
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454 GAATGGATTTCTTCACTCCAATT
* *
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*
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*
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*
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*
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*
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325 GAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAG
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390 GATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAG
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*
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*
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*
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66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
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131 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
22100 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
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261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
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66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
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196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
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261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
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456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
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*
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456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
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*
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326 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
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*
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196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
*
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*
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196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
*
24545 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACTGTTTTTGTTAG
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*
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*
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*
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391 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
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456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
* *
25237 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGATAAAAAAGGATTCAAGTAATGATCTTCATTCA
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*
25302 TTTTGTAATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
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196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
*
25497 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACTGTTTTTGTTAG
261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
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326 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
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391 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
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456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
*
25713 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGATAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
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* *
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*
25908 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCTATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
25973 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCTGTTTTTGTTA
261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACC-GTTTTTGTTA
26038 GAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAG
325 GAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAG
*
26103 GATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTATGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAG
390 GATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAG
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455 AATGGATTTCTTCACTCCAATT
*
26190 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATAATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
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26320 TTGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACA
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195 ATTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCA
*
26450 TTAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACTGTTTTTGTTA
260 TTAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTA
26515 GAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAG
325 GAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAG
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390 GATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAG
26645 AATGGATTTCTTCACTCCAATT
455 AATGGATTTCTTCACTCCAATT
* *
26667 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGATAAAAAAGGATTCAAGTAATGATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
*
26732 TTTTGTAATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
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196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
*
26927 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACTGTTTTTGTTAG
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391 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
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456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
27143 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
* *
27208 TTTTGTAATTACGCACTATAAACAAATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
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*
27338 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGATCTAAGAACCCAATCCCTTCAT
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27468 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
326 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
* * *
27533 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAAAAGAAATTGAAGCTTTGGATTCGCAAGA
391 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
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456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
*
27619 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGATACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
* * *
27684 TTTTGTAATTACGCACTATAAAGACATTCTTTTCAGTAGAATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
*
27749 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCCTCCCTGAATTATGACAA
131 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
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196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
*
27879 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGTAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
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*
27944 AATCAAAGTTTGACTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
326 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
* * * *
28009 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAAAAGAAATTGAAGCTTTAGATTCGCAAGA
391 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
28074 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
* *
28095 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGATAAAAAAGGATTCAAGTAATGATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
*
28160 TTTTGTAATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
28225 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
131 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
28290 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
*
28355 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACTGTTTTTGTTAG
261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
28420 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
326 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
*
28485 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTATGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
391 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
28550 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
* * * *
28571 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTACCTTAAATGAGACAAAAAAGTG-TTCTAATAATAATCTTCATTC
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAG-GATTCTAGTAATGATCTTCATTC
*
28635 ATTTTGTGACTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTT
65 ATTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTT
28700 TTGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACA
130 TTGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACA
28765 ATTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCA
195 ATTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCA
28830 TTAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTA-CGTTTTTGTTA
260 TTAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTA
28894 GAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAG
325 GAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAG
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390 GATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAG
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455 AATGGATTTCTTCACTCCAATT
29046 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
*
29111 TTTTGTAATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
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131 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
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196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
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29371 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
326 AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
29436 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
391 ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
29501 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
456 ATGGATTTCTTCACTCCAATT
*
29522 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATAATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
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66 TTTTGTG-ATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTT
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*
29910 GGATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAAACGAAATTGATGC-TTGGATTCGCAA
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*
29997 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATAATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
*
30062 TTTTGT-AATACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGA-TTTCTTT
66 TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
30125 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
131 TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
*
30190 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCC-CTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
196 TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
*
30254 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGCTTTCGCCTCTACTGTTTTTG-TA
261 TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGG-TTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTA
*
30318 GAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCCTACTAATCCCTAATCTTTTCAG
325 GAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAG
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390 GATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAG
30446 AATGGATTTCTTCACTCCAATT
455 AATGGATTTCTTCACTCCAATT
* *
30468 TCTGTAAAGTCTAAGTTTATGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATAATCTTCATTCA
1 TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
*
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66 TTTTGTGATTACGCACTATAAAC-ACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTT
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195 ATTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCA
30725 TTAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAAAGAAAAGG-TTCGCCTCTA-CGTTTTTGT
260 TTAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGC--AAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGT
* *
30788 TAGAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACGAATCCCCAATC
323 TAGAATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATC
Statistics
Matches: 29795, Mismatches: 464, Indels: 233
0.98 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
467 1 0.00
468 54 0.00
469 21 0.00
470 51 0.00
471 171 0.01
472 350 0.01
473 255 0.01
474 88 0.00
475 2350 0.08
476 19403 0.65
477 4631 0.16
478 2057 0.07
479 165 0.01
480 81 0.00
481 13 0.00
482 8 0.00
483 22 0.00
484 27 0.00
485 43 0.00
486 4 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (476 bp):
TCTGTAAAGTCTAAGTTTGTGCCTCAAATGAGACAAAAAAGGATTCTAGTAATGATCTTCATTCA
TTTTGTGATTACGCACTATAAACACATTCTTTTCAGTAGGATAAATGATATTGATGATTTTCTTT
TGCATGGAAATCATTTCTTTACCCTATTTTCCTTAAAATAAAAATTCATCCCTGAATTATGACAA
TTATCGATTCTCGTAACTGTCTCCATTCTTTTCAAGATTTGGAACTAAGAACCCAATCCCTTCAT
TAGGATAAATGATATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAAGGTTTCGCCTCTACCGTTTTTGTTAG
AATCAAAGTTTGCCTCTTAAATAAGACAAACATGAATAGTCATACTAATCCCTAATCTTTTCAGG
ATTAGGCACTATCAACATAGTCAACTCATTAGGATAGACGAAATTGATGCTTTGGATTCGCAAGA
ATGGATTTCTTCACTCCAATT
Done.