genome.fa.s1108.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1108
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  130252

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6333--6423	1	91.0	1	77	0	74	0	7	5	86	0.69
6333--6425	34	2.9	31	86	10	134	0	9	5	84	0.75
6333--6424	35	2.7	35	91	8	147	0	8	5	85	0.72
18179--18213	14	2.6	13	86	8	52	51	5	8	34	1.56
19326--19380	27	2.0	26	85	10	65	58	0	3	38	1.16
27463--27519	5	12.0	5	72	23	52	64	0	0	35	0.93
27463--27519	28	2.0	29	89	3	89	64	0	0	35	0.93
27483--27519	19	2.0	18	94	5	65	67	0	0	32	0.91
27504--27587	17	4.9	17	65	23	50	52	1	2	44	1.21
27556--27627	37	1.9	37	83	10	94	51	1	2	44	1.24
32571--32665	47	2.0	47	93	2	165	31	5	16	46	1.70
41046--41082	15	2.5	15	90	0	56	21	2	27	48	1.63
43372--43404	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
44061--44103	3	14.3	3	85	0	59	6	0	62	30	1.21
44400--44436	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
46502--46549	5	9.4	5	79	4	51	2	25	2	70	1.09
47517--47555	2	19.5	2	100	0	78	51	48	0	0	1.00
52807--52844	19	2.1	19	90	5	60	50	0	0	50	1.00
52915--52961	22	2.2	21	81	11	51	31	4	4	59	1.36
54981--55017	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
56292--56530	127	1.9	127	83	5	313	41	15	23	20	1.89
56458--56576	41	2.8	42	75	8	118	41	12	26	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56292--56599	127	2.4	126	79	7	286	40	14	24	20	1.89
56561--57262	43	16.3	43	72	6	343	42	14	22	19	1.88
56561--57262	86	8.2	85	75	6	389	42	14	22	19	1.88
56350--57003	129	5.1	128	71	8	346	42	14	23	19	1.88
57333--57436	42	2.5	41	84	7	138	46	14	25	14	1.82
57340--57449	41	2.7	41	84	5	141	47	16	22	13	1.82
57384--57671	73	3.9	73	76	0	263	47	15	20	16	1.82
57400--57709	146	2.1	145	82	4	372	48	15	19	16	1.81
57384--57707	73	4.4	74	73	4	246	48	16	19	15	1.81
59031--59072	17	2.5	17	92	3	68	2	7	4	85	0.80
59034--59100	30	2.3	29	87	7	91	4	10	1	83	0.85
59034--59089	19	3.0	18	81	5	67	5	7	1	85	0.79
67941--67966	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
67919--67985	33	2.0	33	91	0	107	26	19	13	40	1.89
70326--70464	51	2.7	51	80	0	170	30	20	12	36	1.89
70535--70590	28	2.0	28	89	6	87	19	28	19	32	1.97
70597--70809	51	4.2	52	77	7	184	28	23	12	35	1.91
70456--70660	110	1.9	109	81	3	252	28	24	13	33	1.93
71785--71915	51	2.6	51	91	1	201	43	12	17	26	1.84
71881--71937	20	2.8	21	78	5	64	35	14	15	35	1.88
75221--75347	52	2.5	52	94	2	222	27	18	18	35	1.94
75221--75368	52	2.9	52	89	4	194	28	18	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75412--75495	13	5.5	13	71	28	60	35	17	13	33	1.89
75420--75516	19	5.8	18	70	27	88	36	18	12	32	1.88
75412--75514	32	3.2	32	97	0	188	34	19	12	33	1.89
76285--76780	102	4.9	101	82	7	449	33	18	24	23	1.97
76283--76780	49	9.9	49	80	7	507	33	18	24	23	1.97
76331--76780	152	3.0	150	87	5	588	33	18	24	23	1.97
76834--76947	34	3.4	34	81	10	126	36	13	31	18	1.89
76833--76942	35	3.2	34	84	7	134	37	11	32	18	1.87
76981--77069	31	2.8	31	87	3	124	31	15	33	19	1.93
77042--77220	58	3.1	58	80	10	197	22	15	30	31	1.95
77050--77186	28	4.9	27	82	7	166	17	16	32	34	1.92
77060--77218	85	1.9	87	93	2	277	19	14	30	35	1.92
78566--78642	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
78680--78745	19	3.8	18	77	22	79	37	12	15	34	1.84
78698--78723	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
78680--78742	32	2.0	32	93	6	110	36	12	15	34	1.86
78785--78810	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
80544--80624	1	81.0	1	77	0	81	0	1	9	88	0.56
80538--80626	25	3.6	24	85	8	108	0	1	12	86	0.63
80541--80624	17	5.0	17	80	2	107	0	1	10	88	0.58
80523--80626	42	2.4	42	87	7	138	0	0	14	84	0.67
94458--94586	52	2.5	52	94	0	222	29	17	17	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94458--94606	52	2.9	52	90	2	192	30	17	17	34	1.93
94595--94619	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
94672--94768	19	5.8	18	72	27	97	37	17	12	32	1.87
94664--94766	32	3.2	32	97	0	188	35	17	12	33	1.88
94691--94747	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
99620--99649	13	2.3	13	94	0	51	70	0	10	20	1.16
99760--99808	14	3.6	14	75	10	57	77	0	22	0	0.77
99760--99810	24	2.1	24	89	10	77	76	0	23	0	0.79
99761--99810	13	3.8	13	80	20	59	78	0	22	0	0.76
99929--100181	136	1.9	135	86	5	368	28	13	16	41	1.86
99921--100236	136	2.3	136	81	7	353	29	13	17	39	1.88
100548--100788	8	28.4	8	68	21	77	65	2	2	29	1.18
100578--100715	9	15.8	9	69	15	60	61	2	1	34	1.20
100589--100633	22	2.0	23	86	4	65	68	2	0	28	1.01
100598--100715	27	4.5	26	72	16	84	62	3	1	32	1.21
100701--100731	15	2.0	16	93	6	55	77	3	0	19	0.90
100672--100753	42	1.9	43	82	7	105	68	3	0	28	1.06
101177--101212	13	2.5	15	86	13	58	0	38	0	61	0.96
101276--101337	28	2.2	28	81	15	76	33	0	4	61	1.17
101276--101337	29	2.2	30	83	11	78	33	0	4	61	1.17
101416--101452	12	2.7	14	84	16	51	27	0	0	72	0.84
101682--101778	30	3.3	30	77	8	92	27	10	5	56	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101886--101917	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
101915--101953	4	9.8	4	100	0	78	51	0	23	25	1.49
111402--111465	32	2.0	32	93	0	110	31	21	20	26	1.98
119329--119354	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
121519--121563	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
125604--125649	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
127364--127412	23	2.2	23	82	13	59	34	4	26	34	1.76
127290--127471	90	2.0	91	93	5	316	36	6	29	27	1.82
128129--128154	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
128111--128173	32	2.0	32	87	6	92	39	15	15	28	1.89
129966--129997	13	2.5	13	100	0	64	15	50	12	21	1.77

Tables:   1

The End!