genome.fa.s1126.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1126
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  96929

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6--30	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
7015--7069	1	55.0	1	79	0	56	89	5	5	0	0.61
7015--7069	15	3.7	15	83	7	76	89	5	5	0	0.61
8032--8616	55	10.4	54	85	7	742	27	27	20	24	1.99
8087--8172	27	3.1	27	62	15	68	27	29	18	24	1.98
8032--8617	171	3.5	171	90	3	872	27	27	20	24	1.99
8031--8597	226	2.5	220	87	6	823	27	27	20	24	1.99
9988--10013	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
11705--11772	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
11707--11769	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
11726--11750	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
11812--11837	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
11792--11858	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
14316--14388	27	2.7	27	86	2	92	23	34	21	20	1.97
16131--16161	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
17965--18009	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
20225--20250	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
23025--23536	130	3.9	130	80	7	461	33	11	25	29	1.91
23101--23216	51	2.3	51	81	3	126	30	12	27	29	1.93
23232--23347	51	2.3	51	92	0	187	31	10	25	32	1.89
25918--25968	20	2.5	20	93	0	84	43	11	15	29	1.82
25885--26019	70	1.9	70	90	3	218	42	15	15	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26583--26852	41	6.6	40	73	16	151	41	11	26	20	1.86
26571--26852	42	6.9	40	72	16	136	40	12	26	21	1.88
26732--26850	45	2.7	46	83	8	142	39	11	27	21	1.88
26844--27209	61	6.1	60	80	8	399	30	19	25	24	1.98
26851--27233	122	3.2	116	80	7	448	28	19	25	25	1.99
27038--27231	55	3.4	55	84	8	244	26	20	25	27	1.99
27273--27437	55	3.0	55	90	0	240	24	18	27	29	1.98
27101--27385	149	1.9	153	86	5	416	26	18	28	27	1.98
28509--28582	1	74.0	1	73	0	58	0	6	6	86	0.71
28509--28582	28	2.7	27	83	10	87	0	6	6	86	0.71
28514--28582	29	2.4	28	83	9	86	0	5	7	86	0.69
28509--28574	21	3.3	20	81	6	80	0	7	6	86	0.71
28521--28582	17	3.4	17	79	16	70	0	4	8	87	0.68
35021--35138	61	1.9	61	81	6	141	30	12	28	27	1.93
37570--37708	51	2.7	52	93	1	226	43	13	14	28	1.84
37745--37818	21	3.6	20	88	3	94	31	18	12	37	1.88
38356--38380	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
38336--38402	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
38424--38448	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
38457--38585	52	2.5	52	96	0	231	34	17	17	30	1.93
41992--42023	16	1.9	17	93	6	57	78	0	0	21	0.76
44585--44634	19	2.6	19	77	3	55	40	16	12	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45495--45527	17	1.9	17	93	0	57	30	12	15	42	1.83
54084--54206	51	2.4	51	78	2	140	26	17	21	34	1.95
55502--55620	51	2.3	51	85	0	166	32	14	25	27	1.94
55366--55648	130	2.2	130	81	6	306	34	13	25	27	1.92
55603--55704	28	3.6	28	86	0	141	27	21	29	21	1.99
55478--55834	186	1.9	186	81	2	430	31	14	26	26	1.95
55693--55803	51	2.2	51	85	0	150	31	10	27	30	1.91
55742--56000	79	3.3	79	84	3	335	32	13	26	27	1.94
55766--55987	76	2.9	77	86	2	311	33	13	25	27	1.94
56741--56818	33	2.4	33	88	0	111	35	14	21	28	1.92
57170--57388	51	4.3	52	77	5	178	23	16	21	38	1.92
59162--59192	16	1.9	16	93	0	53	41	12	6	38	1.69
61328--61843	160	3.2	162	82	7	539	31	12	7	47	1.70
64377--64420	22	2.0	22	100	0	88	27	9	18	45	1.79
65505--65653	52	2.9	52	90	0	235	31	16	17	34	1.93
65642--65679	13	2.9	13	100	0	76	36	15	15	31	1.90
66969--67005	20	1.9	20	88	5	58	70	2	2	24	1.14
70597--70627	8	3.9	8	95	0	53	41	25	6	25	1.79
70641--70746	47	2.3	47	100	0	212	29	24	8	37	1.85
72467--72789	111	2.9	111	83	5	343	32	14	13	39	1.85
73022--73233	88	2.4	89	79	7	220	22	18	13	45	1.84
73957--74012	19	2.9	19	97	0	103	32	10	19	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74034--74088	20	2.7	21	86	10	78	30	18	14	36	1.91
86059--86519	59	7.8	59	96	0	818	29	30	17	22	1.97
86637--86808	43	3.8	43	75	11	157	25	25	19	29	1.99
86585--86808	93	2.4	92	91	3	353	24	25	18	31	1.98
86770--86913	52	2.8	52	92	0	234	21	21	20	36	1.96
87719--87775	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
87699--87799	32	3.1	32	97	1	184	34	11	17	35	1.87
87697--87794	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
87699--87827	65	2.0	65	82	8	156	37	13	16	32	1.88
87837--87861	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
93701--93767	36	1.9	35	88	11	102	31	25	10	32	1.89
94690--94962	79	3.5	77	77	8	264	31	13	26	28	1.93
94905--95011	51	2.1	51	87	3	153	35	11	21	31	1.89
94850--95094	131	1.9	131	79	8	284	33	11	22	31	1.90
94973--95253	79	3.6	79	77	8	261	34	11	23	30	1.90
94688--95411	289	2.5	289	83	4	881	33	12	24	29	1.92
95106--95381	130	2.1	130	85	2	376	32	11	26	28	1.92
95204--95303	51	2.0	51	88	4	148	31	9	28	32	1.88
95240--95410	79	2.2	79	89	2	254	32	14	25	27	1.95

Tables:   1

The End!