Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold114
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3219552
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.34
Warning! 36736 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 13 of 13
Found at i:3200989 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 3200951--3200995 Score: 74
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
3200941 TTTGACTTAA
*
3200951 TTTTTTTTTTCTCTTTTTCTTTC
1 TTTTTCTTTTCTCTTTTTCTTTC
3200974 TTTTTCTTTTCT-TTTTTCTTTC
1 TTTTTCTTTTCTCTTTTTCTTTC
3200996 ACTTGCTAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 10 0.48
23 11 0.52
ACGTcount: A:0.00, C:0.18, G:0.00, T:0.82
Consensus pattern (23 bp):
TTTTTCTTTTCTCTTTTTCTTTC
Found at i:3201131 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 3201107--3201138 Score: 55
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
3201097 TTTTGCTTTA
*
3201107 ATTTTTCTTTTTTTT
1 ATTTTCCTTTTTTTT
3201122 ATTTTCCTTTTTTTT
1 ATTTTCCTTTTTTTT
3201137 AT
1 AT
3201139 GCCGTTTATT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 16 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.09, G:0.00, T:0.81
Consensus pattern (15 bp):
ATTTTCCTTTTTTTT
Found at i:3203628 original size:93 final size:90
Alignment explanation
Indices: 3203400--3203642 Score: 247
Period size: 93 Copynumber: 2.6 Consensus size: 90
3203390 TGTGGTCATA
* * * * ** *
3203400 TGATTCATCAATACCATCTAATGGTTGGATGAAGATGATATGATTGGGAATGAATGGTTGGGATA
1 TGATGCATCAATACTATCTAGTGGTAGGATGAAGA-GATATGATT-GGAATGTGTGGTTGAGATA
3203465 TCCTTGCCCTAAGAAAATCAAGCTCTG
64 TCCTTGCCCTAAGAAAATCAAGCTCTG
* * * *
3203492 TGATGCATCACTACTATCTAGTGATTA-GATGAAAGGGACATGATTAGGAATGTGTGGTTGAGAT
1 TGATGCATCAATACTATCTAGTG-GTAGGATG-AAGAGATATGATT-GGAATGTGTGGTTGAGAT
* * * *
3203556 ATCTTTGCCCATAAGGAAATCAGGCTGTG
63 ATCCTTGCCC-TAAGAAAATCAAGCTCTG
*
3203585 TGATGTATCAATACTATCTAGTGGTAGGAT-ATACGAGATATGATTGAGAATGTGTGGT
1 TGATGCATCAATACTATCTAGTGGTAGGATGA-A-GAGATATGATTG-GAATGTGTGGT
3203643 CTGCACTTTT
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 21, Indels: 13
0.78 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
91 1 0.01
92 59 0.48
93 63 0.51
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.26, T:0.31
Consensus pattern (90 bp):
TGATGCATCAATACTATCTAGTGGTAGGATGAAGAGATATGATTGGAATGTGTGGTTGAGATATC
CTTGCCCTAAGAAAATCAAGCTCTG
Found at i:3208453 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 3208432--3208487 Score: 53
Period size: 10 Copynumber: 5.7 Consensus size: 10
3208422 TTTGACTTAG
3208432 TTTTT-TCT-
1 TTTTTCTCTC
3208440 TTTTTCTCTC
1 TTTTTCTCTC
*
3208450 TTTTTCTTTC
1 TTTTTCTCTC
* *
3208460 TTTTTTTTTC
1 TTTTTCTCTC
3208470 TTTTTCTTCTC
1 TTTTTC-TCTC
*
3208481 CTTTTCT
1 TTTTTCT
3208488 TTCACTTGCG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 4
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
8 5 0.12
9 3 0.08
10 24 0.60
11 8 0.20
ACGTcount: A:0.00, C:0.21, G:0.00, T:0.79
Consensus pattern (10 bp):
TTTTTCTCTC
Found at i:3208468 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 3208432--3208490 Score: 93
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
3208422 TTTGACTTAG
*
3208432 TTTTTTCTTTTT-TCTCTCTTTTTCTTTCTTT
1 TTTTTTCTTTTTCT-TCTCCTTTTCTTTCTTT
3208463 TTTTTTCTTTTTCTTCTCCTTTTCTTTC
1 TTTTTTCTTTTTCTTCTCCTTTTCTTTC
3208491 ACTTGCGCTA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
31 25 0.96
32 1 0.04
ACGTcount: A:0.00, C:0.22, G:0.00, T:0.78
Consensus pattern (31 bp):
TTTTTTCTTTTTCTTCTCCTTTTCTTTCTTT
Found at i:3208471 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3208435--3208477 Score: 70
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
3208425 GACTTAGTTT
3208435 TTTCTTTTTTCTCTCTTTTTC
1 TTTCTTTTTTCTCTCTTTTTC
*
3208456 TTTCTTTTTT-TTTCTTTTTC
1 TTTCTTTTTTCTCTCTTTTTC
3208476 TT
1 TT
3208478 CTCCTTTTCT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.52
21 10 0.48
ACGTcount: A:0.00, C:0.19, G:0.00, T:0.81
Consensus pattern (21 bp):
TTTCTTTTTTCTCTCTTTTTC
Found at i:3212903 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 3212898--3212943 Score: 92
Period size: 2 Copynumber: 23.0 Consensus size: 2
3212888 TATATAGAAA
3212898 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
1 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
3212940 AG AG
1 AG AG
3212944 GGGGATTATA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 44 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.50, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
AG
Found at i:3213509 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 3213502--3213548 Score: 94
Period size: 2 Copynumber: 23.5 Consensus size: 2
3213492 AGGAGCCTTC
3213502 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
1 CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT CT
3213544 CT CT C
1 CT CT C
3213549 AACAAATCTC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 45 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.51, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
CT
Found at i:3213971 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 3213964--3214008 Score: 90
Period size: 2 Copynumber: 22.5 Consensus size: 2
3213954 AAAGGCATCA
3213964 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
3214006 AT A
1 AT A
3214009 GGCCATCTAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 43 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:3216961 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 3216956--3217004 Score: 98
Period size: 2 Copynumber: 24.5 Consensus size: 2
3216946 AAAAAATAAA
3216956 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
1 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
3216998 AG AG AG A
1 AG AG AG A
3217005 CTAACCAAAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 47 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.49, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
AG
Found at i:3217306 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 3217256--3217307 Score: 79
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
3217246 AATGAAAAGC
*
3217256 TAATTTTTTAAATAAGAAAATAAG
1 TAATTTTTTAAATAAGAAAATAAA
*
3217280 TAATTTTTTAAATAA-AAATTAAA
1 TAATTTTTTAAATAAGAAAATAAA
3217303 TAATT
1 TAATT
3217308 AATTATTATT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
23 11 0.42
24 15 0.58
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.04, T:0.42
Consensus pattern (24 bp):
TAATTTTTTAAATAAGAAAATAAA
Found at i:3219200 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 3217487--3219185 Score: 1920
Period size: 7 Copynumber: 246.1 Consensus size: 7
3217477 ATTTAAATTT
*
3217487 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3217494 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217501 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217508 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217515 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217522 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217529 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217536 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217543 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217550 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217557 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217564 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217571 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217578 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217585 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217592 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217599 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217606 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217613 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217620 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217627 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217634 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217641 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217648 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217655 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217662 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217669 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217676 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217683 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217690 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217697 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217704 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217711 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217718 GGTTGTCG
1 GGTT-TGG
3217726 GGTTTGG
1 GGTTTGG
*
3217733 GGTTCGG
1 GGTTTGG
*
3217740 GGTTCGG
1 GGTTTGG
3217747 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217754 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217761 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217768 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217775 GGTTT-G
1 GGTTTGG
3217781 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217788 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217795 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217802 GG-TTGG
1 GGTTTGG
3217808 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217815 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217822 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217829 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217836 GGTTGTTGG
1 GG-T-TTGG
3217845 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217852 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217859 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217866 GGTTTTGG
1 GG-TTTGG
3217874 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217881 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3217888 GGTTT-G
1 GGTTTGG
*
3217894 GGTTTAG
1 GGTTTGG
3217901 GGTTTAGG
1 GGTTT-GG
*
3217909 GGTTTAG
1 GGTTTGG
3217916 GGTTTAGG
1 GGTTT-GG
* *
3217924 GTTTTAG
1 GGTTTGG
*
3217931 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3217938 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3217945 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3217952 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3217959 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3217966 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3217973 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3217980 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3217987 GGTTTAG
1 GGTTTGG
* *
3217994 GGTGTAG
1 GGTTTGG
*
3218001 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218008 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218015 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218022 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218029 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218036 GGTTTAG
1 GGTTTGG
3218043 GG-TTGAG
1 GGTTTG-G
*
3218050 GGTTTAG
1 GGTTTGG
3218057 GGTTTAGG
1 GGTTT-GG
*
3218065 GGTTAGG
1 GGTTTGG
*
3218072 GG-TTAG
1 GGTTTGG
*
3218078 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218085 GG-TTAG
1 GGTTTGG
3218091 GGTTTAGG
1 GGTTT-GG
**
3218099 TTTTTAGG
1 GGTTT-GG
*
3218107 GG-TTAG
1 GGTTTGG
*
3218113 GG-TTAG
1 GGTTTGG
* *
3218119 GTTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218126 GGTTT-A
1 GGTTTGG
*
3218132 GG-TTAG
1 GGTTTGG
*
3218138 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218145 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218152 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218159 GGTTTAG
1 GGTTTGG
* *
3218166 GTTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218173 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218180 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218187 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218194 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218201 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218208 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218215 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218222 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218229 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218236 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218243 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218250 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218257 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218264 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218271 GGTTT-A
1 GGTTTGG
*
3218277 GGTTTAG
1 GGTTTGG
**
3218284 GGTTTTT
1 GGTTTGG
*
3218291 GG-TTAG
1 GGTTTGG
3218297 GGTTTAGG
1 GGTTT-GG
3218305 GGTTTAGG
1 GGTTT-GG
3218313 GGTTTAGG
1 GGTTT-GG
3218321 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218328 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218335 GG-TTGG
1 GGTTTGG
3218341 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218348 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218355 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218362 GG-TTGG
1 GGTTTGG
3218368 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218375 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218382 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218389 GG-TTGG
1 GGTTTGG
3218395 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218402 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218409 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218416 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218423 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218430 GGTTT-G
1 GGTTTGG
3218436 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218443 GG-TTGG
1 GGTTTGG
3218449 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218456 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218463 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218470 GGTTTTGG
1 GG-TTTGG
3218478 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218485 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218492 GGTTT-G
1 GGTTTGG
3218498 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218505 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218512 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218519 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218526 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218533 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218540 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218547 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218554 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218561 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218568 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218575 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218582 GGTTT-G
1 GGTTTGG
3218588 GG-TTGG
1 GGTTTGG
3218594 GG-TTGG
1 GGTTTGG
3218600 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218607 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218614 GGTTTGGG
1 GGTTT-GG
3218622 GGTTTGG
1 GGTTTGG
*
3218629 GGGTTGG
1 GGTTTGG
3218636 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218643 GGTTT-G
1 GGTTTGG
3218649 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218656 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218663 GGTTT-G
1 GGTTTGG
3218669 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218676 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218683 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218690 GG-TTGG
1 GGTTTGG
3218696 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218703 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218710 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218717 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218724 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218731 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218738 GGTTTGG
1 GGTTTGG
*
3218745 GGTTTTG
1 GGTTTGG
3218752 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218759 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218766 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218773 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218780 GGTTTGGGG
1 GGTTT--GG
3218789 TGGTTTGG
1 -GGTTTGG
3218797 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218804 GGTTTTGG
1 GG-TTTGG
3218812 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218819 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218826 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218833 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218840 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218847 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218854 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218861 GGTTT-G
1 GGTTTGG
3218867 GG-TTGG
1 GGTTTGG
3218873 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218880 GGTTTGG
1 GGTTTGG
*
3218887 GGTTTAG
1 GGTTTGG
3218894 GGTTT-G
1 GGTTTGG
3218900 GGTTT-G
1 GGTTTGG
3218906 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218913 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218920 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218927 GG-TTGG
1 GGTTTGG
3218933 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3218940 GG-TTGG
1 GGTTTGG
3218946 GGTTTGG
1 GGTTTGG
*
3218953 GGTTT-C
1 GGTTTGG
*
3218959 GG-TTAG
1 GGTTTGG
*
3218965 GGTTTCG
1 GGTTTGG
*
3218972 GGTTT-A
1 GGTTTGG
*
3218978 GG-TTAG
1 GGTTTGG
*
3218984 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218991 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3218998 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3219005 GGTTTAG
1 GGTTTGG
*
3219012 GGTTTCG
1 GGTTTGG
3219019 GGTTT-G
1 GGTTTGG
3219025 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219032 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219039 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219046 GG-TT-G
1 GGTTTGG
3219051 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219058 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219065 GG-TTGG
1 GGTTTGG
3219071 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219078 GG-TT-G
1 GGTTTGG
3219083 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219090 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219097 GG-TTGG
1 GGTTTGG
3219103 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219110 GG-TT-G
1 GGTTTGG
3219115 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219122 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219129 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219136 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219143 GG-TTGG
1 GGTTTGG
3219149 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219156 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219163 GCGTTTGG
1 G-GTTTGG
* *
3219171 GTTTTTG
1 GGTTTGG
3219178 GGTTTGG
1 GGTTTGG
3219185 G
1 G
3219186 TGAGGGTTTA
Statistics
Matches: 1579, Mismatches: 55, Indels: 116
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
5 19 0.01
6 191 0.12
7 1265 0.80
8 91 0.06
9 8 0.01
10 5 0.00
ACGTcount: A:0.04, C:0.02, G:0.53, T:0.41
Consensus pattern (7 bp):
GGTTTGG
Found at i:3219264 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 3217746--3219485 Score: 1448
Period size: 7 Copynumber: 253.3 Consensus size: 7
3217736 TCGGGGTTCG
*
3217746 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3217753 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3217760 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3217767 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3217774 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3217780 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3217787 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3217794 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
3217800 GGGGTTG
1 GGGTTTA
*
3217807 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3217814 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3217821 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3217828 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3217835 GGGTTGTTG
1 GGG-T-TTA
*
3217844 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3217851 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3217858 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3217865 GGGTTTTG
1 GGG-TTTA
*
3217873 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3217880 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3217887 GGGTTT-
1 GGGTTTA
3217893 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3217900 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3217907 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
3217915 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3217922 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
3217930 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3217937 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3217944 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3217951 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3217958 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3217965 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3217972 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3217979 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3217986 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
3217993 GGGTGTA
1 GGGTTTA
3218000 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218007 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218014 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218021 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218028 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218035 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
3218042 GGGTTGA
1 GGGTTTA
3218049 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218056 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
3218063 GGGGTTA
1 GGGTTTA
*
3218070 GGGGTTA
1 GGGTTTA
3218077 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218084 GGG-TTA
1 GGGTTTA
3218090 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
3218097 GGTTTTTA
1 GG-GTTTA
*
3218105 GGGGTTA
1 GGGTTTA
3218112 GGG-TTA
1 GGGTTTA
*
3218118 GGTTTTA
1 GGGTTTA
3218125 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218132 -GG-TTA
1 GGGTTTA
3218137 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218144 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218151 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218158 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
3218165 GGTTTTA
1 GGGTTTA
3218172 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218179 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218186 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218193 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218200 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218207 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218214 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218221 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218228 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218235 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218242 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218249 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218256 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218263 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218270 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218277 -GGTTTA
1 GGGTTTA
*
3218283 GGGTTTT
1 GGGTTTA
*
3218290 TGG-TTA
1 GGGTTTA
3218296 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218303 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
3218311 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
*
3218319 GGGGTTTG
1 -GGGTTTA
3218327 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
3218333 GGGGTTG
1 GGGTTTA
*
3218340 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218347 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3218354 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
3218360 GGGGTTG
1 GGGTTTA
*
3218367 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218374 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3218381 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
3218387 GGGGTTG
1 GGGTTTA
*
3218394 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218401 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218408 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218415 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218422 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3218429 GGGTTT-
1 GGGTTTA
3218435 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
3218441 GGGGTTG
1 GGGTTTA
*
3218448 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218455 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218462 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218469 GGGTTTTG
1 GGG-TTTA
*
3218477 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218484 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3218491 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3218497 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218504 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218511 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218518 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218525 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218532 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218539 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218546 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218553 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218560 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218567 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218574 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3218581 GGGTTT-
1 GGGTTTA
3218587 GGG-TT-
1 GGGTTTA
* *
3218592 GGGGTTG
1 GGGTTTA
*
3218599 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218606 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218613 GGGTTTGG
1 GGGTTT-A
*
3218621 GGGTTTG
1 GGGTTTA
* *
3218628 GGGGTTG
1 GGGTTTA
*
3218635 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3218642 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3218648 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218655 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3218662 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3218668 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218675 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3218682 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
3218688 GGGGTTG
1 GGGTTTA
*
3218695 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218702 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218709 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218716 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218723 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218730 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218737 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218744 GGGTTTT
1 GGGTTTA
*
3218751 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218758 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218765 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218772 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218779 GGGTTTGGG
1 GGGTTT--A
*
3218788 GTGGTTTG
1 G-GGTTTA
*
3218796 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218803 GGGTTTTG
1 GGG-TTTA
*
3218811 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218818 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218825 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218832 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218839 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218846 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218853 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3218860 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3218866 GGG-TTG
1 GGGTTTA
*
3218872 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218879 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3218886 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218893 GGGTTT-
1 GGGTTTA
3218899 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3218905 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3218912 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3218919 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
3218925 GGGGTTG
1 GGGTTTA
3218932 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
3218938 GGGGTTG
1 GGGTTTA
*
3218945 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3218952 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3218958 CGG-TTA
1 GGGTTTA
*
3218964 GGGTTTC
1 GGGTTTA
3218971 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218978 -GG-TTA
1 GGGTTTA
3218983 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218990 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3218997 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3219004 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
3219011 GGGTTTC
1 GGGTTTA
3219018 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3219024 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3219031 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3219038 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3219044 GGGGTT-
1 GGGTTTA
*
3219050 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3219057 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
3219063 GGGGTTG
1 GGGTTTA
3219070 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3219076 GGGGTT-
1 GGGTTTA
*
3219082 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3219089 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
3219095 GGGGTTG
1 GGGTTTA
3219102 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3219108 GGGGTT-
1 GGGTTTA
*
3219114 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3219121 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3219128 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3219135 GGGTTT-
1 GGGTTTA
* *
3219141 GGGGTTG
1 GGGTTTA
*
3219148 GGGTTTG
1 GGGTTTA
*
3219155 GGGTTTG
1 GGGTTTA
3219162 GGCGTTT-
1 GG-GTTTA
*
3219169 GGGTTTTT
1 GGG-TTTA
3219177 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3219183 GGG-TGA
1 GGGTTTA
3219189 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3219196 GGG-TT-
1 GGGTTTA
3219201 -GGTTTA
1 GGGTTTA
3219207 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
3219215 GGGTTT-
1 GGGTTTA
3219221 GGG-TTA
1 GGGTTTA
*
3219227 GGGTTTCG
1 GGGTTT-A
3219235 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
3219243 GGGTTTTTTA
1 GGG---TTTA
3219253 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
3219260 TGGTTTA
1 GGGTTTA
3219267 GGGGTTTA
1 -GGGTTTA
*
3219275 GGG-GT-
1 GGGTTTA
3219280 -GGTTTA
1 GGGTTTA
3219286 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
3219294 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3219301 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3219308 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3219315 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
3219323 GGGTTTTA
1 GGG-TTTA
3219331 GGGTTT-
1 GGGTTTA
*
3219337 -TGTTTA
1 GGGTTTA
3219343 GGGTTT-
1 GGGTTTA
3219349 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3219356 GGGTTATA
1 GGGTT-TA
*
3219364 GGATTTA
1 GGGTTTA
*
3219371 GGGTTTC
1 GGGTTTA
3219378 GGGTTTA
1 GGGTTTA
*
3219385 GGGGTTA
1 GGGTTTA
3219392 GGGTTTTTA
1 GGG--TTTA
3219401 GGGTTT-
1 GGGTTTA
3219407 GGGTTT-
1 GGGTTTA
3219413 --GTTT-
1 GGGTTTA
3219417 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3219424 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3219431 -GGTTTA
1 GGGTTTA
*
3219437 GGGTTTC
1 GGGTTTA
3219444 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3219451 -GGTTTA
1 GGGTTTA
*
3219457 GGGTGTA
1 GGGTTTA
3219464 -GG-TTA
1 GGGTTTA
3219469 GGGTTTAA
1 GGGTTT-A
3219477 GGGTTTA
1 GGGTTTA
3219484 GG
1 GG
3219486 TAGTTTCGGG
Statistics
Matches: 1572, Mismatches: 78, Indels: 166
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
4 8 0.01
5 27 0.02
6 231 0.15
7 1142 0.73
8 138 0.09
9 14 0.01
10 9 0.01
11 3 0.00
ACGTcount: A:0.06, C:0.00, G:0.51, T:0.43
Consensus pattern (7 bp):
GGGTTTA
Found at i:3219271 original size:33 final size:34
Alignment explanation
Indices: 3219224--3219333 Score: 124
Period size: 33 Copynumber: 3.4 Consensus size: 34
3219214 AGGGTTTGGG
*
3219224 TTAGGGTTTCGGGGTTTAAGGGTTTTTTAGGG-T
1 TTAGGGTTTAGGGGTTTAAGGGTTTTTTAGGGTT
* * **
3219257 TTATGGTTTAGGGGTTTAGGGGTGGTTTAGGGTT
1 TTAGGGTTTAGGGGTTTAAGGGTTTTTTAGGGTT
3219291 TTAGGGTTTA-GGGTTT-AGGG---TTTAGGGTT
1 TTAGGGTTTAGGGGTTTAAGGGTTTTTTAGGGTT
3219320 TTAGGGTTTTAGGG
1 TTAGGG-TTTAGGG
3219334 TTTTGTTTAG
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 7, Indels: 8
0.82 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
29 15 0.22
30 4 0.06
31 2 0.03
32 3 0.04
33 33 0.49
34 10 0.15
ACGTcount: A:0.13, C:0.01, G:0.42, T:0.45
Consensus pattern (34 bp):
TTAGGGTTTAGGGGTTTAAGGGTTTTTTAGGGTT
Found at i:3219314 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3217500--3219449 Score: 1731
Period size: 21 Copynumber: 94.3 Consensus size: 21
3217490 TTAGGGTTCG
* * **
3217500 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * **
3217521 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * **
3217542 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * **
3217563 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * **
3217584 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * **
3217605 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * **
3217626 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * **
3217647 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * **
3217668 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * **
3217689 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * *
3217710 GGGTTCGGGGTTGTCGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTT-TGGGGTTTA
* * *
3217732 GGGTTCGGGGTTCGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3217753 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3217774 GGGTTT-GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3217794 GGGTTTGGGG-TTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3217814 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3217835 GGGTTGTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGG-T-TTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3217858 GGGTTTGGGGTTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGG-TTTGGGGTTTA
3217880 GGGTTTGGGGTTT-GGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3217900 GGGTTTAGGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTT-GGGGTTTGGGGTTTA
* *
3217922 GGGTTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGG-TTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3217944 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3217965 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * *
3217986 GGGTTTAGGGTGTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3218007 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * *
3218028 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTGA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218049 GGGTTTAGGGTTTAGGGG-TTA
1 GGGTTTGGGGTTT-GGGGTTTA
* * *
3218070 GGGGTTAGGGTTTAGGG-TTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
**
3218090 GGGTTTAGGTTTTTAGGGG-TTA
1 GGGTTT-GGGGTTT-GGGGTTTA
* * *
3218112 GGG-TTAGGTTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3218132 -GG-TTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * *
3218151 GGGTTTAGGGTTTAGGTTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3218172 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3218193 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3218214 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3218235 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3218256 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* **
3218277 -GGTTTAGGGTTTTTGG-TTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
3218296 GGGTTTAGGGGTTTAGGGGTTTA
1 GGGTTT-GGGGTTT-GGGGTTTA
*
3218319 GGGGTTTGGGGTTTGGGG-TTG
1 -GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
3218340 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3218360 GGGGTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218381 GGGTTTGGGG-TTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218401 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
3218422 GGGTTTGGGGTTT-GGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3218441 GGGGTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218462 GGGTTTGGGGTTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGG-TTTGGGGTTTA
*
3218484 GGGTTTGGGGTTT-GGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218504 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218525 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218546 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
3218567 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218587 GGG-TTGGGG-TTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218606 GGGTTTGGGGTTTGGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTT-GGGGTTTA
*
3218628 GGGGTTGGGGTTTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
3218648 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
3218668 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3218688 GGGGTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218709 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218730 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTT
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218751 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
3218772 GGGTTTGGGGTTTGGGG--T-
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218790 -GGTTTGGGGTTTGGGGTTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGG-TTTA
*
3218811 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218832 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218853 GGGTTTGGGGTTT-GGG-TTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
3218872 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218893 GGGTTT-GGGTTT-GGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218912 GGGTTTGGGGTTTGGGG-TTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3218932 GGGTTTGGGG-TTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * *
3218952 GGGTTT-CGG-TTAGGGTTTC
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3218971 GGGTTT-AGG-TTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3218990 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3219011 GGGTTTCGGGTTT-GGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
3219031 GGGTTTGGGGTTTGGGG-TT-
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3219050 GGGTTTGGGGTTTGGGG-TTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3219070 GGGTTTGGGG-TT-GGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
3219089 GGGTTTGGGG-TTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3219108 GGGGTT-GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3219128 GGGTTTGGGGTTTGGGG-TTG
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
3219148 GGGTTTGGGGTTTGGGCGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTGGG-GTTTA
* *
3219169 GGGTTTTTGGGTTT-GGG-TGA
1 GGG-TTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3219189 GGGTTTAGGG-TT--GGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3219207 GGGTTTTAGGGTTT-GGG-TTA
1 GGG-TTTGGGGTTTGGGGTTTA
*
3219227 GGGTTTCGGGGTTTAAGGGTTTTTTA
1 GGGTTT-GGGGTTT--GGG--GTTTA
**
3219253 GGGTTTATGGTTTAGGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTT-GGGGTTTA
* *
3219275 GGG---GTGGTTTAGGGTTTTA
1 GGGTTTGGGGTTT-GGGGTTTA
* *
3219294 GGGTTTAGGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3219315 GGGTTTTAGGGTTTTAGGGTTT-
1 GGG-TTT-GGGGTTTGGGGTTTA
* *
3219337 -TGTTTAGGGTTT-GGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
* * * *
3219356 GGGTTATAGGATTTAGGGTTTC
1 GGGTT-TGGGGTTTGGGGTTTA
* *
3219378 GGGTTTAGGGGTTAGGGTTTTTA
1 GGGTTT-GGGGTTTGGG-GTTTA
3219401 GGGTTT-GGGTTTGTTTGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTG---GGGTTTA
* * *
3219424 GGGTTT-AGGTTTAGGGTTTC
1 GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
3219444 GGGTTT
1 GGGTTT
3219450 AGGTTTAGGG
Statistics
Matches: 1759, Mismatches: 90, Indels: 161
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 18 0.01
18 28 0.02
19 202 0.11
20 386 0.22
21 842 0.48
22 186 0.11
23 71 0.04
24 12 0.01
25 5 0.00
26 9 0.01
ACGTcount: A:0.05, C:0.02, G:0.52, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
GGGTTTGGGGTTTGGGGTTTA
Found at i:3219450 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 3217500--3219482 Score: 1653
Period size: 14 Copynumber: 143.4 Consensus size: 14
3217490 TTAGGGTTCG
* **
3217500 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* **
3217514 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* **
3217528 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* **
3217542 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* **
3217556 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* **
3217570 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* **
3217584 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* **
3217598 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* **
3217612 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* **
3217626 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* **
3217640 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* **
3217654 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* **
3217668 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* **
3217682 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* **
3217696 GGGTTCGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* *
3217710 GGGTTCGGGGTTGTC
1 GGGTTTGGGGTT-TA
**
3217725 GGGTTTGGGGTTCG
1 GGGTTTGGGGTTTA
* *
3217739 GGGTTCGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3217753 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
3217767 GGGTTTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3217780 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3217794 GGGTTTGGGG-TTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3217807 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3217821 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3217835 GGGTTGTTGGGGTTTG
1 GGG-T-TTGGGGTTTA
*
3217851 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3217865 GGGTTTTGGGGTTTG
1 GGG-TTTGGGGTTTA
3217880 GGGTTTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3217893 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3217907 GGGGTTTAGGGTTTA
1 -GGGTTTGGGGTTTA
*
3217922 GGGTTTTAGGGTTTA
1 GGG-TTTGGGGTTTA
*
3217937 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3217951 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3217965 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3217979 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
* *
3217993 GGGTGTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218007 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218021 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
* *
3218035 GGGTTTAGGGTTGA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218049 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218063 GGGGTTAGGGG-TTA
1 -GGGTTTGGGGTTTA
*
3218077 GGGTTTAGGG-TTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
**
3218090 GGGTTTAGGTTTTTA
1 GGGTTT-GGGGTTTA
* *
3218105 GGGGTTAGGG-TTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
* *
3218118 GGTTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218132 -GG-TTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218144 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
* *
3218158 GGGTTTAGGTTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218172 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218186 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218200 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218214 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218228 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218242 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218256 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218270 GGGTTT-AGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
**
3218283 GGGTTTTTGG-TTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
3218296 GGGTTTAGGGGTTTA
1 GGGTTT-GGGGTTTA
*
3218311 GGGGTTTAGGGGTTTG
1 -GGGTTT-GGGGTTTA
*
3218327 GGGTTTGGGG-TTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218340 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218354 GGGTTTGGGG-TTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218367 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218381 GGGTTTGGGG-TTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218394 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218408 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
3218422 GGGTTTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218435 GGGTTTGGGG-TTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218448 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218462 GGGTTTGGGGTTTTG
1 GGGTTTGGGG-TTTA
*
3218477 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218491 GGGTTT-GGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218504 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218518 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218532 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218546 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218560 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
3218574 GGGTTTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218587 GGG-TTGGGG-TTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218599 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218613 GGGTTTGGGGGTTTG
1 GGGTTT-GGGGTTTA
* *
3218628 GGGGTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218642 GGGTTT-GGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
3218655 GGGTTTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218668 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218682 GGGTTTGGGG-TTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218695 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218709 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218723 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218737 GGGTTTGGGGTTTT
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218751 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218765 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218779 GGGTTTGGGGTGGTTTG
1 GGGTTT--GG-GGTTTA
*
3218796 GGGTTTGGGGTTTTG
1 GGGTTTGGGG-TTTA
*
3218811 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218825 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218839 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
3218853 GGGTTTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218866 GGG-TTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
3218879 GGGTTTGGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
3218893 GGGTTT-GGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218905 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218919 GGGTTTGGGG-TTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218932 GGGTTTGGGG-TTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
3218945 GGGTTTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTA
* * *
3218958 CGG-TTAGGGTTTC
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218971 GGGTTT-AGG-TTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218983 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3218997 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3219011 GGGTTTCGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3219024 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
3219038 GGGTTTGGGG-TT-
1 GGGTTTGGGGTTTA
3219050 GGGTTTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3219063 GGGGTTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTA
* *
3219076 GGGGTT-GGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3219089 GGGTTTGGGG-TTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
3219102 GGGTTTGGGG-TT-
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3219114 GGGTTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
3219128 GGGTTTGGGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTA
* *
3219141 GGGGTTGGGGTTTG
1 GGGTTTGGGGTTTA
3219155 GGGTTTGGGCGTTT-
1 GGGTTTGGG-GTTTA
*
3219169 GGGTTTTTGGGTTT-
1 GGG-TTTGGGGTTTA
3219183 GGG--TGAGGGTTTA
1 GGGTTTG-GGGTTTA
*
3219196 GGGTTGGTTTAGGGTTTTA
1 --G--GGTTT-GGGGTTTA
3219215 GGGTTT-GGG-TTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
3219227 GGGTTTCGGGGTTTAA
1 GGGTTT-GGGGTTT-A
*
3219243 GGGTTTTTTAGGGTTTA
1 GGG---TTTGGGGTTTA
*
3219260 TGGTTTAGGGGTTTA
1 GGGTTT-GGGGTTTA
*
3219275 GGG---GTGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3219286 GGGTTTTAGGGTTTA
1 GGG-TTTGGGGTTTA
*
3219301 GGGTTTAGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3219315 GGGTTTTAGGGTTTTA
1 GGG-TTT-GGGGTTTA
*
3219331 GGGTTT--TGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
3219343 GGGTTT-GGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
* *
3219356 GGGTTATAGGATTTA
1 GGGTT-TGGGGTTTA
*
3219371 GGGTTTCGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
* *
3219385 GGGGTTAGGGTTTTTA
1 -GGGTTTGGG-GTTTA
3219401 GGGTTT-GGGTTT-
1 GGGTTTGGGGTTTA
3219413 --GTTT-GGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3219424 GGGTTT-AGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3219437 GGGTTTCGGGTTTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
* *
3219451 -GGTTTAGGGTGTA
1 GGGTTTGGGGTTTA
*
3219464 -GG-TTAGGGTTTAA
1 GGGTTTGGGGTTT-A
3219477 GGGTTT
1 GGGTTT
3219483 AGGTAGTTTC
Statistics
Matches: 1799, Mismatches: 80, Indels: 179
0.87 0.04 0.09
Matches are distributed among these distances:
10 10 0.01
11 13 0.01
12 111 0.06
13 375 0.21
14 1020 0.57
15 189 0.11
16 46 0.03
17 18 0.01
18 6 0.00
19 10 0.01
20 1 0.00
ACGTcount: A:0.05, C:0.02, G:0.51, T:0.41
Consensus pattern (14 bp):
GGGTTTGGGGTTTA
Found at i:3219524 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 3219509--3219548 Score: 55
Period size: 10 Copynumber: 4.0 Consensus size: 10
3219499 TCTTTAGGGG
3219509 TTTAGGGTTT
1 TTTAGGGTTT
3219519 TTTAGGG-TT
1 TTTAGGGTTT
*
3219528 TTGAGGGTTTT
1 TTTAGGG-TTT
3219539 TTTAGGGTTT
1 TTTAGGGTTT
3219549 AGGG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 4
0.81 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
9 8 0.31
10 10 0.38
11 8 0.31
ACGTcount: A:0.10, C:0.00, G:0.33, T:0.57
Consensus pattern (10 bp):
TTTAGGGTTT
Found at i:3219536 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 3219501--3219552 Score: 72
Period size: 18 Copynumber: 2.8 Consensus size: 19
3219491 TCGGGTATTC
*
3219501 TTTAGGGGTTTAGGG-TTT
1 TTTAGGGTTTTAGGGTTTT
3219519 TTTAGGGTTTTGAGGGTTTT
1 TTTAGGGTTTT-AGGGTTTT
3219539 TTTAGGG-TTTAGGG
1 TTTAGGGTTTTAGGG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 4
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 14 0.45
19 7 0.23
20 10 0.32
ACGTcount: A:0.12, C:0.00, G:0.38, T:0.50
Consensus pattern (19 bp):
TTTAGGGTTTTAGGGTTTT
Done.