genome.fa.s1147.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1147
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119499

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2495--3953	728	2.0	728	95	0	2623	24	23	20	32	1.98
4576--4742	79	2.1	79	87	2	237	31	14	25	28	1.95
4743--4874	51	2.6	50	81	4	138	35	12	26	25	1.92
7119--7143	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
7131--7183	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
7225--7287	19	3.6	19	76	24	84	39	19	15	25	1.91
7243--7300	13	4.0	13	74	23	53	39	15	15	29	1.88
7225--7300	32	2.4	32	97	0	143	39	17	15	27	1.90
8907--8940	3	11.3	3	93	0	59	35	0	35	29	1.58
15297--15393	48	2.0	48	95	0	176	43	2	23	30	1.65
15382--15426	22	2.0	22	91	8	74	33	0	31	35	1.58
15980--16004	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
15992--16044	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
16104--16129	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
17270--17363	20	4.7	19	83	7	107	41	12	17	28	1.86
17270--17363	40	2.3	40	88	0	143	41	12	17	28	1.86
19504--19548	20	2.2	20	84	7	56	37	8	6	46	1.61
19632--19661	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
22696--22723	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
23217--23241	11	2.3	11	100	0	50	8	20	8	64	1.46
23504--23549	20	2.2	21	85	11	60	30	8	2	58	1.40
23799--23824	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27240--27277	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
27282--27332	20	2.5	20	83	0	66	37	15	9	37	1.81
28267--28708	28	15.4	28	84	5	544	23	17	30	28	1.97
28267--28708	86	5.1	85	86	4	573	23	17	30	28	1.97
28220--28708	58	8.4	57	83	5	563	24	17	29	28	1.97
28220--28708	147	3.4	147	85	5	658	24	17	29	28	1.97
29920--29960	16	2.4	17	88	8	57	2	0	12	85	0.70
29923--29985	11	5.6	12	73	17	55	4	1	11	82	0.88
29928--29987	10	5.8	10	78	9	50	3	1	13	81	0.89
29920--29986	12	5.7	12	70	10	57	4	1	10	83	0.85
36402--36766	191	1.9	191	95	0	658	30	21	21	27	1.98
38606--38808	79	2.6	79	80	3	212	30	16	28	25	1.96
38760--38831	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
38820--38987	52	3.2	52	78	8	155	32	10	26	30	1.90
38976--39046	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
38759--39158	212	1.9	212	89	3	617	30	13	27	28	1.94
39035--39153	51	2.3	53	84	7	145	33	10	22	32	1.89
41515--41540	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
41494--41560	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
41580--41647	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
41602--41626	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
41583--41645	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49832--49856	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
49812--49878	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
49898--49925	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
49931--50055	52	2.4	52	94	0	214	36	17	17	28	1.93
50834--50860	9	3.0	9	100	0	54	22	0	22	55	1.44
53787--53996	50	4.2	50	88	0	294	32	18	19	30	1.95
58050--58093	19	2.3	19	92	0	70	36	13	20	29	1.91
58335--58495	50	3.2	50	91	0	250	33	20	16	29	1.95
66895--67286	81	4.9	81	81	2	423	30	26	9	32	1.89
72285--72355	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
72325--72461	53	2.6	53	94	1	229	37	17	16	27	1.92
72493--72549	21	2.6	22	88	5	89	31	24	7	36	1.82
72629--72654	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
81175--81223	11	4.4	11	82	5	53	81	12	6	0	0.86
81175--81244	18	4.1	16	82	14	79	82	8	8	0	0.83
81178--81245	34	2.0	34	88	5	102	80	10	8	0	0.89
81214--81239	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
82240--82370	70	1.9	70	85	3	183	26	20	17	35	1.95
82508--82597	42	2.1	43	87	2	128	18	20	14	46	1.83
82438--82757	120	2.7	119	81	9	366	21	22	14	41	1.89
83683--83986	81	3.8	80	78	4	288	30	24	9	36	1.87
83937--84110	53	3.3	52	79	3	188	29	29	9	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90781--90819	20	2.0	20	84	0	51	2	28	0	69	1.02
91660--91708	16	3.1	16	77	13	57	14	18	24	42	1.87
91667--91716	16	3.2	16	72	16	50	10	18	28	44	1.81
94465--94651	79	2.4	79	83	7	213	34	11	24	30	1.90
94518--94669	79	1.9	79	88	5	227	32	9	26	31	1.88
94630--94702	28	2.6	27	89	8	103	23	19	30	27	1.98
94548--94783	109	2.2	107	81	3	276	27	13	28	30	1.94
94659--94810	81	1.9	81	84	4	209	29	11	26	32	1.92
97126--97261	51	2.6	50	84	3	137	44	14	11	29	1.81
97146--97261	51	2.2	52	87	1	171	43	14	11	30	1.80
97297--97370	20	3.6	20	81	7	69	31	18	12	37	1.88
103562--103612	19	2.5	22	81	18	65	33	0	0	66	0.92
103573--103612	19	2.0	20	95	4	73	32	0	0	67	0.91
106452--106645	103	1.9	102	83	10	252	34	12	22	29	1.92
109071--109125	20	2.8	20	91	0	83	49	10	14	25	1.76
112576--112650	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
112573--112650	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
113176--114120	28	32.9	29	88	4	1278	22	17	31	28	1.97
115347--115409	1	63.0	1	77	0	63	0	1	9	88	0.57
115332--115407	9	8.2	9	81	12	57	2	3	9	84	0.85
115337--115410	18	3.9	20	80	10	66	1	2	10	85	0.77
115355--115409	13	4.2	13	86	4	76	0	0	10	89	0.50

Tables:   1

The End!