genome.fa.s1152.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1152
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123515

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 112 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65--103	18	2.2	18	95	0	69	43	20	17	17	1.88
9246--9461	112	1.9	113	82	2	274	31	18	15	35	1.92
9691--9879	88	2.1	88	81	3	211	23	17	12	45	1.83
9719--9901	88	2.1	88	79	2	197	25	19	12	43	1.85
10630--10916	78	3.7	78	83	0	360	32	27	12	28	1.92
11537--12187	81	8.0	81	83	5	731	22	21	13	42	1.88
11679--11834	46	3.7	41	70	28	105	20	20	14	44	1.87
11423--12187	163	4.7	162	82	5	809	22	21	13	42	1.88
11806--11949	35	3.8	36	70	23	116	22	22	12	42	1.87
12141--12234	46	2.0	46	91	0	152	21	19	10	48	1.78
12060--12314	127	2.0	127	82	1	305	22	21	12	43	1.86
12186--13210	81	12.7	80	79	5	870	22	18	13	45	1.84
11982--12384	208	1.9	208	80	4	463	23	20	12	43	1.86
12186--13210	162	6.4	161	79	5	969	22	18	13	45	1.84
12188--13059	481	1.8	481	82	2	1140	22	18	13	46	1.83
13147--13234	35	2.5	35	84	1	104	23	15	11	48	1.78
13337--13628	85	3.4	85	82	4	374	21	23	11	43	1.85
13379--13603	42	5.3	42	68	10	161	20	23	10	44	1.83
13684--13737	26	2.1	26	86	6	74	14	14	18	51	1.76
15022--15365	150	2.3	149	79	6	340	35	18	17	27	1.94
17257--17683	165	2.6	163	80	4	480	50	8	11	30	1.68
17257--17628	166	2.2	166	82	3	464	50	7	11	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17270--17787	165	3.1	165	79	6	446	50	7	11	30	1.67
20236--20350	51	2.3	51	84	3	142	29	13	26	31	1.93
20286--20547	79	3.3	79	90	0	398	33	14	24	27	1.95
20286--20587	79	3.8	79	86	0	397	32	15	24	27	1.95
20523--20643	51	2.4	51	87	2	163	32	14	25	28	1.94
20560--20691	51	2.6	51	85	4	160	35	12	25	25	1.92
23139--23224	19	4.8	18	69	23	65	34	17	11	36	1.86
23131--23203	32	2.3	32	92	0	119	35	19	10	34	1.87
25544--25589	17	2.8	16	77	6	56	39	8	13	39	1.75
25775--25811	2	18.5	2	94	0	56	45	0	5	48	1.25
31027--31081	14	3.7	15	79	15	60	25	0	1	72	0.94
31022--31091	30	2.4	30	78	2	79	30	0	1	68	0.98
33041--33090	21	2.4	21	89	0	73	58	0	2	40	1.10
33673--33716	17	2.6	17	74	0	52	63	4	0	31	1.14
34762--34874	20	5.6	19	70	16	50	38	0	0	61	0.96
34773--34822	14	3.3	15	78	8	57	48	0	0	52	1.00
34758--34817	30	2.0	30	83	6	77	48	0	0	51	1.00
34818--34862	16	2.8	16	79	3	54	35	0	0	64	0.94
34826--34876	19	2.5	20	84	15	70	33	0	0	66	0.92
34811--34866	19	2.8	19	82	15	69	33	0	0	66	0.92
34811--34874	19	3.3	18	79	16	65	34	0	0	65	0.93
34962--34989	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39446--39485	18	2.2	18	86	8	55	77	0	22	0	0.77
40864--40957	48	2.0	48	100	0	188	36	17	12	34	1.87
45933--45985	20	2.7	20	90	0	79	30	15	13	41	1.85
51800--51875	21	3.7	21	75	7	75	42	13	17	27	1.86
51893--51932	20	2.0	20	90	0	62	52	10	15	22	1.71
51971--52025	20	2.8	20	94	0	101	36	18	7	38	1.78
57894--57968	36	2.1	36	94	0	132	30	20	28	21	1.98
61130--61186	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
61242--61309	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
61244--61306	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
61263--61287	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
61349--61374	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
61329--61395	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
63846--63918	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
63901--64071	51	3.3	51	80	4	198	29	25	11	33	1.90
64054--64135	28	2.9	28	78	7	87	24	30	17	28	1.97
63736--64127	212	1.8	212	85	3	547	29	26	12	31	1.93
70213--70251	15	2.6	15	88	8	53	79	5	7	7	1.05
71254--71295	14	3.0	14	92	0	75	33	30	7	28	1.84
71944--72028	28	3.0	28	76	10	84	29	24	17	28	1.97
71944--72030	29	3.0	30	79	11	85	28	25	17	28	1.97
76016--76045	14	2.1	14	93	0	51	33	6	6	53	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82178--82278	53	1.9	53	91	0	166	39	16	9	33	1.82
82979--83020	9	4.7	9	91	8	68	57	0	0	42	0.99
82979--83025	18	2.7	17	87	12	69	59	0	0	40	0.97
83151--83212	23	2.7	22	74	16	56	58	1	0	40	1.08
83050--83442	113	3.4	113	80	12	426	52	1	1	43	1.22
83272--83313	20	2.2	20	86	4	59	59	0	2	38	1.10
83415--83469	23	2.4	23	84	3	67	63	3	3	29	1.28
83780--83809	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
83898--83927	15	2.0	15	93	0	51	33	3	0	63	1.11
83764--84112	124	2.9	124	84	10	451	44	2	1	51	1.25
84607--85160	93	6.0	90	78	10	496	40	7	17	34	1.78
84607--85141	180	2.9	188	82	6	594	40	7	17	34	1.78
87727--88381	297	2.2	297	89	2	1018	46	7	8	36	1.63
88681--88736	20	2.8	20	77	22	55	37	0	3	58	1.15
88700--88737	20	1.9	20	89	10	60	36	0	5	57	1.21
88654--88797	68	2.1	69	83	7	188	42	0	1	56	1.08
93133--93188	11	4.6	12	75	18	53	60	0	1	37	1.07
93131--93188	27	2.2	26	81	6	71	62	0	1	36	1.06
94757--94795	16	2.4	16	87	12	53	64	7	0	28	1.21
94857--94932	22	3.3	23	73	15	68	64	2	1	31	1.15
94870--94922	11	4.7	12	75	17	51	67	1	0	30	1.01
95242--95306	32	2.0	32	82	8	78	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95357--95381	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
96591--96631	20	1.9	21	85	14	57	60	2	2	34	1.23
96678--96735	21	2.6	23	71	13	59	44	0	0	55	0.99
101608--101706	46	2.2	46	100	0	198	55	18	8	18	1.66
101752--101848	51	1.9	51	84	0	131	35	12	18	34	1.88
101810--101926	52	2.3	52	77	4	139	35	15	18	30	1.92
101912--102031	60	2.0	60	93	0	204	40	15	15	30	1.87
101920--102070	60	2.5	60	84	2	187	40	15	15	29	1.87
102507--102558	19	2.8	19	82	8	54	59	0	0	40	0.97
102548--102598	22	2.4	21	81	15	61	47	0	0	52	1.00
102552--102611	26	2.3	27	83	11	81	50	0	0	50	1.00
103111--103147	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
104669--104741	33	2.3	32	88	4	103	42	17	6	32	1.76
105497--105564	21	3.2	21	78	12	75	76	7	2	13	1.11
107178--107219	21	2.0	22	81	13	52	14	4	4	76	1.12
107195--107236	18	2.4	18	80	4	50	14	2	4	78	1.01
109688--109727	21	1.9	21	94	0	71	32	2	0	65	1.06
109883--110421	163	3.3	161	78	7	514	30	8	9	50	1.65
110181--110214	8	4.1	8	92	3	50	35	0	2	61	1.11
110556--110585	14	2.1	14	100	0	60	33	0	0	66	0.92
111993--112226	29	8.0	29	71	7	100	37	4	17	41	1.69
111993--112288	58	5.1	58	74	6	170	38	5	17	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112122--112295	87	2.0	87	82	4	208	40	6	18	34	1.76
112401--112793	154	2.6	155	82	7	437	26	17	17	38	1.92

Tables:   1

The End!