genome.fa.s1164.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1164
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  144783

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--25	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
6794--6843	23	2.2	24	89	7	77	38	14	4	44	1.63
7095--7142	21	2.3	21	100	0	96	25	8	18	47	1.76
7103--7150	21	2.3	21	92	0	78	29	12	14	43	1.82
11219--11263	24	2.0	22	86	8	63	46	2	4	46	1.35
12084--12146	2	31.5	2	96	0	117	50	0	0	49	1.00
17259--17314	20	2.9	19	82	10	62	51	1	1	44	1.22
22492--22643	28	5.4	27	80	9	135	26	16	26	30	1.97
22495--22643	55	2.7	55	83	4	156	26	16	26	30	1.96
23878--23932	20	2.8	19	83	5	56	29	14	16	40	1.88
24818--24857	21	2.0	21	90	5	64	22	20	12	45	1.84
28097--28141	21	2.1	21	88	8	65	11	11	8	68	1.39
33909--33969	21	2.9	21	76	9	70	36	13	14	36	1.85
34072--34097	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
34052--34118	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
36222--36246	10	2.5	10	100	0	50	32	36	12	20	1.89
36495--36571	27	2.8	28	88	5	104	25	33	16	23	1.96
36635--36804	52	3.3	51	82	2	214	30	28	11	30	1.91
36524--36703	80	2.3	80	84	4	231	26	29	15	28	1.96
36396--36985	290	2.1	285	85	5	778	27	27	13	31	1.94
36738--36937	107	1.9	108	83	5	262	28	28	14	29	1.95
36819--37039	79	2.8	79	74	10	200	25	28	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49394--49460	1	67.0	1	74	0	53	86	7	4	1	0.75
50443--50983	59	9.3	59	86	6	639	26	26	20	26	1.99
50443--50983	119	4.6	119	85	6	652	26	26	20	26	1.99
50443--50984	178	3.1	179	86	6	733	26	26	20	26	1.99
51717--51779	21	3.0	21	77	9	74	36	14	14	34	1.86
51880--51905	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
51860--51926	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
52436--52466	11	2.9	11	95	4	55	80	19	0	0	0.71
54344--54420	27	2.8	28	86	9	106	24	33	18	23	1.96
54484--54653	52	3.3	52	81	2	182	29	26	11	32	1.92
54377--54552	80	2.2	80	88	5	259	25	29	16	28	1.97
54668--54888	79	2.8	78	80	9	250	25	28	15	29	1.96
61043--61264	28	7.9	28	85	4	259	27	27	18	27	1.98
61052--61264	56	3.8	56	86	2	293	27	26	19	26	1.99
61043--61262	84	2.6	84	86	2	291	27	27	18	26	1.98
61262--61384	28	4.4	28	73	4	86	29	30	17	22	1.97
61611--61725	44	2.6	43	85	6	142	21	26	16	35	1.94
62623--62876	125	2.0	125	92	0	418	37	36	5	21	1.77
63171--63218	21	2.4	22	80	16	59	22	22	10	43	1.84
67006--67031	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
66986--67050	32	2.0	33	87	3	96	27	13	16	41	1.87
67677--67737	19	3.6	18	75	25	69	34	13	16	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67694--67718	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
67651--67742	32	2.8	32	95	1	157	36	11	16	34	1.85
67813--67941	52	2.5	52	93	0	231	35	19	17	27	1.94
71739--71793	20	2.8	20	91	0	74	23	12	16	47	1.81
74110--74497	79	4.9	79	84	4	491	30	23	12	33	1.91
74110--74497	157	2.5	158	83	6	511	30	23	12	33	1.91
74433--74549	51	2.3	52	88	4	175	33	24	10	31	1.89
74484--74747	79	3.3	78	78	4	262	28	23	12	35	1.91
74356--74623	130	2.1	129	88	4	389	31	24	10	33	1.89
77387--78046	79	8.4	78	77	6	526	28	26	12	33	1.93
77407--78049	237	2.7	236	80	5	701	28	25	12	33	1.92
80009--80151	44	3.2	44	78	6	139	25	21	13	39	1.89
80982--81031	20	2.6	19	84	9	57	38	14	14	34	1.85
81322--81565	44	5.5	45	76	11	238	20	23	15	40	1.91
81322--81570	88	2.8	87	83	5	286	20	23	15	40	1.90
81322--81594	44	6.2	43	76	7	219	20	23	15	41	1.90
81838--81884	20	2.3	21	81	3	60	38	8	19	34	1.82
81940--81991	20	2.6	20	84	0	59	38	13	15	32	1.86
82967--83006	21	2.0	21	85	5	55	17	17	15	50	1.79
84739--84804	33	2.0	33	84	0	87	43	19	13	22	1.86
91360--91674	44	7.2	44	73	11	202	17	23	17	41	1.90
91365--91549	87	2.1	87	87	5	257	18	23	16	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91360--91674	88	3.6	87	75	9	309	17	23	17	41	1.90
91920--91967	20	2.3	21	82	3	62	39	8	20	31	1.82
92021--92072	20	2.6	20	87	0	68	38	9	17	34	1.82
94852--94992	44	3.2	44	74	11	153	21	21	14	42	1.88
95853--95901	13	4.2	13	70	24	54	38	16	12	32	1.86
95853--95922	33	2.1	34	84	7	90	35	17	12	34	1.88
95951--96023	20	3.7	19	85	8	85	35	16	17	30	1.92
96475--96508	18	1.9	18	88	5	52	41	29	0	29	1.57
104572--104626	20	2.7	21	86	11	78	30	20	14	34	1.92
104656--104727	20	3.7	20	81	7	85	37	13	16	31	1.88
105113--105305	42	4.7	42	70	12	105	13	24	18	42	1.87
106120--106172	24	2.2	24	79	0	61	56	11	15	16	1.67
106851--106945	36	2.7	36	87	7	126	69	8	15	6	1.34
107474--107539	21	3.5	21	69	26	74	43	6	30	19	1.75
107427--107612	35	5.4	34	89	7	277	44	5	29	20	1.75
108820--109326	79	6.4	79	90	0	800	27	25	14	33	1.94
109259--109386	51	2.5	51	92	0	202	28	21	12	36	1.90
109259--109422	51	3.2	51	87	1	186	28	21	13	35	1.92
110538--110632	46	2.1	46	95	0	172	45	13	9	31	1.76
111430--111629	28	6.9	28	83	6	256	29	34	15	20	1.93
111430--111629	57	3.4	56	86	4	256	29	34	15	20	1.93
111777--111994	48	4.5	48	86	2	303	20	27	14	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112758--112923	20	7.8	20	71	14	107	30	15	14	40	1.86
112747--112883	71	1.9	71	93	0	238	29	15	14	40	1.87
112828--112923	40	2.4	39	87	6	131	31	14	15	38	1.88
122335--122385	14	3.4	15	78	15	52	76	0	21	1	0.88
122332--122387	17	3.3	17	74	0	58	78	0	19	1	0.84
127554--127669	51	2.3	51	83	0	142	31	12	25	31	1.92
127356--127746	122	3.1	124	80	9	423	32	13	25	28	1.93
127612--127779	79	2.1	79	88	2	248	33	15	23	27	1.95
127652--128071	107	3.9	107	80	4	400	31	16	26	25	1.96
127731--128021	110	2.7	107	86	3	413	30	17	26	24	1.97
127948--128021	28	2.7	27	89	8	105	22	18	33	24	1.97
130415--130571	20	7.8	19	72	24	110	40	15	17	26	1.89
130504--130533	13	2.3	13	94	0	51	36	13	20	30	1.90
131179--131278	41	2.5	40	79	11	114	45	9	28	18	1.79
131281--131389	42	2.5	42	84	8	123	40	16	23	19	1.91
131436--131764	61	5.6	60	80	10	358	30	19	24	25	1.98
131442--131740	117	2.5	116	82	7	370	30	19	24	25	1.98
131436--131758	178	1.8	177	89	3	506	29	19	25	25	1.99
131783--132265	61	8.3	59	80	9	473	25	20	26	27	1.99
131782--132265	116	4.2	117	80	9	489	25	20	26	27	1.99
131445--132780	504	2.7	503	89	2	2021	26	19	27	26	1.99
132284--132769	173	2.8	173	91	2	766	25	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132287--132764	116	4.2	110	81	9	530	24	20	27	27	1.99
132287--132772	55	8.5	55	81	8	517	25	20	27	27	1.99
134041--134066	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
134021--134082	32	1.9	33	86	3	90	29	12	17	40	1.87
134773--134816	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
136622--136659	13	2.9	13	100	0	76	36	15	15	31	1.90
138166--138191	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
140409--140453	21	2.1	21	84	8	56	51	4	22	22	1.66
142257--142287	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
144290--144369	20	3.8	20	72	15	70	27	15	13	43	1.84

Tables:   1   2