Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold1176
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7800
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Found at i:3472 original size:803 final size:809
Alignment explanation
Indices: 1--7800 Score: 12610
Period size: 803 Copynumber: 9.7 Consensus size: 809
*
1 CAAATGGAATTTTTCAAAACTGATTTGATGGGAAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATG
1 CAAATGGAATTTATCAAAACTGATTTGATGGG-AATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATG
66 TTTGAAACTAAAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTT-ATTCAGAGTGATGCAAA
65 TTTGAAACTAAAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAA
*
130 ATGGA-TCAACATCACATATTGGATGAAATATTAACTT-TAAATTAAAGAAAATAAATTTATACA
130 ATGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACA
**
193 ATTTATGATAAATTAAACGAAAATAAAATTAAACCAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAATT
195 ATTTATGATAAATTAAACGAAAATAAAATTAAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAATT
*
258 CAAAATTAATTGATAAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTAT
260 CAAAATTAATTGATAAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCT
323 TTTGAATATTCTTAATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAA
325 TTTGAATATTCTTAATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAA
*
388 AATATGACGATCAATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAAGTT
390 AATATGACGGTCAATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAA-TT
* *
453 TGACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAGTAAGATA-TAAAAAATTAAATT
454 TGACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATT-AATT
517 TTTTTCTGAATATTC-A--TTTTTATTTGAGATT-GCCCTAGATTTGTAC-TTTTCTTTCACATG
518 TTTTTCTGAATATTCAACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGA-TTGTACTTTTTCTTTCACATG
*
577 CATGTGCAAGAACATTTG-AAACGGGAAAATTTTAAGGAAAACATGAAAAAATAAAAAAAACTCA
582 CATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGG-----A--AAAAAAT-AAAAAAACTCA
641 TGAAAATG-AT-AATCATTTTTGAAAACTGATCTT-ATATGTTAAAATTAATATTATTTGATTAA
639 TGAAAATGAATGAATC---TTTGAAAACTGAT-TTAATATG----AATTAA-A-TA----A-T--
* *
703 ATTTTTTGATAAA-TTTTAAAATTTTTAAACCC-TG-AAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAA
687 AGTATTTGATAAATTTTTAAAA-TTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAA
* * *
765 GAAAACTTCGTAATTTGA-ACCGAGCGG-CTTCC-AAAGAAAATCATTAAACTCAAAAAC
751 GAAAACTTCGTAATTTGAGAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATT-AACTCAAAAAC
* *
822 CAAAAT-GAATTTATCAAAACTAATTTGATGGGAATTAAATG-TAATCTTTGAATAATTTTGATG
1 C-AAATGGAATTTATCAAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATG
*
885 TTTGAAACTAAAAATATTTTGTCGAAAAATTTTACGAGCAAAGCATTTCATTCAGAGTGATGCAA
65 TTTGAAACTAAAAATATTTTGTCG-AAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAA
*
950 ACTGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCT-AATTAAAGAAAATAAATTTATAC
129 AATGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATAC
*
1014 AATTTATGATAAATTAAACGAAACT-AAATTAAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTG-AAAAT
194 AATTTATGATAAATTAAACGAAAATAAAATTAAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAAT
1077 TCAAAAATTAATTGAT-AAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAG--ATTTT
259 TC-AAAATTAATTGATAAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTT
1139 CTTTTGAATATTCTTAA-TTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAG
323 CTTTTGAATATTCTTAATTTTTCAGGGCATGTATTAGCAT-AAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAG
* *
1203 -AAAATATGACGGTCAATTTATCGAGTTTTTCATAAAAATCTCAACACATTCTTAAAAATGAAAA
387 AAAAATATGACGGTCAATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAA
1267 TTTGACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAAT
452 TTTGACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAAT
*
1332 TTTTTTCTGAATATTCAACTTTTTTA-TTGAGATTGGCCCTA-ATTGCACTTTTTCTTTCACATG
517 TTTTTTCTGAATATTCAACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGTACTTTTTCTTTCACATG
1395 CATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAAAATAAAAAAACTCATGAAAA
582 CATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGG--AAAAAAATAAAAAAACTCATGAAAA
1460 TGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTTTTAAAAT
645 TGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTTTTAAAAT
1525 TTT-AACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAG-AAACTTCGTAATTTGA-AACGA
710 TTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATTTGAGAACGA
*
1587 GAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTAAAAAAAC
775 GAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACT-CAAAAAC
1623 CAAATGGAATTTATC-AAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGT
1 CAAATGGAATTTATCAAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGT
1687 TTG-AACTAAAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAA-TTCATTCAGAGTGATGCAAAC
66 TTGAAACTAAAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAA-
1750 ATGGATTCAAAATCACATATTGGAT-AAATATTAACTTCTAAATTAAAG-AAATAAATTTATACA
130 ATGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACA
1813 ATTTATGATAAATTAAACGAAAATAAAATTAAAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAAT
195 ATTTATGATAAATTAAACGAAAATAAAATT-AAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAAT
1878 TCAAAATTAATTGATAAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTT-
259 TCAAAATTAATTGATAAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTC
1942 TTTTGAATATTCTTAATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAG-A
324 TTTTGAATATTCTTAATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAA
2006 AAATATGACGGTCAATTTATCGAGTTTTTCAG-AAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAAAT
389 AAATATGACGGTCAATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATG-AAAAT
2070 TTGACCGTGAT-TCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACCAATAAGATATTTAAAAAATTAA
453 TTGACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCA-CAATAAGATATTT-AAAAATTAA
2134 TTTTTTTCTGAATA-TCAACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGTACTTTTTCTTTCACAT
516 TTTTTTTCTGAATATTCAACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGTACTTTTTCTTTCACAT
2198 GCATGTGCAAGAAAATTTGAAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAAATAAAAAAACTCATGAAA
581 GCATGTGCAAGAAAATTTG-AAAACGGGAAAATTTTAAGG-AAAAAAATAAAAAAACTCATGAAA
*
2263 ATG-ATGCATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTTTTAAAA
644 ATGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTTTTAAAA
2327 TTTTAAACCCATGAAAATCCTCATG-AAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATTTG-GAACG
709 TTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATTTGAGAACG
2390 AGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAAAC
774 AGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTC-AAAAAC
*
2427 CAAATGG-ATTT-TCAAAAACTGATTTGATGGGAAATAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATG
1 CAAATGGAATTTATC-AAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATG
* *
2490 TTTGAAACAAAAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAACTTCATTCAGAGTGATGCAAA
65 TTTGAAACTAAAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAA
2555 ATGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTT-TAAC
130 ATGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTAT-AC
2619 AATTTATGATAAATTAAACGAAAATTAAAATTAAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAA
194 AATTTATGATAAATTAAACGAAAA-TAAAATTAAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAA
2684 TTCAAAATTAATTGATAAAAATTCACCAA-TGACACCTTTTGGTTAGAAAATGCTAATAGATATT
258 TTCAAAATTAATTGAT-AAAATTCACCAATTGACACCTTTTGG-TAGAAAATGCTAATAGATATT
2748 TTCTTTTGAATATTCTTAATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTT-GTAA
321 TTCTTTTGAATATTCTTAATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAA
2812 GAAAAATATGAC-GTCAA-TTATCGAGTTTTTCAG-AAAATCTC-AAACATTCTTAAAAATGAAA
386 GAAAAATATGACGGTCAATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAA
2873 ATTTGACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAA
451 ATTTGACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAA
2938 TTTTTTTTCTGAATATTCAACTTTTTTA-TTGAGATTGGCCCTAGATTGTACTTTTTCTTTCACA
516 -TTTTTTTCTGAATATTCAACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGTACTTTTTCTTTCACA
3002 TGCATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAAACTCATGAAAA
580 TGCATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAAACTCATGAAAA
3067 TGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATT-AATAATAGTATTTGATAAATTTTTAAAAT
645 TGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTTTTAAAAT
3131 TTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATTTTGAGAACG
710 TTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAA-TTTGAGAACG
3196 AGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAAC
774 AGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAAC
*
3232 CAAATGGAATTT-TCAAAACTGATTTGA-GGGAA-AAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGT
1 CAAATGGAATTTATCAAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGT
3294 TTGAAACTAAAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAG-ATTTCATTCAGAGTGATGCAAAA
66 TTGAAACTAAAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAAA
3358 TGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAA
131 TGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAA
3423 TTTATGATAAATT-AACG-AAATAAAATTAAAAAAATATTGGTATT-ATTCATATCGTG-AAAAT
196 TTTATGATAAATTAAACGAAAATAAAATTAAAAAAATA-TGGTATTCA-TCATATCGTGAAAAAT
3484 TC-AAATTAATTGATAAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTT-
259 TCAAAATTAATTGATAAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTC
3547 TTTTG-ATATTCTTAATTTTTCCAGGGCATGTATTAGCATAAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAG
324 TTTTGAATATTCTTAATTTTT-CAGGGCATGTATTAGCAT-AAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAG
3611 AAAAATATGACGGTCAATTTATCGAGTTTTTCAG-AAAATCTCAAAAC-TTCTTAAAAATGAAAA
387 AAAAATATGACGGTCAATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAA
3674 TTTGACCGTGATATCA-CCGCAAAGATAGTTTCAAAAATTTCAACAATAAGATATATTTAAAAAT
452 TTTGACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTC-AAAATTTC-ACAATAAG--ATATTTAAAAAT
3738 TAATTTTTTTCTGAATA-TC-ACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGTAACTTTTTCTTTC
513 TAATTTTTTTCTGAATATTCAACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGT-ACTTTTTCTTTC
3801 ACATGCATGTGCAAGAAAATTTGAGAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAAAACTCAT
577 ACATGCATGTGCAAGAAAATTTGA-AAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAAT-AAAAAAACTCAT
3866 GAAAATGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTTTT
640 GAAAATGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTTTT
3931 AAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAA-TTGAG
705 AAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATTTGAG
3995 AAC--GAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAAC
770 AACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAAC
4033 CAAATGGAATTTATCAAAACTGATTTGATGGGTAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATG
1 CAAATGGAATTTATCAAAACTGATTTGATGGG-AATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATG
4098 TTTGAAAC-AAAAATATTTTGTCGAAAA-TTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGC-AA
65 TTTGAAACTAAAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAA
*
4160 ATGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATCAATTTATACA
130 ATGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACA
4225 ATTTATGATAAATTAAACGAAAATAAAATTAAAAAAATATGG-ATTTCATCATATCGTGAAAAAA
195 ATTTATGATAAATTAAACGAAAATAAAATTAAAAAAATATGGTA-TTCATCATATCGTG-AAAAA
*
4289 TTCAAAATTAATTGATAAAATTCACCAATTGACATC-TTTGGTAGAAAATGCTAATAGATA-TTT
258 TTCAAAATTAATTGATAAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTT
4352 CTTTTGAATATTCTTAATTTTTTCAGGGCATGTATTAGCATACAAAACCTCATAGGTGTTAGTAA
323 CTTTTGAATATTCTTAA-TTTTTCAGGGCATGTATTAGCATA-AAAACCTCATAGGTGTTAGTAA
*
4417 G-AAAATATGACGGTC-ATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAAAATTCTT-AAAATGAAA
386 GAAAAATATGACGGTCAATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAA
4479 ATTTGACCGTGATATCATCCGC-AAGAT-GTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAA-TAA
451 ATTTGACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAA
* *
4541 TTTTTTTCTGAATATTCAACTTTTTTATCTGAGATTGGCCCTA-ATTGCACTTTTTCTTTC-CAT
516 TTTTTTTCTGAATATTCAACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGTACTTTTTCTTTCACA-
* * *
4604 TGCATGTGCAAGAAAATTTG-AAACGGGCAAATTTT-AGGAAAAAAAT--AAAAATTCAGGAAAA
580 TGCATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAAACTCATGAAAA
4665 TGAATGAATTCTTTGAAAA-TGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTTTTAAAA
645 TGAATGAA-TCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTTTTAAAA
*
4729 TTTTAAACCCATGAAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAG-AAGAAAACTTCGT--CTTGA-AAC
709 TTTTAAACCCATG-AAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATTTGAGAAC
*
4790 GAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTAAAAAAAC
773 GAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACT-CAAAAAC
*
4828 TAAATGGAATTTATC-AAACTGATTTGAT-GGAATTAAATGATAATATTTGAATTAATTTTGATG
1 CAAATGGAATTTATCAAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAA-TAATTTTGATG
*
4891 TTTGAAA-TAAAAATATTTTGTCGAAAAATTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAA
65 TTTGAAACTAAAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAA
4955 ATGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATT-ACTTCTAAATT-AAGAAAATAAATTTATACA
130 ATGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACA
*
5018 ATTTATGATAAATTAAACGAAAATAAAATTAAAAAAATATGGTATCTTATCATATCGTG-AAAAT
195 ATTTATGATAAATTAAACGAAAATAAAATTAAAAAAATATGGTAT-TCATCATATCGTGAAAAAT
*
5082 TCAAAATTAATTGATAAAATTCACCAATTGACACC-TTTGGTAGAAAATGCTAA-AGATTTTTTC
259 TCAAAATTAATTGATAAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTC
5145 -TTTG-ATATTCTTAATTTTTCAGGGGCATGTATTAGCATAAAAACCT-ATAGG-GTTAGTAAGA
324 TTTTGAATATTCTTAATTTTTCA-GGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGA
5206 AAAATATGACGGTC-ATTTATCGAGTTTTTC-GAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAAT
388 AAAATATGACGGTCAATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAAT
*
5269 TTGACCGTGATATCAT--GC-AAGCTAGTTTCAAAATTTCACAAT-AGATATTTAAAAATTAATT
453 TTGACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATT
*
5330 TTTTTCTGAATATTC-A-TTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGCACTTTTTCTTTCACATGC
518 TTTTTCTGAATATTCAACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGTACTTTTTCTTTCACATGC
5393 ATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAA-AAAAAAACTCATGAAAATGA
583 ATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAAACTCATGAAAATGA
*
5457 ATGAATC-TTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATCGTATTTGATAAATTTTTAAAATTTT
648 ATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTTTTAAAATTTT
5521 AAACCCATG-AAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAA-TTG-GAACGAGAG
713 AAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATTTGAGAACGAGAG
* *
5583 GATTTCCAAAAGAAAATCATTAGCTCAAAAAC
778 GAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAAC
* **
5615 CAAATGGAATTT-TC-AAACTGATTTGCTGGGAAAGAACATGATAATATTTGAATAATTTTTGAT
1 CAAATGGAATTTATCAAAACTGATTTGATGGGAATTAA-ATGATAATATTTGAATAA-TTTTGAT
* * *
5678 GTTTGAAACTAAACATATTTTGTCGAAAATTTTACGCGCAAAAGAATTTTATTCAGAGTGATGCA
64 GTTTGAAACTAAAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGC-AAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCA
*
5743 AAATGGATTCAAAATCAC-TATTGGATGACATATTAACTTCTAAATTAACAGAAAATAAATTTAT
128 AAATGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAA-AGAAAATAAATTTAT
5807 ACAATTTATGATAAATTAAACG-AAATAAAAATTAAAAAAAATATGGTATTTCATCATATCGTGA
192 ACAATTTATGATAAATTAAACGAAAAT-AAAATT-AAAAAAATATGGTA-TTCATCATATCGTGA
5871 AAAATTC-AAATTAATTGATAAAATTCACCAA-TGACCACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAG--
254 AAAATTCAAAATTAATTGATAAAATTCACCAATTGA-CACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGAT
*
5932 ATTTTATTTTGAATATTCTTAATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTG-TAG
318 ATTTTCTTTTGAATATTCTTAATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAG
* *
5996 TAAG-AAAATATGACGATCAATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTCAAAATG
383 TAAGAAAAATATGACGGTCAATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATG
* *
6060 AAAAGTTTGACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAGTACGATATTT-AAAA
448 AAAA-TTTGACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAA
6124 TTAA-TTTTTT-TGAATATTCACACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGTACTTTTTCTTT
512 TTAATTTTTTTCTGAATATTCA-ACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGTACTTTTTCTTT
*
6187 CACATGCATGTGCAAG--AATTTG-ACACGGGAAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAAACTCA-
576 CACATGCATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGG-AAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAAACTCAT
*
6248 G-AAATGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATT-AATCATA-TA-TTGATAAATTTTT
640 GAAAATGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAA-TTTT
*
6309 TAAAATTTTAAACCC-TGAAAATCCTCATGAAAAAACTTACTAGAAAGAAAACTTCGT-ATTTGA
704 TAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATTTGA
*
6372 G-ACGAGCGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACCTCAAAAA-
769 GAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAA-CTCAAAAAC
6412 CAAATGGAATTTATCAAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGT
1 CAAATGGAATTTATCAAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGT
*
6477 TTGAAACTCAAAATA-TTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCA-TCAGAGTGATGCAAAA
66 TTGAAACTAAAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAAA
6540 TGGATTCAAAATCACATATTGGATG-AATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATCAAATTTATACA
131 TGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAAT-AAATTTATACA
* *
6604 ATTTCTGATAAATT-AACGCAAATAAAATTAAAAAAATATGGTATTCATCAT-TCGTG-AAAATT
195 ATTTATGATAAATTAAACGAAAATAAAATTAAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAATT
* * *
6666 CAAAATTACTTG-----ATTCACCAATTG-C-CCTCTTT-GTAGAAAATGCTAATCGCTATTTTC
260 CAAAATTAATTGATAAAATTCACCAATTGACACCT-TTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTC
6723 TTTTGAATATTCTT-ATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAA
324 TTTTGAATATTCTTAATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAA
* *
6787 AAATATGACGGTCAATTTATCGCGTTTTTCATAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAAAT
389 AAATATGACGGTCAATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATG-AAAAT
*
6852 TTGACCGTGATATCATCCGCAAAGAT-GTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTT-AAAATTATTT
453 TTGACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATT
* * *
6915 TTTTTCTGAATATTC-ACTTTTTTATCTGAG-TTGGCCCTAAATTGCACTTTTTCTTTCCACATG
518 TTTTTCTGAATATTCAACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGTACTTTTTCTTT-CACATG
* *
6978 CATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAAATTCAGGAAAATG
582 CATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAAACTCATGAAAATG
*
7043 AATGAATCTTTGAAAAATGATTT--TATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTTTT-AAATTT
647 AATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTTTTAAAATTT
*
7105 TAAACCCATGAAAATCCTCATG-AAAAAATTACTAGAAAGAAAAATTTCGTAATTTGAGAACGAG
712 TAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAG-AAAACTTCGTAATTTGAGAACGAG
7169 AGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCTAAAAA-
776 AGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTC-AAAAAC
*
7203 AAAATGG-ATTTATCAAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTTGATG
1 CAAATGGAATTTATCAAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAA-TTTTGATG
7267 TTTGAAAC-AAAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAA
65 TTTGAAACTAAAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAA
7331 ATGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACA
130 ATGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACA
*
7396 ATTTATGGATAAATTAAACGCAAA-AAAATTAAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAAT
195 ATTTAT-GATAAATTAAACGAAAATAAAATTAAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAAT
7460 TCAAAATTAATTGATAAACATTCACCAATTGA-ACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTT
259 TCAAAATTAATTGATAAA-ATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTT
* *
7524 ATTTTGAATATTTCTTAATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAACACCTCATAGGTGTTAGT-A-
323 CTTTTGAATA-TTCTTAATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAG
*
7587 AAAAATATGACGATCAATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACACTTCTTAAAAATGAAA
387 AAAAATATGACGGTCAATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACA-TTCTTAAAAATGAAA
*
7652 AGTTTGACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCAC-AGAAGATATTTAAAAATTA
451 A-TTTGACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTA
7716 ATTTTTTTCTGAATATTCAACTTTTTTA-TTGAGATTGGCCC--GATTGTACTTTTTCTTTCACA
515 ATTTTTTTCTGAATATTCAACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGTACTTTTTCTTTCACA
7778 TGCA--TGCAAGAAAA--TGAAAACGG
580 TGCATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGG
Statistics
Matches: 6619, Mismatches: 135, Indels: 473
0.92 0.02 0.07
Matches are distributed among these distances:
783 19 0.00
784 68 0.01
785 119 0.02
786 187 0.03
787 186 0.03
788 237 0.04
789 141 0.02
790 166 0.03
791 109 0.02
792 202 0.03
793 242 0.04
794 348 0.05
795 189 0.03
796 86 0.01
797 204 0.03
798 203 0.03
799 220 0.03
800 327 0.05
801 337 0.05
802 395 0.06
803 525 0.08
804 499 0.08
805 393 0.06
806 239 0.04
807 214 0.03
808 63 0.01
809 67 0.01
811 2 0.00
812 18 0.00
813 19 0.00
814 9 0.00
815 4 0.00
816 72 0.01
817 97 0.01
818 85 0.01
819 76 0.01
820 79 0.01
821 90 0.01
822 82 0.01
823 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (809 bp):
CAAATGGAATTTATCAAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGT
TTGAAACTAAAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAAA
TGGATTCAAAATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAA
TTTATGATAAATTAAACGAAAATAAAATTAAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAATTC
AAAATTAATTGATAAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTT
TTGAATATTCTTAATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAA
ATATGACGGTCAATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAATTTG
ACCGTGATATCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTT
TTCTGAATATTCAACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGTACTTTTTCTTTCACATGCATG
TGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAAACTCATGAAAATGAATG
AATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTTTTAAAATTTTAAA
CCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATTTGAGAACGAGAGGAA
TTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAAC
Done.