genome.fa.s1189.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1189
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129000

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 119 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1690--2235	276	2.0	277	97	1	1033	32	19	11	35	1.89
3356--3397	20	2.1	20	90	0	66	35	19	23	21	1.96
3968--4438	28	17.1	27	77	6	338	26	30	14	28	1.95
3968--4438	55	8.5	54	82	4	338	26	30	14	28	1.95
3961--4583	28	22.1	28	78	7	335	26	30	15	27	1.96
3963--4391	83	5.2	83	78	4	242	26	30	13	29	1.94
4326--4681	116	3.1	116	79	10	372	30	30	16	21	1.96
4175--4695	28	18.2	28	75	11	346	28	30	16	24	1.97
4368--4679	87	3.6	87	80	10	334	29	30	17	22	1.96
4673--4720	25	1.9	25	82	0	60	31	27	22	18	1.97
4524--4720	87	2.3	83	81	10	234	29	29	17	22	1.97
4838--4961	48	2.6	48	92	0	194	20	26	17	34	1.95
8862--8906	21	2.1	21	84	15	58	28	0	0	71	0.87
8942--8992	24	2.2	22	83	13	59	60	0	1	37	1.08
9462--9492	15	2.1	15	93	0	53	32	0	0	67	0.91
9440--9521	9	9.4	9	69	21	50	41	0	0	58	0.98
9640--9690	16	3.6	14	75	20	52	58	1	1	37	1.20
10961--11011	20	2.4	22	80	9	61	43	0	0	56	0.99
17250--17344	31	3.1	31	84	4	104	35	2	2	60	1.21
17256--17346	16	5.8	16	79	8	89	35	2	2	60	1.21
17364--17435	22	3.1	23	80	11	67	43	1	4	51	1.29
17364--17425	14	4.1	14	73	18	54	43	1	3	51	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17732--17756	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
18150--18215	22	3.0	23	80	10	66	60	0	6	33	1.21
18151--18227	12	6.7	12	70	15	56	63	0	5	31	1.16
18148--18223	36	2.1	37	85	9	102	63	0	5	31	1.17
19020--19053	2	17.0	2	87	0	50	44	0	0	55	0.99
21197--21237	17	2.5	17	84	4	57	68	9	2	19	1.29
22767--22824	21	3.0	21	66	23	54	44	3	0	51	1.18
25267--25315	13	3.7	13	78	13	55	36	0	2	61	1.08
25280--25314	12	2.9	12	91	8	54	40	0	0	60	0.97
25403--25535	68	1.9	69	83	11	175	53	0	0	45	1.05
25522--25546	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25407--25636	118	2.0	115	84	10	299	53	1	0	44	1.15
25554--25759	106	1.9	106	80	10	233	54	2	1	40	1.26
26926--26979	20	2.7	20	85	0	72	38	9	14	37	1.79
28118--28147	15	2.0	15	93	0	51	23	6	3	66	1.30
29935--29974	21	2.0	20	85	14	55	65	0	0	35	0.93
30180--30235	17	3.2	18	69	19	55	46	1	0	51	1.11
31435--31467	15	2.3	14	94	5	57	51	0	0	48	1.00
33039--33082	21	2.0	21	86	8	61	40	0	2	56	1.11
33526--33558	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
35567--35627	20	3.2	19	77	9	61	42	0	0	57	0.98
38111--38151	21	1.9	22	85	5	57	41	21	4	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40354--40396	2	22.0	2	90	4	70	48	0	2	48	1.14
43822--43905	39	2.2	39	86	0	114	48	4	8	38	1.54
51954--51991	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
53142--53185	23	2.0	23	82	8	56	45	15	4	34	1.67
60618--60654	18	2.0	19	89	5	58	2	59	0	37	1.12
60617--60661	18	2.6	16	83	13	54	2	55	0	42	1.12
61309--61342	16	2.1	17	88	5	52	55	0	0	44	0.99
61808--61844	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
62028--62052	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
65296--65349	23	2.3	24	83	3	74	1	22	1	74	1.02
65871--66330	162	2.8	163	73	8	430	48	8	11	30	1.71
69597--69654	27	2.1	27	84	6	73	43	13	13	29	1.83
71358--71403	19	2.5	19	82	10	51	41	0	0	58	0.98
71379--71421	18	2.3	18	84	11	52	44	2	0	53	1.13
71378--71457	21	3.8	21	70	12	65	43	1	0	55	1.08
71868--71919	16	3.3	16	82	17	65	67	0	3	28	1.08
71907--71989	29	2.7	33	78	12	95	54	0	1	44	1.08
71906--71989	31	2.8	30	79	13	100	54	0	1	44	1.07
72302--72343	21	2.0	21	90	0	66	42	0	0	57	0.99
75436--75480	11	4.0	11	81	13	56	2	28	0	68	1.01
75436--75484	20	2.5	20	78	18	59	4	28	0	67	1.09
75004--75860	431	2.0	432	88	3	1287	24	28	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77254--77346	48	1.9	48	97	0	177	36	2	17	44	1.61
77973--78067	37	2.6	36	74	15	88	56	0	0	43	0.99
77973--78065	36	2.6	36	77	14	93	56	0	0	43	0.99
78952--78993	20	2.2	20	87	8	61	40	0	2	57	1.12
80078--80118	2	20.5	2	94	0	73	51	0	48	0	1.00
81368--81397	13	2.3	13	100	0	60	56	0	0	43	0.99
81368--81408	13	3.0	14	83	13	50	58	0	0	41	0.98
85084--85135	2	26.0	2	92	0	86	50	3	0	46	1.20
86442--86467	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
87663--87697	2	17.5	2	87	0	52	51	5	0	42	1.25
88073--88105	8	4.2	8	84	7	50	0	0	12	87	0.53
88074--88103	15	1.9	16	93	6	53	0	0	13	86	0.57
88217--88246	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
88508--88569	18	3.4	19	78	10	67	70	0	1	27	0.96
88508--88556	16	2.9	16	85	11	55	73	0	0	26	0.83
88512--88572	26	2.4	25	84	13	79	68	0	1	29	0.99
88554--88644	17	5.2	18	69	25	61	54	0	1	43	1.07
88561--88612	18	3.4	14	75	19	50	55	0	0	44	0.99
88561--88660	33	3.2	33	83	13	138	55	0	0	45	0.99
88575--88626	14	3.4	14	76	23	59	53	0	0	46	1.00
91121--91158	19	2.0	19	94	0	67	23	26	5	44	1.74
92158--92197	2	20.0	2	89	0	62	50	0	5	45	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95024--95064	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
96705--96777	38	2.0	36	84	10	94	39	2	0	57	1.13
98968--99046	25	3.1	26	73	15	67	36	0	0	63	0.95
99065--99139	26	2.9	26	75	9	82	56	0	0	44	0.99
99432--99479	16	2.8	17	78	9	53	50	0	0	50	1.00
99422--99493	22	3.1	23	78	13	76	47	0	0	52	1.00
99439--99509	13	6.0	12	70	18	51	54	0	0	45	0.99
100678--100709	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
101040--101064	12	2.1	12	100	0	50	24	32	0	44	1.54
102420--102463	22	2.0	22	82	8	54	50	4	0	45	1.22
104285--104314	3	10.0	3	92	0	51	30	0	3	66	1.07
107366--107400	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00
107623--107695	26	2.9	25	80	11	94	53	0	0	46	1.00
107693--107747	20	2.7	20	78	21	60	60	1	0	38	1.08
109936--109999	32	1.9	32	84	6	83	57	4	3	34	1.35
109848--110139	142	2.0	143	82	8	355	60	5	6	27	1.44
110149--110202	24	2.2	24	93	0	90	62	7	9	20	1.48
110578--110615	18	2.1	18	100	0	76	39	10	0	50	1.37
111006--111071	11	5.9	11	76	13	55	57	6	0	36	1.23
111121--111149	10	2.7	11	89	10	51	82	6	0	10	0.83
112764--112788	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
114986--115011	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119642--119696	25	2.1	27	90	6	87	52	0	0	47	1.00
121121--121156	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
122188--122234	20	2.5	18	83	12	67	34	0	0	65	0.93
123415--123466	14	3.6	14	75	12	52	50	1	0	48	1.12
123423--123466	14	2.9	15	83	13	54	47	2	0	50	1.13
123575--123630	28	2.1	25	83	9	67	50	0	0	50	1.00
124032--124065	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
125870--125963	41	2.4	38	81	12	93	43	2	4	50	1.33
128649--128701	20	2.5	22	76	17	58	56	1	0	41	1.10

Tables:   1

The End!