genome.fa.s1206.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1206
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  146566

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 139 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1898--2016	1	119.0	1	75	0	94	86	9	2	1	0.73
1900--2016	17	6.8	17	83	11	134	86	9	2	1	0.74
1898--2014	27	4.3	26	81	12	137	86	9	2	1	0.74
3668--3897	88	2.6	87	90	0	352	31	28	17	22	1.97
3668--3881	58	3.7	58	82	6	245	32	28	17	21	1.96
3455--3891	57	7.4	57	74	9	306	28	28	17	24	1.97
3455--3892	30	14.9	30	78	9	328	28	28	17	24	1.97
3902--3991	43	2.1	43	85	4	119	26	24	17	31	1.97
3945--4082	52	2.6	52	82	5	161	25	24	15	34	1.95
9160--9431	79	3.4	79	90	0	427	26	24	15	33	1.95
9362--9792	51	8.3	51	71	13	238	29	26	12	31	1.92
9519--9587	28	2.5	28	82	0	84	24	33	17	24	1.96
9337--9717	210	1.8	210	84	2	532	29	26	11	32	1.92
9362--9901	261	2.1	261	88	3	793	28	27	12	31	1.93
13775--13828	26	2.1	26	100	0	108	37	14	18	29	1.91
14233--14284	20	2.5	21	87	3	70	48	11	9	30	1.72
14760--14834	36	2.1	36	100	0	150	25	36	8	30	1.85
17517--17576	20	3.0	20	85	7	77	33	21	11	33	1.90
17561--17585	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
17630--17681	19	2.7	20	90	3	79	42	15	15	26	1.87
24831--24855	12	2.1	12	100	0	50	24	32	0	44	1.54
28834--29048	79	2.7	78	85	5	281	27	22	10	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36924--37051	61	2.1	61	92	0	211	40	19	4	35	1.73
42210--42244	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
45105--45137	15	2.1	17	88	11	52	36	6	0	57	1.23
48051--48242	84	2.3	84	82	3	215	35	11	31	21	1.90
48130--48404	84	3.3	83	80	6	259	35	12	30	21	1.90
48480--48848	47	7.9	48	78	8	309	38	18	21	20	1.93
48469--48738	140	1.9	140	81	4	330	40	19	23	17	1.92
48713--48915	95	2.1	94	81	8	225	36	16	18	28	1.92
48572--48915	47	7.3	48	78	6	185	38	17	20	23	1.93
50848--50883	12	2.9	12	88	8	54	5	16	0	77	0.94
50848--50880	13	2.6	13	90	4	50	3	15	0	81	0.80
50782--50875	36	2.6	35	77	12	93	7	14	5	72	1.25
55776--55904	52	2.5	52	94	2	224	30	17	17	34	1.94
55776--55924	52	2.9	51	83	9	194	30	18	18	32	1.94
55978--56044	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
56000--56024	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
56725--56841	52	2.2	55	84	6	159	38	12	23	25	1.90
57124--57688	43	12.0	52	72	17	226	32	17	24	24	1.97
57138--57699	92	6.1	92	91	1	865	32	17	25	24	1.97
57694--57897	33	6.2	33	91	6	344	19	17	35	27	1.94
57899--58713	67	12.4	66	80	12	707	33	13	33	20	1.91
57899--58712	34	24.8	34	75	13	649	33	13	33	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57898--58713	303	2.8	297	79	12	928	32	13	33	20	1.91
58343--58388	23	2.0	23	91	0	74	17	19	32	30	1.95
58691--58736	23	2.0	23	91	0	74	13	19	36	30	1.90
58059--58898	349	2.4	351	84	7	1018	31	14	32	21	1.93
58713--58897	95	1.9	95	83	4	239	27	17	30	23	1.97
58757--58891	64	2.1	61	89	5	198	27	17	31	24	1.97
58715--58897	31	5.9	31	76	10	167	27	18	30	24	1.97
58957--58994	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
67107--67257	52	2.9	52	89	1	230	31	15	17	35	1.91
67276--67342	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
67298--67322	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
73649--74164	163	3.2	161	82	8	559	51	9	10	28	1.67
75958--76300	166	2.1	166	88	2	510	25	11	8	53	1.65
82572--82612	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
82651--82722	20	3.6	20	75	9	67	41	16	12	29	1.85
82821--82870	21	2.4	21	90	10	84	28	20	12	40	1.87
82947--82972	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
83451--83517	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
85757--85781	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
87390--87430	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
87469--87540	20	3.6	20	75	9	67	41	16	12	29	1.85
87639--87688	21	2.4	21	90	10	84	28	20	12	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87765--87790	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
88269--88335	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
93882--93984	11	9.4	11	82	11	115	82	17	0	0	0.67
93882--93971	32	2.8	32	85	9	130	84	15	0	0	0.62
93883--93986	42	2.5	43	85	6	151	83	16	0	0	0.64
93893--93984	48	1.9	48	88	4	141	82	17	0	0	0.67
93883--93971	1	89.0	1	72	0	61	85	14	0	0	0.60
93884--93986	32	3.3	30	80	14	102	83	16	0	0	0.65
95427--95746	29	10.7	29	77	9	220	28	29	16	25	1.97
95421--95581	86	1.9	86	89	2	252	29	31	16	22	1.96
95576--95650	35	2.2	35	82	2	98	22	32	9	36	1.86
95641--95792	28	5.3	28	84	5	173	36	27	15	19	1.93
95423--95792	56	6.2	58	72	13	204	30	28	15	25	1.96
95867--95950	43	2.0	43	95	0	150	26	29	20	23	1.99
96733--96771	21	1.9	20	94	5	69	25	10	10	53	1.66
96810--96834	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
103454--103518	35	1.9	33	84	12	87	76	1	15	6	1.05
104605--104741	44	3.1	44	73	1	123	24	13	16	45	1.82
104826--105012	90	2.1	88	81	9	227	20	20	14	43	1.87
104856--105008	44	3.4	43	70	20	118	18	20	15	45	1.85
105738--105840	35	2.9	35	79	1	116	20	22	11	45	1.83
105805--105959	48	3.2	48	87	0	213	17	19	20	43	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106295--106860	42	13.4	42	78	3	431	17	26	19	36	1.94
107009--107114	42	2.6	41	71	11	99	16	17	12	52	1.74
107120--107287	85	2.0	85	95	0	300	19	25	14	39	1.90
107792--107958	35	4.9	35	86	5	252	46	5	29	17	1.71
107792--107958	67	2.4	69	92	3	268	46	5	29	17	1.71
109171--109581	51	7.9	51	74	13	327	29	26	12	32	1.92
109171--109580	104	3.9	104	73	13	308	29	26	12	31	1.93
109618--109801	79	2.3	79	83	1	226	25	29	15	29	1.96
111663--112147	168	2.9	166	85	4	638	27	10	8	54	1.62
111720--112234	168	3.1	168	81	5	411	29	11	6	51	1.64
112793--112835	16	2.6	16	79	20	52	79	0	20	0	0.74
112793--112828	16	2.2	16	90	0	54	77	0	22	0	0.76
114264--114727	155	3.0	154	85	5	623	23	17	20	37	1.94
114280--114868	155	3.8	153	81	5	605	23	18	19	38	1.93
115872--115969	48	2.0	48	100	0	196	31	14	16	37	1.88
121012--121084	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
121012--121106	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
121145--121170	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
122126--122164	6	6.3	6	85	14	53	66	2	0	30	1.05
122126--122164	13	3.2	12	85	10	53	66	2	0	30	1.05
122124--122164	18	2.2	19	91	8	66	65	2	0	31	1.05
127130--127320	94	2.0	94	100	0	382	33	17	21	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127618--127693	31	2.5	31	97	0	143	38	18	14	28	1.90
127699--127726	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
127680--127746	33	2.0	33	88	5	100	40	13	16	29	1.87
135068--135093	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
135141--135168	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
135123--135187	33	2.0	33	87	6	96	30	16	12	40	1.86
136087--136132	21	2.2	20	82	14	58	21	17	19	41	1.90
142061--142107	18	2.6	18	83	12	60	80	14	0	4	0.85
142347--142393	5	9.2	5	82	13	60	80	17	2	0	0.80
142347--142389	11	4.0	11	87	6	70	81	16	2	0	0.79

Tables:   1   2