genome.fa.s1241.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1241
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  178731

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3505--3549	2	23.0	2	81	4	56	44	2	4	48	1.35
7894--7934	21	1.9	22	85	5	57	58	0	2	39	1.11
9722--9747	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
9704--9767	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
15936--15974	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
18550--18575	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
18532--18595	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
22502--22614	56	2.0	56	100	0	226	23	15	19	40	1.90
26390--26444	22	2.5	22	100	0	110	61	9	10	18	1.54
27354--27520	20	8.8	20	69	17	113	40	13	14	31	1.84
27391--27520	32	4.2	31	62	20	74	41	12	14	31	1.83
27323--27533	92	2.3	92	96	2	390	41	12	15	30	1.85
31362--31405	23	1.9	22	82	17	54	38	9	11	40	1.73
33564--33598	16	2.2	16	89	0	52	34	2	17	45	1.63
33787--33882	39	2.5	38	81	8	106	31	8	15	44	1.76
37994--38032	19	2.1	19	95	0	69	38	2	15	43	1.60
39042--39117	2	38.0	2	100	0	152	0	50	0	50	1.00
41832--41910	9	7.6	9	72	25	50	40	39	0	20	1.52
41837--42033	22	8.8	22	71	24	105	40	39	0	20	1.52
41880--42005	12	11.0	12	65	27	69	41	39	0	19	1.51
41902--42003	25	4.4	25	64	28	71	41	39	0	19	1.52
41858--42027	34	5.0	34	98	0	313	40	39	0	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46699--46907	34	5.9	34	76	18	194	40	39	0	20	1.53
46728--46783	22	2.5	22	100	0	112	37	41	0	21	1.53
46699--46866	56	3.0	56	97	0	318	38	40	0	20	1.53
46784--46914	22	5.9	22	73	21	103	40	38	0	20	1.53
46699--46914	90	2.4	90	87	7	298	40	38	0	20	1.53
52568--52627	21	2.9	21	76	0	66	51	33	1	13	1.51
52566--52694	42	3.1	41	81	6	134	48	33	3	14	1.63
52601--52675	21	3.6	21	65	13	55	48	34	5	12	1.63
56739--56825	30	2.9	30	81	3	104	37	13	26	21	1.91
57789--57931	33	4.5	32	83	8	177	28	32	16	21	1.95
57803--57931	65	2.0	64	90	4	206	28	32	17	20	1.96
57970--58525	43	12.0	43	79	12	509	24	25	18	32	1.97
57929--58582	92	6.9	92	89	5	923	23	25	18	32	1.97
58381--58582	52	3.9	52	92	0	323	23	23	17	35	1.95
59387--59411	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
59478--59502	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
59511--59639	52	2.5	52	93	0	213	34	17	17	30	1.93
63833--64055	111	2.0	111	99	0	437	27	17	17	37	1.92
66656--66721	19	3.5	19	77	6	62	53	4	1	40	1.31
66798--66877	31	2.6	31	81	12	94	67	1	0	31	0.99
66806--66852	18	2.6	18	77	9	51	70	0	0	29	0.88
66844--66892	24	2.0	24	84	7	64	65	4	0	30	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66916--66951	13	2.7	13	86	4	54	0	19	0	80	0.71
67056--67089	11	3.2	11	91	8	61	73	0	0	26	0.83
67090--67198	32	3.6	30	75	16	91	51	0	1	46	1.11
67071--67181	41	2.6	42	74	16	104	55	0	1	42	1.10
67166--67209	17	2.6	17	92	0	79	52	0	0	47	1.00
67312--67361	22	2.3	20	80	10	55	2	20	0	78	0.86
67325--67363	15	2.6	14	88	11	60	2	15	0	82	0.79
67541--67597	30	1.9	29	82	10	71	59	0	1	38	1.08
67969--68032	25	2.7	24	71	9	60	65	1	0	32	1.02
68518--68577	31	1.9	31	83	6	77	66	3	1	28	1.17
68649--68743	37	2.7	33	78	16	95	64	4	1	30	1.19
68754--68783	4	7.2	4	96	3	51	0	23	0	76	0.78
80505--80539	16	2.2	16	89	0	52	45	28	8	17	1.77
82816--82855	18	2.2	18	86	0	53	40	2	25	32	1.69
83776--83814	18	2.1	19	90	4	62	51	0	0	48	1.00
87646--87683	20	1.9	20	94	0	67	42	10	18	28	1.83
87668--87857	60	3.2	60	64	23	168	38	17	15	27	1.91
87731--87761	14	2.1	15	94	5	55	35	12	16	35	1.87
87745--87796	20	2.5	21	81	6	70	40	11	19	28	1.86
87635--87858	115	1.9	115	100	0	448	39	16	16	27	1.90
94257--94282	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
94236--94300	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99535--99560	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
99514--99578	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
101463--101513	14	3.3	14	76	23	57	35	7	27	29	1.85
101469--101506	19	2.0	19	100	0	76	36	10	26	26	1.89
101554--101636	19	4.6	19	66	27	63	26	16	19	37	1.93
101607--101675	20	3.5	20	77	13	72	30	13	17	39	1.87
103101--103126	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
106059--106084	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
106127--106166	20	2.1	19	90	4	62	42	15	7	35	1.75
108291--108335	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
110139--110169	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
112394--112439	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
114494--114549	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
116498--117113	32	19.4	32	78	8	548	29	33	16	20	1.95
116522--117102	63	9.2	64	76	10	471	29	33	16	19	1.94
116501--117113	95	6.4	94	80	7	494	29	33	16	20	1.95
117179--117462	52	5.3	52	74	8	235	25	25	13	35	1.92
117106--117321	113	1.9	110	81	5	254	25	24	13	36	1.93
117296--117700	52	7.6	53	74	7	158	26	24	13	35	1.92
117381--117583	112	1.8	113	81	3	257	27	25	12	33	1.92
117489--117687	104	1.9	104	84	1	265	27	22	14	35	1.93
117489--117699	52	4.1	52	75	2	183	27	22	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117161--117715	216	2.6	217	82	2	641	25	24	13	36	1.92
118482--118527	20	2.2	20	84	3	56	41	8	15	34	1.78
123466--123497	7	4.6	7	100	0	64	62	0	0	37	0.95
123416--123476	17	3.4	17	70	14	50	73	3	3	19	1.11
123466--123505	21	1.9	21	89	0	62	65	0	0	35	0.93
124056--124101	2	23.0	2	95	0	83	52	0	0	47	1.00
124394--124433	21	1.9	21	89	0	62	57	2	7	32	1.40
127058--127099	15	2.8	15	96	0	75	23	9	28	38	1.86
127297--127386	35	2.5	36	84	10	114	55	0	0	44	0.99
129965--130015	24	2.1	25	92	3	86	62	3	3	29	1.31
130678--130706	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
133563--133611	2	24.5	2	100	0	98	0	48	0	51	1.00
138217--138314	19	5.8	18	70	28	81	36	18	12	32	1.88
138236--138292	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
138215--138312	32	3.0	32	95	1	169	35	18	12	33	1.88
141251--141293	19	2.2	20	91	4	70	55	2	2	39	1.25
141288--141344	24	2.3	24	82	17	64	45	3	3	47	1.37
142332--142368	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
142542--142574	16	2.1	16	88	5	50	48	0	0	51	1.00
142619--142644	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
146496--146525	14	2.1	14	93	0	51	46	0	6	46	1.29
149859--149890	16	1.9	17	93	6	57	25	6	0	68	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152388--152450	33	1.9	33	87	3	92	42	17	15	23	1.88
154024--154229	78	2.6	79	82	0	234	28	17	29	24	1.97
154181--154252	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
154102--154306	107	1.9	108	82	5	254	29	16	28	26	1.97
154241--154408	52	3.2	51	73	9	144	32	11	25	29	1.92
154135--154523	212	1.8	212	87	3	586	30	13	27	28	1.94
154127--154519	107	3.7	107	72	11	329	30	13	27	27	1.95
156894--156919	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
158558--158611	21	2.6	21	100	0	108	40	7	18	33	1.78
162791--162828	13	2.9	13	88	0	58	31	18	13	36	1.89

Tables:   1   2