Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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241 TAAAAAATTA
* * *
251 GATCCGGTGCATTGGTGCTGGTATGATCGCAGCCA-TCCTCTTTTGCCATAACAAACTAC-AATA
1 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATTCC-CTTTTGCCATAAAAAACTACAAATA
* * * *
314 CCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTTTCATGGTTTGTTTTTTACTCGATTAA
65 CCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCAGGGTTTATATTTTACTCGATTAA
* *
379 ACGTCAGCTG-TTTGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
130 ACGTCGGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCC-AAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
* * **
443 CTCGTTAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAATATAAAAATTAGAAAGTTGGGGTGCAACACGAGGA
194 CTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTA-AAAAATGGGGTGCAACACGAGGA
508 CTTCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACAGAGTTCTGAT
258 CTTCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACAGAGTTCTGAT
573 GG
323 GG
* *
575 GATTCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATTCCCATTTGCCATAAAAAACTACAAATAC
1 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAAATAC
*
640 CATCCTTTCTCGCTCTATCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAA
66 CATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCA-GGGTTTATATTTTACTCGATTAA
* * **
705 ACGTCGGATGATTCAGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAACTTTTTCATAAGGTTATGTG
130 ACGTCGGCTGATTC-GATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAA-TTTTTCATAAAATTATGTG
*
770 ACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAATGGGGTGCATCACGAGGA
193 ACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAATGGGGTGCAACACGAGGA
* * * *
835 CTTCCAGGAGGTCACCCACCCTAGTACTACTCTCGCCCATGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGAT
258 CTTCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACAGAGTTCTGAT
900 GG
323 GG
* * * **
902 GATCCGGTGCATTAGTGCCGGTATGACCGCACCCATCCCCTTTTGCCAT-AACTA-TACAAATAC
1 GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAAATAC
* ** *
965 CGTCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTAATGTCTCATGGGTTTATGTTTTACTCGATTAA
66 CATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCA-GGGTTTATATTTTACTCGATTAA
* * * **
1030 ACGTCGGCTAATTCGATTTTTTCACTTAATAAGGCTTTTCGAATTTTTTTCATAAAATTATGTGA
130 ACGTCGGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGC-TTTCCAAAATTTTTCATAAAATTATGTGA
*
1095 CTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATTAGGGTGCAACACGAGG
194 CTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATT-AAAAAA-TGGGGTGCAACACGAGG
1160 ACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACT
257 ACTT-CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACT
1214 TTGTAACAAA
Statistics
Matches: 578, Mismatches: 51, Indels: 17
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
324 127 0.22
325 139 0.24
326 50 0.09
327 180 0.31
328 82 0.14
ACGTcount: A:0.27, C:0.24, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (324 bp):
GATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAAATAC
CATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCAGGGTTTATATTTTACTCGATTAAA
CGTCGGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTTTCATAAAATTATGTGACT
CGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAATGGGGTGCAACACGAGGACTT
CCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACAGAGTTCTGATGG
Found at i:1755 original size:594 final size:594
Alignment explanation
Indices: 627--1807 Score: 1882
Period size: 594 Copynumber: 2.0 Consensus size: 594
617 TTGCCATAAA
*
627 AAACTACAAATACCATCCTTTCTCGCTCTATCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATAT
1 AAACTACAAATACCATCCTTTCTCGCTCTATCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTGATAT
* *
692 TTTACTCGATTAAACGTCGGATGATTCAGTTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAACTTTTTC
66 TTTACTCGATTAAACGTCAGATGATTCAGTTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCAAAACTTTTTC
**
757 ATAAGGTTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAATGGGG
131 ATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAATGGGG
* ** *
822 TGCATCACGAGGACTTCCAGGAGGTCACCCACCCTAGTACTACTCTCGCCCATGCACGCTTAACT
196 TGCAACACGAGGACTTCCAAAAGGTCACCCACCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACT
*
887 GCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCCGGTATGACCGCACCCATCCCCTTTTGCCATA
261 ACGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCCGGTATGACCGCACCCATCCCCTTTTGCCATA
** * * * * *
952 ACTATACAAATACCGTCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTAATGTCTCATGGGTTTATGT
326 AAAATACAAATACCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCAATGTCTCACGGGTTTATAT
* * * *
1017 TTTACTCGATTAAACGTCGGCTAATTCGATTTTTTCACTTAATAAGGCTTTTCGAATTTTTTTCA
391 TTTACTCGATTAAACGTCGGCTAATTCGAGTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTTTTCA
*
1082 TAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATTAGG
456 TAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGCTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATTAGG
* * *
1147 GTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAA
521 GTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAA
1212 CTTTGTAAC
586 CTTTGTAAC
* * * *
1221 AAACTACAACTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTGATAT
1 AAACTACAAATACCATCCTTTCTCGCTCTATCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTGATAT
* * * *
1286 TTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCACTTATTAAGGCTTTCCGAAA-TTTTTC
66 TTTACTCGATTAAACGTCAGATGATTCAGTTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCAAAACTTTTTC
*
1350 ATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGG
131 ATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAA-ATGGG
* *
1415 GTGCAACACGAGGACTTCCAAAAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCATGCTTAAC
195 GTGCAACACGAGGACTTCCAAAAGGTCACCCACCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAAC
* ** * * *
1480 TACGGAGTTCTGATTGGATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCGAT
260 TACGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCCGGTATGACCGCACCCATCCCCTTTTGCCAT
* *
1545 AAAAAACTACAAATATCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTA
325 -AAAAA-TACAAATACCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCAATGTCTCACGGGTTTA
* *
1610 TATTTTACTCGATTAAACGTCGGCTGATTCG-GTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTTT
388 TATTTTACTCGATTAAACGTCGGCTAATTCGAGTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTTT
*
1674 TCATAAAGTTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGCTAAAAAATAAAAATTAAAAAAA-T
453 TCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGCTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATT
*
1738 GGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCT
518 AGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCT
1803 TAACT
583 TAACT
1808 ACGGAGTTTG
Statistics
Matches: 536, Mismatches: 48, Indels: 6
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
593 63 0.12
594 300 0.56
595 92 0.17
596 81 0.15
ACGTcount: A:0.29, C:0.24, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (594 bp):
AAACTACAAATACCATCCTTTCTCGCTCTATCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTGATAT
TTTACTCGATTAAACGTCAGATGATTCAGTTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCAAAACTTTTTC
ATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAATGGGG
TGCAACACGAGGACTTCCAAAAGGTCACCCACCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACT
ACGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCCGGTATGACCGCACCCATCCCCTTTTGCCATA
AAAATACAAATACCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCAATGTCTCACGGGTTTATAT
TTTACTCGATTAAACGTCGGCTAATTCGAGTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTTTTCA
TAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGCTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATTAGG
GTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAA
CTTTGTAAC
Found at i:1935 original size:331 final size:327
Alignment explanation
Indices: 1217--2082 Score: 1389
Period size: 327 Copynumber: 2.6 Consensus size: 327
1207 CTTAACTTTG
* * * *
1217 TAACAAACTACAACTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTG
1 TAACAAACTACAAATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTT
* * *
1282 ATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTTCACTTATTAAGGCTTTCCGAAA-TT
66 ATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGG-TTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTT
**
1346 TTTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGT
130 TTTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAAA
* * *
1411 TGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAAAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCATGCT
195 TGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAAAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCT
* * * *
1476 TAACTACGGAGTTCTGATTGGATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTG
260 TAACTACGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATCAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTG
*
1541 CGA
325 CCA
* * *
1544 TAAAAAACTACAAATATCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTT
1 TAACAAACTACAAATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTT
*
1609 ATATTTTACTCGATTAAACGTCGGCTGATTCGG-TTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTT
66 ATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTT
* *
1673 TTCATAAAGTTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGCTAAAAAATAAAAATTAAAAAAAT
131 TTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAAAT
*
1738 GGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCT
196 GGGGTGCAACACGAGGACTT-CCAAAAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCT
*
1803 TAACTACGGAGTTTGTTCTGATGGGATCCGGTGCATCGGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCT
260 TAACTACGGA----GTTCTGATGGGATCCGGTGCATCAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCT
1868 TTTGCCA
321 TTTGCCA
*
1875 TAACAAACTACAAATACCATCATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTT
1 TAACAAACTACAAATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTT
1940 -TATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAAT-AGGCTTTCCAAAATTTT
66 ATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTT
*
2003 TTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTTAAAAAAT
131 TTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAAAT
**
2068 AAGGTGCAACACGAG
196 GGGGTGCAACACGAG
2083 TAAAAAATAA
Statistics
Matches: 497, Mismatches: 35, Indels: 11
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
325 24 0.05
326 84 0.17
327 140 0.28
330 123 0.25
331 126 0.25
ACGTcount: A:0.29, C:0.23, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (327 bp):
TAACAAACTACAAATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTT
ATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTT
TTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAAAT
GGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAAAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCTT
AACTACGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATCAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGC
CA
Found at i:2300 original size:612 final size:610
Alignment explanation
Indices: 1495--7275 Score: 3683
Period size: 656 Copynumber: 9.0 Consensus size: 610
1485 AGTTCTGATT
* * *
1495 GGATCCGGTGCATTAGTGTTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCGATAAAAAACTACAAATA
1 GGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAAATA
*
1560 TCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTA
66 CCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTA
* * * *
1625 AACGTCGGCTGATTCGGTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTTTTCATAAAGTTATGTGA
131 AACGTCAGCTGATTCGGTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTACAAAATTTTTTCACAAAATTATGTGA
1690 CTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGCTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATGGGGTGCAACACGAGGA
196 CTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGCTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATGGGGTGCAACACGAGGA
*
1755 CTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGGAGTTTGTT
261 CTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAACACGCTTAACTACGGA----GTT
* * *
1820 CTGATGGGATCCGGTGCATCGGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTA
322 CTGATGGGATCCGGTGCATCAGTGATGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTA
*
1885 CAAATACCATCATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTT-TATTTTACT
387 CAAATACCATCATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGCGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACT
*
1949 CGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAAT-AGGCTTTCCAAAATTTTTTCATAAAAT
452 CGATTAAAAGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTTTTCATAAAAT
2013 TATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTTAAAA-AATAAGGTGCAA
517 TATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAA-TTAAAACAATAAGGTGCAA
2077 CACGAGTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATG
581 CACGAGTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATG
* *
2107 GGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATTATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAATA
1 GGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAAATA
* * * * *
2172 CCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTTTCA-TGGTTTGTTTTTTACTCGATTA
66 CCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTA
* *
2236 AACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTACGAAATTTTTTCACAAAATTATGTG
131 AACGTCAGCTGATTCG-GTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTACAAAATTTTTTCACAAAATTATGTG
*
2301 ACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATGGGGTGCAACACGAGG
195 ACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGCTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATGGGGTGCAACACGAGG
* * *
2366 ACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAACGCGCTTAACTACGGAGTTCTG
260 ACTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAACACGCTTAACTACGGAGTTCTG
* * *
2431 ATTGGATCCGGTGCTTTAGTGATGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAA
325 ATGGGATCCGGTGCATCAGTGATGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAA
* *
2496 ATACCTTCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGCGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
390 ATACCATCATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGCGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
*
2561 TTAAAAGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTTTTCATAAAGTTAT
455 TTAAAAGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTTTTCATAAAATTAT
* **
2626 GTGACTCGTCAACCCAATTCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAACAATGGGGTGCAACACG
520 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAACAATAAGGTGCAACACG
* ** * ** ** *
2691 AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACG
585 A-G---T---A--A----A---A----AATAAAAAT-T---AAAAAAATG
** * * * * * *
2741 CTTAACTACAGAATTCTGTTGGGATCCGATGCATTAGTGCTGATATGATCGCACCCGTCCCCTTT
1 --GGA-T-CCG-GTGC-ATT---A-G---TGC-----TG--G-TATGATCGCACCCATCCCCTTT
* * * * *
2806 TGCCA-AAACAAACTACAAATACCAACCTTTCTCGCTCTATCACCATTGTGGGCTCATGTCTCAC
45 TGCCATAAA-AAACTACAAATACCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCAC
* * * *
2870 AGGTTTGTATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGCTAATAAGGCTTT-CAA
109 GGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCG-GTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTAC-A
* * * * *
2934 AAAATTTTTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGCGG-TTAAAAAT-AAAATTC
172 AAATTTTTTCACAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGCTAAAAAATAAAAATTA
** * * * * ** * * *
2997 AAAAGTTCGGGTGCAACATGTGCACTTCTGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAA
237 AAAAAATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAA
* * * * * * * * *
3062 GCACACTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGACCCGGAGCATTAGGGCTGATATGATCGCACCCATCC
302 ACACGCTTAACTACGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATCAGTGATGGTATGATCGCACCCATCC
* * * * * * *
3127 CCTTTTGCCCA-AACAAACTACAAATCCCAACCTTTCTCGCTCTGTCACCTTTGTGGGCCCACGT
367 CCTTTTG-CCATAAAAAACTACAAATACCATCATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGCGCCCATGT
*** * *
3191 CTTGGGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTCAATAAGGCTT
431 CTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAAAGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGC-T
*
3256 TTCGAAAA-TTTTTCAT-AAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAA
495 TTCCAAAATTTTTTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAA
** * * *** * ** * *
3319 AATTAAAA-AATGGGGTGCAACACGAG-AACTTCCCAGGAGGACACCCATCCTAGTACTACTCT
560 AATTAAAACAATAAGGTGCAACACGAGTAA------A--A-AATAAAAAT--TA-AAAAAAT-G
* * ** * * * * * * * ** * * * ** *** *
3381 CG-CCCAAGCACGCTTTAACTACGGAGTACTAATGGGATCCGGT-GCATTAGTGCTGGT-GTGAT
1 GGATCC--G-GTGCATT-AGTGCTG-GTA-TGATCGCA-CCCATCCCCTT-TTGC-CATAAAAAA
* ** * * ** * * * *
3443 CGCACCCAT-CCCT-TTTTGCCATAACAAACTACAAATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTT
57 C-TACAAATACCATCCTTT--C-T--C--ACT-C---TGTCA-CC---CTTG-T-GGGC--CCAT
* * * * * *
3506 GTGGGCCCATGTTTCATGGTTTGTTTTTTACTCGATTAAACGTTAGCTGATTCGATTTTTTCAGT
102 GT---CTCA-----C-GGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCG-GTTTTTCAGT
* * * *
3571 TAATAAGGCTTTCCGAAAA-TTTTTCATAAAATTATGTGACTCGACAACCCAAATCCAACGAGGT
157 TAATAAGGCTTTAC-AAAATTTTTTCACAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGC
** *
3635 TAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACACGAGGACTT-CCAAGGAGGTCACCCATCCTA
221 TAAAAAATAAAAATTAAAAAAATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAA-GAGCTCACCCATCCTA
* * * * * ** * * *
3699 GTAATACTCTCGCCCTAGCACGCTTAACTGCAAAGTTCTGATTGGATCCGGTGCATTAGTGCTGG
285 ATACTACTCTCGCCCAAACACGCTTAACTACGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATCAGTGATGG
* * * * * *
3764 TATGATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAACAAACTACAACTACTATCCTTTCTCACTCTGTCAC
350 TATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAAATACCATCATTTCTCGCTCTGTCAC
* * * *
3829 ACTTGTGGGCTCATGTCTCAC-GGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTT
415 CCTTGTGCGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAAAGTCAGCTGATTCGGTTTTT
* * *
3893 TCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCTTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACG
480 TCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTTTTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACG
* *
3958 AGGTTAAAAAAT-AAAATTAAAA-AGTTAGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCAT
545 AGGTTAAAAAATAAAAATTAAAACA-ATAAGGTGCAACACGA-G---T---A--A----A---A-
* ** * * *
4021 CCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACGCTTAACTAC
592 ---AATAAAAAT-T-A---AA--A-----AAAT-G
* * ** * *
4056 GGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCTTTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCA-AAA
1 GGA-TCCGGTG-----------CATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAA
* *
4120 CAAACTACAAATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATA
54 -AAACTACAAATACCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATA
* ** ** * *
4185 TTTTACTCGATTAAACATCAGCAAATTCGGTTTTTTTCCCTTAATAAGGCTTTTCGAAATTTTTT
118 TTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGG--TTTTTCAGTTAATAAGGCTTTACAAAATTTTTT
** * *
4250 CTTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAATTGG
181 CACAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGCTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATGG
* * * * *
4315 GGTGCATCACGAGGACTT-CCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTTTCGCCCAAGCACGCTT
246 GGTGCAACACGAGGACTTCCCAA-GAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAACACGCTT
* * * * *
4379 AACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGAATTAGTGCTGGTATGATCACACCCATCCCCTTTTGC
310 AACTACGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATCAGTGATGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGC
* * * * * * * * *
4444 CGTAACAAACTACAACTACTATCCTTTTCTCGCTCCGTCACACTTGTGGGCTCATGTCTCACGGG
375 CATAAAAAACTACAAATACCAT-CATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGCGCCCATGTCTCACGGG
* * *
4509 TTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAAT
439 TTTATATTTTACTCGATTAAAAGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAT
* *
4574 TTTTTCTTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGTTTAAAAAAT-AAAATTAAAA-
504 TTTTTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAC
* * ** *
4637 AGTTAGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGATCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCA
569 A-ATAAGGTGCAACACGA-G---T---A--A-A--A---A----A-TAAAAAT-T-----AA--A
** *
4702 CGCTTAACG
605 ---AAAATG
* * * ** * *
4711 ACAGAGTTCTGATGGGATCCGATGCTTTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTCTGCCA-A
1 --GGA-TCCGGTG------C-A----TTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATA
* * * * * *
4775 AACAAACTACAAATACCATGCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTAGGCCCATGTTTCA-TGGTTTG
52 AA-AAACTACAAATACCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTA
* * * * *
4839 TTTTTTACCCGATTAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAA-TTTT
116 TATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCG-GTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTACAAAATTTTT
* * * *
4903 TCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACCAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATG
180 TCACAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGCTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATG
* * * * * * *
4968 GGGTGCAACGCGAGGACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCTAGCACGCTT
245 GGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAACACGCTT
* ** * * * * *
5033 AACTGCAAAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATTATCGCACCCATTCCCTTTTGC
310 AACTACGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATCAGTGATGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGC
* * * * * * *
5098 CATAACAAACTACAACTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGAT
375 CATAAAAAACTACAAATACCATCATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGCGCCCATGTCTCACGGGT
* * * *
5163 TTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTTATAAGGCTTTCCGAAATT
440 TTATATTTTACTCGATTAAAAGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATT
*
5228 TTTTCATAAAGTTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTT-AAAAATAAAAATTAAAA-A
505 TTTTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAACA
** * * ** *** *** ** * *
5291 ATGGGGGGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAGTACTC
570 ATAAGGTGCAACACGA-G---T---AAAAAAT-AAAAATTAAAAAAATG
*** *** * * * * * * ** * * *
5340 CTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGGAGTTCTGATGGGATCCGGT--GCTTTAGTGCTGAT-AT
1 GGAT--CCGGTGCA---TT-AGTGCTG-G-TATGATCGCA-CCCATCCCCTTT--TGC-CATAAA
* * * ** * * * ** * ** **
5402 GATCGCACCCATCCCCTTCTGCCAAAACAAACTACAAAT-ACCATGCTTTCTCGCTCTGTCACCC
54 AAAC-TACAAATACCATCCTTTC---TC--ACT-C-TGTCACC---C--T-T-G---TGGG-CCC
* * * * * * *
5466 TTGTAGGCCCATGTTTCATGGTTTGTTTTTTACCCGATTAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCA
100 ATGT---CTCA-----C-GGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCG-GTTTTTCA
* * *
5531 GTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGG
155 GTTAATAAGGCTTTACAAAATTTTTTCACAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGG
* * * * * *
5596 TTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACGCGAGGACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTA
220 CTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTA
* * * ** * * *
5661 GTACTACTCTCGCCCTAGCACGCTTAACT-CTAAAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTG
285 ATACTACTCTCGCCCAAACACGCTTAACTAC-GGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATCAGTGATG
* * * * * *
5725 GTATTATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAACAAACTACAACTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCA
349 GTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAAATACCATCATTTCTCGCTCTGTCA
* * * * *
5790 CCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGATTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGAATCGGTTTT
414 CCCTTGTGCGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAAAGTCAGCTGATTCGGTTTT
* * * * *
5855 TTCACTTTATAAGTCTTTCCGAAATTTTTTTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCGA
479 TTCAGTTAATAAGGCTTTCC-AAAATTTTTTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAA
* **
5920 CGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAA-AGTTGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCC
543 CGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAACA-ATAAGGTGCAACACGA-G---T---AA-A----A---
*** *
5984 ATCCTAGTACTACTCTCGCCTAAGCACACTTAACTG
592 A----A-TA--AAAAT----TAA--A-A---AAATG
** * * ** * *
6020 CAAAGTTCTGATGGGATCCAGTGCATTAGTGCTGGTAAGATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAA
1 -GGA-TCCGGTG-----------CATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAA
* * * * * **
6085 CAAACTACAACTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGTATTTATA
53 AAAACTACAAATACCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATA
* * * * *
6150 TTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGTTTTTTTCACTTTATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTC
118 TTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCG-GTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTACAAAATTTTTTC
* * *
6215 ATAAAGTTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATGGG
182 ACAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGCTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATGGG
* * * *
6280 GGGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAGTACTCCTCTCGCCCAAGCACGCTTAA
247 GTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAACACGCTTAA
* * * *
6345 CTACGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCTTTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCA
312 CTACGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATCAGTGATGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCA
* * *
6410 -AAACAAACTACAAATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTAG-GCCCATGTTTCA-TGGT
377 TAAA-AAACTACAAATACCATCATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGT-GCGCCCATGTCTCACGGGT
* * * * *
6472 TTGTTTTTTTACCCGATTAAATGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAA
440 TT-ATATTTTACTCGATTAAAAGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCC-AAAA
6537 -TTTTTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAA
503 TTTTTTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAA
** * * ***
6601 -AGATGGGGTGCAACGCGAGGACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCTAGC
568 CA-ATAAGGTGCAACACGA-G---T---A--A----A---A----AATA--AAAAT-----TA--
** *
6665 ACGCTTAACTG
603 A---AAAAATG
** * * ** * *
6676 CAAAGTTCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATTATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAA
1 -GGA-TCCGGTG-----------CATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAA
* * * * * * *
6741 CAAACTACAACTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACAGATTTATA
53 AAAACTACAAATACCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATA
* * * * *
6806 TTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGAATCGGTTTTTTCACTTTATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTC
118 TTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGG-TTTTTCAGTTAATAAGGCTTTACAAAATTTTTTC
* * * * **
6871 ATAAAATTATGTTACTCGTCAACCCAAATCCGACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAACTTGGG
182 ACAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGCTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATGGG
* * * * *
6936 GTGCAACACGAGGGCTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTAA
247 GTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAACACGCTTAA
* ** * * *
7001 CTGCAAAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATTCCCTTTTGCCA
312 CTACGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATCAGTGATGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCA
* * * * * *
7066 TAACAAACTACAACTACTATCATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGATTT
377 TAAAAAACTACAAATACCATCATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGCGCCCATGTCTCACGGGTTT
* * *
7131 ATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTTATAAGGCTTTCCAAAATTTT
442 ATATTTTACTCGATTAAAAGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTT
* *
7196 TTCATAAAGTTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAAAT
507 TTCATAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAACAAT
** *
7261 GGGGGGCAACACGAG
572 AAGGTGCAACACGAG
7276 GACTTCCCAG
Statistics
Matches: 4319, Mismatches: 571, Indels: 515
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
608 114 0.03
609 51 0.01
610 85 0.02
611 35 0.01
612 261 0.06
614 1 0.00
617 1 0.00
619 1 0.00
620 2 0.00
621 5 0.00
622 4 0.00
623 10 0.00
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626 7 0.00
627 1 0.00
628 3 0.00
629 3 0.00
630 9 0.00
631 7 0.00
632 3 0.00
633 1 0.00
634 6 0.00
635 5 0.00
636 6 0.00
637 5 0.00
638 3 0.00
639 6 0.00
640 9 0.00
641 5 0.00
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647 4 0.00
650 1 0.00
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652 228 0.05
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656 843 0.20
657 622 0.14
658 5 0.00
659 1 0.00
660 8 0.00
661 9 0.00
662 3 0.00
663 8 0.00
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672 1 0.00
674 2 0.00
675 6 0.00
676 2 0.00
677 6 0.00
678 2 0.00
679 1 0.00
680 11 0.00
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686 5 0.00
687 4 0.00
688 2 0.00
691 2 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (610 bp):
GGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAAATA
CCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTA
AACGTCAGCTGATTCGGTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTACAAAATTTTTTCACAAAATTATGTGA
CTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGCTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATGGGGTGCAACACGAGGA
CTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAACACGCTTAACTACGGAGTTCTGA
TGGGATCCGGTGCATCAGTGATGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAAA
TACCATCATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGCGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGAT
TAAAAGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTTTTCATAAAATTATG
TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAACAATAAGGTGCAACACGA
GTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATG
Found at i:2346 original size:281 final size:282
Alignment explanation
Indices: 1823--2364 Score: 928
Period size: 281 Copynumber: 1.9 Consensus size: 282
1813 GTTTGTTCTG
*
1823 ATGGGATCCGGTGCATCGGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATCAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1888 ATACCATCATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTTATTTTACTCGAT
66 ATACCATCATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTTATTTTACTCGAT
* * *
1953 TAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAGGCTTTCCAAAATTTTTTCATAAAATTATGT
131 TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAGGCTTTACAAAATTTTTTCACAAAATTATGT
2018 GACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTT-AAAAAATAAGGTGCAACACGA
196 GACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTTAAAAAAATAAGGTGCAACACGA
2082 GTAAAAAATAAAAATTAAAAAA
261 GTAAAAAATAAAAATTAAAAAA
* *
2104 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATTATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATCAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * * *
2169 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTTTCA-TGGTTTGTTTTTTACTCGA
66 ATACCATCATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTT-TATTTTACTCGA
*
2233 TTAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTACGAAATTTTTTCACAAAATTAT
130 TTAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAAT-AGGCTTTACAAAATTTTTTCACAAAATTAT
**
2298 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAA-TTAAAAAAATGGGGTGCAACAC
194 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTTAAAAAAATAAGGTGCAACAC
2362 GAG
259 GAG
2365 GACTTCCCAG
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 13, Indels: 5
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
280 5 0.02
281 151 0.62
282 89 0.36
ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (282 bp):
ATGGGATCCGGTGCATCAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
ATACCATCATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTTATTTTACTCGAT
TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAGGCTTTACAAAATTTTTTCACAAAATTATGT
GACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTTAAAAAAATAAGGTGCAACACGA
GTAAAAAATAAAAATTAAAAAA
Found at i:3167 original size:326 final size:327
Alignment explanation
Indices: 2104--7608 Score: 8115
Period size: 328 Copynumber: 16.8 Consensus size: 327
2094 AATTAAAAAA
*
2104 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATTATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * * * *
2169 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTTTCATGGTTTGTTTTTTACTCGAT
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGTTTATATTTTACTCGAT
* * * *
2234 TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTACGAAATTTTTTCACAAAATTATG
131 TAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGCTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTATG
*
2299 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATGGGGTGCAACACGA
196 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGA
* * * * *
2364 GGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAACGCGCTTAACTACGGAGTTC
261 GGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTC
2429 TG
326 TG
* * * *
2431 ATTGGATCCGGTGCTTTAGTGATGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * *
2496 ATACCTTCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGCGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCAC-GGTTTATATTTTACTCGA
* * * *
2561 TTAAAAGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTTTTCATAAAGTTAT
130 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGCTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
*
2626 GTGACTCGTCAACCCAATTCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAACA-ATGGGGTGCAACAC
195 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAA-AGATGGGGTGCAACAC
* *
2690 GAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACAGAAT
259 GAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGT
2755 TCTG
324 TCTG
* * * * *
2759 TTGGGATCCGATGCATTAGTGCTGATATGATCGCACCCGTCCCCTTTTGCCAAAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * * *
2824 ATACCAACCTTTCTCGCTCTATCACCATTGTGGGCTCATGTCTCACAGGTTTGTATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCAC-GGTTTATATTTTACTCGA
* ** *
2889 TTAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGCTAATAAGGCTTTCAAAAAATTTTTCATAAAATTAT
130 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGCTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
* * * * *
2954 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGCGGTT-AAAAAT-AAAATTCAAAAGTTCGGGTGCAACATG
195 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACG
* * ** * *
3017 TGCACTTCTGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTAACTGCGGAGTT
260 AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTT
3082 CTG
325 CTG
* * * *
3085 ATGGGACCCGGAGCATTAGGGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCCA-AACAAACTACA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTG-CCATAACAAACTACA
* * * * * ***
3149 AATCCCAACCTTTCTCGCTCTGTCACCTTTGTGGGCCCACGTCTTGGGGGTTTATATTTTACTCG
65 AATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTC-TCACGGTTTATATTTTACTCG
* *
3214 ATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAG-TCAATAAGGCTTTTCGAAAATTTTTCAT-AAATT
129 ATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGCT-AATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATT
3277 ATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAA-ATGGGGTGCAACA
193 ATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACA
* * * *
3341 CGAGAACTTCCCAGGAGGACACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTTAACTACGGA
258 CGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGC-TTAACTGCAGA
* *
3406 GTACTA
322 GTTCTG
* *
3412 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTGTGATCGCACCCATCCCTTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * * * *
3477 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTTTCATGGTTTGTTTTTTACTCGAT
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGTTTATATTTTACTCGAT
* * * *
3542 TAAACGTTAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATG
131 TAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGCTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTATG
* *
3607 TGACTCGACAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACACGA
196 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGA
* * * *
3672 GGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTAATACTCTCGCCCTAGCACGCTTAACTGCAAAGTTC
261 GGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTC
3737 TG
326 TG
* *
3739 ATTGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * * *
3804 CTACTATCCTTTCTCACTCTGTCACACTTGTGGGCTCATGTCTCACGGTTTATATTTTACTCGAT
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGTTTATATTTTACTCGAT
*
3869 TAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCA-CTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCTTAAAATTAT
131 TAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGC-TAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
* *
3933 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAAT-AAAATTAAAAAGTTAGGGTGCAACACG
195 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACG
* * *
3997 AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCACCCAAGCACGCTTAACTACGGAGTT
260 AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTT
4062 CTG
325 CTG
* * *
4065 ATGGGATCCGGTGCTTTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCAAAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
4130 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCAC-GGTTTATATTTTACTCGA
* ** * * *
4195 TTAAACATCAGCAAATTCGGTTTTTTTC-CCTTAATAAGGCTTTTCGAAATTTTTTCTTAAAATT
130 TTAAACGTCAGCTGATTCGG-TTTTTTCAGC-TAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATT
*
4259 ATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAA-ATTGGGGTGCATC
193 ATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGA-TGGGGTGCAAC
* * *
4323 ACGAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTTTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGA
257 ACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGA
4388 GTTCTG
322 GTTCTG
* * *
4394 ATGGGATCCGGTGAATTAGTGCTGGTATGATCACACCCATCCCCTTTTGCCGTAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * * *
4459 CTACTATCCTTTTCTCGCTCCGTCACACTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCG
66 ATACCATCC-TTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCAC-GGTTTATATTTTACTCG
*
4524 ATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCA-CTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCTTAAAATT
129 ATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGC-TAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATT
* * *
4588 ATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGTTTAAAAAAT-AAAATTAAAAAGTTAGGGTGCAACA
193 ATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACA
*
4652 CGAGGACTTCCCAGGAGATCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAAC-GACAGA
258 CGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTG-CAGA
4716 GTTCTG
322 GTTCTG
* * * * *
4722 ATGGGATCCGATGCTTTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTCTGCCAAAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * * * * * * *
4787 ATACCATGCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTAGGCCCATGTTTCATGGTTTGTTTTTTACCCGAT
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGTTTATATTTTACTCGAT
* *
4852 TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAA-TTTTTCATAAAATTATG
131 TAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGCTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTATG
* *
4916 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACCAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACGCGA
196 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGA
* * *
4981 GGACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCTAGCACGCTTAACTGCAAAGTTC
261 GGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTC
5046 TG
326 TG
* * *
5048 ATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATTATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* *
5113 CTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGATTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGG-TTTATATTTTACTCGA
* *
5178 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCA-CTTTATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAGTTA
130 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGC-TAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTA
*
5242 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTT-AAAAATAAAAATTAAAAA-ATGGGGGGCAACAC
194 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACAC
* * * * *
5305 GAGGACTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAGTACTCCTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGGAGT
259 GAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGT
5370 TCTG
324 TCTG
* * * *
5374 ATGGGATCCGGTGCTTTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTCTGCCAAAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * * * * * * *
5439 ATACCATGCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTAGGCCCATGTTTCATGGTTTGTTTTTTACCCGAT
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGTTTATATTTTACTCGAT
* *
5504 TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTATG
131 TAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGCTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTATG
*
5569 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACGCGA
196 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGA
* * *
5634 GGACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCTAGCACGCTTAACT-CTAAAGTT
261 GGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGC-AGAGTT
5698 CTG
325 CTG
* * *
5701 ATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATTATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* *
5766 CTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGATTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGG-TTTATATTTTACTCGA
* * *
5831 TTAAACGTCAGCTGAATCGGTTTTTTCA-CTTTATAAGTCTTTCCGAAATTTTTTTCATAAAATT
130 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGC-TAATAAGGCTTTCCGAAA-TTTTTTCATAAAATT
* *
5895 ATGTGACTCGTCAACCCAAATCCGACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACA
193 ATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACA
* * * *
5960 CGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCTAAGCACACTTAACTGCAAAG
258 CGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAG
6025 TTCTG
323 TTCTG
* * *
6030 ATGGGATCCAGTGCATTAGTGCTGGTAAGATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * *
6095 CTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGTATTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACG-GTTTATATTTTACTCGA
* * *
6160 TTAAACGTCAGCTGATTCGTTTTTTTCA-CTTTATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAGTTA
130 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGC-TAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTA
* *
6224 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATGGGGGGCAACAC
194 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACAC
* * * * *
6289 GAGGACTTCCCAAGAGCTCACCCATCCTAGTACTCCTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGGAGT
259 GAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGT
6354 TCTG
324 TCTG
* * *
6358 ATGGGATCCGGTGCTTTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCAAAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * * * * * *
6423 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTAGGCCCATGTTTCATGGTTTGTTTTTTTACCCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGTTT-ATATTTTACTCGA
* * * *
6488 TTAAATGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTAT
130 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGCTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
*
6553 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACGCG
195 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACG
* * *
6618 AGGACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCTAGCACGCTTAACTGCAAAGTT
260 AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTT
6683 CTG
325 CTG
* * *
6686 ATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATTATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * *
6751 CTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACAGATTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCAC-GGTTTATATTTTACTCGA
* *
6816 TTAAACGTCAGCTGAATCGGTTTTTTCA-CTTTATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTA
130 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGC-TAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTA
* * **
6880 TGTTACTCGTCAACCCAAATCCGACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAACTTGGGGTGCAACAC
194 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACAC
* * * *
6945 GAGGGCTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTTAACTGCAAAGT
259 GAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGT
7010 TCTG
324 TCTG
*
7014 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * *
7079 CTACTATCATTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGATTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGG-TTTATATTTTACTCGA
* * *
7144 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCA-CTTTATAAGGCTTTCCAAAATTTTTTCATAAAGTTA
130 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGC-TAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTA
* *
7208 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAAATGGGGGGCAACAC
194 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACAC
* * * *
7273 GAGGACTTCCCAGGAGCTCACCCATCCTAATACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGGAGT
259 GAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAG-
7338 TCTATTCTG
323 ----TTCTG
**
7347 ATGGGATCCGGTGCATCGGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * *
7412 ATACCATTCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCAC-GGTTTATATTTTACTCGA
* * * * *
7477 TTAAACGACAGCTGATTCAGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTTCAAAATTTTTTCATAAAATTAT
130 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGCTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
*
7542 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGATAAAAAATAAAAATTTAAAAA-ATGGGGTGCAACAC
195 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAA-TTAAAAAGATGGGGTGCAACAC
7606 GAG
259 GAG
7609 TAAAAAATAA
Statistics
Matches: 4687, Mismatches: 440, Indels: 96
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
325 191 0.04
326 1000 0.21
327 825 0.18
328 1806 0.39
329 546 0.12
330 72 0.02
333 238 0.05
334 9 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (327 bp):
ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGTTTATATTTTACTCGAT
TAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGCTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTATG
TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGA
GGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTC
TG
Found at i:7888 original size:282 final size:283
Alignment explanation
Indices: 7347--7890 Score: 914
Period size: 282 Copynumber: 1.9 Consensus size: 283
7337 TTCTATTCTG
* *
7347 ATGGGATCCGGTGCATCGGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATCAGTGCTGGTATGATCGCACCCAACCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* *
7412 ATACCATTCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACCCGA
* *
7477 TTAAACGACAGCTGATTCAGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTTCAAAATTTTTTCATAAAATTAT
131 TTAAACGACAGCTGATTCAGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTAT
7542 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGATAAAAAATAAAAATTTAAAAAATGGGGTGCAACACG
196 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGATAAAAAATAAAAATTTAAAAAATGGGGTGCAACACG
7607 AGTAAAAAATAAAAATTAAAAAA
261 AGTAAAAAATAAAAATTAAAAAA
*
7630 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCAACCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATCAGTGCTGGTATGATCGCACCCAACCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * * * *
7695 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCTTGTCTCA-TGGTTTGTTTTTTACCCGA
66 ATACCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACCCGA
*
7759 TTAAACGTCAGCTGATTC-GATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTA
131 TTAAACGACAGCTGATTCAG-TTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTA
* *
7823 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGGGGTTAAAAAATAAAAA-TTAAAAAGATGGGGTGCAACA
195 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGATAAAAAATAAAAATTTAAAAA-ATGGGGTGCAACA
7887 CGAG
259 CGAG
7891 GACTTCCGAG
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 15, Indels: 5
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
281 8 0.03
282 132 0.54
283 104 0.43
ACGTcount: A:0.32, C:0.22, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (283 bp):
ATGGGATCCGGTGCATCAGTGCTGGTATGATCGCACCCAACCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
ATACCATCCTTTCTCACTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACCCGA
TTAAACGACAGCTGATTCAGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTAT
GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGATAAAAAATAAAAATTTAAAAAATGGGGTGCAACACG
AGTAAAAAATAAAAATTAAAAAA
Found at i:8434 original size:328 final size:328
Alignment explanation
Indices: 7630--9855 Score: 3455
Period size: 328 Copynumber: 6.8 Consensus size: 328
7620 AATTAAAAAA
* *
7630 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCAACCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAA
* * * * *
7695 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCTTGTCTCA-TGGTTTGTTTTTTACCCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
* * *
7759 TTAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTAT
131 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
* *
7824 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGGGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACG
196 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACACG
* **
7889 AGGACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAA-CACGCTTAACTGCAAAGTT
261 AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
7953 CTG
326 CTG
* *
7956 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAA
* * **
8021 CTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTTATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
* * *
8086 TTAAACGTCAGCTAATTCGGTTTTTTCACTTTATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
131 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
*
8151 TTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACACG
196 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACACG
* *
8216 AGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGGAGTT
261 AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
8281 CTG
326 CTG
* *
8284 GTGGGATCCGGTGCATTGGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAA
8349 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
* * * *
8414 TTAAACGTCGGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTTTTCATAAAGTTTT
131 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
* **
8479 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATAAGGTGCAACACG
196 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACACG
* * * *
8544 AGGACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTTTCGCCCAAGCACACTGAACTGCGGAGTT
261 AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
8609 CTG
326 CTG
* * * *
8612 ATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGATATGATCGCACCTATCCCCTTTTACCA-AAACAAACTACA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAA-AAACTACA
* * * *
8676 AATACCAACCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTATGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTAATTTACTCG
65 AATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCG
* * * * *
8741 ATTAAATGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGGTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTG
130 ATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTA
* *
8806 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAATGAGGTTAAAAAATAAAAATTCAAAAGTTGGGGTGCAACAC
195 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACAC
* ** *
8871 GAGTACTTCTTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGTGT
260 GAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGT
8936 TCTG
325 TCTG
8940 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAAA-TACA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAA-AAAACTACA
*
9004 AATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCG
65 AATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCG
** ** * *
9069 ATTAAACGTCAGCAAATTCGGTTTTTTCCCTTAATAAGGCTTTTCGAAATTTTTTCTTAAAATTA
130 ATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTA
* * *
9134 TGTAACTCGTCAACCCAAATCC-ACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAATTGGGGTGCATCAC
195 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACAC
*
9198 GAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCCGCCCAAGCACGCTT-ACTGCGGAG
260 GAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCT-CGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAG
9262 TTCTG
324 TTCTG
* * * *
9267 ATGGGATCCGGTGAATTAGTGCTGGTATGATCACACCCATCCCCTTTTGCCGTAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAA
* * * * *
9332 CTACTATCCTTTCTCGCTCCGTCACACTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
* *
9397 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTTCTTAAAATTA
131 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAA-TTTTTTCATAAAATTA
* *
9462 TGTGACTTGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAAT-AAAATTAAAAAGTTAGGGTGCAACAC
195 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACAC
*
9526 GAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGGAGT
260 GAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGT
9591 TCTG
325 TCTG
* * *
9595 ATGGGATCCGGTGCTTTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCA-AAACCAACTACA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAA-AAACTACA
* * * * * *
9659 AATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTAGGCCCATGTTTCA-TGGTTTGTTTTTTACCCG
65 AATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCG
* *
9723 ATTAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTA
130 ATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTA
* *
9788 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGATAAAAAATAAAAATTTAAAAA-ATGGGGTGCAACA
195 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAA-TTAAAAAGTTGGGGTGCAACA
9852 CGAG
259 CGAG
9856 TAAAAAATAA
Statistics
Matches: 1734, Mismatches: 153, Indels: 25
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
326 156 0.09
327 528 0.30
328 1029 0.59
329 20 0.01
330 1 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (328 bp):
ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACTACAA
ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACACG
AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
CTG
Found at i:9438 original size:983 final size:982
Alignment explanation
Indices: 7630--9857 Score: 3719
Period size: 983 Copynumber: 2.3 Consensus size: 982
7620 AATTAAAAAA
* * *
7630 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCAACCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCAAAACAAACTACAA
*
7695 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCTTGTCTCATGGTTTGTTTTTTACCCGAT
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCATGGTTTGTTTTTTACCCGAT
*
7760 TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTATG
131 TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATG
*
7825 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGGGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGA
196 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGA
*
7890 GGACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAACACGCTTAACTGCAAAGTTCT
261 GTACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAACACGCTTAACTGCAAAGTTCT
* *
7955 GATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAACAAACTACA
326 GATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAAATACA
* * *
8020 ACTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTTATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCG
391 AATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCG
* *
8085 ATTAAACGTCAGCTAATTCGGTTTTTTCACTTTATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTA
456 ATTAAACGTCAGCAAATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTA
* * *
8150 TTTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACAC
521 TGTAACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAATTGGGGTGCAACAC
8215 GAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGGAGT
586 GAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGGAGT
* * * *
8280 TCTGGTGGGATCCGGTGCATTGGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACT
651 TCTGATGGGATCCGGTGAATTAGTGCTGGTATGATCACACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACT
* *
8345 ACAAATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTAC
716 ACAAATACCATCCTTTCTCGCTCCGTCACACTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTAC
* *
8410 TCGATTAAACGTCGGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCC-AAAATTTTTTCATAAA
781 TCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTTCATAAA
* *
8474 GTTTTGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATAAGGTGCA
846 ATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAAT-AAAATTAAAAAGATAAGGTGCA
* * *
8539 ACACGAGGACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTTTCGCCCAAGCACACTGAACTGCG
910 ACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTGAACTACG
8604 GAGTTCTG
975 GAGTTCTG
* * *
8612 ATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGATATGATCGCACCTATCCCCTTTTACCAAAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCAAAACAAACTACAA
* * * ** *
8677 ATACCAACCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTATGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTAATTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCA-TGGTTTGTTTTTTACCCGA
* * *
8742 TTAAATGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGGTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTGT
130 TTAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTAT
* * *
8807 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAATGAGGTTAAAAAATAAAAATTCAAAAGTTGGGGTGCAACACG
195 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACG
** ***
8872 AGTACTTCTTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGTGTT
260 AGTACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAA-CACGCTTAACTGCAAAGTT
8937 CTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAAATA
324 CTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAAATA
9002 CAAATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACT
389 CAAATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACT
* * *
9067 CGATTAAACGTCAGCAAATTCGGTTTTTTCCCTTAATAAGGCTTTTCGAAATTTTTTCTTAAAAT
454 CGATTAAACGTCAGCAAATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAAT
*
9132 TATGTAACTCGTCAACCCAAATCC-ACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAATTGGGGTGCATC
519 TATGTAACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAATTGGGGTGCAAC
*
9196 ACGAGGACTT-CCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCCGCCCAAGCACGCTT-ACTGCG
584 ACGAGGACTTCCCAA-GAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCT-CGCCCAAGCACGCTTAACTACG
* *
9259 GAGTTCTGATGGGATCCGGTGAATTAGTGCTGGTATGATCACACCCATCCCCTTTTGCCGTAACA
647 GAGTTCTGATGGGATCCGGTGAATTAGTGCTGGTATGATCACACCCATCCCCTTTTGCCATAAAA
* * *
9324 AACTACAACTACTATCCTTTCTCGCTCCGTCACACTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATT
712 AACTACAAATACCATCCTTTCTCGCTCCGTCACACTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATT
* *
9389 TTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTTCT
777 TTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTTCA
* * *
9454 TAAAATTATGTGACTTGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAATTAAAAAGTTAGGGT
842 TAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAATTAAAAAGATAAGGT
* *
9519 GCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACT
907 GCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTGAACT
9584 ACGGAGTTCTG
972 ACGGAGTTCTG
* *
9595 ATGGGATCCGGTGCTTTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCAAAACCAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCAAAACAAACTACAA
* *
9660 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTAGGCCCATGTTTCATGGTTTGTTTTTTACCCGAT
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCATGGTTTGTTTTTTACCCGAT
9725 TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATG
131 TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATG
*
9790 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGATAAAAAATAAAAATTTAAAAA-ATGGGGTGCAACACG
196 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAA-TTAAAAAGATGGGGTGCAACACG
9854 AGTA
260 AGTA
9858 AAAAATAAAA
Statistics
Matches: 1153, Mismatches: 87, Indels: 12
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
982 240 0.21
983 622 0.54
984 291 0.25
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (982 bp):
ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCAAAACAAACTACAA
ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCATGGTTTGTTTTTTACCCGAT
TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATG
TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGA
GTACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAACACGCTTAACTGCAAAGTTCT
GATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAAATACA
AATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCG
ATTAAACGTCAGCAAATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTA
TGTAACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAATTGGGGTGCAACAC
GAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGGAGT
TCTGATGGGATCCGGTGAATTAGTGCTGGTATGATCACACCCATCCCCTTTTGCCATAAAAAACT
ACAAATACCATCCTTTCTCGCTCCGTCACACTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTAC
TCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTTCATAAA
ATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAATTAAAAAGATAAGGTGCAA
CACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACACTGAACTACGG
AGTTCTG
Found at i:9595 original size:655 final size:654
Alignment explanation
Indices: 7630--9855 Score: 3537
Period size: 655 Copynumber: 3.4 Consensus size: 654
7620 AATTAAAAAA
* *
7630 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCAACCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAAATACAA
* * * *
7695 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCTTGTCTCATGGTTTGTTTTTTACCCGAT
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCAGGGTTTATATTTTACCCGAT
7760 TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTATG
131 TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTATG
*
7825 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGGGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGA
196 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGA
* **
7890 GGACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAA-CACGCTTAACTGCAAAGTTC
261 GGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTT-ACTGCGGAGTTC
*
7954 TGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAACAAACTAC
325 TGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTAC
*
8019 AACTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTTATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTC
390 AACTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTC
* *
8084 GATTAAACGTCAGCTAATTCGGTTTTTTCACTTTATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATT
455 GATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATT
*
8149 ATTTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACA
520 ATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACA
*
8214 CGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGGAG
585 CGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGGAG
8279 TTCTG
650 TTCTG
* *
8284 GTGGGATCCGGTGCATTGGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAA-AAAACTACA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAAA-TACA
*
8348 AATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCG
65 AATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCA-GGGTTTATATTTTACCCG
* * * * *
8413 ATTAAACGTCGGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTTTTCATAAAGTTT
129 ATTAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTA
**
8478 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATAAGGTGCAACAC
194 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACAC
* * * *
8543 GAGGACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTTTCGCCCAAGCACACTGAACTGCGGAGT
259 GAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCT-TACTGCGGAGT
* * * * *
8608 TCTGATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGATATGATCGCACCTATCCCCTTTTACCAAAACAAACT
323 TCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACT
* * * * * * *
8673 ACAAATACCAACCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTATGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTAATTTAC
388 ACAACTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTAC
* * * * *
8738 TCGATTAAATGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGGTTTCCGAAAATTTTTCATAAAA
453 TCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAA
* * *
8803 TTGTGTGACTCGTCAACCCAAATCCAATGAGGTTAAAAAATAAAAATTCAAAAGTTGGGGTGCAA
518 TTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAA
* ** *
8868 CACGAGTACTTCTTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGG
583 CACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGG
*
8933 TGTTCTG
648 AGTTCTG
8940 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAAATACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAAATACAA
* *
9005 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCA-GGGTTTATATTTTACCCGA
** * ** * * * *
9070 TTAAACGTCAGCAAATTCGGTTTTTTCCCTTAATAAGGCTTTTCGAAATTTTTTCTTAAAATTAT
130 TTAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTAT
* *
9135 GTAACTCGTCAACCCAAATCC-ACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAA-ATTGGGGTGCATCAC
195 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGA-TGGGGTGCAACAC
9198 GAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCCGCCCAAGCACGCTTACTGCGGAGT
259 GAGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCT-CGCCCAAGCACGCTTACTGCGGAGT
* * *
9263 TCTGATGGGATCCGGTGAATTAGTGCTGGTATGATCACACCCATCCCCTTTTGCCGTAACAAACT
323 TCTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACT
* *
9328 ACAACTACTATCCTTTCTCGCTCCGTCACACTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTAC
388 ACAACTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTAC
*
9393 TCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTTCTTAAA
453 TCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAA-TTTTTTCATAAA
* *
9458 ATTATGTGACTTGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAAT-AAAATTAAAAAGTTAGGGTGCA
517 ATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCA
9522 ACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACG
582 ACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACG
9587 GAGTTCTG
647 GAGTTCTG
* * * * *
9595 ATGGGATCCGGTGCTTTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCAAAACCAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAAATACAA
* * * * *
9660 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTAGGCCCATGTTTCATGGTTTGTTTTTTACCCGAT
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCAGGGTTTATATTTTACCCGAT
*
9725 TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATG
131 TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTATG
*
9790 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGATAAAAAATAAAAATTTAAAAA-ATGGGGTGCAACACG
196 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAA-TTAAAAAGATGGGGTGCAACACG
9854 AG
260 AG
9856 TAAAAAATAA
Statistics
Matches: 1431, Mismatches: 131, Indels: 19
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
653 3 0.00
654 194 0.14
655 649 0.45
656 581 0.41
657 4 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.24, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (654 bp):
ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAAATACAA
ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCAGGGTTTATATTTTACCCGAT
TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTATG
TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGA
GGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTACTGCGGAGTTCT
GATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACA
ACTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCG
ATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTA
TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACAC
GAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGGAGT
TCTG
Found at i:10132 original size:281 final size:282
Alignment explanation
Indices: 9595--10136 Score: 962
Period size: 282 Copynumber: 1.9 Consensus size: 282
9585 CGGAGTTCTG
* * *
9595 ATGGGATCCGGTGCTTTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCAAAACCAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGATATGATCGCACCCAACCCCTTTTGCCAAAACAAACTACAA
*
9660 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTAGGCCCATGTTTCATGGTTTGTTTTTTACCCGAT
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTAGGCCCATGTCTCATGGTTTGTTTTTTACCCGAT
*
9725 TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTATG
131 TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTATG
9790 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGATAAAAAATAAAAATTTAAAAAATGGGGTGCAACACGA
196 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGATAAAAAATAAAAATTTAAAAAATGGGGTGCAACACGA
9855 GTAAAAAATAAAAATTAAAAAA
261 GTAAAAAATAAAAATTAAAAAA
* *
9877 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCAACCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGATATGATCGCACCCAACCCCTTTTGCCAAAACAAACTACAA
* *
9942 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCTTGTCTCATGGTTTGTTTTTTACCCGAT
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTAGGCCCATGTCTCATGGTTTGTTTTTTACCCGAT
10007 T-AACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTATG
131 TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTATG
* *
10071 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGGGGTTAAAAAATAAAAA-TTAAAAAGATGGGGTGCAACACG
196 TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGATAAAAAATAAAAATTTAAAAA-ATGGGGTGCAACACG
10135 AG
260 AG
10137 GACTTCCGAG
Statistics
Matches: 248, Mismatches: 11, Indels: 3
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
280 7 0.03
281 118 0.48
282 123 0.50
ACGTcount: A:0.31, C:0.22, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (282 bp):
ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGATATGATCGCACCCAACCCCTTTTGCCAAAACAAACTACAA
ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTAGGCCCATGTCTCATGGTTTGTTTTTTACCCGAT
TAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTATG
TGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGATAAAAAATAAAAATTTAAAAAATGGGGTGCAACACGA
GTAAAAAATAAAAATTAAAAAA
Found at i:10577 original size:324 final size:328
Alignment explanation
Indices: 9877--12369 Score: 3783
Period size: 326 Copynumber: 7.7 Consensus size: 328
9867 AATTAAAAAA
*
9877 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCAACCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * * * *
9942 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCTTGTCTCA-TGGTTTGTTTTTTACCCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
* * * *
10006 TT-AACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAAATTTTTCATAAAATTAT
131 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
* *
10070 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGGGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACG
196 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACACG
* * **
10135 AGGACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAACACGCTTAACTGCAAAGTT
261 AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
10200 CTG
326 CTG
*
10203 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATTCCC-TTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * **
10267 CTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTT-TGGGCTTATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
* *
10331 TTAAACGTCAGCTAATTCGGTTTTTTCACTTTATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
131 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
*
10396 TTGACTCGTCAACCCAAATCC-ACGAGGTTAAAAAAT-AAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACACG
196 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACACG
* *
10459 AGGACTTCCCAAGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCC-AGCAC-CTTAACTACGAGAGT
261 AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCG-GAGT
10522 TCTG
325 TCTG
* *
10526 GTGGGATCCGGTGCATTGGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAA-AAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
10590 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
* * * * *
10655 TTAAACGTCGGCTGATTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCAAAATTTTTTCATAAAGTTTT
131 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
* **
10720 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATAAGGTGCAACACG
196 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACACG
* * * *
10785 AGGACTTCCTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTTTCGCCCAAGCACACTGAACTGCGGAGTT
261 AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
10850 CTG
326 CTG
* * * *
10853 ATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGATATGATCGCACCTATCCCCTTTTACCA-AACAAAACTACA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAAC-AAACTACA
* * * *
10917 AATACCAACCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTATGGGCCCATGTCTCACGGGTTTGTAATTTACTCG
65 AATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCG
* * * * * *
10982 ATTAAATGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGGTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTG
130 ATTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTA
* *
11047 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAATGAGGTTAAAAAAT-AAAATTCAAAAGTTGGGGTGCAACAC
195 TGTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACAC
* ** * *
11111 GAGTACTTCTTAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAA-TGCTGTGT
260 GAGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGT
11175 TCTG
325 TCTG
*
11179 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAAATACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
*
11244 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
** *
11309 TTAAACGTCAGCAAATTCGGTTTTTTC-CTTAATAAGGCTTT-CGAAATTTTTTCTTAAAATTAT
131 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
* * *
11372 GTAACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAATTGGGGTGCATCACG
196 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACACG
*
11437 AGGACTTCCAAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAG--CGCTTAACTGCGGAGTT
261 AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
11500 CTG
326 CTG
* *
11503 ATGGGATCCGGTGAATTAGTGCTGGTATGATC-CACCCATCCCCTTTTGCCGTAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * * * *
11567 CTACTATCCTTTCTCGCTCCGTCACACTTGTGGGCTCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
*
11632 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAA-TTTTTCTTAAAATTAT
131 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
* *
11696 GTGACTTGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAAT--AAATTAAAAAGTTAGGGTGCAACACG
196 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACACG
*
11759 AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTACGGAGTT
261 AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
11824 CTG
326 CTG
* *
11827 ATGGGATCCGGTGCTTTAGTGCTGATATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCA-AACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * * * * *
11891 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTAGGCCCATGTTTCA-TGGTTTGTTTTTTACCCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
* * *
11955 TTAAACGTCAGCTGATTCGATTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCCGAAAATTTTTCATAAAATTAT
131 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
* * *
12020 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAGAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACGCG
196 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACACG
* * * **
12085 AGGACTTCCGAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCTAGC-CGCCTAACTGCAAAGTT
261 AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
12149 CTG
326 CTG
* * *
12152 ATGGGATCTGGTGCATTAGTGCTGGTATTATCGCACCCATTCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
1 ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
* * * **
12217 CTACTATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCTCATGTCTCACGTATTTATA-TTTACTCGA
66 ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
* * * **
12281 TTAAACATCAGCTGATTTGGTTTTTTCACTTTATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAATGTTAT
131 TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
12346 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAAC
196 GTGACTCGTCAACCCAAATCCAAC
12370 AGGG
Statistics
Matches: 1966, Mismatches: 177, Indels: 48
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
322 76 0.04
323 272 0.14
324 508 0.26
325 258 0.13
326 542 0.28
327 139 0.07
328 171 0.09
ACGTcount: A:0.27, C:0.24, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (328 bp):
ATGGGATCCGGTGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAA
ATACCATCCTTTCTCGCTCTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGA
TTAAACGTCAGCTGATTCGGTTTTTTCACTTAATAAGGCTTTCCGAAATTTTTTCATAAAATTAT
GTGACTCGTCAACCCAAATCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGTTGGGGTGCAACACG
AGGACTTCCCAGGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTT
CTG
Done.