genome.fa.s1261.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1261
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  125843

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239--284	24	1.9	24	86	8	67	45	4	2	47	1.34
3417--3650	120	1.9	121	90	0	371	35	12	17	35	1.87
4251--4299	21	2.1	21	82	14	53	59	4	2	34	1.28
6434--6527	47	2.0	47	97	0	179	36	20	10	32	1.87
7701--7763	28	2.2	28	94	5	110	19	4	20	55	1.61
7713--7772	28	2.1	28	81	6	68	28	3	20	48	1.65
7735--7803	24	2.8	24	77	4	66	23	5	26	44	1.75
12275--12329	28	2.0	28	100	0	110	18	10	21	49	1.78
12277--12365	28	3.2	28	85	9	103	21	5	22	50	1.69
12283--12384	28	4.0	25	76	13	73	23	6	22	47	1.75
14908--14940	16	2.1	16	88	5	50	54	6	12	27	1.60
15063--15099	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
15628--15662	17	2.1	17	89	5	54	31	2	8	57	1.44
19399--19437	12	3.3	12	83	16	55	79	0	2	17	0.84
20812--20878	16	4.0	17	75	12	59	59	0	0	40	0.97
20807--20874	33	2.1	33	84	10	88	58	0	0	41	0.98
20822--20878	17	3.4	17	85	7	80	59	0	0	40	0.97
21704--21734	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
21675--21787	60	1.9	60	94	0	199	39	10	5	44	1.62
21868--21941	30	2.5	30	84	4	96	36	9	4	50	1.54
22069--22103	15	2.2	16	95	5	63	74	0	0	25	0.82
22098--22176	28	2.8	28	88	0	113	54	0	2	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22122--22165	14	3.1	14	75	12	54	56	0	0	43	0.99
27744--27775	15	2.1	15	94	0	55	40	0	0	59	0.97
27840--27883	2	22.5	2	86	13	65	47	2	0	50	1.13
27885--27936	25	2.1	24	82	10	61	50	3	1	44	1.31
28858--28889	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
29331--29372	15	2.9	15	85	3	59	38	2	0	59	1.10
29867--29896	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
30692--30728	19	1.9	19	88	0	56	56	0	0	43	0.99
35069--35111	21	2.0	21	95	0	77	41	13	6	37	1.72
35080--35131	21	2.5	20	84	6	59	51	11	5	30	1.61
35155--35203	20	2.4	21	86	10	66	36	8	10	44	1.68
35614--35649	18	1.9	20	88	11	58	47	0	0	52	1.00
35582--35687	50	2.2	49	80	11	112	52	0	2	43	1.22
36226--36258	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
37220--37259	20	2.0	21	90	9	66	37	15	10	37	1.80
37227--37274	20	2.5	20	83	10	55	43	10	10	35	1.73
37307--37357	20	2.5	20	93	3	84	37	1	9	50	1.47
37973--38023	25	2.0	26	92	3	86	25	13	15	45	1.83
39220--39270	26	2.0	25	81	7	59	50	9	1	37	1.47
39401--39467	30	2.2	31	81	7	75	55	5	2	35	1.40
40627--40671	18	2.4	19	82	14	58	53	2	0	44	1.13
40620--40671	24	2.2	24	82	0	59	53	1	0	44	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42310--42359	20	2.5	20	87	6	66	54	0	2	44	1.11
43338--43369	16	1.9	17	93	6	57	50	0	0	50	1.00
44028--44107	25	3.3	24	74	13	83	46	1	1	51	1.17
44033--44115	22	3.5	21	72	24	60	44	2	0	53	1.13
44036--44113	24	3.2	23	73	20	70	44	2	0	52	1.14
44260--44396	10	13.9	10	65	23	51	37	2	2	57	1.26
44370--44420	19	2.6	21	78	12	54	31	3	5	58	1.40
47962--47994	15	2.3	15	89	5	50	36	6	18	39	1.75
50562--50597	18	2.0	18	94	0	63	41	0	19	38	1.52
52091--52171	31	2.6	29	77	14	81	66	0	6	27	1.15
52154--52183	8	3.8	8	100	0	60	86	0	0	13	0.57
52914--52949	13	2.6	14	82	8	56	41	0	0	58	0.98
53270--53359	14	6.0	14	73	19	58	55	1	0	43	1.07
53632--53691	22	2.6	25	72	22	67	46	0	0	53	1.00
53610--53682	34	2.2	32	83	11	85	45	0	0	54	0.99
58800--58835	19	1.9	18	94	5	63	5	5	22	66	1.34
63633--63666	4	8.8	4	87	6	52	73	0	0	26	0.83
63742--63802	16	3.7	16	73	18	54	42	1	0	55	1.09
64079--64131	28	1.9	28	84	3	72	47	3	1	47	1.31
64129--64166	19	2.0	19	89	0	58	42	0	0	57	0.98
65341--65404	20	3.3	19	80	20	71	43	0	0	56	0.99
65329--65421	36	2.5	35	73	16	82	39	1	1	58	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66175--66256	28	2.8	30	80	10	80	43	4	0	51	1.23
70062--70106	20	2.2	20	92	0	72	42	0	6	51	1.28
70075--70106	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
70978--71043	25	2.7	25	88	6	91	45	24	7	22	1.78
71028--71098	27	2.6	27	86	6	90	46	23	5	23	1.74
75744--75772	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
75764--75814	25	2.0	25	96	0	93	33	17	7	41	1.79
77808--77841	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
80747--80778	1	32.0	1	93	0	55	3	0	96	0	0.20
81184--81246	33	1.9	33	93	0	108	30	14	17	38	1.89
85257--85295	19	2.0	19	85	5	51	23	7	0	69	1.14
86436--86475	19	2.1	19	90	0	62	50	0	0	50	1.00
86958--86988	13	2.4	13	94	0	53	25	0	0	74	0.82
88588--88670	32	2.5	33	80	9	98	43	1	1	54	1.16
88970--89021	25	2.1	25	88	0	77	28	17	0	53	1.44
89192--89219	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
89833--89886	22	2.4	21	76	11	54	44	1	3	50	1.30
95379--95407	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
96843--96872	2	14.5	2	93	6	51	46	0	3	50	1.18
97232--97312	35	2.4	33	82	10	92	40	0	1	58	1.06
97391--97427	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
97754--97803	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98027--98072	24	1.9	24	90	0	74	43	28	6	21	1.77
98029--98124	28	3.7	26	77	13	90	48	25	5	20	1.70
98053--98130	28	2.8	29	88	5	108	51	23	3	21	1.64
102179--102244	28	2.4	28	87	7	91	57	16	4	21	1.57
102301--102343	2	22.0	2	92	4	70	51	2	0	46	1.13
103569--103598	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
104481--104566	44	2.0	44	90	0	136	55	4	12	26	1.56
105738--105778	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
108305--108490	91	2.0	91	91	2	302	43	6	15	34	1.73
109148--109206	6	10.0	6	96	3	102	30	0	0	69	0.89
109516--109574	30	2.0	30	86	0	82	40	11	3	44	1.58
109532--109596	30	2.2	30	82	0	76	38	13	4	43	1.65
111352--111428	28	2.8	28	84	7	97	23	3	22	50	1.65
111409--111454	24	1.9	24	90	0	74	21	6	28	43	1.77
113978--114023	21	2.1	22	88	4	67	32	19	28	19	1.96
115926--116014	28	3.2	28	85	10	112	20	4	22	52	1.64
115932--116032	24	4.0	25	79	14	82	21	5	22	49	1.71
118001--118042	22	1.9	22	85	9	59	64	0	0	35	0.94
118139--118199	24	2.5	25	76	7	63	44	6	1	47	1.39
119784--119830	25	1.9	24	86	4	67	27	2	6	63	1.30
120750--120779	13	2.3	13	94	0	51	50	3	6	40	1.45
121030--121070	20	2.0	20	95	0	73	41	14	26	17	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121080--121105	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
121203--121289	36	2.4	36	82	3	113	67	0	3	28	1.06
121226--121277	27	2.0	26	84	3	68	65	0	5	28	1.16
121336--121417	34	2.7	28	73	25	76	43	1	0	54	1.07
121365--121406	20	2.0	22	86	9	61	45	0	0	54	0.99
121362--121412	22	2.3	23	80	16	63	45	0	0	54	0.99
121386--121436	16	3.1	16	74	20	52	41	0	0	58	0.98
122341--122379	14	2.8	13	81	11	51	30	2	0	66	1.05
122529--122611	39	2.1	40	93	2	141	69	0	1	28	0.96
122650--122717	12	5.3	13	72	13	52	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2