genome.fa.s1304.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1304
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  180634

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3652--3690	12	3.1	12	82	10	51	46	38	15	0	1.46
4340--4420	8	10.3	9	82	16	53	45	38	11	4	1.61
5217--5351	7	19.1	8	83	13	108	40	57	0	1	1.13
4--5323	7	735.9	7	78	16	4729	40	42	13	4	1.64
5518--5584	21	3.2	21	76	14	66	29	58	5	5	1.46
5518--5584	14	4.8	14	70	7	55	29	58	5	5	1.46
6824--6881	2	29.0	2	100	0	116	0	50	0	50	1.00
8709--8818	56	2.0	53	89	5	166	20	19	14	45	1.85
9412--9456	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
14602--14643	18	2.3	19	79	4	50	38	0	2	59	1.10
14603--14644	19	2.2	19	83	8	50	35	0	2	61	1.09
15653--15754	38	2.7	38	81	1	105	43	5	2	48	1.42
20538--20586	2	24.5	2	87	0	71	51	4	0	44	1.20
21334--21375	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
23783--23838	3	18.7	3	100	0	112	67	0	0	32	0.91
24234--24277	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
26796--26849	25	2.2	25	96	0	99	38	16	12	31	1.87
34725--34768	19	2.3	19	88	0	61	47	9	11	31	1.71
35435--35473	20	2.0	20	89	0	60	35	2	0	61	1.10
35527--35570	18	2.4	18	84	0	61	61	2	0	36	1.09
35541--35610	30	2.4	30	83	7	90	58	2	1	37	1.22
36543--36570	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39343--39393	26	2.0	25	88	11	77	45	0	7	47	1.32
42210--42267	18	3.0	19	79	18	66	58	0	1	39	1.08
44719--44748	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
47261--47291	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
53178--53245	30	2.4	29	79	15	79	42	0	1	55	1.08
53206--53252	19	2.5	19	79	6	51	38	0	0	61	0.96
53436--53480	10	4.3	10	79	20	56	57	0	0	42	0.98
53436--53479	12	4.1	11	80	13	56	59	0	0	40	0.98
53442--53489	24	2.0	23	88	4	69	54	0	0	45	0.99
58731--58782	24	2.2	24	100	0	104	44	3	19	32	1.69
58858--58947	44	2.0	44	100	0	180	52	11	8	27	1.67
58956--58998	18	2.4	18	88	0	59	44	18	18	18	1.87
67318--67406	16	5.3	16	77	11	74	41	2	1	55	1.20
67318--67407	32	2.7	33	83	11	103	41	2	1	55	1.19
76223--76281	30	2.0	30	89	0	91	32	10	35	22	1.87
77058--77082	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
84285--84313	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
86810--86872	24	2.6	24	75	18	60	33	0	1	65	1.03
86875--86922	20	2.5	20	90	10	73	56	0	0	43	0.99
86870--86931	26	2.3	26	88	5	88	58	0	0	41	0.98
86885--86931	20	2.3	21	85	7	62	59	0	0	40	0.97
86969--87010	20	2.0	23	86	13	63	38	11	0	50	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88208--88243	18	2.1	17	89	5	54	61	2	0	36	1.11
88652--88698	24	2.0	24	83	8	60	57	2	2	38	1.23
88671--88727	25	2.1	27	81	12	64	54	0	0	45	0.99
88693--88759	27	2.5	27	78	7	66	56	0	0	43	0.99
89672--89699	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
90126--90213	27	3.3	27	78	7	83	34	7	10	47	1.67
90162--90235	27	3.0	24	81	11	85	35	5	8	51	1.55
94731--94803	27	2.7	27	82	0	83	27	9	16	46	1.78
95309--95348	18	2.2	18	91	8	64	35	0	0	65	0.93
95372--95409	18	2.1	18	90	5	58	55	2	0	42	1.14
95878--95924	10	5.0	9	78	17	51	42	0	4	53	1.20
96369--96414	23	2.0	23	91	0	74	56	0	2	41	1.11
97199--97259	12	4.9	13	72	11	56	37	0	0	62	0.96
97202--97236	18	1.9	18	88	0	52	28	0	0	71	0.86
97225--97275	25	2.0	25	84	0	66	43	1	5	49	1.38
97639--97666	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
98337--98361	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
100197--100225	6	4.8	6	100	0	58	34	31	0	34	1.58
100304--100352	25	2.0	25	84	8	64	42	4	6	46	1.47
101613--101676	12	5.2	12	68	20	51	46	0	0	53	1.00
101727--101762	16	2.2	17	90	5	56	55	0	0	44	0.99
101828--101891	21	2.8	21	81	11	56	34	1	0	64	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102218--102242	7	3.6	7	100	0	50	0	0	72	28	0.86
104464--104498	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
106185--106234	24	2.1	24	88	7	75	38	2	8	52	1.43
106371--106396	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
106349--106398	17	2.8	17	85	11	57	84	4	6	6	0.88
106670--106702	2	16.5	2	93	0	57	54	0	45	0	0.99
107409--107462	18	3.0	17	82	12	63	33	0	3	62	1.12
113112--113153	18	2.3	18	84	12	50	33	2	0	64	1.07
113155--113208	24	2.2	24	84	12	67	50	1	0	48	1.11
122582--122632	26	2.0	26	100	0	102	39	23	13	23	1.91
126817--126841	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
127757--127795	20	1.9	20	84	5	51	35	7	2	53	1.43
127891--127970	26	3.1	26	98	0	151	36	11	18	33	1.87
129246--129471	112	2.0	114	85	6	309	26	11	20	41	1.87
130102--130144	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
134856--134886	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
140554--140594	21	2.0	21	85	9	57	60	0	0	39	0.96
140929--140962	10	3.3	10	91	4	50	35	2	0	61	1.11
141176--141221	23	2.0	23	95	0	83	54	21	0	23	1.45
141534--141560	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
141694--141731	11	3.4	11	86	13	51	50	0	0	50	1.00
141699--141737	13	3.2	13	89	7	55	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142384--142413	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
145713--145749	14	2.6	14	91	0	65	40	0	10	48	1.38
145712--145762	14	3.6	14	83	0	57	43	0	9	47	1.36
145723--145771	16	3.2	15	80	11	55	42	0	10	46	1.37
145936--146320	105	3.6	103	78	7	328	45	5	4	44	1.46
148031--148064	15	2.3	15	89	0	50	35	8	0	55	1.31
148859--148902	22	2.0	22	81	0	52	56	9	2	31	1.43
149209--149246	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
151925--151970	16	3.2	16	66	33	50	39	0	4	56	1.19
151913--151975	26	2.4	26	100	0	126	39	0	3	57	1.15
152298--152334	2	18.5	2	89	10	58	48	0	2	48	1.15
152328--152395	29	2.4	28	74	13	68	54	0	1	44	1.09
153436--153501	17	3.7	18	78	17	66	37	1	0	60	1.06
153436--153493	27	2.1	27	87	6	82	36	0	0	63	0.94
153455--153487	11	2.9	12	82	17	52	33	0	0	66	0.92
156230--156297	26	2.6	27	84	11	79	47	0	0	52	1.00
156240--156345	31	3.5	30	75	18	96	44	0	0	55	0.99
156303--156345	15	2.9	15	85	0	59	41	0	0	58	0.98
156305--156350	15	3.1	15	84	3	58	39	0	0	60	0.97
161035--161077	15	2.9	14	83	10	50	58	2	0	39	1.11
161025--161062	20	2.0	20	89	5	60	55	5	0	39	1.23
161042--161071	15	1.9	15	93	6	51	63	3	0	33	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163045--163079	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
163263--163333	31	2.3	31	77	18	76	43	4	4	47	1.42
163474--163539	34	1.9	34	87	0	96	63	1	7	27	1.30
166458--166496	2	19.5	2	94	0	69	51	2	0	46	1.14
170991--171024	16	2.1	16	100	0	68	50	0	0	50	1.00
173271--173311	22	1.9	21	85	5	55	51	7	4	36	1.51
177588--177625	11	3.4	11	85	7	58	84	2	13	0	0.73
177596--177625	12	2.5	12	94	0	51	86	3	10	0	0.67
179171--179210	11	3.5	11	86	6	53	85	5	10	0	0.75
179170--179210	6	7.0	6	78	15	50	82	4	12	0	0.81

Tables:   1   2