genome.fa.s1310.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1310
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111219

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
688--713	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
668--731	32	2.0	33	93	3	112	28	12	15	43	1.83
668--731	19	3.6	19	72	25	68	28	12	15	43	1.83
761--817	20	2.8	20	89	5	80	29	17	15	36	1.91
1223--1254	16	2.0	17	88	11	50	50	18	21	9	1.75
5845--5871	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
5937--5998	13	5.2	13	74	21	73	30	14	17	37	1.90
5921--6021	33	3.1	33	94	2	168	29	12	19	37	1.89
5953--6020	20	3.8	20	72	25	78	29	11	22	36	1.89
7435--8002	28	19.1	29	84	6	434	29	29	18	22	1.98
7440--8014	32	19.2	32	83	6	379	29	29	18	22	1.97
8855--8911	20	2.8	20	84	5	71	31	14	15	38	1.87
12693--12752	15	3.8	17	75	18	67	83	11	0	5	0.80
12693--12759	28	2.3	28	87	7	89	83	10	0	5	0.80
12712--12759	15	3.4	14	88	5	71	85	8	0	6	0.74
13975--14324	57	6.0	56	83	7	398	29	30	16	24	1.96
13975--14274	28	10.5	28	86	4	377	29	30	15	24	1.96
13975--14324	85	4.0	85	84	5	400	29	30	16	24	1.96
13975--14317	28	11.7	30	80	8	275	29	29	16	24	1.96
14000--14365	56	6.2	61	83	7	239	29	29	15	25	1.96
32313--32427	20	5.8	20	83	8	135	40	13	13	32	1.83
32313--32426	60	1.9	60	87	3	167	41	14	13	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32442--32471	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
32393--32550	62	2.5	62	89	2	246	43	15	15	26	1.86
32442--32548	33	3.4	33	68	19	109	41	13	17	28	1.87
32504--32533	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
33244--33352	42	2.6	42	85	4	139	38	14	24	22	1.92
33405--33632	56	4.1	56	86	2	289	26	21	25	26	1.99
33679--34074	62	6.4	62	81	3	442	29	18	26	25	1.98
33680--34074	122	3.2	123	83	3	481	29	18	26	25	1.98
38861--38939	1	79.0	1	76	0	68	87	8	2	1	0.69
38861--38939	21	3.7	21	80	9	79	87	8	2	1	0.69
38861--38926	35	1.9	34	90	3	105	87	7	3	1	0.69
38860--38939	34	2.4	32	80	15	99	86	10	2	1	0.73
40374--40725	89	4.1	87	88	3	478	30	28	17	23	1.97
40376--40727	30	12.1	30	85	8	408	30	27	17	23	1.97
40731--40820	43	2.1	43	93	0	153	26	24	17	31	1.97
40774--40911	52	2.6	53	82	3	161	24	24	16	34	1.96
41791--41815	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
41879--41903	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
41912--42092	52	3.5	52	97	0	335	34	18	17	28	1.94
55777--55854	1	78.0	1	76	0	66	87	8	2	1	0.70
55777--55854	17	4.5	17	80	4	86	87	8	2	1	0.70
55777--55841	34	1.9	34	90	0	103	87	7	3	1	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55776--55854	33	2.4	32	78	15	97	86	10	2	1	0.73
57289--57640	89	4.1	87	88	3	478	30	28	17	23	1.97
57291--57642	30	12.1	30	85	8	408	30	28	17	23	1.97
57646--57735	43	2.1	43	93	0	153	26	24	17	31	1.97
57689--57826	52	2.6	53	82	3	161	24	24	16	34	1.96
58685--58709	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
58773--58797	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
58806--58986	52	3.5	52	97	0	335	34	18	17	28	1.94
72778--72855	1	78.0	1	76	0	66	87	8	2	1	0.70
72777--72855	27	2.9	27	82	0	104	86	10	2	1	0.73
74292--74520	30	7.8	30	84	6	290	32	25	17	24	1.97
74292--74550	59	4.4	58	86	7	298	33	26	17	22	1.96
74290--74520	87	2.6	87	88	3	347	32	26	17	24	1.97
74296--74555	87	3.0	87	85	6	341	32	26	17	23	1.96
74592--74677	43	2.0	43	88	4	129	27	25	18	27	1.98
75810--75834	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
75898--75922	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
75931--76111	52	3.5	52	97	0	335	34	18	17	28	1.94
82766--82790	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
82746--82809	32	2.0	33	93	3	112	35	12	17	34	1.87
82725--82828	20	5.7	19	82	14	130	34	11	17	36	1.86
82850--82874	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82883--83013	52	2.5	52	96	0	235	35	19	17	27	1.95
90850--90880	13	2.4	13	94	0	53	38	19	16	25	1.92
90831--90900	33	2.1	33	91	0	113	40	15	17	27	1.90
90811--90917	20	5.7	19	72	18	82	41	14	15	28	1.87
90811--90917	53	2.0	53	82	7	128	41	14	15	28	1.87
90937--90962	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
92464--92531	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
92485--92509	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
92466--92528	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
92571--92596	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
92551--92617	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
94951--95074	51	2.4	50	82	5	149	33	23	9	33	1.87
95118--95214	50	1.9	51	83	10	128	31	27	8	31	1.86
97078--97111	17	2.0	17	94	0	59	23	26	17	32	1.97
99173--99818	141	4.4	146	83	7	703	43	10	10	35	1.74
99195--99900	141	4.8	150	82	7	435	43	10	10	34	1.74
101686--101711	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
101665--101729	32	2.0	34	90	6	107	27	15	15	41	1.87
103788--103830	20	2.1	20	82	4	50	9	27	46	16	1.77
104270--104307	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
110344--110382	19	2.1	19	95	0	69	30	10	15	43	1.80

Tables:   1

The End!