genome.fa.s1333.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1333
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  126322

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851--891	14	3.1	14	82	10	50	68	2	26	2	1.15
4938--5018	41	2.0	41	92	4	137	24	17	16	41	1.89
12149--12175	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
14034--14076	3	14.7	3	90	4	70	67	2	0	30	1.03
15870--15911	16	2.6	16	92	0	66	38	2	7	52	1.42
16121--16173	16	3.3	16	76	10	63	45	0	0	54	0.99
16106--16176	32	2.2	33	82	7	92	46	2	1	49	1.25
16119--16190	32	2.2	32	97	0	135	45	0	0	54	0.99
16132--16189	16	3.6	16	79	9	73	43	0	0	56	0.99
16148--16199	22	2.3	23	79	20	58	44	0	1	53	1.11
16871--16911	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
20028--20079	17	3.2	17	78	13	56	42	3	0	53	1.19
20052--20078	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
21643--21726	29	2.9	29	82	5	89	42	1	4	51	1.30
22903--22997	44	2.2	43	83	10	115	63	3	6	27	1.34
23470--23534	21	3.0	20	76	10	58	44	1	1	52	1.19
23849--23889	18	2.3	18	86	0	55	34	7	0	58	1.26
24230--24283	17	3.3	17	74	7	58	38	3	0	57	1.17
24447--24488	18	2.3	19	79	4	50	40	0	2	57	1.12
24496--24537	22	1.9	22	90	9	68	38	0	0	61	0.96
25482--25530	23	2.0	25	88	7	75	55	2	0	42	1.11
30196--30227	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31234--31282	2	24.5	2	95	0	89	48	0	0	51	1.00
32349--32447	47	2.1	49	85	12	136	42	0	0	57	0.98
32376--32447	17	4.4	17	74	25	66	43	0	0	56	0.99
32386--32447	32	1.9	33	90	3	99	43	0	0	56	0.99
32685--32753	9	7.3	9	72	15	50	59	1	2	36	1.21
32690--32743	19	2.8	19	83	8	56	59	0	1	38	1.08
32690--32765	24	3.2	23	78	15	75	57	1	1	39	1.15
36717--36769	27	2.0	25	89	7	79	49	0	1	49	1.12
37505--37557	19	2.8	18	77	16	54	30	3	3	62	1.30
38983--39025	18	2.4	18	96	0	77	39	0	2	58	1.11
38993--39036	19	2.4	18	88	3	61	43	0	0	56	0.99
43204--43254	24	2.0	26	81	7	61	11	7	3	76	1.13
43331--43405	23	3.4	23	72	25	81	52	0	0	48	1.00
43345--43415	19	3.5	19	75	20	81	57	0	0	42	0.98
43335--43421	42	2.1	42	97	2	167	51	0	0	48	1.00
43349--43417	23	3.2	23	69	23	76	57	0	0	42	0.98
43579--43622	14	3.1	14	77	6	52	40	0	0	59	0.98
43731--43755	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
43790--43824	18	1.9	18	88	0	52	37	2	5	54	1.39
43830--43886	19	3.2	17	76	11	51	64	1	0	33	1.04
45018--45122	22	4.5	22	80	13	104	40	0	0	60	0.97
45018--45121	23	4.5	24	86	10	137	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48390--48435	18	2.6	18	92	0	74	32	28	6	32	1.83
50275--50313	20	1.9	20	84	5	51	30	15	0	53	1.42
51888--51920	17	1.9	17	93	0	57	51	0	15	33	1.43
59562--59586	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
59542--59606	33	2.0	33	90	0	103	29	13	16	40	1.88
59659--59713	20	2.8	20	88	5	76	30	14	14	40	1.86
61688--61730	20	2.1	20	82	4	50	11	30	41	16	1.83
62172--62210	13	3.0	13	88	0	60	35	12	17	33	1.88
68376--68685	79	3.9	79	94	0	514	33	15	24	26	1.95
68376--69174	158	4.7	158	70	20	625	33	14	25	26	1.95
68618--68735	50	2.4	50	100	0	236	32	14	24	28	1.94
68453--68893	207	2.1	208	91	2	701	33	14	24	27	1.94
68539--68813	128	2.1	130	94	1	482	33	14	24	27	1.94
68659--69174	79	6.5	78	92	2	836	32	14	25	26	1.95
68659--69172	237	2.2	236	95	1	920	32	14	25	26	1.95
70101--70175	18	4.1	18	71	10	62	8	20	37	34	1.82
70126--70224	43	2.2	43	87	7	135	7	17	38	37	1.77
70727--70889	50	3.3	50	91	1	274	15	26	14	42	1.86
71018--71044	6	4.5	6	100	0	54	29	0	14	55	1.40
71741--72428	60	11.4	60	87	5	878	25	20	28	25	1.99
71741--72407	244	2.7	244	91	3	1069	25	20	28	25	1.99
85811--86042	79	2.9	79	93	0	383	33	15	24	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85967--86092	51	2.5	50	88	5	193	38	13	19	28	1.90
85895--86171	129	2.1	130	90	0	439	33	14	24	27	1.94
85816--86250	208	2.1	208	92	3	721	33	14	24	27	1.94
86025--86531	79	6.4	79	91	1	820	32	14	25	27	1.95
85811--86329	287	1.8	287	95	0	939	33	14	24	27	1.94
87445--87519	18	4.1	18	71	10	62	8	20	37	34	1.82
87470--87568	43	2.2	43	87	7	135	7	17	38	37	1.77
88075--88235	49	3.3	49	89	3	245	16	27	14	42	1.86
88366--88392	6	4.5	6	100	0	54	29	0	14	55	1.40
89348--89373	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
89327--89393	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
89413--89467	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
89523--89578	21	2.7	21	97	0	103	37	19	10	32	1.86
100505--100529	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
100570--100636	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
100592--100616	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
104210--104251	22	2.1	19	86	13	57	42	4	0	52	1.22
104763--104788	10	2.6	10	100	0	52	73	26	0	0	0.84
107625--107679	26	2.1	26	86	0	74	36	5	12	45	1.66
110985--111026	22	1.9	22	85	9	59	45	2	0	52	1.13
111103--111145	18	2.4	18	85	11	61	58	4	4	32	1.39
111224--111253	14	2.1	14	93	0	51	50	10	6	33	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111330--111646	155	2.1	152	82	7	374	28	14	15	41	1.86
112489--112553	23	3.0	22	76	14	64	58	0	1	40	1.07
112534--112609	32	2.5	30	77	10	75	55	1	1	42	1.16
112552--112609	29	2.0	28	83	9	73	55	1	1	41	1.20
112368--112719	106	3.3	101	79	16	347	50	1	2	45	1.24
112640--112719	32	2.6	29	79	18	81	52	2	0	45	1.14
113821--113845	10	2.5	10	100	0	50	0	28	0	72	0.86
114958--115037	34	2.4	34	86	12	105	45	1	6	47	1.36
115014--115088	22	3.5	22	78	12	75	52	4	1	42	1.28
115045--115084	11	3.7	12	81	18	52	55	7	0	37	1.29
115560--115597	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
119440--119553	42	2.7	39	80	11	120	39	14	11	35	1.81
120532--120606	20	3.8	20	76	0	87	33	12	12	42	1.79
120532--120609	40	2.0	39	87	2	111	33	11	12	42	1.79

Tables:   1

The End!