genome.fa.s1353.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1353
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108410

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2606--2731	53	2.4	53	94	1	218	27	17	19	35	1.94
2606--2751	52	2.8	53	85	5	206	29	16	19	34	1.93
2740--2764	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2805--2871	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2827--2851	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2909--2950	21	2.0	21	85	0	57	33	14	16	35	1.89
3678--4337	43	13.7	52	77	15	493	32	17	24	24	1.97
3785--4348	43	12.1	43	79	13	543	31	18	25	24	1.97
3741--4293	93	5.9	92	95	1	944	32	18	24	24	1.97
3732--4294	185	3.0	185	93	1	957	32	18	24	24	1.97
3920--4343	49	8.9	50	78	13	482	32	18	25	24	1.97
4343--4411	33	2.0	35	94	5	124	20	17	36	26	1.94
4397--4698	34	8.3	36	75	17	211	30	11	35	21	1.90
4397--4541	35	4.1	35	82	12	172	33	11	34	21	1.88
4542--4701	34	4.8	34	94	3	272	28	12	36	21	1.90
4542--4824	62	4.4	66	82	9	282	30	14	32	22	1.93
4542--4822	32	8.8	31	89	5	271	30	14	32	22	1.94
4671--4884	31	6.9	30	88	5	243	28	16	29	24	1.96
4646--4887	94	2.6	92	85	6	294	28	16	30	24	1.96
5833--5886	1	54.0	1	81	0	63	0	3	5	90	0.53
5834--5886	19	2.8	18	88	11	79	0	3	5	90	0.54
5827--5886	22	2.5	25	86	10	90	0	5	6	88	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5827--5886	24	2.6	22	89	7	84	0	5	6	88	0.63
6124--6179	17	3.5	17	80	9	73	0	0	14	85	0.59
13089--13213	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
18313--18618	167	1.8	164	81	10	379	29	12	9	48	1.72
20426--20726	157	1.9	155	82	9	371	24	11	20	42	1.86
26465--26584	45	2.7	45	86	1	152	18	23	19	39	1.93
26844--26896	20	2.6	21	78	6	63	33	13	18	33	1.90
26883--26938	21	2.7	21	88	0	76	37	19	12	30	1.89
27058--27086	15	1.9	15	100	0	58	34	13	13	37	1.85
30269--30382	44	2.6	44	78	0	129	15	19	19	45	1.85
30269--30398	44	3.0	44	78	2	127	16	20	20	43	1.88
43021--43263	27	8.1	27	76	21	202	43	6	32	17	1.75
43019--43271	62	4.1	62	92	4	431	43	6	32	18	1.75
43048--43236	35	5.9	34	78	20	228	42	6	32	18	1.75
43145--43263	26	4.2	26	75	21	121	44	6	31	16	1.74
44478--44776	79	3.8	79	93	0	499	25	27	15	31	1.96
44731--44813	28	2.9	28	92	3	130	21	30	20	27	1.98
44759--44930	78	2.2	79	94	1	301	27	26	16	29	1.97
44652--44882	106	2.2	107	95	0	410	25	28	17	28	1.97
44573--44930	185	1.9	186	95	1	648	26	27	16	30	1.96
44865--45011	52	2.8	52	77	7	149	26	20	12	40	1.89
48812--48864	20	2.7	20	88	5	72	33	20	11	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48913--48937	12	2.1	12	100	0	50	32	20	16	32	1.94
57288--57342	19	2.8	19	77	2	56	36	10	21	30	1.88
58129--58765	73	8.8	72	77	7	537	30	27	12	29	1.93
58171--58694	217	2.4	216	82	5	635	30	28	12	28	1.93
58171--58765	217	2.7	216	79	7	632	31	27	12	28	1.93
58499--58781	144	2.0	142	81	6	329	31	28	11	28	1.92
59718--59778	26	2.3	26	80	0	77	31	11	19	37	1.87
60475--60500	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
62646--62781	51	2.6	50	80	6	148	36	13	22	27	1.92
62713--63218	79	6.4	79	89	1	748	33	15	24	26	1.95
62713--63218	237	2.1	235	93	1	861	33	15	24	26	1.95
63259--63382	35	3.8	35	80	17	176	17	32	6	43	1.75
63290--63409	27	4.1	27	81	15	150	17	31	6	44	1.75
63259--63411	62	2.5	62	98	1	299	17	32	6	43	1.75
64194--64297	40	2.5	41	81	3	111	41	12	25	21	1.88
64323--65667	61	22.2	61	92	3	2163	27	19	28	25	1.99
64323--65667	121	11.1	120	93	1	2181	27	19	28	25	1.99
71748--71872	52	2.4	50	77	7	126	38	11	21	28	1.88
71815--72321	79	6.4	79	89	0	755	33	14	24	27	1.94
71815--72321	237	2.1	236	92	1	836	33	14	24	27	1.94
72393--72477	27	3.1	27	96	0	152	17	30	8	43	1.78
76302--76346	22	2.0	22	83	8	56	40	6	0	53	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76954--77002	19	2.5	20	86	3	73	30	16	14	38	1.88
81434--81634	91	2.2	92	79	8	214	31	26	9	31	1.89
83127--83236	51	2.2	51	90	1	168	27	13	7	51	1.67
84761--84828	23	2.9	23	82	6	91	60	0	1	38	1.06
85472--85508	17	2.2	17	100	0	74	35	29	5	29	1.80
86643--86688	24	1.9	24	82	8	58	39	2	4	54	1.32
86734--86764	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17
86866--86980	55	2.1	57	86	6	164	54	7	6	31	1.53
87822--87851	4	7.5	4	92	0	51	73	0	0	26	0.84
88953--89167	79	2.7	79	78	2	225	31	14	25	28	1.95
89099--89199	52	1.9	52	85	0	139	35	7	23	32	1.84
89158--89359	79	2.6	79	80	3	228	38	12	19	29	1.89
89023--89293	131	2.1	130	82	4	332	35	12	23	29	1.91
88953--89487	210	2.5	209	80	6	627	36	12	22	28	1.91
89237--89472	130	1.8	130	84	1	321	36	11	22	29	1.90
91383--91417	18	2.0	17	94	5	61	5	14	28	51	1.65
97028--97070	18	2.3	19	88	8	61	41	0	0	58	0.98
97829--97880	20	2.7	20	91	8	81	28	15	17	38	1.90
99952--99996	20	2.1	22	80	12	58	13	31	37	17	1.89
99958--99996	20	1.9	21	89	5	62	12	28	41	17	1.87
104985--105015	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
106591--106673	19	4.7	19	81	17	99	31	14	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106610--106635	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
106589--106654	32	2.1	32	94	5	116	31	15	16	36	1.90
106743--106767	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
107348--107440	32	2.9	32	90	1	143	33	13	17	35	1.89
107476--107501	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1

The End!