genome.fa.s1354.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1354
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  49113

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1850--1881	13	2.6	13	85	14	50	34	59	0	6	1.23
1980--2061	1	82.0	1	92	0	137	0	3	0	96	0.23
2091--2136	23	2.0	23	87	8	67	0	2	41	56	1.11
2125--2217	41	2.3	40	81	10	100	0	0	50	49	1.00
2322--2411	22	4.3	21	75	19	66	0	3	53	43	1.17
2611--2689	36	2.1	37	82	17	92	54	45	0	0	0.99
2797--2868	17	4.4	16	75	18	67	0	0	75	25	0.81
2802--2892	22	4.4	20	75	20	73	0	0	73	26	0.83
2783--2851	23	3.0	24	78	21	85	0	0	73	26	0.83
2791--2889	36	2.8	36	80	11	116	0	0	74	25	0.82
2802--2887	10	8.5	10	67	20	54	0	0	75	24	0.80
2901--2933	1	33.0	1	93	0	57	0	0	96	3	0.20
2951--2980	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
3090--3144	21	2.7	22	74	23	57	0	3	63	32	1.12
3141--3180	14	2.7	14	88	7	53	0	2	70	27	1.01
3157--3215	20	3.0	20	80	16	70	0	3	74	22	0.96
3126--3199	24	3.1	24	79	9	64	0	1	72	25	0.92
3286--3327	16	2.9	14	77	19	50	47	52	0	0	1.00
3279--3327	14	3.3	15	83	11	57	44	55	0	0	0.99
3274--3321	16	2.9	17	82	14	57	47	52	0	0	1.00
11459--11655	101	2.0	100	87	3	288	24	26	17	31	1.97
11599--11704	55	1.9	56	88	1	160	27	27	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11465--11860	156	2.5	156	83	10	531	25	26	17	29	1.98
11813--11898	27	3.1	27	60	3	64	26	24	20	27	1.99
11749--12109	61	6.0	61	78	11	361	24	25	21	28	1.99
11724--12108	122	3.3	114	78	9	398	24	24	21	28	1.99
12120--12377	42	6.3	42	71	16	141	20	27	11	40	1.87
12105--12342	42	5.8	42	70	15	165	19	28	11	40	1.87
13006--13056	20	2.5	20	90	6	77	25	17	15	41	1.89
13039--13068	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
13083--13137	20	2.8	20	97	0	101	34	12	10	41	1.78
12972--13137	82	2.0	82	85	2	226	27	16	16	39	1.90
14975--15143	51	3.3	51	88	1	241	30	27	10	31	1.90
15131--15201	29	2.5	28	81	2	88	21	28	19	30	1.97
15161--15329	79	2.1	80	83	5	209	25	27	16	30	1.97
15265--15383	51	2.3	50	84	7	150	26	28	15	29	1.96
15317--15464	79	1.9	79	85	5	210	25	29	16	29	1.97
15187--15512	130	2.5	129	89	2	474	26	27	15	30	1.96
15396--15608	51	4.2	51	82	8	220	28	26	12	31	1.93
15415--15608	102	1.9	102	82	2	246	28	26	11	33	1.91
15265--15694	232	1.9	232	80	6	523	28	26	13	32	1.93
15573--15769	79	2.5	79	79	7	193	28	23	13	34	1.92
17887--18269	165	2.3	161	81	10	420	31	10	8	49	1.67
18322--18370	20	2.5	20	83	9	57	30	2	6	61	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19338--19366	10	3.0	10	95	5	51	27	0	10	62	1.28
20534--21115	156	3.7	157	76	7	371	24	16	20	38	1.93
20532--21112	313	1.9	313	78	5	656	24	16	21	38	1.93
20393--21129	157	4.7	156	75	8	559	25	16	20	37	1.93
24989--25034	21	2.2	20	88	3	65	80	0	15	4	0.86
26549--26701	69	2.2	69	90	0	234	28	17	13	39	1.88
26598--26701	20	4.8	20	70	23	66	29	17	13	39	1.88
27360--27516	51	3.1	50	87	4	206	31	23	8	36	1.86
27495--27568	29	2.7	26	78	14	69	22	28	22	25	1.99
27600--27657	28	2.0	28	86	10	80	20	32	17	29	1.95
27523--27695	79	2.2	80	86	5	235	26	28	15	29	1.96
27631--27745	50	2.3	50	84	4	142	28	26	13	30	1.94
27550--27877	129	2.5	129	86	4	473	28	27	13	31	1.94
27679--27823	79	1.8	78	81	7	177	28	28	14	28	1.95
27760--27975	51	4.3	51	81	6	251	28	28	11	31	1.91
27759--27978	102	2.2	100	85	5	291	28	28	11	31	1.92
27963--28138	79	2.2	79	83	0	226	25	26	15	32	1.96
41521--41717	101	2.0	100	87	3	288	24	26	17	31	1.97
41527--41920	156	2.5	156	83	10	518	25	26	18	29	1.98
41875--41960	27	3.1	27	60	3	64	26	24	20	27	1.99
41811--42171	61	6.0	61	78	11	361	24	25	21	28	1.99
41786--42170	122	3.3	114	78	9	398	24	24	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42182--42292	45	2.5	44	82	7	138	23	30	12	33	1.92
42167--42332	42	3.9	42	78	7	163	19	29	12	39	1.87
42336--42437	40	2.5	41	82	6	118	19	26	8	45	1.80
43067--43117	20	2.5	20	90	6	77	25	17	15	41	1.89
43100--43129	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
43144--43198	20	2.8	20	97	0	101	34	12	10	41	1.78
43033--43198	82	2.0	82	85	2	226	27	16	16	39	1.90
45035--45198	51	3.2	50	86	4	222	29	26	10	32	1.91
45219--45387	79	2.1	80	83	5	209	25	27	16	30	1.97
45323--45438	51	2.3	51	85	5	146	26	26	16	30	1.97
45245--45571	131	2.5	129	89	3	467	26	27	15	29	1.96
45455--45667	51	4.2	51	81	8	211	28	27	13	31	1.94
45324--45752	233	1.8	231	80	8	512	28	26	13	32	1.94
45632--45826	78	2.5	77	79	9	198	28	23	13	34	1.92

Tables:   1

The End!