genome.fa.s1387.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1387
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  138038

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5664--5692	3	9.7	3	100	0	58	31	34	0	34	1.58
7286--7336	20	2.5	20	87	6	68	29	19	15	35	1.93
7371--7422	19	2.7	19	87	3	77	38	13	17	30	1.88
7407--7433	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
8986--9107	46	2.7	46	78	14	137	45	15	13	25	1.82
9126--9195	3	23.0	3	90	8	106	30	0	0	70	0.88
13734--13758	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
13807--13834	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
13868--13906	6	6.5	6	87	0	51	35	38	2	23	1.68
14093--14126	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
18588--18634	23	2.2	21	79	17	53	78	4	4	12	1.04
26672--26717	6	7.7	6	92	0	65	52	17	17	13	1.75
26672--26732	18	3.4	18	84	4	70	50	18	19	11	1.76
29885--29957	30	2.4	30	79	0	83	43	4	9	42	1.56
30252--30284	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
30284--30359	2	38.0	2	100	0	152	50	0	50	0	1.00
30494--30518	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
31020--31045	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
31002--31066	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
34233--34261	14	2.1	14	100	0	58	34	0	31	34	1.58
36191--36236	24	2.0	23	86	4	65	56	0	4	39	1.19
36650--36693	22	2.0	23	86	4	63	56	4	0	38	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38174--38212	18	2.2	18	85	0	51	43	2	2	51	1.29
38298--38327	12	2.4	13	94	5	53	43	0	0	56	0.99
39151--39204	20	2.6	22	83	13	71	38	14	16	29	1.89
39683--39739	19	2.9	19	81	2	69	33	14	15	36	1.88
39784--39814	13	2.4	13	100	0	62	38	16	6	38	1.74
39768--39835	33	2.1	33	88	5	102	35	13	13	38	1.83
41423--41461	3	13.0	3	86	0	51	38	0	33	28	1.57
46011--46037	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
47922--47981	29	2.1	29	90	0	93	35	6	23	35	1.81
47925--48010	29	3.2	26	82	12	88	34	6	22	36	1.81
47965--48035	24	2.8	24	77	16	63	40	7	25	26	1.81
52319--52362	21	2.1	20	84	16	54	22	15	4	56	1.57
53957--54051	34	2.8	33	82	6	118	32	22	11	33	1.90
54593--54622	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
55866--55932	27	2.4	28	85	9	93	31	16	26	25	1.96
55903--56124	77	2.9	75	80	8	248	36	11	23	28	1.90
55905--56199	157	1.9	155	79	7	337	36	12	22	28	1.90
59853--59908	20	2.8	21	76	17	64	55	0	0	44	0.99
60976--61042	32	2.2	29	78	7	71	43	4	4	47	1.43
61387--61422	18	2.1	18	89	5	56	36	0	2	61	1.11
64345--64408	30	2.1	31	85	8	87	28	0	4	67	1.11
66776--66813	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66987--67042	3	18.7	3	96	0	103	30	0	1	67	1.01
67088--67116	4	7.5	4	92	7	51	24	0	0	75	0.80
68208--68250	10	4.2	10	85	8	52	9	9	11	69	1.36
69421--69517	48	2.0	49	88	6	144	45	19	9	25	1.80
76568--76635	13	5.1	14	72	12	54	80	16	1	1	0.85
76569--76635	17	3.9	16	76	20	64	80	16	1	1	0.86
76568--76618	19	2.6	19	82	11	68	84	15	0	0	0.63
76568--76633	36	1.9	33	87	9	96	80	16	1	1	0.87
76568--76635	21	3.4	21	78	11	63	80	16	1	1	0.85
77907--78323	30	13.7	31	79	7	428	23	29	15	31	1.95
77907--78794	61	14.5	61	77	12	530	21	31	13	33	1.93
77927--78279	116	2.9	117	86	6	460	23	29	14	32	1.94
78304--78521	34	7.4	26	73	19	114	22	35	13	27	1.92
78350--79224	34	27.7	34	75	12	657	19	32	13	35	1.90
78252--79200	156	6.1	149	77	13	663	19	32	13	34	1.91
78384--79268	95	9.4	95	75	14	623	19	31	12	35	1.90
78350--79234	61	14.0	65	77	13	614	19	31	12	35	1.90
78698--79186	66	7.8	61	73	16	224	19	31	13	36	1.90
79033--79166	27	4.7	27	75	17	137	20	32	14	32	1.93
79111--79161	26	2.0	26	100	0	102	23	37	15	23	1.93
78574--79252	94	7.3	91	75	15	395	19	31	13	36	1.90
79137--79234	34	2.9	33	73	18	92	21	31	9	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79268--79354	28	2.9	30	77	16	92	34	28	17	19	1.94
79361--79991	49	13.0	49	75	11	383	27	25	15	31	1.96
79513--79678	39	4.0	39	75	14	143	29	25	18	25	1.98
79469--79727	88	3.0	87	89	2	385	28	26	17	28	1.98
79640--79987	52	6.8	50	76	7	256	27	25	14	32	1.95
79640--79880	101	2.4	102	83	2	299	27	25	15	31	1.96
80736--80763	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
80716--80781	33	2.0	33	88	5	98	30	15	13	40	1.85
84206--84248	14	3.2	12	81	18	50	2	4	9	83	0.87
88850--88903	21	2.6	21	96	0	99	25	24	14	35	1.94
89032--89152	52	2.4	50	87	2	170	26	13	15	44	1.83
89107--89175	30	2.3	30	92	0	120	20	13	23	43	1.86
95111--95164	19	2.7	19	88	5	63	33	9	16	40	1.80
109726--109780	20	2.7	20	82	2	65	30	20	12	36	1.90
110593--110721	61	2.1	61	81	2	143	37	11	23	27	1.89
110760--111028	103	2.6	103	77	1	243	34	15	24	25	1.95
110835--111028	52	3.8	52	86	2	212	32	17	25	25	1.96
110789--111028	103	2.3	103	79	2	250	33	16	25	25	1.95
110782--111028	52	4.8	51	80	5	205	34	16	24	25	1.95
111246--111328	33	2.6	30	80	12	87	27	16	30	25	1.97
111261--111335	33	2.3	33	88	4	107	22	16	32	29	1.95
111151--111604	129	3.6	128	81	8	500	27	15	30	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111299--111620	123	2.6	126	86	4	411	28	14	30	26	1.95
111515--111587	32	2.2	31	81	11	83	24	17	28	28	1.98
111798--111899	52	2.0	52	84	3	134	34	17	24	23	1.96
111800--111915	52	2.2	52	81	6	128	38	17	24	19	1.93
113153--113185	9	3.8	9	84	8	50	3	0	6	90	0.52
113153--113186	17	2.0	17	100	0	68	5	0	5	88	0.64
122617--122641	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
123541--123596	21	2.7	21	100	0	112	35	10	17	35	1.85
123626--123687	19	3.2	19	71	13	54	41	12	16	29	1.85
123654--123726	32	2.3	32	95	0	128	34	10	17	36	1.85
123656--123718	19	3.7	18	72	24	64	33	11	17	38	1.85
123743--123784	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
123771--123796	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
127256--127391	51	2.6	52	86	3	195	31	29	10	28	1.90
127361--127553	107	1.8	106	84	5	264	23	29	17	29	1.97
127479--127554	28	2.7	29	87	4	102	19	31	22	26	1.98
127360--127581	107	2.1	107	81	6	263	25	27	15	31	1.96
133629--133812	74	2.5	74	96	1	336	35	15	20	28	1.93
135123--135482	36	10.1	36	74	4	282	32	20	11	35	1.89
135123--135482	72	5.1	71	75	4	323	32	20	11	35	1.89
135161--135429	143	1.9	141	83	4	353	32	20	12	34	1.90
135561--135620	24	2.6	22	79	10	66	33	25	13	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135561--135622	23	2.6	25	78	16	69	33	24	14	27	1.94
136157--136455	110	2.7	110	78	7	318	38	11	8	41	1.71
137560--137625	26	2.6	25	90	4	105	40	9	13	36	1.76

Tables:   1

The End!