genome.fa.s1416.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1416
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110888

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1568--1609	19	2.2	20	86	4	59	47	7	2	42	1.43
1940--1979	17	2.4	16	84	8	53	15	2	10	72	1.21
3023--3091	25	2.9	23	78	21	72	40	2	0	56	1.14
3298--3355	26	2.2	26	78	6	64	29	6	6	56	1.51
3726--3764	3	13.0	3	88	0	60	30	2	2	64	1.21
4844--4902	25	2.5	22	81	13	57	37	5	0	57	1.21
5452--5494	16	2.5	17	81	11	52	37	0	0	62	0.95
7365--7422	29	1.9	30	82	6	73	51	0	0	48	1.00
9651--9694	17	2.5	17	77	3	52	54	2	0	43	1.12
12484--12526	2	21.5	2	95	0	77	48	2	48	0	1.14
12766--12821	21	2.7	21	80	5	60	69	5	0	25	1.09
12846--13090	127	1.9	126	89	0	373	47	5	8	38	1.57
13671--13714	21	2.0	22	86	4	63	36	0	2	61	1.09
14320--14390	32	2.2	33	84	2	90	42	2	2	52	1.31
15782--15825	22	2.0	23	82	13	56	63	4	2	29	1.26
15784--15830	25	2.0	23	84	15	62	68	4	2	25	1.19
17345--17382	19	2.0	19	89	0	58	65	2	0	31	1.06
20810--20839	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
22217--22260	15	2.8	16	82	6	54	81	0	0	18	0.68
22212--22270	24	2.4	25	88	11	95	77	3	0	18	0.90
26187--26212	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
26169--26232	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30284--30314	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
32389--32424	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
32538--32583	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
36039--36064	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
36120--36158	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
40208--40261	20	2.8	20	91	2	83	37	18	12	31	1.89
41225--41250	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
41205--41268	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
42276--42301	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
42289--42326	19	2.0	19	89	0	58	23	13	26	36	1.91
44872--44907	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
46982--47012	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
50986--51024	20	1.9	21	94	5	71	35	10	10	43	1.73
51079--51104	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
51059--51122	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
51153--51226	20	3.7	20	82	8	78	29	17	13	39	1.88
53569--53616	23	2.2	21	85	10	62	47	0	20	31	1.50
57895--57935	21	1.9	22	90	5	66	43	14	4	36	1.67
59857--59956	33	3.0	34	86	5	118	35	15	14	36	1.87
59885--59927	20	2.2	20	91	0	68	34	11	16	37	1.85
59984--60039	20	2.8	20	82	10	71	35	14	12	37	1.84
60025--60051	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60006--60070	32	2.0	33	84	3	87	41	12	13	32	1.82
68687--68972	79	3.6	79	90	1	450	29	15	28	26	1.96
68924--68999	27	2.8	28	85	2	100	21	19	34	25	1.96
68983--69203	51	4.3	52	84	4	263	32	11	25	30	1.91
68983--69203	103	2.2	101	82	3	264	32	11	25	30	1.91
69214--69338	52	2.4	53	82	6	148	31	10	26	32	1.90
71705--71746	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
71773--71831	19	3.5	18	70	29	58	38	18	11	30	1.87
71754--71833	31	2.6	32	90	4	119	36	17	13	32	1.89
71891--71960	21	3.7	21	75	25	91	34	14	15	35	1.88
71894--71965	35	2.1	35	100	0	144	34	13	16	34	1.89
73949--75288	55	22.4	61	74	14	983	27	20	26	25	1.99
74014--74261	135	1.8	134	93	3	435	29	20	25	23	1.99
73925--75259	300	4.5	290	87	6	1617	26	20	27	25	1.99
74320--74560	135	1.8	129	84	7	331	25	20	28	24	1.99
73925--75288	352	3.8	354	85	8	1751	27	20	26	25	1.99
76274--76321	1	48.0	1	78	0	51	0	2	8	89	0.56
76274--76321	14	3.4	14	81	16	62	0	2	8	89	0.56
76274--76320	8	5.8	8	87	5	67	0	2	8	89	0.57
76274--76320	24	2.0	24	91	0	76	0	2	8	89	0.57
76274--76321	13	3.7	13	86	5	62	0	2	8	89	0.56
88763--88988	79	2.9	79	82	4	206	32	14	26	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88919--89038	51	2.4	51	91	5	206	31	15	25	27	1.95
88654--89063	209	2.0	210	81	8	496	34	13	25	26	1.93
89023--89095	27	2.7	27	86	2	92	23	20	32	23	1.98
89080--89259	51	3.5	50	87	4	261	35	12	23	29	1.91
89084--89267	103	1.8	101	84	4	253	35	12	22	29	1.91
89076--89297	103	2.2	101	81	3	248	32	13	25	28	1.94
88970--89462	259	1.9	263	85	2	699	31	13	26	28	1.94
89340--89463	52	2.4	53	83	4	153	30	8	26	33	1.87
91827--91852	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
91839--91880	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
91827--91969	32	4.5	32	78	8	130	32	16	13	37	1.88
91924--91948	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
91905--91967	19	3.6	19	74	24	66	36	15	12	34	1.86
96724--96758	6	5.7	6	93	3	52	68	5	0	25	1.11
96765--96972	35	5.9	35	81	14	266	42	5	31	20	1.76
96758--96888	44	3.2	44	63	26	113	48	4	26	20	1.69
96790--96864	21	3.5	21	82	7	105	44	5	29	21	1.74
96827--96968	64	2.1	68	87	8	211	41	5	32	20	1.76
98185--98253	26	2.6	26	86	4	93	26	31	18	23	1.97
98212--98696	78	6.1	79	80	8	545	27	24	15	32	1.95
106449--106597	52	2.9	51	83	4	181	32	16	18	33	1.93
106651--106717	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106673--106697	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
108847--109011	35	4.9	35	85	7	241	18	31	6	43	1.75
108847--109011	67	2.4	68	85	8	237	18	31	6	43	1.75
109463--109562	41	2.5	40	85	10	134	42	12	29	17	1.85
109688--109862	61	2.9	60	80	10	214	28	20	25	26	1.99
109966--110134	92	1.8	93	89	6	272	23	20	30	25	1.98
110053--110184	55	2.4	55	91	2	203	21	21	28	28	1.99
109747--110338	149	3.9	149	88	5	779	25	19	29	25	1.99
110202--110454	55	4.3	60	83	10	300	24	21	28	26	1.99
110204--110429	116	2.0	110	86	8	312	24	20	28	26	1.99

Tables:   1

The End!