genome.fa.s142.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold142
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1427168

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
692607--692646	21	2.0	20	85	9	55	52	0	0	47	1.00
692675--692719	23	2.0	23	86	0	63	57	0	0	42	0.98
692791--692874	20	4.1	21	77	13	77	35	1	0	63	1.03
692811--692881	29	2.3	29	81	11	72	33	4	0	61	1.15
693094--693127	17	2.1	16	88	5	50	67	2	0	29	1.05
693092--693175	27	3.0	28	75	13	84	67	1	0	30	0.98
693111--693168	4	14.2	4	76	16	57	70	0	0	29	0.87
693110--693168	22	2.9	22	82	12	81	71	0	0	28	0.87
693666--693708	20	2.1	21	86	4	61	55	2	0	41	1.12
697415--697449	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
698534--698590	26	2.2	26	84	6	80	40	0	1	57	1.09
699389--699413	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
699582--699648	31	2.2	31	84	12	86	40	0	1	58	1.07
700745--700805	24	2.5	25	79	12	74	47	0	0	52	1.00
705499--705543	23	1.9	23	86	4	63	37	2	0	60	1.09
706381--706515	68	2.0	68	98	0	261	34	19	10	35	1.86
708613--708697	28	3.0	28	89	0	125	25	9	23	41	1.84
711728--711794	30	2.3	29	89	2	98	44	4	0	50	1.22
711725--711813	30	3.0	28	83	4	88	46	5	0	48	1.26
712056--712117	16	3.7	16	75	12	54	58	0	3	38	1.15
712346--712378	13	2.6	13	90	4	50	18	0	0	81	0.68
712897--713006	32	3.2	33	76	8	105	44	1	0	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
712965--713040	5	15.6	5	70	20	54	38	2	1	57	1.21
713140--713202	14	4.6	14	72	20	53	47	3	0	49	1.17
714578--714643	30	2.2	30	89	5	98	36	10	1	51	1.46
714638--714675	13	2.8	14	88	8	60	28	13	5	52	1.61
715787--715834	24	2.0	24	87	0	69	35	45	0	18	1.50
717628--717652	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
718394--718453	30	2.0	30	100	0	120	56	6	3	33	1.42
726145--726194	25	2.0	25	96	0	91	50	22	16	12	1.77
739058--739092	17	2.1	17	100	0	70	54	5	22	17	1.64
741167--741191	13	1.9	13	100	0	50	48	4	8	40	1.51
748038--748223	95	2.0	93	94	2	327	34	23	23	17	1.96
748890--748918	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
748918--748952	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
749549--749577	14	2.1	14	100	0	58	31	20	13	34	1.92
751492--751538	23	1.9	25	87	12	71	53	0	0	46	1.00
751571--751642	35	2.0	37	86	8	103	34	5	4	55	1.42
752010--752055	16	2.7	18	74	16	53	63	0	0	36	0.95
753944--753999	17	3.4	17	72	22	57	46	0	0	53	1.00
757656--757711	22	2.5	22	81	13	62	44	7	1	46	1.41
758921--758961	16	2.5	17	84	15	59	46	0	2	51	1.14
759066--759097	11	3.1	11	86	13	50	46	0	0	53	1.00
759008--759094	34	2.5	33	78	14	79	49	1	0	49	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
759348--759378	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
766875--766925	10	5.0	11	77	15	56	35	0	0	64	0.94
766875--766934	30	2.0	31	93	3	104	33	1	0	65	1.03
766992--767060	25	2.8	25	73	18	72	49	1	0	49	1.09
770188--770292	52	2.0	52	98	0	201	46	15	19	19	1.84
770431--770456	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
773716--773748	13	2.5	13	95	0	57	60	0	0	39	0.97
773936--773973	17	2.5	15	84	16	51	42	0	0	57	0.98
773947--773989	17	2.6	17	85	3	52	51	0	0	48	1.00
774481--774514	18	1.9	18	88	5	52	55	0	0	44	0.99
776123--776151	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
776423--776468	23	2.0	23	86	0	65	50	0	0	50	1.00
778288--778494	103	2.0	103	96	0	378	38	15	13	31	1.87
780293--780323	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
782645--782679	18	1.9	18	88	0	52	31	2	0	65	1.07
783766--783800	12	3.0	12	87	8	54	71	0	0	28	0.86
783768--783802	11	3.1	11	91	4	52	65	0	0	34	0.93
785025--785050	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
785217--785258	19	2.2	19	87	8	59	28	0	2	69	1.01
785576--785604	11	2.5	12	94	5	51	41	0	0	58	0.98
787952--788010	29	2.0	29	93	0	100	45	0	3	50	1.18
788094--788199	18	6.7	16	66	24	57	55	0	5	37	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
788071--788176	45	2.4	45	90	1	160	54	0	4	40	1.21
788138--788243	35	3.1	33	73	14	99	52	1	4	40	1.33
788140--788240	18	5.9	18	65	20	56	52	1	4	40	1.34
788152--788250	32	3.0	32	76	4	90	50	2	4	43	1.32
788340--788386	15	3.1	15	76	11	51	51	2	0	46	1.13
801289--801372	44	1.9	44	82	4	107	25	5	5	63	1.40
809772--809853	28	2.9	28	80	7	94	47	12	6	34	1.66
811874--811929	25	2.4	23	85	8	69	58	0	1	39	1.08
812828--812896	18	3.7	19	72	16	63	52	0	2	44	1.16
812841--812888	12	4.2	12	84	10	64	52	0	4	43	1.20
812865--812898	14	2.4	15	85	14	54	52	0	0	47	1.00
812864--812897	13	2.7	12	86	13	50	55	0	0	44	0.99
816229--816274	20	2.2	21	77	18	51	60	2	0	36	1.09
831527--831618	22	4.3	21	73	17	73	44	0	3	52	1.17
831585--831626	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
831860--831903	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
834722--834753	17	1.9	16	93	6	55	87	12	0	0	0.54
836320--836356	2	19.0	2	88	5	58	45	0	2	51	1.15
837615--837847	48	4.9	47	79	4	236	27	11	19	41	1.85
837615--837847	94	2.4	96	85	4	303	27	11	19	41	1.85
839098--839133	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
839286--839329	17	2.4	18	85	7	54	40	0	4	54	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839331--839373	22	1.9	23	95	4	79	58	0	0	41	0.98
840370--840419	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
841452--841476	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
841984--842052	32	2.2	32	86	0	93	37	7	17	37	1.77
842038--842084	6	7.8	6	82	0	58	31	6	19	42	1.76
843194--843232	2	19.5	2	94	0	69	51	2	0	46	1.14
843709--843750	16	2.5	17	84	3	59	40	0	0	59	0.97
845564--845611	23	2.2	21	85	7	60	45	8	2	43	1.45
851636--851697	29	2.2	28	88	11	92	62	0	0	37	0.95
852101--852152	27	1.9	27	92	0	86	40	3	21	34	1.71
852195--852238	16	2.7	16	85	3	61	29	13	11	45	1.79
852213--852247	16	2.2	16	89	0	52	34	8	8	48	1.64
852325--852352	14	2.0	14	100	0	56	35	7	7	50	1.57
852527--852599	22	3.3	22	78	12	78	42	8	4	45	1.53
852609--852676	16	4.2	17	74	10	54	29	8	14	47	1.75
859495--859541	21	2.3	21	82	7	62	42	0	0	57	0.98
859552--859598	19	2.4	19	89	3	67	31	0	0	68	0.90
860306--860355	17	2.8	17	84	6	55	64	2	0	34	1.05
860595--860687	33	2.8	32	73	12	91	45	3	1	50	1.25
860826--860958	71	1.9	70	90	6	214	38	3	0	57	1.19
861104--861166	26	2.4	27	84	7	76	42	0	0	57	0.99
861126--861184	20	3.4	18	70	25	56	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861899--861954	29	2.0	28	85	3	76	50	1	0	48	1.11
862913--862956	17	2.7	15	80	16	52	59	0	2	38	1.10
863510--863572	25	2.7	23	69	14	56	41	4	3	50	1.39
863661--863703	22	2.0	22	90	9	70	39	0	0	60	0.97
866335--866448	60	1.9	60	88	0	174	32	18	19	29	1.96
870632--870657	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
870839--870871	12	2.6	13	85	9	50	42	0	3	54	1.15
870905--870945	18	2.3	18	87	8	57	41	0	0	58	0.98
870914--870970	28	2.0	30	83	13	75	42	0	0	57	0.98
870934--870976	18	2.4	18	81	18	54	44	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8