genome.fa.s1449.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1449
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  133823

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 106 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11056--11130	2	37.5	2	75	10	55	46	4	4	45	1.40
13816--13852	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
14023--14059	2	18.5	2	94	0	65	0	51	0	48	1.00
14722--14762	13	3.0	14	75	17	50	70	2	0	26	0.99
15027--15106	17	5.2	17	71	18	68	70	0	1	28	0.96
15027--15099	22	3.3	23	79	14	98	71	0	1	27	0.95
15035--15104	12	6.2	12	79	18	87	70	0	1	28	0.96
15027--15148	44	2.9	44	82	8	121	65	1	0	31	1.08
15125--15173	14	3.2	14	74	20	53	53	0	0	46	1.00
15124--15189	19	3.8	18	74	22	61	56	0	0	43	0.99
15043--15186	10	13.8	10	67	15	62	62	1	0	35	1.09
15156--15218	18	3.3	20	75	18	64	58	0	0	41	0.98
18353--18401	2	25.0	2	95	4	91	51	0	0	48	1.00
19169--19203	15	2.3	15	90	0	52	37	0	0	62	0.95
19698--19735	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
21194--21234	13	3.1	14	79	10	50	58	0	0	41	0.98
22565--22604	14	2.9	15	85	10	50	47	2	0	50	1.14
22762--22811	17	3.0	17	82	11	59	52	4	4	40	1.39
23091--23125	17	2.1	17	89	5	54	68	2	20	8	1.29
24633--25563	464	2.0	463	87	1	1355	22	21	14	40	1.90
27397--27441	20	2.2	20	92	0	72	40	6	22	31	1.80
27711--27751	20	2.0	20	95	0	73	36	7	21	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28021--28061	20	2.0	20	95	0	73	36	7	21	34	1.82
27421--29802	290	8.0	290	97	2	4215	30	15	16	36	1.90
28911--28951	20	2.0	20	95	0	73	36	7	21	34	1.82
27421--29802	890	2.7	890	98	1	4575	30	15	16	36	1.90
32212--32254	21	2.0	21	83	16	54	44	13	13	27	1.83
33182--33217	18	2.0	18	94	0	63	41	5	11	41	1.64
37466--37542	32	2.4	31	91	4	118	24	19	31	24	1.98
37519--38125	28	21.5	28	79	6	609	23	17	28	31	1.97
37519--38128	85	7.2	83	81	8	597	23	17	28	30	1.97
39365--39408	10	4.5	10	83	16	65	0	0	11	88	0.51
39365--39410	18	2.5	18	96	3	83	0	0	13	86	0.56
39368--39410	8	5.1	8	81	18	52	0	0	13	86	0.58
39368--39408	14	2.8	16	79	20	54	0	0	12	87	0.53
45032--45086	22	2.5	22	93	0	92	16	14	20	49	1.80
52873--52947	20	3.8	20	78	0	87	40	12	14	33	1.83
52933--53068	30	4.5	30	80	3	166	39	13	18	28	1.88
53007--53101	20	4.0	23	71	28	76	41	12	17	28	1.86
54621--54647	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
54602--54664	33	1.9	32	87	3	90	28	14	15	41	1.87
54632--54688	19	2.9	19	82	5	78	31	14	17	36	1.89
54628--54688	20	3.1	19	79	6	77	32	13	18	36	1.89
56295--56331	3	12.3	3	94	0	65	35	0	35	29	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63362--63388	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
63343--63407	33	2.0	32	87	3	94	30	15	13	40	1.86
63373--63427	19	2.8	20	88	2	85	34	16	12	36	1.87
63369--63427	20	3.0	19	85	5	82	35	15	13	35	1.87
68833--68878	16	2.9	16	87	6	58	8	19	0	71	1.11
72519--72630	54	2.1	54	93	0	188	33	15	17	33	1.91
73884--73944	29	2.1	29	96	0	113	27	18	19	34	1.95
75552--75642	31	2.8	33	81	15	86	49	16	16	17	1.80
75984--76061	31	2.5	31	93	0	138	37	12	25	24	1.91
76657--76685	13	2.2	13	100	0	58	58	13	6	20	1.58
76936--77126	89	2.2	88	81	0	211	40	12	20	26	1.88
76994--77156	89	1.8	89	80	2	193	39	11	21	26	1.88
77279--77386	44	2.5	44	79	8	121	45	13	17	23	1.84
78976--79031	3	18.7	3	100	0	112	0	32	0	67	0.91
83556--83594	8	4.8	8	84	6	51	15	5	0	79	0.90
86030--86155	65	1.9	66	87	4	184	28	19	10	41	1.84
86158--86200	2	21.5	2	85	0	59	44	0	6	48	1.29
86755--86811	28	2.0	28	86	6	80	47	5	7	40	1.53
88680--88722	21	2.0	21	90	0	68	32	13	13	39	1.85
89414--89474	12	5.0	12	75	16	54	75	3	19	1	1.03
89425--89470	22	2.1	21	84	4	56	78	0	19	2	0.86
89578--89633	24	2.3	24	90	0	85	28	14	21	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89841--89887	23	2.1	23	84	11	62	23	10	12	53	1.70
90201--90569	59	6.3	59	74	8	272	26	12	15	46	1.81
93176--93313	51	2.7	51	86	1	186	44	13	10	31	1.76
93351--93396	20	2.2	21	92	3	76	28	17	10	43	1.82
93795--93845	13	3.8	14	74	7	52	72	5	17	3	1.20
102276--102308	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
107047--107081	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
108964--109027	20	3.2	19	75	20	67	48	0	1	50	1.10
109777--109801	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
109972--110004	2	16.5	2	93	0	57	0	51	0	48	1.00
110004--110043	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
110984--111026	11	3.7	11	82	17	52	74	0	0	25	0.82
110992--111060	12	6.2	12	80	19	87	69	0	1	28	0.97
110984--111060	23	3.4	23	76	18	90	70	0	1	28	0.96
110984--111104	43	2.9	44	82	9	121	65	1	0	32	1.08
111081--111129	14	3.2	14	74	20	53	53	0	0	46	1.00
111080--111145	19	3.8	18	74	22	61	56	0	0	43	0.99
110984--111143	10	17.0	9	66	21	53	63	1	0	35	1.07
111000--111142	10	13.8	10	67	16	62	62	1	0	35	1.09
111112--111174	18	3.3	20	75	18	64	58	0	0	41	0.98
114308--114336	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
115102--115136	15	2.3	15	90	0	52	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115634--115671	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
117130--117170	13	3.1	14	79	10	50	58	0	0	41	0.98
117358--117388	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
118507--118546	14	2.9	15	85	10	50	47	2	0	50	1.14
118704--118753	17	3.0	17	82	11	59	52	4	4	40	1.39
119032--119065	17	2.1	17	88	5	52	67	2	20	8	1.31
120573--121504	464	2.0	464	87	1	1350	22	21	14	40	1.90
123338--123382	20	2.2	20	92	0	72	40	6	22	31	1.80
123652--123692	20	2.0	20	95	0	73	36	7	21	34	1.82
123962--124002	20	2.0	20	95	0	73	36	7	21	34	1.82
123362--125742	290	8.0	290	97	2	4206	30	15	16	36	1.90
124852--124892	20	2.0	20	95	0	73	36	7	21	34	1.82
123362--125742	889	2.7	890	98	1	4566	30	15	16	36	1.90
128154--128195	21	2.0	20	82	17	50	38	19	14	28	1.90
129120--129155	18	2.0	18	94	0	63	41	5	11	41	1.64
133400--133476	32	2.4	31	91	4	118	24	19	31	24	1.98
133455--133822	28	13.0	28	76	7	305	23	18	27	31	1.97
133459--133823	56	6.4	56	78	6	351	23	18	26	31	1.97

Tables:   1

The End!