genome.fa.s1466.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1466
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  620546

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 248 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4372--4479	42	2.6	42	89	0	171	10	45	2	41	1.52
4409--4472	21	3.0	21	74	17	60	10	43	3	42	1.55
6105--12250	476	12.9	475	95	0	10754	30	19	14	34	1.92
6105--12250	951	6.5	950	95	0	10887	30	19	14	34	1.92
12025--12467	217	2.0	217	92	2	739	30	20	13	35	1.91
11549--12942	692	2.0	693	95	0	2495	30	20	14	35	1.92
12241--19122	476	14.5	475	93	1	11023	30	19	14	34	1.92
12241--19122	950	7.2	948	91	1	11133	30	19	14	34	1.92
18897--19339	217	2.0	217	92	2	739	29	21	13	35	1.92
18421--19813	692	2.0	693	94	0	2466	29	20	14	35	1.92
19113--38165	476	40.1	474	91	1	25783	30	19	14	34	1.92
23532--24148	158	3.9	157	65	12	323	31	20	14	34	1.93
19118--143165	952	129.7	951	83	5	127023	30	19	14	34	1.92
43145--43263	42	2.8	42	88	0	175	9	44	2	43	1.49
43139--43254	21	5.3	24	64	24	76	9	45	2	42	1.50
44876--143165	476	206.5	476	85	3	120731	30	19	14	34	1.92
80404--80726	159	2.0	158	86	0	439	28	18	12	40	1.86
80448--80769	159	2.0	158	80	3	360	30	20	11	37	1.88
92850--93172	159	2.0	158	86	0	439	28	18	12	40	1.86
92894--93215	159	2.0	158	80	3	360	30	20	11	37	1.88
142932--143413	249	1.9	247	86	1	669	28	20	14	37	1.91
143179--156850	476	28.7	475	91	1	20225	30	19	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158490--158539	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
158424--158533	42	2.6	42	92	0	184	40	1	46	10	1.50
163511--172182	476	18.2	476	91	1	13227	30	19	15	34	1.93
172189--174361	476	4.6	476	89	1	3231	30	19	15	34	1.93
174080--174709	348	1.8	348	91	0	1037	28	20	14	36	1.92
173533--175185	824	2.0	824	90	0	2619	30	19	14	35	1.92
174357--186265	476	25.0	476	91	0	18745	30	19	15	34	1.93
185878--187658	476	3.9	441	81	8	1775	30	19	15	34	1.93
184429--187735	952	3.5	910	86	5	4038	30	19	14	34	1.92
186288--187735	476	3.0	475	89	2	2140	30	19	14	34	1.92
188488--188513	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
191060--191084	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
193143--193173	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
194977--195021	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
197219--197289	20	3.6	20	81	11	101	26	14	15	43	1.85
197239--197308	19	3.6	19	81	11	97	27	17	15	40	1.90
197219--197309	39	2.3	39	100	0	182	27	15	15	41	1.87
197673--212348	476	30.8	475	90	1	20921	30	19	14	34	1.92
212027--212743	355	2.0	356	90	1	1127	29	19	16	34	1.94
211551--213179	831	2.0	831	87	1	2377	30	20	15	33	1.93
212382--223068	476	22.5	476	89	1	14783	30	19	14	34	1.92
222902--223189	155	1.9	155	90	0	459	32	20	16	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223054--226063	476	6.3	475	89	1	4181	30	19	14	34	1.92
231147--231265	42	2.8	42	90	0	193	8	45	2	43	1.47
231180--231255	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
231171--231256	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
231162--231232	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
232879--235602	477	5.7	476	89	0	3991	30	19	14	35	1.92
232879--235602	953	2.9	950	89	1	4054	30	19	14	35	1.92
235436--235761	159	2.1	159	89	0	490	30	18	18	32	1.95
234956--236238	635	2.0	636	92	0	2104	31	19	15	34	1.93
235591--246497	476	22.9	476	90	1	15297	30	19	15	34	1.92
246333--246656	158	2.0	159	88	1	481	31	17	11	39	1.85
245866--247106	634	2.0	634	87	1	1808	31	18	14	35	1.91
246502--251702	953	5.5	951	89	1	7054	30	19	15	34	1.92
246492--251702	476	10.9	475	88	1	7015	30	19	15	34	1.92
251366--252095	393	1.9	393	89	0	1154	31	19	16	32	1.94
252134--252460	159	2.1	159	89	1	512	32	19	11	36	1.87
251759--253037	634	2.0	634	85	2	1712	31	18	14	34	1.92
252293--253758	476	3.1	474	88	3	2223	31	19	14	33	1.92
254497--254548	19	2.6	20	93	6	88	26	11	15	46	1.80
255194--255249	29	1.9	29	89	7	87	30	30	5	33	1.80
259146--259176	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
263244--263282	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263677--278364	476	30.7	476	79	6	11693	30	19	15	34	1.93
279057--282843	476	8.0	475	86	3	5168	30	19	14	34	1.92
283536--296581	476	27.4	476	78	7	10326	30	19	14	35	1.92
283536--318060	952	36.4	951	84	4	39400	30	19	14	35	1.92
289007--289453	235	1.9	235	93	0	770	31	20	16	31	1.94
290712--291334	317	2.0	317	86	2	885	30	17	17	35	1.93
290712--291444	317	2.3	317	82	3	807	30	17	15	36	1.91
296855--310497	476	28.8	473	86	2	17955	30	19	14	34	1.92
310499--318060	476	15.9	475	86	2	9967	30	19	14	35	1.92
313494--313551	28	2.1	28	100	0	116	22	10	17	50	1.76
317822--318316	257	1.9	256	87	3	719	30	20	13	35	1.91
317354--318792	732	2.0	733	89	1	2195	30	18	14	35	1.91
318060--319973	476	4.0	476	87	1	2660	31	18	14	34	1.91
319564--320380	407	2.0	408	88	1	1228	32	19	14	34	1.91
319087--323026	882	4.5	883	92	0	6197	31	19	14	34	1.91
322210--323840	407	4.0	407	88	0	2314	31	19	14	34	1.92
323907--346169	407	54.0	407	85	6	28795	31	19	14	33	1.93
322210--336202	814	17.0	814	90	3	21033	31	19	14	33	1.92
346236--347052	408	2.0	407	88	1	1226	30	19	14	35	1.92
348948--349020	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
348966--349041	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
348948--349041	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
351320--351364	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
353169--353199	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
355278--355315	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
358328--359158	407	2.0	407	88	1	1227	31	20	14	33	1.92
358758--360106	476	2.8	476	93	1	2206	31	19	13	35	1.91
359709--360934	408	3.0	407	94	0	2069	30	19	14	35	1.91
361001--362215	407	3.0	407	88	1	1819	31	20	14	33	1.92
362290--363107	408	2.0	408	91	0	1341	30	19	14	36	1.91
361408--363827	883	2.8	881	87	2	3483	31	20	13	34	1.92
364594--364619	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
364573--364637	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
364689--364744	20	2.8	20	89	5	78	30	16	14	39	1.88
367166--367190	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
369266--369303	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
373445--373518	20	3.7	20	82	8	78	29	17	13	39	1.88
374397--375214	408	2.0	408	92	0	1368	30	19	13	35	1.91
375577--375601	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
376072--376138	37	1.9	35	88	11	102	32	13	25	28	1.93
376445--378958	407	6.0	407	73	11	2011	31	19	14	34	1.92
379024--381913	407	7.0	407	78	8	2949	31	20	14	34	1.92
378142--380705	883	2.9	883	93	1	4193	31	19	14	34	1.92
381992--383215	407	3.0	405	88	0	1757	31	19	13	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
382816--384158	470	2.8	470	87	2	1967	31	19	15	34	1.92
383752--384567	407	2.0	405	88	2	1208	31	19	14	35	1.91
383290--385450	883	2.5	878	87	2	3081	31	19	14	34	1.92
384644--385857	407	3.0	406	88	1	1747	31	20	14	33	1.93
385449--387277	471	3.9	471	87	2	2520	30	19	15	34	1.93
386871--387686	407	2.0	407	88	0	1195	30	20	14	34	1.93
387726--387759	17	1.9	17	88	5	50	14	11	8	64	1.49
386395--389987	882	4.0	881	74	10	3479	30	19	14	34	1.93
387278--389107	475	3.9	477	87	2	2488	30	19	14	34	1.92
388699--389514	407	2.0	407	88	0	1222	30	20	14	34	1.93

Tables:   1   2   3