Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
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*
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3045 AAATCTTTTG
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* *
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CAAAATACTTCATTTTTCAT
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5489 TACACCAAGT
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13 13 1.00
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ATGTATCGATACA
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5471 TAGCTAAACT
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5481 TGTATCGATACACCAAGTATGTATCGATACAA
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5546 TTGGCTTGTA
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6285 TCATAAGCTT
* *
6295 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCAATTAAACGTCAGTTGATTCGAT
1 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGAT
* * * * * *
6360 TTTTTACAGTTAATAGGGCTTTTTGAATTTTTTTCCTAAAATTATCTGACTCGTCAACCCAAATC
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* * *
6425 CAACGAGGTTAAAAAATGAAAATTAAAAAGATGGGGTGCATCACGAGTACTT-CCAACGAGGTCA
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* * * *
6489 CCCATCCAAGTACTACACTCGCCAAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGTTGGGATCCGGTGCAT
194 CCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCAT
* *
6554 TAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCTCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACCATCCTTTCTCG
259 TAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAAACCATCCTTTCTCG
6619 CTCTG
324 CTCTG
* *
6624 TTC-CCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGTTGAATCGA
1 -TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGA
* ** * *
6688 TTTTTTACAGTTAATAGGGCTTT-TTGAATTTTTTACCTAAAATTATGTGACTCGTTAACCCAAA
65 TTTTTT-CAGTTAATAAGGCTTTCTAAAATTTTTT-CGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAA
* * *
6752 TCCAAGGAGGTTAAAAAATGAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGTACTT-CCAACGAGGT
128 TCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAA-GAGGT
*
6816 CACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATTCGGTGC
192 CACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGC
* *
6881 ATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAA-TGATAAATACCATCCTTTC
257 ATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACT-ACAAAAACCATCCTTTC
6945 TCGCTCTG
321 TCGCTCTG
* * **
6953 TCACCCTCGTGGGCCCATGTCTCACAGGTTTATATTTTACAGGATTAAACGTCAGCTGATTCGAT
1 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGAT
* *
7018 TTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCTGAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGGCTCGTCAACCCAAATCC
66 TTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCTAAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCC
* *
7083 AACGAGGTTAAAAAA-AAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTGCCAGGAGGTCACC
131 AACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACC
*
7147 CATTCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
196 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
*
7212 GTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTAC-AAAACCATCCTTTCTCGGT
261 GTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAAACCATCCTTTCTCGCT
7276 CTG
326 CTG
** * * *
7279 TTTCCCTTGTGAGCCCATGTCTCATGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGT
1 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGAT
* * * * * *
7344 TTTTTCAATTAATGAGGCATTCGAATATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTTAACCCAAATCC
66 TTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCTAAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCC
*
7409 AACGAAGTTAAAAAAT-AAAATTAAAAAGATGGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCAC
131 AACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGAT-GGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCAC
7473 CCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATT
195 CCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATT
* * * * *
7538 AGAGTTGCTATGATCGCACCCATCCCCTTTTACCATAACAAACGACAAAAACCATCCTTTCTCGC
260 AGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAAACCATCCTTTCTCGC
7603 TCTG
325 TCTG
* * *
7607 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTCATATTTTACTC-ATTAAACGTCAGCTGATTTGGT
1 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGAT
*
7671 TTTTTCAGTTAATAA-GCTTTCTAAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGGCTCGTCAACCCAAATCC
66 TTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCTAAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCC
*
7735 AACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATAGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACC
131 AACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACC
7800 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
196 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
*
7865 GTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTAC-AAAACCATCCTTTCTCGGT
261 GTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAAACCATCCTTTCTCGCT
7929 CTG
326 CTG
** * ** *
7932 TTTCCCTTGTGGGCCCATGTCCCGTGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGT
1 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGAT
* * *
7997 TTTTT-AGTTAATAAGGCATTCCAATATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCC
66 TTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCTAAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCC
* * *
8061 AACGAAGTTAAAAAA-AAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACATGAAGACTTCCCAAGAGGTCACC
131 AACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACC
* * * **
8125 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTTACTGCGGAGTTCTGATGAGATACGGCACATTA
196 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
* *
8190 GTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACCAC-AAAACCATCCTTTCTCGGT
261 GTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAAACCATCCTTTCTCGCT
*
8254 CAG
326 CTG
** * * *
8257 TTTCCCTTGTGGGCTCATGTCTCATGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGT
1 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGAT
* * * * *
8322 TTTTTCAGTTAATAAGGCATTCCAATATTTTTCCGTAAAATTATGTGACTCATCAACCCAAATCC
66 TTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCTAAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCC
* * * *
8387 AACGAAGTTAAAAAAT-AAAATTAAAAAGATGGGTTGCAACACGAAGCCTTCCCAAGAGGTCACC
131 AACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACC
* * * *
8451 CATCCTAGTACTACTCTCG-CTAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTTTGATTGGATCCGGTGCATTA
196 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
* * * *
8515 GTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCCATAACAAACGACAAATACCATCATTTCTCGCT
261 GTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAAACCATCCTTTCTCGCT
8580 CTG
326 CTG
* *
8583 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTTCTCGATTAAACGTCAGCTAATTCGAT
1 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGAT
* * * * * *
8648 TTTTACAGTTAATAAGGCTTTCTGAAATTTTTTTGTAAAATTATGTGGCTCATCAACCCAAATCT
66 TTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCTAAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCC
*
8713 AACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGTCACC
131 AACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACC
*
8778 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTTACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
196 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
* * * * *
8843 GAGTTGCTATGATCGCACCCATCCCCTTTTACCATAACAAACTACAAATACCATCCTTTCTCGCT
261 GTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAAACCATCCTTTCTCGCT
8908 CTG
326 CTG
* *
8911 TTC-CCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGTTGAATCGA
1 -TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGA
* ** * *
8975 TTTTTTACAGTTAATAGGGCTTT-TTGAATTTTTTACCTAAAATTATGTGACTCGTTAACCCAAA
65 TTTTTT-CAGTTAATAAGGCTTTCTAAAATTTTTT-CGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAA
* * *
9039 TCCAAGGAGGTTAAAAAATGAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGTACTT-CCAACGAGGT
128 TCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAA-GAGGT
*
9103 CACCCAT-CTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGATGC
192 CACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGC
9167 ATTAGTGCTGGTATGATCGCA-CCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTAC--AAACCATCCTTTCT
257 ATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAAACCATCCTTTCT
* *
9229 CGGTTTG
322 CGCTCTG
** * **
9236 TTTCCCTTGTGGG-CCATGTCCCGTGTGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTC-A
1 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACG-GGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGA
* * * * *
9299 GTTTTTTCAGTTAATAAGGCATTCCAATATTTTTTCGTAAAATTATGTTACTTGTCAACCCAAAT
65 -TTTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCTAAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAAT
*
9364 CCAACGAAGTTAGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACATGAGGACTTCCCAAGAG
129 CCAACG-AG---GTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAG
9429 GTCACCCATCCTAGTACTACTC
190 GTCACCCATCCTAGTACTACTC
Statistics
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0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
324 56 0.02
325 460 0.18
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328 433 0.17
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330 2 0.00
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TTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCTAAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCC
AACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACC
CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
GTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAAACCATCCTTTCTCGCT
CTG
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6285 TCATAAGCTT
* *
6295 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCAATTAAACGTCAGTTGATTCGAT
1 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGAT
* * * * * *
6360 TTTTTACAGTTAATAGGGCTTTTTGAATTTTTTTCCTAAAATTATCTGACTCGTCAACCCAAATC
66 TTTTT-CAGTTAATA-AGCTTTCTAAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATC
* * *
6425 CAACGAGGTTAAAAAATGAAAATTAAAAAGATGGGGTGCATCACGAGTACTTCCAACGAGGTCAC
129 CAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAA-GAGGTCAC
* * * *
6490 CCATCCAAGTACTACACTCGCCAAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGTTGGGATCCGGTGCATT
193 CCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATT
* *
6555 AGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCTCTTTTGCCATAACAAACTACAAATACCATCCTTTCTCGC
258 AGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAA-ACCATCCTTTCTCGG
* * * *
6620 TCTGTTCCCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGTTGAAT
322 TCTGTTTCCCTTGTGGGCCCATGTCTCATGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATT
* * * * * * *
6685 CGATTTTTTACAGTTAATAGGGCTTTTTGAAT-TTTTTACCTAAAATTATGTGACTCGTTAACCC
387 CGGTTTTTT-CAGTTAATAAGGC-ATTCGAATATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCC
* * * *
6749 AAATCCAAGGAGGTTAAAAAATGAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGTACTT-CCAACGA
450 AAATCCAACGAAGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAA-GA
*
6813 GGTCACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATTCGG
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* * * * * *
6878 TGCATTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAATGATAAATACCATCCTT
579 TGCATTAGAGCTGCTATGATCGCACCCATCCCCTTTTACCATAACAAACGACAAAAACCATCCTT
6943 TCTCGCTCTG
644 TCTCGCTCTG
* * **
6953 TCACCCTCGTGGGCCCATGTCTCACAGGTTTATATTTTACAGGATTAAACGTCAGCTGATTCGAT
1 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGAT
* *
7018 TTTTTCAGTTAATAAGGCTTTCTGAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGGCTCGTCAACCCAAATCC
66 TTTTTCAGTTAATAA-GCTTTCTAAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCC
*
7083 AACGAGGTTAAAAAA-AAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTGCCAGGAGGTCACC
130 AACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTT-CCAAGAGGTCACC
*
7147 CATTCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
194 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
7212 GTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAACCATCCTTTCTCGGTC
259 GTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAACCATCCTTTCTCGGTC
*
7277 TGTTTCCCTTGTGAGCCCATGTCTCATGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCG
324 TGTTTCCCTTGTGGGCCCATGTCTCATGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCG
* * *
7342 GTTTTTTCAATTAATGAGGCATTCGAATATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTTAACCCAAAT
389 GTTTTTTCAGTTAATAAGGCATTCGAATATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAAT
7407 CCAACGAAGTTAAAAAAT-AAAATTAAAAAGATGGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTC
454 CCAACGAAGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGAT-GGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTC
7471 ACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCA
518 ACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCA
*
7536 TTAGAGTTGCTATGATCGCACCCATCCCCTTTTACCATAACAAACGACAAAAACCATCCTTTCTC
583 TTAGAGCTGCTATGATCGCACCCATCCCCTTTTACCATAACAAACGACAAAAACCATCCTTTCTC
7601 GCTCTG
648 GCTCTG
* * *
7607 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTCATATTTTACTC-ATTAAACGTCAGCTGATTTGGT
1 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGAT
*
7671 TTTTTCAGTTAATAAGCTTTCTAAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGGCTCGTCAACCCAAATCCA
66 TTTTTCAGTTAATAAGCTTTCTAAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCA
*
7736 ACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATAGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACCC
131 ACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTT-CCAAGAGGTCACCC
7801 ATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAG
195 ATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAG
7866 TGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAACCATCCTTTCTCGGTCT
260 TGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAACCATCCTTTCTCGGTCT
* *
7931 GTTTCCCTTGTGGGCCCATGTCCCGTGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGG
325 GTTTCCCTTGTGGGCCCATGTCTCATGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGG
*
7996 TTTTTT-AGTTAATAAGGCATTCCAATATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATC
390 TTTTTTCAGTTAATAAGGCATTCGAATATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATC
* *
8060 CAACGAAGTTAAAAAA-AAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACATGAAGACTTCCCAAGAGGTCAC
455 CAACGAAGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCAC
* * * **
8124 CCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTTACTGCGGAGTTCTGATGAGATACGGCACATT
520 CCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATT
* * * * *
8189 AGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACCAC-AAAACCATCCTTTCTCGG
585 AGAGCTGCTATGATCGCACCCATCCCCTTTTACCATAACAAACGACAAAAACCATCCTTTCTCGC
*
8253 TCAG
650 TCTG
** * * *
8257 TTTCCCTTGTGGGCTCATGTCTCATGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGT
1 TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGAT
* * * * *
8322 TTTTTCAGTTAATAAGGCATTCCAATATTTTTCCGTAAAATTATGTGACTCATCAACCCAAATCC
66 TTTTTCAGTTAATAA-GCTTTCTAAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCC
* * * *
8387 AACGAAGTTAAAAAAT-AAAATTAAAAAGATGGGTTGCAACACGAAGCCTTCCCAAGAGGTCACC
130 AACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTT-CCAAGAGGTCACC
* * * *
8451 CATCCTAGTACTACTCTCG-CTAAGCACGCTTAACTGCAGAGTTTTGATTGGATCCGGTGCATTA
194 CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
* * * *
8515 GTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCTTTTTGCCATAACAAACGACAAATACCATCATTTCTCGCT
259 GTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAA-ACCATCCTTTCTCGGT
** * * *
8580 CTGTCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTTCTCGATTAAACGTCAGCTAATTC
323 CTGTTTCCCTTGTGGGCCCATGTCTCATGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTC
* * * * * *
8645 GATTTTTACAGTTAATAAGGCTTTCTGAA-ATTTTTTTGTAAAATTATGTGGCTCATCAACCCAA
388 GGTTTTTTCAGTTAATAAGGCATTC-GAATATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAA
* * *
8709 ATCTAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAGGAGGT
452 ATCCAACGAAGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGT
*
8774 CACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTTACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGC
517 CACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGC
* * *
8839 ATTAGAGTTGCTATGATCGCACCCATCCCCTTTTACCATAACAAACTACAAATACCATCCTTTCT
582 ATTAGAGCTGCTATGATCGCACCCATCCCCTTTTACCATAACAAACGACAAAAACCATCCTTTCT
8904 CGCTCTG
647 CGCTCTG
* *
8911 TTC-CCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGTTGAATCGA
1 -TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGA
* ** * *
8975 TTTTTTACAGTTAATAGGGCTTT-TTGAATTTTTTACCTAAAATTATGTGACTCGTTAACCCAAA
65 TTTTTT-CAGTTAATA-AGCTTTCTAAAATTTTTT-CGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAA
* * *
9039 TCCAAGGAGGTTAAAAAATGAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGTACTTCCAACGAGGTC
127 TCCAACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAA-GAGGTC
*
9104 ACCCAT-CTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGATGCA
191 ACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCA
9168 TTAGTGCTGGTATGATCGCA-CCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTAC-AAACCATCCTTTCTCG
256 TTAGTGCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAACCATCCTTTCTCG
* * *
9231 GTTTGTTTCCCTTGTGGG-CCATGTCCCGTGTGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGA
321 GTCTGTTTCCCTTGTGGGCCCATGTCTCATG-GGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGA
* * * *
9295 TTCAGTTTTTTCAGTTAATAAGGCATTCCAATATTTTTTCGTAAAATTATGTTACTTGTCAACCC
385 TTCGGTTTTTTCAGTTAATAAGGCATTCGAATATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCC
*
9360 AAATCCAACGAAGTTAGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACATGAGGACTTCCCA
450 AAATCCAACG-A---AGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCA
9425 AGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTC
511 AGAGGTCACCCATCCTAGTACTACTC
Statistics
Matches: 2282, Mismatches: 189, Indels: 55
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
650 144 0.06
651 309 0.14
652 280 0.12
653 567 0.25
654 340 0.15
655 187 0.08
656 247 0.11
657 144 0.06
658 64 0.03
ACGTcount: A:0.28, C:0.23, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (653 bp):
TCACCCTTGTGGGCCCATGTCTCACGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGAT
TTTTTCAGTTAATAAGCTTTCTAAAATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCCA
ACGAGGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCAAGAGGTCACCCA
TCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTAGT
GCTGGTATGATCGCACCCATCCCCTTTTGCCATAACAAACTACAAAACCATCCTTTCTCGGTCTG
TTTCCCTTGTGGGCCCATGTCTCATGGGTTTATATTTTACTCGATTAAACGTCAGCTGATTCGGT
TTTTTCAGTTAATAAGGCATTCGAATATTTTTTCGTAAAATTATGTGACTCGTCAACCCAAATCC
AACGAAGTTAAAAAATAAAAATTAAAAAGATGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCAAGAGGTCACC
CATCCTAGTACTACTCTCGCCCAAGCACGCTTAACTGCGGAGTTCTGATGGGATCCGGTGCATTA
GAGCTGCTATGATCGCACCCATCCCCTTTTACCATAACAAACGACAAAAACCATCCTTTCTCGCT
CTG
Done.