genome.fa.s1546.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1546
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  169418

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
636--669	17	1.9	17	88	5	50	41	0	0	58	0.98
5626--5682	19	2.9	19	86	2	78	31	15	15	36	1.90
10022--10059	20	1.9	20	100	0	76	39	5	18	36	1.73
12581--12653	20	3.7	19	87	7	85	28	15	17	38	1.90
12682--12749	33	2.1	33	86	5	93	32	11	16	39	1.84
20219--20256	17	2.2	17	86	9	51	44	0	0	55	0.99
25529--25577	22	2.2	23	85	10	66	40	0	0	59	0.98
25529--25577	23	2.2	22	85	10	64	40	0	0	59	0.98
27596--27641	19	2.4	20	75	10	51	43	0	15	41	1.46
31096--32063	484	2.0	485	98	0	1857	37	10	20	30	1.87
34315--34340	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
35951--36207	54	4.7	55	78	3	216	26	9	30	33	1.88
35954--36270	163	1.9	163	80	3	361	28	10	28	33	1.90
40233--40283	25	2.0	25	96	0	93	29	13	19	37	1.90
41558--41591	17	2.0	17	88	0	50	47	11	8	32	1.71
43866--43924	18	3.3	18	83	7	75	45	5	8	40	1.56
47539--47577	13	2.9	13	80	3	51	48	0	2	48	1.15
47764--47813	21	2.4	20	80	6	55	34	2	0	64	1.05
53984--54040	24	2.3	24	79	8	62	57	3	1	36	1.26
54185--54249	32	2.0	33	84	3	87	30	0	7	61	1.24
54184--54238	16	3.5	16	85	2	67	32	0	5	61	1.19
61048--61084	18	2.0	19	85	15	51	5	16	2	75	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61052--61099	11	4.2	11	79	10	51	4	8	8	79	1.06
63501--63672	59	2.9	57	78	10	177	46	13	8	31	1.73
65944--65998	22	2.4	22	72	6	56	54	3	5	36	1.41
68781--68835	23	2.4	21	75	16	56	27	0	1	70	0.97
74765--74871	8	13.2	8	67	20	53	58	0	0	41	0.98
74783--74850	18	4.0	17	74	11	59	57	0	0	42	0.98
74835--74901	14	4.9	14	74	15	52	56	2	0	40	1.14
75235--75305	29	2.5	28	83	4	88	43	0	1	54	1.08
75236--75285	14	3.5	14	79	15	57	38	0	0	62	0.96
75242--75288	15	3.2	15	77	17	53	38	0	0	61	0.96
75513--75566	28	1.9	28	88	7	83	55	0	5	38	1.23
75723--75819	10	9.3	11	70	20	66	58	4	0	37	1.17
75778--75817	5	7.8	5	86	13	55	60	0	0	40	0.97
75644--75816	15	11.9	15	64	21	66	56	5	1	36	1.29
77392--77440	22	2.2	23	85	3	64	42	2	2	53	1.24
78564--78630	32	2.1	32	91	5	109	35	2	7	53	1.44
78564--78630	33	2.1	31	88	5	98	35	2	7	53	1.44
79231--79290	26	2.3	26	82	0	75	53	10	6	30	1.60
81988--82030	19	2.3	19	87	0	59	46	0	2	51	1.13
81998--82038	21	1.9	21	85	5	55	51	0	0	48	1.00
87575--87614	22	2.0	21	85	14	57	65	7	7	20	1.43
89752--89784	13	2.3	15	90	10	52	39	0	3	57	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89766--89810	24	1.9	23	86	4	63	46	4	0	48	1.22
95123--95151	14	2.1	14	93	6	51	51	6	6	34	1.55
95605--95637	16	2.1	16	100	0	66	36	0	6	57	1.23
95814--95843	14	2.2	13	94	5	51	6	10	0	83	0.81
96706--96759	22	2.4	23	78	12	67	62	0	3	33	1.12
100287--100391	23	4.4	23	70	15	79	56	0	0	43	0.99
100295--100398	41	2.5	40	76	19	106	55	0	0	44	0.99
100303--100406	39	2.7	40	78	15	119	55	0	0	44	0.99
100383--100422	19	2.2	19	95	4	73	65	2	0	32	1.06
101645--101674	16	1.9	15	93	6	51	60	0	0	40	0.97
103851--103883	14	2.4	14	90	5	50	60	0	0	39	0.97
103857--103913	25	2.3	25	78	6	62	56	0	0	43	0.99
103879--103925	22	2.2	21	84	3	58	51	0	0	48	1.00
103901--103962	32	2.0	32	83	3	81	50	0	0	50	1.00
104258--104315	2	30.0	2	79	6	66	43	0	6	50	1.29
104457--104489	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
105332--105361	13	2.3	13	100	0	60	53	0	0	46	1.00
106614--106684	28	2.5	28	76	13	74	29	4	5	60	1.38
108599--108651	24	2.3	22	84	12	63	9	33	1	54	1.43
111680--111731	2	26.0	2	94	0	86	46	1	0	51	1.12
113986--114054	28	2.5	27	81	13	86	28	5	5	59	1.44
113986--114056	27	2.5	28	82	13	92	28	5	5	60	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113986--114062	28	2.7	28	77	18	79	28	6	5	59	1.44
121276--121301	8	3.2	8	100	0	52	61	26	0	11	1.30
122159--122213	20	2.8	20	85	0	74	41	14	10	32	1.81
122158--122320	85	1.9	85	92	2	274	39	12	18	29	1.87
123006--123185	48	3.7	47	92	1	261	34	16	28	21	1.94
123001--123224	96	2.4	93	83	4	270	33	16	27	22	1.95
123333--124145	28	28.5	28	84	4	912	21	17	31	30	1.96
125076--125132	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
125058--125155	32	3.0	33	96	3	189	35	12	18	33	1.88
125224--125352	52	2.5	52	98	0	249	35	17	17	28	1.93
132036--132102	15	4.6	15	72	18	61	80	7	10	1	0.96
133083--133314	33	7.1	33	76	11	194	20	33	12	33	1.90
133083--133314	67	3.6	66	80	10	232	20	33	12	33	1.90
133060--133306	100	2.6	92	77	14	257	21	33	13	31	1.92
133317--133581	32	8.2	32	89	5	403	29	35	17	17	1.93
133574--134286	50	14.9	45	81	11	614	25	25	17	31	1.97
133589--134281	92	7.2	93	84	9	707	24	25	17	32	1.97
133667--134343	50	13.8	50	83	9	763	24	24	17	32	1.97
134294--134420	67	1.9	68	85	1	175	23	25	13	37	1.91
135231--135287	13	3.9	13	74	24	51	36	14	15	33	1.88
135211--135310	33	3.1	33	92	2	175	36	11	19	34	1.87
135379--135507	52	2.5	52	98	0	249	35	17	17	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139207--139261	15	3.7	15	82	4	67	1	1	12	83	0.80
139200--139285	21	4.1	20	73	19	68	3	2	11	82	0.88
139213--139297	9	8.8	9	72	19	64	3	2	14	80	0.95
139201--139297	30	3.4	27	78	14	97	3	2	14	80	0.93
139200--139282	36	2.3	35	86	10	107	3	2	12	81	0.91
146543--146615	21	3.2	23	73	9	60	71	8	12	8	1.31
146543--146616	22	3.3	23	71	19	68	70	8	13	8	1.34
147911--148227	27	11.7	27	87	4	444	23	33	15	27	1.95
147911--148227	55	5.9	54	88	4	460	23	33	15	27	1.95
147919--148227	161	1.9	161	91	1	503	23	33	15	27	1.95
148259--151608	32	109.7	32	78	9	2502	30	27	18	23	1.97
148238--151608	124	27.6	124	77	10	2376	30	27	18	22	1.97
148213--151603	335	10.1	334	80	8	2869	30	28	18	22	1.97
152858--152904	17	2.9	16	84	9	60	76	0	19	4	0.95
152858--152902	23	1.9	24	86	4	65	75	0	20	4	0.97
168940--168994	20	2.8	20	82	0	65	38	10	14	36	1.81
169011--169119	20	4.9	21	71	24	89	40	13	16	29	1.87
168930--169119	71	2.7	72	88	2	276	41	13	16	28	1.86
169031--169127	51	1.9	51	91	4	160	41	13	17	27	1.87

Tables:   1

The End!