genome.fa.s1594.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1594
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  184112

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6614--6700	5	17.8	5	76	15	67	82	12	4	0	0.81
6630--6700	22	3.3	20	78	16	79	83	11	5	0	0.81
6617--6718	35	2.9	35	80	8	120	80	13	5	0	0.89
8142--8581	30	15.1	30	80	9	493	29	31	16	22	1.96
8142--8549	59	7.0	57	90	3	516	29	31	17	22	1.96
8142--8581	145	3.0	143	84	6	514	29	31	16	22	1.96
8546--8786	34	7.0	35	81	6	269	19	32	10	37	1.86
8546--8786	104	2.3	103	83	6	326	19	32	10	37	1.86
8754--8840	27	3.1	27	83	5	93	25	33	16	25	1.96
8958--9373	43	8.9	43	71	16	301	24	24	18	32	1.97
9036--9480	52	8.9	52	75	12	421	24	24	17	33	1.97
9001--9422	95	4.4	95	88	4	628	24	24	18	31	1.97
9131--9480	53	6.9	52	75	10	330	24	24	17	33	1.96
9001--9480	197	2.4	196	86	3	646	24	25	17	32	1.97
10172--10196	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
10268--10292	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
10301--10481	52	3.5	52	95	0	317	35	17	19	28	1.94
12610--12660	27	2.0	26	85	11	70	25	35	15	23	1.94
19364--19389	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
19345--19409	33	2.0	33	84	6	87	41	18	13	26	1.88
22035--22086	19	2.7	20	85	11	72	38	17	13	30	1.88
24288--24332	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26135--26165	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
28246--28271	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
28392--28437	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
30483--30508	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
30463--30526	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
31217--31280	20	3.1	21	86	8	87	25	32	4	37	1.77
33081--33106	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
35186--35216	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
37020--37064	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
39285--39310	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
39265--39328	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
40019--40082	20	3.1	21	86	8	87	25	32	4	37	1.77
41002--41045	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
41777--41802	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
43149--43613	41	11.2	41	73	13	283	18	26	13	41	1.88
43269--44099	41	20.5	40	70	10	259	19	25	13	41	1.88
43151--44099	122	7.7	123	71	10	451	19	25	13	41	1.88
43831--44058	81	2.8	79	76	5	213	20	25	13	40	1.88
43991--44112	41	3.0	41	86	0	127	20	28	9	40	1.84
46172--46257	24	3.5	25	81	9	106	43	15	1	40	1.54
46172--46272	24	4.1	24	80	10	98	41	13	0	43	1.51
46189--46272	25	3.4	25	80	9	73	39	11	1	47	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48953--48981	2	14.5	2	100	0	58	48	51	0	0	1.00
61625--61650	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
61606--61670	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
67957--68002	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
70405--70430	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
74762--75664	28	32.5	28	81	8	866	23	16	28	30	1.97
74730--75664	84	11.2	84	81	7	994	23	17	28	30	1.97
93498--93570	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
93515--93591	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
93498--93591	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
93630--93655	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
97717--97747	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
99826--99864	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
101656--101681	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
102318--102390	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
102335--102411	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
102318--102411	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
102450--102475	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
107643--107668	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
107623--107687	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
108314--108404	39	2.3	40	80	3	112	32	20	6	39	1.79
109759--109801	20	2.1	20	82	4	50	11	30	41	16	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110242--110266	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
116338--116363	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
116318--116382	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
120010--120051	13	3.0	13	81	18	57	33	14	14	38	1.86
120010--120051	16	2.9	15	89	10	61	33	14	14	38	1.86
121164--121214	19	2.6	20	84	3	68	29	15	11	43	1.82
121264--121290	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
129141--129181	20	2.0	20	95	0	73	36	0	12	51	1.40
134910--134961	20	2.7	20	87	3	70	48	13	13	25	1.79
136930--136987	20	2.8	20	82	7	64	36	18	12	32	1.88
141183--141221	20	1.9	21	94	5	71	33	17	12	35	1.88
143220--143251	15	2.1	15	94	0	55	43	0	28	28	1.55
150189--150317	52	2.5	52	93	0	222	31	17	15	34	1.92
150189--150337	52	2.9	51	87	4	210	32	17	16	33	1.92
150391--150456	32	2.0	33	88	2	98	36	15	13	34	1.87
151210--151479	43	5.9	43	80	12	315	31	18	23	25	1.98
151157--151484	95	3.5	95	91	2	527	32	17	23	25	1.97
151488--151571	28	2.9	31	77	18	99	17	19	28	34	1.95
151501--152295	57	13.7	58	81	7	859	23	16	29	30	1.96
151501--152295	29	27.5	29	81	7	859	23	16	29	30	1.96
151547--152295	86	8.6	87	87	4	851	24	16	28	29	1.97
153731--153773	18	2.5	17	85	7	59	2	4	11	81	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167563--167693	52	2.5	52	92	0	217	32	14	17	35	1.90
168039--168103	35	2.0	33	88	11	98	30	24	12	32	1.92
168572--168610	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
168688--168718	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
168742--168878	53	2.6	53	94	1	238	25	17	18	37	1.93
168848--168920	20	3.6	20	80	10	69	30	12	16	41	1.85
172717--172753	19	1.9	19	100	0	74	27	16	16	40	1.89
172722--172771	20	2.6	19	87	3	64	36	14	10	40	1.79
175803--175855	18	2.8	19	83	11	65	41	11	16	30	1.84
178131--178193	32	1.9	33	87	9	94	41	14	15	28	1.87
178721--178798	18	4.3	19	68	11	56	29	33	3	33	1.76
180620--180688	13	5.2	13	91	3	111	40	15	11	31	1.84
180620--180688	27	2.6	27	95	2	122	40	15	11	31	1.84

Tables:   1

The End!