genome.fa.s1624.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1624
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  86151

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1464--1489	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1528--1603	21	3.7	21	78	3	100	28	15	11	43	1.83
1549--1621	20	3.6	20	77	3	92	31	17	13	36	1.89
1528--1621	41	2.3	41	100	0	188	29	17	12	40	1.86
2655--2720	33	2.0	33	93	0	114	31	16	15	36	1.90
2793--2818	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2775--2838	33	2.0	32	87	3	92	39	18	14	28	1.90
8986--9075	13	6.9	13	90	0	144	31	17	15	35	1.92
8986--9075	26	3.5	26	98	0	171	31	17	15	35	1.92
9196--9241	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
10853--10898	23	2.0	23	95	0	83	34	4	15	45	1.66
10945--10971	12	2.2	12	100	0	54	44	7	7	40	1.60
11671--11696	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
11652--11716	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
12324--12593	135	2.0	134	91	2	443	27	22	9	40	1.85
13991--14053	32	1.9	33	87	9	94	30	15	12	41	1.85
14024--14094	20	3.6	20	94	1	117	32	15	18	33	1.92
14123--14176	20	2.7	20	85	5	74	31	14	18	35	1.91
15025--15076	24	2.2	23	93	3	86	48	0	11	40	1.40
18281--18430	52	2.9	51	90	4	237	30	17	18	33	1.94
18470--18536	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
18492--18516	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19278--19560	48	5.7	51	78	11	150	32	16	24	26	1.96
19427--19571	49	3.0	49	86	4	204	31	16	26	26	1.97
19341--19568	48	4.8	47	80	11	252	31	17	24	26	1.97
19341--19568	97	2.4	92	86	7	298	31	17	24	26	1.97
19612--19930	30	10.7	30	81	8	305	25	15	28	30	1.96
19647--19866	123	1.8	123	83	5	295	24	15	30	29	1.95
21368--21463	1	96.0	1	74	0	75	0	0	13	86	0.57
21368--21463	18	5.2	19	79	11	119	0	0	13	86	0.57
21368--21463	19	5.2	20	78	13	98	0	0	13	86	0.57
21371--21464	49	2.0	47	87	8	136	0	0	14	85	0.61
30350--30448	50	2.0	50	100	0	198	30	16	34	19	1.93
35344--35493	52	2.9	51	90	4	237	30	17	18	33	1.94
35533--35599	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
35555--35579	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
37898--37936	19	2.1	19	90	4	62	38	0	0	61	0.96
38381--38452	13	5.7	12	71	27	51	76	2	1	19	0.99
38381--38452	7	10.1	7	72	8	56	76	2	1	19	0.99
38384--38451	22	3.1	21	79	14	75	76	2	1	19	0.99
38609--38646	11	3.4	11	85	7	58	28	0	0	71	0.87
39399--39439	22	1.9	22	85	5	57	39	0	12	48	1.41
39810--39855	21	2.1	22	84	4	58	39	2	2	56	1.24
39831--39898	29	2.4	28	80	9	66	33	2	7	55	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41169--41218	26	2.0	24	84	7	64	52	2	0	46	1.12
43987--44043	20	2.8	19	71	10	51	40	0	0	59	0.97
44248--44311	16	4.0	16	76	10	60	31	3	1	64	1.19
44249--44311	34	1.9	34	87	6	94	31	3	1	63	1.19
46617--46660	19	2.3	19	84	7	54	45	0	0	54	0.99
47998--48053	19	2.9	19	71	21	53	44	0	1	53	1.11
48651--48718	15	4.9	14	79	13	61	52	0	0	47	1.00
48666--48718	26	2.0	27	92	3	90	49	0	0	50	1.00
50634--50667	17	2.1	17	88	5	52	61	0	0	38	0.96
50746--50771	13	2.0	13	100	0	52	7	0	0	92	0.39
51285--51330	15	2.9	16	75	18	51	47	23	13	15	1.80
51898--51929	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
52039--52098	10	5.8	10	72	14	50	26	1	3	68	1.15
52051--52108	31	2.0	29	87	12	84	31	0	3	65	1.09
53279--53318	19	2.1	19	100	0	80	30	12	10	47	1.74
56524--56610	30	2.9	30	82	12	99	52	2	1	43	1.21
56533--56610	32	2.7	28	81	13	86	55	2	1	41	1.22
56768--56796	13	2.2	13	100	0	58	48	13	6	31	1.69
60284--60321	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
61649--61691	21	2.0	21	90	0	68	30	16	13	39	1.87
61800--61874	17	4.4	16	67	12	51	56	1	4	38	1.27
61914--61957	22	2.0	22	100	0	88	50	4	13	31	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62411--62473	30	2.2	29	85	5	83	4	22	0	73	1.02
62441--62480	16	2.5	16	87	0	53	2	25	0	72	0.97
62409--62476	28	2.3	30	77	15	77	4	22	0	73	1.01
62724--62817	40	2.3	40	94	3	163	58	6	1	34	1.30
63268--63303	18	2.0	18	94	0	63	38	2	0	58	1.13
63692--63741	16	3.1	15	78	13	55	46	0	2	52	1.12
70282--70325	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
70539--70563	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
70894--70928	16	2.3	15	90	5	52	45	0	0	54	0.99
70931--70956	9	2.9	9	100	0	52	42	0	11	46	1.40
72748--72847	34	2.9	35	82	12	120	37	7	23	33	1.81
77033--77091	20	2.9	19	87	9	82	30	10	16	42	1.82
77034--77093	21	3.0	20	88	9	86	30	10	18	41	1.83
78964--79006	11	4.0	11	93	3	70	93	4	2	0	0.43
78966--79032	15	4.4	15	78	10	73	86	4	8	0	0.69
78965--79016	16	3.3	16	83	5	70	90	5	3	0	0.55
78964--79016	1	53.0	1	80	0	61	90	5	3	0	0.54
80004--80895	55	16.2	55	91	5	1380	29	30	20	20	1.97
81457--81524	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
81478--81502	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
81459--81521	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
81564--81589	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81544--81610	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
84071--84143	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
84126--84296	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
84279--84360	28	2.9	28	80	7	87	25	31	15	26	1.96
85732--85834	34	3.0	34	85	0	152	29	27	8	34	1.87
85804--85850	23	2.0	23	100	0	94	40	17	12	29	1.86
85774--85882	57	1.9	58	92	1	184	33	22	10	33	1.88

Tables:   1

The End!