genome.fa.s1634.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1634
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78193

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2--226	61	3.8	59	82	11	257	26	25	20	27	1.99
239--355	45	2.7	43	84	6	139	20	27	12	39	1.89
234--505	42	6.6	43	71	17	179	19	26	12	41	1.86
234--399	87	1.9	86	84	6	219	19	26	13	40	1.88
370--438	35	2.1	33	84	13	88	23	23	14	39	1.91
1084--1237	69	2.2	69	86	4	222	27	14	15	42	1.86
1135--1188	20	2.7	20	85	0	72	29	12	11	46	1.77
3590--3953	78	4.6	78	82	6	439	29	25	10	33	1.90
3887--4053	51	3.3	51	91	0	253	29	25	11	33	1.91
3590--3954	157	2.3	158	86	4	515	29	25	11	33	1.91
4069--4184	51	2.3	50	85	7	162	30	23	11	35	1.90
3827--4178	181	2.0	180	88	1	526	29	23	10	36	1.89
3937--4214	130	2.1	130	86	1	405	28	24	12	34	1.92
4166--4221	28	2.0	28	100	0	112	21	32	17	28	1.96
5561--5632	28	2.6	28	84	4	83	25	19	33	22	1.97
5620--5790	52	3.3	52	77	4	184	33	11	23	31	1.91
5883--6005	51	2.4	51	82	5	140	32	12	23	31	1.91
8362--8387	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
8341--8407	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
9623--9725	53	2.0	52	90	5	165	35	14	17	32	1.90
10921--10958	19	2.0	19	85	10	51	68	7	0	23	1.16
10957--11069	16	6.9	16	72	6	75	53	7	4	34	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11032--11110	16	5.0	15	73	6	50	58	5	2	34	1.34
11719--12510	55	14.0	55	85	8	925	24	20	28	26	1.99
11718--12533	115	7.1	114	84	8	961	24	20	28	26	1.99
11719--12533	175	4.7	175	87	4	1123	24	20	28	26	1.99
13521--13577	1	57.0	1	75	0	51	0	3	8	87	0.64
13521--13577	13	4.6	12	85	12	71	0	3	8	87	0.64
16549--16573	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
16529--16595	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
16636--16660	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
16669--16797	52	2.5	52	93	2	215	34	18	17	29	1.94
26123--26147	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
30264--30413	52	2.9	51	90	4	237	30	17	18	33	1.94
30473--30497	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
30452--30517	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
31047--31113	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
31067--31091	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
31159--31183	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
31172--31309	52	2.7	52	90	0	222	34	18	16	31	1.93
34549--34591	21	2.0	21	100	0	86	27	23	20	27	1.99
37795--37863	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
37671--37957	49	5.8	49	82	9	311	31	16	25	26	1.97
37963--38431	30	15.9	29	77	10	330	24	16	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37997--38218	88	2.6	87	92	3	367	20	17	27	33	1.95
37962--38428	57	7.9	59	75	10	341	23	16	29	30	1.96
38255--38427	29	5.9	29	81	6	170	25	17	29	27	1.97
39872--39957	1	86.0	1	71	0	55	2	3	9	84	0.81
39874--39957	15	5.6	14	73	20	64	2	3	9	84	0.83
39872--39957	21	4.2	20	81	12	95	2	3	9	84	0.81
39879--39957	32	2.5	32	84	8	101	2	3	8	84	0.82
39874--39957	43	2.0	42	88	6	125	2	3	9	84	0.83
39872--39957	16	5.5	15	78	10	91	2	3	9	84	0.81
39900--39957	28	2.1	28	87	12	86	1	5	6	86	0.77
39872--39937	10	6.3	10	81	13	80	1	1	10	86	0.71
49646--49672	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
53801--53950	52	2.9	51	90	4	237	30	17	18	33	1.94
53989--54055	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
54011--54035	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
54585--54651	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
54605--54629	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
54697--54721	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
54710--54847	52	2.7	52	90	0	222	34	18	16	31	1.93
58089--58131	21	2.0	21	100	0	86	27	23	20	27	1.99
61221--61506	49	5.8	52	81	12	266	31	16	25	26	1.97
61344--61412	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61283--61506	49	4.6	49	86	9	309	30	16	25	27	1.97
61512--61980	30	15.9	29	75	13	307	23	17	28	29	1.97
61546--61767	88	2.6	87	92	3	367	20	17	27	33	1.95
61511--61977	58	7.9	59	74	13	311	23	17	29	29	1.97
61850--61985	28	4.8	27	78	12	96	22	16	30	30	1.96
61850--61976	29	4.5	29	81	10	120	22	17	29	30	1.97
63401--63488	1	88.0	1	77	0	77	2	2	7	87	0.71
63401--63488	46	1.9	46	88	4	133	2	2	7	87	0.71
63403--63488	21	3.9	21	83	7	91	2	2	8	87	0.72
63401--63488	17	5.5	15	83	15	106	2	2	7	87	0.71
63401--63488	35	2.5	35	83	5	97	2	2	7	87	0.71
77298--77425	52	2.5	52	94	1	222	29	17	18	33	1.95
77514--77538	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
78104--78128	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1

The End!