genome.fa.s1639.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1639
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98589

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2184--2218	14	2.4	14	90	4	52	88	2	8	0	0.61
12886--12938	27	2.0	27	96	0	97	28	16	11	43	1.83
14525--14583	19	3.1	19	87	2	82	32	15	15	37	1.88
16476--16510	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
16937--16979	18	2.5	17	77	7	50	69	0	0	30	0.88
17403--17701	150	2.0	151	81	4	354	28	17	16	38	1.91
18806--18839	17	2.0	17	94	0	59	17	20	11	50	1.77
19986--20145	80	2.0	80	85	6	216	51	5	21	22	1.67
26082--26124	10	4.3	10	85	8	52	46	2	0	51	1.13
26682--27045	166	2.2	167	87	2	502	31	9	8	50	1.64
26988--27106	57	2.1	57	95	3	213	34	8	3	53	1.48
26828--27276	223	2.0	220	82	9	538	32	9	8	49	1.64
27600--27661	21	2.8	21	76	13	63	70	3	24	1	1.10
28854--29166	143	2.1	147	83	8	381	38	8	16	36	1.80
29519--29928	155	2.6	154	76	7	402	24	19	18	37	1.94
30176--30249	20	3.7	20	81	0	103	32	14	10	41	1.81
30859--30890	11	2.9	11	100	0	64	18	18	0	62	1.33
37251--37292	15	2.6	16	77	14	50	73	7	11	7	1.23
38584--39716	28	40.0	28	85	4	1319	29	30	17	22	1.96
38584--39716	57	20.0	56	84	3	1319	29	30	17	22	1.96
38584--39622	85	12.3	84	86	3	1320	29	30	16	22	1.96
45945--46000	28	2.0	28	86	6	78	39	8	5	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49124--49172	12	4.5	11	80	19	50	81	0	16	2	0.78
49704--49737	12	2.9	11	84	16	50	32	0	0	67	0.91
49719--49796	17	4.5	17	73	10	54	37	2	0	60	1.11
49719--49816	34	2.8	35	77	13	94	39	2	0	58	1.10
50235--50313	15	5.3	15	70	22	51	39	1	1	58	1.14
50242--50313	17	4.4	16	79	8	74	37	1	1	59	1.15
50325--50365	17	2.4	17	83	0	55	53	4	0	41	1.22
50537--50577	21	2.0	21	85	9	57	53	0	0	46	1.00
51139--51171	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
55086--55424	78	4.3	79	75	11	279	27	20	12	39	1.89
58080--58206	61	2.1	62	96	1	238	30	3	31	34	1.73
58544--58606	22	2.9	22	78	4	65	77	4	0	17	0.93
58542--58605	14	4.4	15	75	23	57	76	4	0	18	0.95
65197--65222	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
67317--67381	33	2.0	33	84	6	87	35	16	12	35	1.87
67410--67467	19	3.1	18	85	11	80	34	17	13	34	1.89
68011--68094	44	1.9	44	97	0	159	23	29	9	36	1.87
69076--69115	19	2.2	18	95	4	71	25	22	20	32	1.98
73154--73238	19	4.7	18	70	27	65	36	14	16	32	1.89
73174--73241	32	2.1	32	94	0	118	35	14	17	32	1.91
79618--79648	13	2.4	13	88	0	53	35	12	16	35	1.87
79601--79663	33	1.9	33	90	6	101	34	19	12	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79692--79747	19	2.8	20	84	12	80	33	17	16	32	1.92
79692--79753	20	3.2	19	86	11	81	33	17	16	32	1.92
81659--81684	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
81805--81840	10	3.6	10	88	0	54	88	0	11	0	0.50
81813--81840	11	2.5	11	100	0	56	92	0	7	0	0.37
84455--85396	95	10.2	95	82	6	1006	22	21	16	39	1.92
84940--85106	84	2.0	84	90	2	264	22	24	16	35	1.95
84469--85323	364	2.3	369	84	5	1091	22	22	16	39	1.92
85025--85362	185	1.8	185	82	3	421	22	21	15	40	1.90
85075--85408	90	3.7	90	78	8	225	22	20	14	41	1.89
85582--85712	47	2.8	48	83	2	147	21	19	19	39	1.92
85582--85693	48	2.4	48	86	1	136	21	19	19	39	1.93
85723--86140	42	9.8	43	72	7	244	17	26	17	38	1.91
85723--86219	42	11.6	42	71	8	211	18	26	17	38	1.92
86262--86624	170	2.1	171	87	2	516	15	26	16	41	1.88
87163--87210	16	3.2	15	83	13	55	79	6	0	14	0.92
87157--87217	14	4.3	14	80	17	56	78	4	0	16	0.91
91106--91157	20	2.5	21	84	6	70	32	19	11	36	1.87
91124--91174	20	2.5	20	90	9	77	29	19	11	39	1.87
91836--91979	52	2.8	53	76	10	145	34	15	25	25	1.95
92053--92156	31	3.3	31	82	1	109	15	14	30	39	1.87
92155--92227	32	2.3	32	92	0	128	21	20	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92345--92648	32	10.1	30	74	12	146	36	12	25	25	1.91
92345--92565	32	7.0	31	77	11	157	39	11	23	25	1.89
92345--92531	91	2.0	94	85	4	254	39	12	23	25	1.89
92400--92589	91	2.1	90	83	8	231	37	12	24	25	1.90
92332--92589	123	2.1	126	82	5	310	36	12	24	25	1.91
92539--92651	28	4.0	28	79	3	102	30	12	32	24	1.92
92560--92651	28	3.3	28	81	6	116	31	11	32	23	1.91
92567--92652	27	3.2	26	82	11	93	29	12	33	24	1.92
92661--92815	30	4.8	32	73	13	122	37	14	25	23	1.92
92659--92806	64	2.4	62	79	10	149	37	14	25	23	1.92
92662--92911	99	2.5	98	79	7	240	38	12	24	24	1.91
92660--92930	31	8.3	35	71	11	132	36	13	25	24	1.92
96113--96138	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
96095--96158	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
96596--96662	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92

Tables:   1

The End!