genome.fa.s1640.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1640
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  166584

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2869--2899	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
4701--4745	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
6958--6983	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
6938--7001	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
11496--11547	20	2.5	20	90	3	77	44	9	15	30	1.78
11496--11567	20	3.5	20	84	3	63	41	11	15	31	1.82
12939--12974	18	2.0	18	100	0	72	27	16	38	16	1.90
15338--15418	33	2.5	33	86	8	103	32	13	16	38	1.87
15447--15598	33	4.4	33	64	18	94	36	14	14	34	1.87
15447--15686	105	2.3	105	95	1	428	36	14	13	35	1.86
15550--15614	33	2.0	33	90	6	105	35	10	18	35	1.86
15500--15671	52	3.3	52	71	16	183	37	16	12	34	1.86
21598--21650	20	2.7	20	75	21	58	26	3	16	52	1.61
21907--21961	22	2.5	22	77	11	60	52	18	7	21	1.69
24374--24551	71	2.5	71	98	0	338	37	16	12	33	1.86
27902--27971	26	2.8	25	82	8	88	68	0	0	31	0.90
27902--27975	5	13.0	6	74	20	54	68	0	0	31	0.89
31719--31744	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
34268--34306	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
34292--34370	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
36387--36417	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
38215--38259	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40476--40501	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
41885--42044	83	1.9	83	87	5	234	39	9	12	38	1.75
45072--45136	20	3.6	20	73	26	81	27	21	15	35	1.94
45092--45116	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
45071--45147	33	2.3	33	100	0	154	27	20	15	36	1.93
51598--51639	21	2.0	21	100	0	84	28	14	28	28	1.95
51600--51646	21	2.2	21	92	0	76	31	14	27	25	1.95
53553--53604	20	2.7	20	85	11	72	28	13	17	40	1.87
61761--61786	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
61741--61804	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
63895--63955	24	2.5	25	73	7	63	37	16	18	27	1.92
66955--67093	69	2.0	69	92	0	233	49	13	17	18	1.79
71910--71974	19	3.8	18	75	24	68	35	13	18	32	1.90
71911--71986	32	2.4	32	93	0	125	34	15	18	31	1.92
71930--71987	13	4.0	13	74	23	53	36	17	17	29	1.92
72025--72050	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
74413--74535	53	2.4	51	83	8	151	31	24	12	31	1.92
74546--74646	52	1.9	54	87	4	152	30	24	9	34	1.88
74544--74667	52	2.4	50	78	8	142	30	26	10	32	1.90
74427--74696	131	2.1	131	88	4	402	30	27	10	32	1.90
76948--76982	4	8.8	4	90	0	52	25	2	0	71	1.00
86985--87018	13	2.6	13	100	0	68	35	20	20	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87285--87326	6	7.5	6	79	15	54	85	11	2	0	0.68
87284--87322	11	3.4	11	92	7	60	87	10	2	0	0.65
87282--87332	17	3.1	16	86	11	68	86	9	3	0	0.70
88279--88854	55	10.0	54	80	13	580	26	27	20	25	1.99
88279--88854	116	5.0	114	84	7	656	26	27	20	25	1.99
88279--88854	171	3.3	169	88	6	773	26	27	20	25	1.99
89549--89648	42	2.4	42	88	3	157	33	13	19	35	1.90
89551--89629	21	3.8	21	100	0	158	30	10	21	37	1.86
89685--89749	19	3.8	18	73	24	68	35	13	16	33	1.89
89686--89761	32	2.4	32	88	0	116	34	15	17	32	1.91
89800--89825	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
92187--92309	51	2.4	53	86	5	171	31	23	12	32	1.91
92319--92441	52	2.4	52	79	2	140	30	28	10	30	1.90
92201--92472	131	2.1	132	89	3	415	30	27	10	31	1.90
94117--94264	78	1.9	78	81	0	179	27	20	12	39	1.88
101596--101681	24	3.2	25	66	28	68	53	8	6	31	1.57
101578--101690	56	2.0	56	96	0	208	53	8	7	30	1.61
103419--103448	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
103396--103465	33	2.1	32	84	10	88	35	15	14	34	1.88
103494--103548	19	2.8	20	88	5	85	38	18	14	29	1.90
103534--103560	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
107493--107531	16	2.4	16	87	8	53	38	15	0	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112548--112668	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
112548--112688	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
112677--112701	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
112766--112790	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
112744--112810	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
114260--114294	15	2.3	15	95	0	61	28	28	0	42	1.56
115977--116031	19	2.8	20	91	2	85	38	16	14	30	1.89
120133--120189	25	2.3	25	96	0	105	35	28	10	26	1.89
120647--120673	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
123102--123170	19	3.6	19	100	0	138	27	11	15	44	1.81
123086--123169	38	2.4	32	77	20	105	27	13	14	45	1.81
125063--125294	115	2.0	115	97	1	439	45	8	13	32	1.74
126793--126828	19	1.9	18	88	5	54	50	0	2	47	1.15
131714--131757	10	4.4	10	83	16	56	45	0	0	54	0.99
137740--137764	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
137717--137784	33	2.1	32	83	2	82	33	13	16	36	1.87
137817--137869	20	2.7	20	90	0	79	28	16	13	41	1.86
141550--141600	6	8.5	6	79	10	52	70	1	1	25	1.08
141536--141596	17	3.5	16	77	16	59	73	1	1	22	1.01
141547--141600	11	5.1	11	77	8	51	72	1	1	24	1.05
141545--141617	30	2.4	32	77	13	82	68	2	1	27	1.11
141705--141729	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142640--142664	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
142718--142761	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
144891--144942	21	2.4	21	78	9	61	63	3	9	23	1.41
149301--149372	28	2.6	28	86	4	92	22	19	36	22	1.95
149363--149483	50	2.3	50	83	5	143	35	10	23	30	1.89
151841--151866	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
151820--151886	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
151907--151969	32	2.0	32	93	0	108	36	15	11	36	1.84
151904--151971	19	3.9	19	74	21	76	38	14	10	36	1.81
152853--152892	14	3.0	14	89	10	66	30	20	15	35	1.93
155542--155585	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
157733--157792	12	4.9	12	76	11	50	85	8	5	1	0.81
157757--157791	14	2.5	14	95	0	61	91	8	0	0	0.42
157732--157791	25	2.4	26	81	13	72	85	10	3	1	0.79
158739--158961	31	7.1	31	76	7	173	21	29	15	34	1.94
158738--158952	62	3.4	62	81	4	209	21	28	16	33	1.95
158932--159070	33	4.3	33	73	15	112	23	33	12	31	1.91
158993--159045	27	2.0	27	88	0	79	22	33	15	28	1.94
159053--159287	33	7.2	33	87	7	329	28	33	17	20	1.95
159053--159287	98	2.4	98	92	2	328	28	33	17	20	1.95
159053--159287	65	3.6	66	89	5	352	28	33	17	20	1.95
159287--159626	49	7.1	49	81	12	382	24	25	17	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159282--159626	91	3.6	91	86	8	438	23	25	17	33	1.97
159424--159514	43	2.1	44	87	2	130	24	24	19	31	1.98
159467--159617	52	2.9	52	93	1	257	21	25	19	33	1.97
160470--160567	20	5.7	19	70	29	94	34	12	18	34	1.88
160491--160548	13	3.9	13	73	26	53	36	13	17	32	1.89
160471--160569	33	3.0	33	98	1	191	35	12	18	34	1.88
160608--160634	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
160622--160771	52	2.9	50	89	5	219	34	18	17	30	1.94
163863--163925	19	3.7	18	74	24	64	34	12	15	36	1.86
163882--163906	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2