genome.fa.s1641.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1641
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  141022

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1999--2029	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
4102--4139	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
6687--6712	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
6669--6732	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
7851--7895	24	2.0	23	91	8	74	22	26	8	42	1.83
15124--15286	20	7.6	20	72	18	98	41	12	15	30	1.85
15076--15251	51	3.7	50	73	16	183	41	11	17	30	1.84
15076--15302	91	2.5	91	90	0	355	40	11	16	30	1.84
16395--16785	28	13.2	30	80	8	277	25	15	27	31	1.96
16484--16791	57	5.4	58	81	3	286	25	14	28	31	1.95
16484--16785	85	3.5	84	77	8	259	25	14	27	31	1.95
18019--18045	10	2.7	10	100	0	54	14	0	0	85	0.61
22235--22275	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
22312--22368	21	2.8	20	81	5	69	40	15	14	29	1.87
22356--22492	53	2.6	53	94	1	229	37	18	17	26	1.93
22455--22492	19	2.0	19	94	0	67	44	15	10	28	1.80
22547--22643	47	2.1	47	92	3	160	30	23	8	37	1.84
23865--23960	47	2.0	47	100	0	192	37	9	16	36	1.81
33286--33462	51	3.7	49	75	16	192	41	11	16	30	1.83
33334--33501	20	7.8	20	74	18	133	41	13	16	29	1.85
33283--33512	91	2.5	90	92	1	379	41	12	16	29	1.84
35896--35969	37	2.0	37	97	0	139	44	10	9	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36602--36642	3	13.7	3	84	0	55	26	31	0	41	1.56
36610--36644	9	3.9	9	96	0	61	25	31	0	42	1.55
38291--38339	19	2.5	19	83	3	62	36	14	20	28	1.92
38581--38620	20	2.0	20	85	5	53	25	10	7	57	1.57
38840--38880	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
38919--38991	20	3.6	20	78	10	69	38	16	15	30	1.89
38961--39097	53	2.6	53	94	1	229	37	18	16	26	1.92
39121--39151	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
39645--39711	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
40819--40920	28	3.6	28	88	2	134	24	27	20	27	1.99
42917--42992	31	2.5	31	100	0	152	39	21	15	23	1.92
42946--43066	51	2.4	50	78	5	134	44	15	11	28	1.81
43532--43646	51	2.3	51	84	3	151	26	19	20	33	1.96
43696--43950	51	5.0	52	73	3	176	28	17	19	34	1.95
43723--44079	51	7.0	49	73	9	169	27	16	20	35	1.94
43931--44116	51	3.6	51	78	6	180	27	16	18	37	1.93
45584--45617	11	3.2	11	95	4	61	85	0	14	0	0.60
45583--45624	9	4.7	9	82	5	50	83	0	16	0	0.65
49006--49031	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
48985--49049	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
48985--49049	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
49788--49855	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49888--49940	20	2.7	20	88	5	72	30	16	13	39	1.87
50512--50568	28	2.0	28	100	0	114	42	19	3	35	1.68
50515--50585	28	2.5	28	90	2	106	50	12	2	33	1.55
52668--52693	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
58705--58757	20	2.7	20	90	0	79	30	15	13	41	1.85
60065--60090	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
62657--62734	20	3.6	20	73	18	66	39	15	16	28	1.89
66577--66628	21	2.5	20	78	9	59	23	9	3	63	1.41
72702--72768	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
73227--73252	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
73208--73270	32	2.0	32	87	6	92	28	15	14	41	1.87
73291--73366	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
73312--73384	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
73291--73384	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
75010--75034	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
78037--78103	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
78562--78587	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
78543--78605	32	2.0	32	87	6	92	28	15	14	41	1.87
78626--78701	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
78647--78719	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
78626--78719	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
82326--82352	3	9.0	3	100	0	54	0	0	33	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82420--82520	30	3.3	29	78	14	89	2	10	8	77	1.10
82449--82504	23	2.5	22	82	2	67	3	7	10	78	1.06
82861--82898	3	13.0	3	83	5	51	34	0	2	63	1.09
82858--82899	20	2.1	20	95	0	75	33	0	2	64	1.07
93039--93094	19	2.9	19	86	2	76	37	12	17	32	1.88
93091--93190	20	5.7	20	69	29	93	41	14	15	30	1.86
93060--93190	33	4.0	33	92	1	192	40	14	15	29	1.87
93112--93170	13	5.1	12	71	21	54	37	15	15	32	1.88
102561--102627	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
102583--102607	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
103747--103779	12	2.8	12	82	17	50	27	24	0	48	1.51
105452--105507	19	2.9	19	86	2	85	35	12	19	32	1.89
105492--105518	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
105508--105577	20	3.5	20	90	0	113	47	15	11	25	1.79
107205--107327	64	1.9	64	88	4	187	44	8	6	40	1.60
107307--107566	133	1.9	135	80	6	305	32	11	11	44	1.76
107693--108036	156	2.2	157	83	5	430	25	16	19	38	1.92
107759--108082	156	2.1	157	79	6	363	26	16	17	39	1.91
109298--109812	44	11.7	44	74	8	354	19	22	17	40	1.91
109299--109812	88	5.9	87	77	6	416	19	22	17	40	1.91
109298--109709	219	1.9	219	81	7	496	19	22	17	40	1.91
109298--109811	132	3.9	132	73	9	406	19	22	17	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116446--116501	3	18.7	3	100	0	112	67	0	0	32	0.91
116655--116696	15	2.6	17	77	11	52	73	2	0	23	0.94
116656--116708	21	2.5	20	79	8	61	71	1	1	24	1.06
117384--117435	16	3.2	16	86	0	77	15	11	21	51	1.74
117450--117480	16	1.9	16	93	0	53	6	9	32	51	1.60
118043--118079	16	2.4	16	79	20	51	43	0	0	56	0.99
118358--118387	16	1.9	15	93	6	51	30	16	0	53	1.44
118941--118971	16	1.9	16	93	0	53	19	6	29	45	1.75
120175--120200	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
120157--120220	32	2.0	32	87	9	94	40	17	14	28	1.88
120658--120724	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
123011--123036	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
123734--123777	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
127683--127713	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
129517--129561	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
131776--131801	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
133051--133272	111	2.0	110	91	0	354	29	12	4	52	1.60
134983--135029	5	9.4	5	97	0	85	2	0	36	61	1.08
135109--135144	3	11.7	3	88	5	54	61	0	2	36	1.11
137673--137732	27	2.2	27	85	5	86	36	3	5	55	1.38
137712--137772	30	2.0	31	84	9	81	36	1	3	59	1.24
137746--137783	19	2.0	20	89	5	60	34	5	0	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138793--138826	14	2.3	15	90	5	52	29	0	2	67	1.05

Tables:   1

The End!