genome.fa.s1647.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1647
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  116125

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2421--2477	6	9.2	6	81	11	62	84	12	3	0	0.75
2421--2482	13	5.0	11	80	20	61	83	11	4	0	0.78
2421--2482	12	4.9	12	84	11	72	83	11	4	0	0.78
2421--2473	19	2.8	19	83	11	65	84	11	3	0	0.73
2421--2482	24	2.5	24	87	10	81	83	11	4	0	0.78
2432--2473	8	5.4	8	86	11	52	88	9	2	0	0.61
3493--4160	55	12.0	55	87	6	793	26	28	21	23	1.99
4909--4985	21	3.7	21	87	3	102	36	12	15	35	1.86
5021--5088	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
5042--5066	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5023--5085	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
5128--5153	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
5108--5174	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
5191--5245	20	2.8	20	100	0	110	34	14	10	40	1.81
7645--7717	27	2.7	27	89	6	103	23	32	21	21	1.98
7700--7871	52	3.3	51	78	11	170	30	26	11	31	1.92
7528--7977	211	2.1	210	88	2	652	29	26	13	30	1.94
7634--7982	106	3.3	106	73	5	364	27	28	14	30	1.95
7882--8085	78	2.6	79	81	2	241	24	29	17	28	1.97
11061--11116	17	3.3	17	74	0	58	1	19	0	78	0.84
11475--11521	25	2.0	23	83	8	58	17	17	14	51	1.77
16075--16113	13	3.0	13	96	0	69	38	17	15	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18192--18222	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
20026--20070	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
22269--22330	31	2.0	31	87	3	88	30	14	16	38	1.88
25022--25208	51	3.6	51	80	5	214	29	26	10	32	1.90
25022--25207	52	3.6	51	80	7	196	30	26	10	32	1.90
25189--25263	27	2.7	27	85	6	89	25	34	17	22	1.96
25342--25442	51	2.0	51	84	0	130	33	27	7	30	1.85
25426--25502	28	2.8	28	86	4	93	23	33	19	23	1.97
25456--25672	78	2.7	79	80	4	242	24	28	15	31	1.96
31617--32595	61	16.9	60	84	8	991	25	28	21	23	1.99
31597--32595	414	2.5	401	87	6	1437	25	28	22	23	1.99
31597--32595	55	17.3	56	84	8	1028	25	28	22	23	1.99
32579--32671	42	2.2	42	79	7	100	20	26	13	38	1.90
33432--33495	32	2.0	32	87	0	92	35	12	14	37	1.83
33519--33546	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
35932--35967	15	2.4	15	95	0	63	38	16	0	44	1.48
35950--36090	52	2.7	52	82	6	169	31	24	9	33	1.88
36078--36152	27	2.8	27	84	10	91	26	34	17	21	1.95
36029--36232	107	1.9	107	84	5	277	29	28	13	27	1.94
36269--36470	107	1.9	106	80	4	235	27	26	14	31	1.95
36345--36579	79	3.0	79	79	3	258	27	26	14	31	1.94
35978--36517	237	2.3	238	82	4	617	29	27	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41976--42047	33	2.2	33	92	0	117	36	13	11	38	1.81
41978--42064	20	4.7	19	71	23	71	35	16	12	35	1.86
44770--44815	23	2.1	22	84	15	60	65	8	0	26	1.21
46705--46735	15	2.1	15	100	0	62	25	19	12	41	1.87
46896--47047	75	2.0	76	84	3	200	30	17	17	34	1.93
51420--51450	15	2.1	15	100	0	62	25	12	12	48	1.77
51782--51834	20	2.6	20	88	8	72	39	11	16	32	1.85
56926--57010	1	85.0	1	73	0	71	87	12	0	0	0.56
56927--57007	5	16.8	5	83	10	98	86	13	0	0	0.57
56927--57010	20	4.3	20	85	11	122	86	13	0	0	0.56
56926--57010	25	3.4	25	85	7	120	87	12	0	0	0.56
58445--58503	27	2.1	28	87	3	84	32	33	15	18	1.92
58603--58739	32	4.4	31	82	5	168	29	35	18	16	1.93
58601--58739	64	2.2	63	88	6	210	28	35	17	17	1.93
58792--59242	92	4.9	92	92	0	758	25	26	17	30	1.97
58784--59198	43	9.1	43	79	10	434	25	26	17	30	1.97
59152--59305	52	2.9	53	79	4	184	24	23	15	36	1.94
59152--59305	55	2.9	54	83	2	195	24	23	15	36	1.94
60115--60139	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
60095--60161	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
64590--64621	10	3.1	10	91	8	55	37	18	9	34	1.83
64589--64622	11	3.2	11	91	8	61	35	17	8	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66243--66350	51	2.1	52	82	5	130	38	13	15	31	1.87
73637--73715	26	2.9	28	85	9	83	49	2	8	39	1.48
73691--73735	20	2.2	21	92	4	74	53	0	8	37	1.32
73663--73783	49	2.5	49	90	0	179	51	0	10	37	1.43
79008--79067	20	3.0	20	80	7	77	36	18	13	31	1.89
79012--79063	19	2.7	20	87	3	70	38	17	13	30	1.88
82995--83022	13	2.2	13	100	0	56	39	0	7	53	1.28
85358--85417	31	2.0	30	90	9	95	10	20	8	61	1.53
86041--86111	21	3.4	21	86	0	97	30	7	16	45	1.75
90973--91006	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
94853--94923	34	2.1	34	97	0	133	50	7	8	33	1.60
95734--95779	21	2.2	20	85	7	65	43	15	6	34	1.72
96850--96875	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
96830--96893	33	2.0	32	87	9	94	28	14	17	40	1.88
96967--97011	13	4.0	12	75	24	53	35	17	15	31	1.92
96948--97013	33	2.0	33	87	0	96	36	18	16	28	1.93
97716--97759	14	3.1	14	78	12	54	81	2	13	2	0.88
97919--97958	15	2.7	15	88	7	55	77	0	20	2	0.88
97931--97974	10	4.4	10	83	11	54	79	2	15	2	0.93
100335--100553	57	3.8	56	80	6	197	26	13	13	45	1.81
100366--100463	29	3.4	28	73	21	87	24	11	15	48	1.77
100608--100771	57	2.9	57	80	8	181	25	7	16	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100625--100714	29	3.1	30	73	13	98	22	8	16	52	1.71
102198--102252	20	2.7	20	82	5	56	36	10	12	40	1.79
102263--102340	32	2.4	32	84	0	102	29	14	11	44	1.80
102926--102951	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
102906--102973	33	2.1	32	91	8	111	35	16	16	32	1.91
109109--109146	13	2.9	13	92	0	58	34	15	18	31	1.92
111641--111666	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
111622--111688	33	2.1	32	91	8	109	35	16	16	31	1.91

Tables:   1

The End!