Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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*
11656 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATCAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
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*
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13617 CAATCTTCACTCTTTTTGAGTTTGGGAACCAAAAACGCATTCCTTTCAATAGGATACACGACATT
326 CAATCTTCACTCTTTTTGAGTTTGGGAACCAAAAACGCATTCCTTTCAATAGGATACACGACATT
13682 GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGACAGAATCAAAGTTTGTCTC
391 GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGACAGAATCAAAGTTTGTCTC
13747 TTAAATAAGAAAAACATGA
456 TTAAATAAGAAAAACATGA
13766 ATAGACGCACAAATCCTCATTCTTTTTTAGATTAGGCACCATAAACTTAGTCTTCTCATAAGCGT
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13831 ACACGATATTGATGGTTAAGTTTCATAAGAAAGCTTTCTTCCCACCAATTTTGCTAAAGTCTATG
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*
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196 TATAAACTTATTCTCCTCCTTAGGATAAAGGATATGGATGGTTTTCTTTTGCATGGAAATCTTTT
14026 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
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14156 GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGACAGAATCAAAGTTTGTCTC
391 GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGACAGAATCAAAGTTTGTCTC
14221 TTAAATAAGAAAAACATGA
456 TTAAATAAGAAAAACATGA
*
14240 ATAGACGCACAAATCCTCATTCTTTTTTAGATTAGGCACCATAAACTTAGTCTCCTCATAAGCGT
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*
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14500 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
261 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
14565 CAATCTTCACTCTTTTTGAGTTTGGGAACCAAAAACGCATTCCTTTCAATAGGATACACGACATT
326 CAATCTTCACTCTTTTTGAGTTTGGGAACCAAAAACGCATTCCTTTCAATAGGATACACGACATT
14630 GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGACAGAATCAAAGTTTGTCTC
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456 TTAAATAAGAAAAACATGA
*
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196 TATAAACTTATTCTCCTCCTTAGGATAAAGGATATGGATGGTTTTCTTTTGCATGGAAATCTTTT
14974 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
261 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
15039 CAATCTTCACTCTTTTTGAGTTTGGGAACCAAAAACGCATTCCTTTCAATAGGATACACGACATT
326 CAATCTTCACTCTTTTTGAGTTTGGGAACCAAAAACGCATTCCTTTCAATAGGATACACGACATT
15104 GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGACAGAATCAAAGTTTGTCTC
391 GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGACAGAATCAAAGTTTGTCTC
15169 TTAAATAAGAAAAACATGA
456 TTAAATAAGAAAAACATGA
*
15188 ATAGACGCACAAATCCTCATTCTTTTTTAGATTAGGCACCATAAACTTAGTCTCCTCATAAGCGT
1 ATAGACGCACAAATCCTCATTCTTTTTTAGATTAGGCACCATAAACTTAGTCTTCTCATAAGCGT
15253 ACACGATATTGATGGTTAAGTTTCATAAGAAAGCTTTCTTCCCACCAATTTTGCTAAAGTCTATG
66 ACACGATATTGATGGTTAAGTTTCATAAGAAAGCTTTCTTCCCACCAATTTTGCTAAAGTCTATG
15318 TTCGTGCCTCAAATGTGCCAAACATGGATTCTAGTAATGATCTACTTCACGTTGTGATTAGGCAG
131 TTCGTGCCTCAAATGTGCCAAACATGGATTCTAGTAATGATCTACTTCACGTTGTGATTAGGCAG
15383 TATAAACTTATTCTCCTCCTTAGGATAAAGGATATGGATGGTTTTCTTTTGCATGGAAATCTTTT
196 TATAAACTTATTCTCCTCCTTAGGATAAAGGATATGGATGGTTTTCTTTTGCATGGAAATCTTTT
15448 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
261 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
15513 CAATCTTCACTCTTTTTGAGTTTGGGAACCAAAAACGCATTCCTTTCAATAGGATACACGACATT
326 CAATCTTCACTCTTTTTGAGTTTGGGAACCAAAAACGCATTCCTTTCAATAGGATACACGACATT
15578 GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGACAGAATCAAAGTTTGTCTC
391 GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGACAGAATCAAAGTTTGTCTC
15643 TTAAATAAGAAAAACATGA
456 TTAAATAAGAAAAACATGA
*
15662 ATAGACGCACAAATCCTCATTCTTTTTTAGATTAGGCACCATAAACTTAGTCTCCTCATAAGCGT
1 ATAGACGCACAAATCCTCATTCTTTTTTAGATTAGGCACCATAAACTTAGTCTTCTCATAAGCGT
15727 ACACGATATTGATGGTTAAGTTTCATAAGAAAGCTTTCTTCCCACCAATTTTGCTAAAGTCTATG
66 ACACGATATTGATGGTTAAGTTTCATAAGAAAGCTTTCTTCCCACCAATTTTGCTAAAGTCTATG
15792 TTCGTGCCTCAAATGTGCCAAACATGGATTCTAGTAATGATCTACTTCACGTTGTGATTAGGCAG
131 TTCGTGCCTCAAATGTGCCAAACATGGATTCTAGTAATGATCTACTTCACGTTGTGATTAGGCAG
15857 TATAAACTTATTCTCCTCCTTAGGATAAAGGATATGGATGGTTTTCTTTTGCATGGAAATCTTTT
196 TATAAACTTATTCTCCTCCTTAGGATAAAGGATATGGATGGTTTTCTTTTGCATGGAAATCTTTT
15922 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
261 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
15987 CAATCTTCACTC-TTTTGAGTTTGGGAACCAAAAACGCATTCCTTTCAATAGGATACACGACATT
326 CAATCTTCACTCTTTTTGAGTTTGGGAACCAAAAACGCATTCCTTTCAATAGGATACACGACATT
16051 GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGACAGAATCAAAGTTTGTCTC
391 GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGACAGAATCAAAGTTTGTCTC
16116 TTAAATAAGAAAAACATGA
456 TTAAATAAGAAAAACATGA
*
16135 ATAGACGCACAAATCCTCATTCTTTTTTAGATTAGGCACCATAAACTTAGTCTCCTCATAAGCGT
1 ATAGACGCACAAATCCTCATTCTTTTTTAGATTAGGCACCATAAACTTAGTCTTCTCATAAGCGT
16200 ACACGATATTGATGGTTAAGTTTCATAAGAAAGCTTTCTTCCCACCAATTTTGCTAAAGTCTATG
66 ACACGATATTGATGGTTAAGTTTCATAAGAAAGCTTTCTTCCCACCAATTTTGCTAAAGTCTATG
16265 TTCGTGCCTCAAATGTGCCAAACATGGATTCTAGTAATGATCTACTTCACGTTGTGATTAGGCAG
131 TTCGTGCCTCAAATGTGCCAAACATGGATTCTAGTAATGATCTACTTCACGTTGTGATTAGGCAG
16330 TATAAACTTATTCTCCTCCTTAGGATAAAGGATATGGATGGTTTTCTTTTGCATGGAAATCTTTT
196 TATAAACTTATTCTCCTCCTTAGGATAAAGGATATGGATGGTTTTCTTTTGCATGGAAATCTTTT
16395 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
261 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
16460 CAATCTTCACTCTTTTTGAGTTTGGGAACCAAAAACGCATTCCTTTCAATAGGATACACGACATT
326 CAATCTTCACTCTTTTTGAGTTTGGGAACCAAAAACGCATTCCTTTCAATAGGATACACGACATT
16525 GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGACAGAATCAAAGTTTGTCTC
391 GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGACAGAATCAAAGTTTGTCTC
16590 TTAAATAAGAAAAACATGA
456 TTAAATAAGAAAAACATGA
*
16609 ATAGACGCACAAATCCTCATTCTTTTTTAGATTAGGCACCATAAACTTAGTCTCCTCATAAGCGT
1 ATAGACGCACAAATCCTCATTCTTTTTTAGATTAGGCACCATAAACTTAGTCTTCTCATAAGCGT
16674 ACACGATATTGATGGTTAAGTTTCATAAGAAAGCTTTCTTCCCACCAATTTTGCTAAAGTCTATG
66 ACACGATATTGATGGTTAAGTTTCATAAGAAAGCTTTCTTCCCACCAATTTTGCTAAAGTCTATG
16739 TTCGTGCCTCAAATGTGCCAAACATGGATTCTAGTAATGATCTACTTCACGTTGTGATTAGGCAG
131 TTCGTGCCTCAAATGTGCCAAACATGGATTCTAGTAATGATCTACTTCACGTTGTGATTAGGCAG
16804 TATAAACTTATTCTCCTCCTTAGGATAAAGGATATGGATGGTTTTCTTTTGCATGGAAATCTTTT
196 TATAAACTTATTCTCCTCCTTAGGATAAAGGATATGGATGGTTTTCTTTTGCATGGAAATCTTTT
16869 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
261 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
*
16934 CAATCTTCACTCTTTTTGAGTTTGGGAACCAAAAACGCAGTCCTTTCAATAGGATACACGACATT
326 CAATCTTCACTCTTTTTGAGTTTGGGAACCAAAAACGCATTCCTTTCAATAGGATACACGACATT
*
16999 GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGAAAGAATCAAAGTTTGTCTC
391 GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGACAGAATCAAAGTTTGTCTC
17064 TTAAATAAGAAAAACATGA
456 TTAAATAAGAAAAACATGA
* *
17083 ATAGACACACAAATCCTCATTCTTTTTTAGATTAGGCACCATAAACTTAGTCTCCTCATAAGCGT
1 ATAGACGCACAAATCCTCATTCTTTTTTAGATTAGGCACCATAAACTTAGTCTTCTCATAAGCGT
17148 ACACGATATTGATGGTTAAGTTTCATAAGAAAGCTTTCTTCCCACCAATTTTGCTAAAGTCTATG
66 ACACGATATTGATGGTTAAGTTTCATAAGAAAGCTTTCTTCCCACCAATTTTGCTAAAGTCTATG
*
17213 TTCGTGCCTCAAATGTGCCAAACATGGATTGTAGTAATGATCTACTTCACGTTGTGATTAGGCAG
131 TTCGTGCCTCAAATGTGCCAAACATGGATTCTAGTAATGATCTACTTCACGTTGTGATTAGGCAG
17278 TATAAACTTATTCTCCTCCTTAGGATAAAGGATATGGATGGTTTTCTTTTGCATGGAAATCTTTT
196 TATAAACTTATTCTCCTCCTTAGGATAAAGGATATGGATGGTTTTCTTTTGCATGGAAATCTTTT
17343 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
261 CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
17408 CAATCTTCACTCTTTTCTGAGTTTGGGAACC-AAAACGC-TTGCCTTTTCAATAGGATACACGAC
326 CAATCTTCACTCTTTT-TGAGTTTGGGAACCAAAAACGCATT-CC-TTTCAATAGGATACACGAC
*
17471 ATTGACGCTTTCATGTCGCAAGGAAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTT
388 ATTGACGCTTTAATGTCGCAA-G-AAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTT
17519 GAA
Statistics
Matches: 16967, Mismatches: 48, Indels: 18
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
472 15 0.00
473 981 0.06
474 14947 0.88
475 999 0.06
476 1 0.00
477 24 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (474 bp):
ATAGACGCACAAATCCTCATTCTTTTTTAGATTAGGCACCATAAACTTAGTCTTCTCATAAGCGT
ACACGATATTGATGGTTAAGTTTCATAAGAAAGCTTTCTTCCCACCAATTTTGCTAAAGTCTATG
TTCGTGCCTCAAATGTGCCAAACATGGATTCTAGTAATGATCTACTTCACGTTGTGATTAGGCAG
TATAAACTTATTCTCCTCCTTAGGATAAAGGATATGGATGGTTTTCTTTTGCATGGAAATCTTTT
CTTTGCCCTATTTTCCTTAAAGTCAAAGTTCCTTCCTTAAATAAGGCAAGCATTGATTCTCATAA
CAATCTTCACTCTTTTTGAGTTTGGGAACCAAAAACGCATTCCTTTCAATAGGATACACGACATT
GACGCTTTAATGTCGCAAGAAAAGCATTTCTTTCAACCGTTTTTGACAGAATCAAAGTTTGTCTC
TTAAATAAGAAAAACATGA
Done.