genome.fa.s1686.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1686
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108495

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1640--1678	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1790--1835	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
4246--4271	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
4228--4291	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
12799--12836	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
15550--15622	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
15568--15643	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
15550--15643	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
15682--15707	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
19770--19800	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
21879--21917	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
24364--24436	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
24382--24457	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
24364--24457	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
24496--24521	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
29589--29708	52	2.3	52	94	0	204	29	17	18	35	1.94
29589--29728	52	2.7	52	86	4	185	30	17	18	33	1.94
29717--29741	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
29807--29831	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
31215--31291	28	2.8	27	83	11	93	66	0	0	33	0.92
31221--31258	17	2.2	18	81	13	53	73	0	0	26	0.83
31227--31268	17	2.5	17	92	7	68	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32218--32394	33	5.4	33	81	4	180	31	29	19	19	1.96
32213--32394	65	2.8	65	80	5	197	31	29	19	19	1.96
32465--32734	52	5.2	51	76	12	196	27	23	12	37	1.90
32641--32756	52	2.3	50	83	3	133	29	19	12	38	1.88
32836--32971	49	2.7	51	81	3	168	26	21	17	34	1.95
32515--33076	267	2.1	267	77	7	577	26	21	13	37	1.91
38899--38989	40	2.2	41	86	1	121	25	17	16	40	1.90
38922--39019	40	2.5	40	79	3	108	29	15	18	36	1.91
39191--39239	3	16.3	3	100	0	98	0	34	0	65	0.93
41927--41951	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
44105--44167	33	1.9	33	93	0	108	44	6	9	39	1.62
45701--45759	29	2.0	29	93	0	100	42	5	13	38	1.66
46079--46124	17	2.8	17	75	15	51	41	0	10	47	1.38
46200--46239	21	1.9	21	94	0	71	60	2	0	37	1.11
46475--46510	18	2.0	18	94	0	63	47	2	11	38	1.54
49104--49138	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
50943--50994	19	2.7	20	84	6	70	26	15	17	40	1.89
50943--51000	19	3.0	19	79	2	62	24	13	20	41	1.89
51598--51676	37	2.1	39	81	11	92	34	24	6	35	1.81
51701--51773	36	2.0	36	100	0	146	35	24	2	36	1.70
53556--53581	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
55652--55682	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57487--57531	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
59752--59777	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
59732--59795	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
60337--60410	21	3.5	21	96	0	130	25	25	14	33	1.94
60445--60537	20	4.6	20	78	4	105	40	9	16	33	1.81
60462--60557	41	2.3	41	96	0	174	39	10	16	33	1.83
60482--60557	21	3.7	21	78	3	91	39	10	15	34	1.82
61565--61597	11	3.1	11	86	4	50	21	24	9	45	1.80
61689--61728	13	3.1	13	88	0	62	32	15	15	37	1.88
64569--64598	16	1.9	15	93	6	51	26	16	3	53	1.59
65066--65098	16	2.1	16	88	11	50	3	21	36	39	1.69
65975--66130	81	1.9	81	88	2	233	26	26	12	34	1.92
66446--66504	13	5.1	13	73	23	60	30	11	15	42	1.83
66446--66522	32	2.4	33	91	2	120	31	12	16	38	1.87
66491--66648	63	2.5	63	96	2	291	28	19	20	31	1.97
66618--66670	20	2.7	20	88	5	72	33	13	18	33	1.90
72827--72851	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
72900--72964	20	3.6	20	71	26	72	32	20	12	35	1.89
72919--72980	13	4.2	13	75	25	61	30	16	14	38	1.88
72900--72977	33	2.4	33	95	0	147	32	19	12	35	1.89
75498--75523	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
75478--75541	32	2.0	33	87	3	94	26	15	17	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76220--76263	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
78069--78106	13	2.9	13	100	0	76	36	15	15	31	1.90
78093--78172	20	3.8	20	75	15	79	41	15	15	28	1.87
84161--84262	36	2.8	36	89	2	152	34	2	27	35	1.72
84803--84829	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
84810--84869	20	3.0	20	90	4	95	33	11	18	36	1.87
85003--85037	11	3.3	11	96	4	63	54	31	0	14	1.40
85242--85268	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
85223--85287	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
85252--85308	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
84498--85361	439	2.0	425	87	5	1243	36	14	14	33	1.87
87580--87627	21	2.3	20	83	13	62	60	4	10	25	1.47
91677--91721	22	2.0	22	82	8	54	28	22	0	48	1.50
93716--93750	11	3.3	11	96	4	63	54	31	0	14	1.40
94047--94077	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
94053--95609	778	2.0	779	87	2	2227	32	17	16	34	1.92
95677--95970	80	3.7	79	77	5	270	28	24	12	34	1.92
96250--96282	15	2.3	15	89	5	50	24	3	9	63	1.38
102450--102493	13	3.4	13	90	0	70	31	11	13	43	1.80
105013--105069	19	2.9	19	89	2	87	31	17	17	33	1.93
105875--106063	80	2.4	79	81	2	225	30	19	9	40	1.84
106130--106392	78	3.4	79	82	3	316	28	24	12	33	1.92

Tables:   1

The End!