genome.fa.s1726.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1726
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  131349

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 103 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
945--1077	53	2.6	50	79	12	123	31	18	24	25	1.97
1126--1585	29	16.0	28	77	13	359	24	17	29	29	1.97
1128--1591	57	8.1	57	73	13	312	24	17	29	29	1.97
1143--1387	28	8.7	27	81	12	148	20	17	29	31	1.96
1420--1591	30	6.0	27	80	8	119	23	18	30	27	1.97
3030--3149	1	120.0	1	87	0	168	0	0	5	93	0.42
3030--3148	35	3.3	36	92	3	195	0	0	5	93	0.43
3030--3149	48	2.5	48	91	6	190	0	0	5	93	0.42
27213--27354	1	142.0	1	77	0	104	85	8	3	2	0.78
27217--27351	27	5.0	25	83	14	128	85	8	3	2	0.81
27218--27354	42	3.3	42	82	10	138	86	8	3	2	0.77
27213--27354	35	4.1	33	76	10	124	85	8	3	2	0.78
27218--27354	28	4.8	27	75	13	123	86	8	3	2	0.77
28796--29264	30	15.9	29	77	9	353	29	28	17	24	1.97
28856--28908	27	2.0	27	92	0	88	33	33	16	15	1.90
28792--29233	58	7.5	57	74	10	277	29	28	16	24	1.97
28792--29263	88	5.4	88	79	9	392	29	29	16	24	1.97
29269--29358	43	2.1	43	91	0	144	26	25	17	30	1.98
29312--29449	52	2.6	53	82	3	161	23	25	16	34	1.96
30297--30321	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
30384--30408	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
30417--30597	52	3.5	52	98	0	344	34	19	17	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35987--36038	20	2.6	20	100	0	104	30	11	19	38	1.87
36179--36232	20	2.7	20	88	0	72	37	14	14	33	1.88
37606--37644	21	1.9	20	94	5	69	35	15	12	35	1.86
37676--37765	19	5.1	18	69	22	66	36	12	15	35	1.85
37703--37770	32	2.1	32	94	0	118	33	10	17	38	1.84
42800--42911	52	2.1	54	86	3	156	11	8	19	59	1.58
47599--47640	22	1.9	22	85	9	59	47	0	0	52	1.00
48704--48739	17	2.2	17	90	5	56	27	2	13	55	1.52
51892--51945	20	2.7	20	91	2	81	33	18	12	35	1.89
53225--53414	89	2.1	90	83	7	233	40	8	17	33	1.80
56118--56821	72	9.9	71	78	8	582	56	9	1	32	1.41
56115--56788	139	4.8	141	80	10	657	56	10	1	31	1.41
56114--56787	208	3.2	207	78	9	641	56	10	1	31	1.41
56660--56706	23	1.9	25	83	12	62	65	6	0	27	1.16
56728--56788	26	2.3	28	75	16	67	60	6	0	32	1.22
58309--58343	14	2.4	15	85	4	54	17	0	11	71	1.14
58602--58646	23	2.0	24	82	8	58	46	6	0	46	1.29
58628--58660	14	2.3	15	89	5	50	33	0	3	63	1.10
59108--59136	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
59513--59558	14	3.3	14	81	0	65	50	0	0	50	1.00
59504--59558	28	2.0	28	85	7	76	49	0	0	50	1.00
59510--59573	28	2.5	24	75	22	67	50	1	0	48	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60112--60161	25	2.0	25	84	0	64	36	4	0	60	1.16
66930--66962	13	2.4	14	90	5	50	84	0	3	12	0.72
66930--66962	7	4.9	7	85	7	50	84	0	3	12	0.72
66896--67110	106	2.0	107	89	6	333	47	18	9	24	1.77
69828--69869	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
72983--73013	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
78360--78428	34	2.1	31	86	7	93	46	0	0	53	1.00
79237--79329	33	2.8	33	88	3	143	45	2	0	52	1.12
91046--91138	48	1.9	48	97	0	177	27	23	6	41	1.79
91507--91535	14	2.1	14	100	0	58	41	6	17	34	1.76
92743--92767	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
92918--92956	17	2.4	17	91	8	64	61	2	0	35	1.10
92995--93032	16	2.3	17	86	4	51	36	0	2	60	1.11
93411--93472	24	2.6	24	82	14	76	58	1	0	40	1.08
93896--93982	22	3.9	22	81	3	102	27	1	22	48	1.58
94454--94497	18	2.4	18	81	7	54	56	0	0	43	0.99
97772--97817	25	1.9	24	82	8	58	52	0	2	45	1.13
100329--100363	18	1.9	18	88	11	54	74	2	2	20	1.08
103711--103765	24	2.2	24	87	9	74	70	0	0	29	0.87
103708--103755	13	3.7	13	77	5	53	68	0	0	31	0.90
103731--103768	17	2.3	17	81	4	51	71	0	0	28	0.87
103946--104003	19	3.1	18	80	16	57	65	0	5	29	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104434--104477	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
104563--104596	17	2.0	17	88	11	52	64	0	0	35	0.94
106567--106608	9	4.6	9	80	14	50	73	2	2	21	1.06
106569--106608	19	2.1	19	86	9	55	77	2	2	17	0.99
106646--106703	22	2.8	21	76	10	57	25	22	10	41	1.85
107356--107640	32	9.5	30	75	11	176	33	36	15	14	1.88
107377--107422	22	2.1	22	91	0	74	36	41	13	8	1.75
107397--107652	32	8.2	32	81	4	290	31	37	16	15	1.90
107397--107652	62	4.1	63	81	6	288	31	37	16	15	1.90
107397--107654	94	2.7	94	92	0	426	31	36	16	15	1.90
107952--108113	75	2.1	75	89	1	243	28	41	16	12	1.85
108588--108628	7	5.9	7	100	0	82	87	0	0	12	0.53
108711--108772	19	3.2	19	73	13	63	41	14	16	27	1.87
108760--108784	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
108739--108811	32	2.3	32	100	0	146	34	12	19	34	1.89
108741--108803	19	3.6	19	76	24	84	33	12	19	34	1.89
108856--108915	13	5.0	13	76	19	76	35	13	15	36	1.86
108835--108915	34	2.4	34	100	0	162	37	12	14	35	1.84
111271--111565	79	3.8	80	87	3	404	27	26	13	32	1.94
111271--111565	159	1.9	156	85	4	414	27	26	13	32	1.94
111504--111623	51	2.4	51	85	5	163	30	29	12	27	1.93
111608--111678	28	2.5	28	82	8	92	23	32	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111662--111782	52	2.4	51	84	2	170	28	25	14	31	1.94
116738--116767	15	2.0	15	93	0	51	53	10	6	30	1.60
117932--118247	158	2.0	157	93	1	524	32	13	12	41	1.82
119310--119379	16	4.5	16	72	24	53	42	0	1	55	1.08
126111--126162	20	2.6	21	78	9	63	21	15	11	51	1.74
126051--126162	40	2.8	39	70	15	93	21	15	9	53	1.70
126128--126176	20	2.5	20	86	0	62	22	20	6	51	1.69
126183--126233	20	2.7	19	77	19	61	27	23	9	39	1.86
126328--126352	12	2.1	12	100	0	50	32	28	24	16	1.96
126482--126532	20	2.5	21	78	15	63	15	21	11	50	1.76
127329--127380	20	2.6	20	77	14	54	46	3	0	50	1.20
129691--129734	22	2.0	22	86	0	61	45	2	6	45	1.42
130740--130772	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
131183--131257	38	2.0	38	89	5	116	37	0	0	62	0.95
131228--131273	16	2.8	16	90	3	74	47	0	0	52	1.00

Tables:   1

The End!