Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
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*
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* * * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * * **
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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* *
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** *
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*
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* * *
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* * *
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* * *** *
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* *
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* **
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* * * * *
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*
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* * **
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*
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* * *
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* * * *
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1 ACTTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
* * *
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** * *
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* **
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* * *
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* *
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*
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1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* * *
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* * *
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* *
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*
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** *
1489 ACTT-AAAAGGTTGCCACAAAGCTGTGG
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* *
1516 ACTT-AGAAGGTTGCCACGGAGCTGTGG
1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* *
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*
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* *
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* * *
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* * *
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* * *
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** *
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* * *
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* *
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* *
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* **
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* **
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* * *
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*
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* * *
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* **
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* ** *
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*
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* * * *
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*
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*
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* *
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* * * *
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* * *
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1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* * * **
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* * *
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* * *
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1 ACTTAAAAAG-GTGCCACGGAGTTGTGG
* * * * * *
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1 ACTTAAAAAG-GTGCCACGGAGTTGTGG
* *
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1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
** *
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1 ACTTAAAAAG-GTGCCACGGAGTTGTGG
* *
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1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* * *
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* *
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*** *
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* *
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1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* **
2580 ACTTTGAATGGGTGCCACGGAGTTGTGG
1 AC-TTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
* *
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1 ACTTAAAAA-GGTGCCACGGAGTTGTGG
*
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* * **
2662 GCTTTAAAAAGGTGCCACGGAGCTAAGG
1 AC-TTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
*
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1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* * *
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1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* * * *
2744 ACTTAAAAATGTGGCACAGTGTTGTGG
1 ACTTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
* * *
2771 ACTTAAAAGGGTGACACAGG-GTTATGG
1 ACTTAAAAAGGTGCCAC-GGAGTTGTGG
** * *
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1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
**
2825 ACTT-AAAAGGTTGCCACGGAACTGTGG
1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* *
2852 ACTTAAAAATGTGCCACGGAGTTTTGG
1 ACTTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
*
2879 ACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGG
1 ACTTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
*
2906 ACTT-AAAAGGTTGCCACGAAGTTGTGG
1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* * *
2933 ACCT-AAAAGGTTGCCACGGGGCTGTGG
1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* * * * *
2960 ACATAAAAATGTGCCACGAAATTGTAG
1 ACTTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
* * *
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1 ACTTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
* *
3014 ACTTTAAAAGGGTGCTACGGAGTTGTGG
1 AC-TTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
*
3042 ACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGG
1 ACTTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
*** *
3069 ACTT-AAAAGGTTGCCATAAAGCTGTGG
1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* *
3096 ACTT-AGAAGGTTGCCACGGAGCTGTGG
1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* * *
3123 ACATAAAAATGTGCCACAGAGTTGTGG
1 ACTTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
*
3150 ACTT-AAAAGCGTGCCAAGGAGTTGTGG
1 ACTTAAAAAG-GTGCCACGGAGTTGTGG
* *
3177 ACTT-AAAAGGTTGCCATGGAGCTGTGG
1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* * *
3204 ACTTAAAAATGTGCCACGGAATTGTAG
1 ACTTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
* * *
3231 ACTTAAAAAGGTGCCTCAGAGTTGTGTA
1 ACTTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTG-G
* * *
3259 ATTTAAAAGGGTGCTACGGAGTTG-GG
1 ACTTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
** *
3285 TACTT-AAAAGTGTGCCAAAGAGTTCTGG
1 -ACTTAAAAAG-GTGCCACGGAGTTGTGG
* * *
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1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* *
3340 ACTTTAAAAGGGTGCCACGGAGCTGTGG
1 AC-TTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
*
3368 ACTT-AAAAGGTTGCCACGGAGTTATGG
1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* **
3395 ACTT-AAAAGGTTGCCATGGAACTGTGG
1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* **
3422 ACTCAAAATTGTGCCACGGAGTTGTGG
1 ACTTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
* * *
3449 ACATT-AAAGGGCGCCACAGAGTTGTGG
1 AC-TTAAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGG
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1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGG
* * *
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*
3530 ACTTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGT
1 ACTTAAAAAGG-TGCCACGGAGTTGT
3556 CAAATATAAA
Statistics
Matches: 2608, Mismatches: 607, Indels: 273
0.75 0.17 0.08
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25 3 0.00
26 190 0.07
27 1683 0.65
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30 2 0.00
31 13 0.00
32 4 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.31, T:0.25
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*
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* * * **
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456 ACTTTAAAAGTGTGCCACGGTGATGTGGACTTAAAA-GTGTGCGAAAGAGTTATGG
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* * * * * * *
511 ACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGAACTTTGAAAGGGTGCCACGGAGTTATAG
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*
566 ACTTAAAAAGGGTGCCAC-GATGGTTGTGGACTTAAAA-GTGTGCCAAGGAGTTGTGG
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* * * * * * *
622 ACTTTAAAA-GGTGCCACGGAGCTATGGACTTAAAAGGTTGCTACGGAGCTATTG
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* * * * * * **
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** ** * * * *
729 ACTTAAAAATGTGCCATGGAGTTATGGACCTAAAA-GTGTGCCATGGGGTTGTGG
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** * * * * * *
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* * * * *
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* * * * *
891 AATATAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGAGTTAAAAAGGGTGCCGCGGTGTTGTGG
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* * * * * *
947 ACTTAAAAGGGGGCCAAAAAGTTATGGCCTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGA
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* * * ** * * * *
1001 ACTTTGAATGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAAGGGCGCCACGTACTTATAG
1 AC-TTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTT-AAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * * * **
1057 ACTTAAAAGTGTGCCA-AGGGTTGTGGGCTTTAAAAAGG-TGCCACGGAGCTAAGG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGAC-TT-AAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * * * * *
1111 ACTTCAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAACGGTTGCCACGGAGCTCTGG
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** * * * * *
1165 ACTTAAAAATGTGGCACAGTGTTGTGGACTTAAAAGGGTGACACAGG-GTTATGG
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* * * * * **
1219 ACTTAAAAGGTTGCCACAAAGCTGAGGACTTAAAAGGTTACCACGGAACTGTGG
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* ** * * * *
1273 ACGTAAAAATGTGCC-CGGAGTTTTGGACTTCAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * * *
1326 ACTTAAAAGGTTGCCAC-GAAGTTGTGGACCTAAAAGGTTGCCACGGGGCTGTGG
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* ** * * * * *
1380 ACATAAAAATGTGCCACTA-AATTGTAGACTTAAAAAGG-TGCCTCAGAGTTGTGT
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* * *
1434 ACTTTAAAAGGGTGCTACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGG
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* * * * *
1489 ACTTAAAAGGTTGCCACAAAGCTGTGGACTTAGAAGGTTGCCACGGAGCTGTGG
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* ** * *
1543 ACATAAAAATGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGCG-TGCCAAGGAGTTGTGG
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* ** * * * *
1597 ACTTAAAAGGTTGCCATGGAGCTGTGGACTTAAAA-ATGTGCCACGGAATTGTAG
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* * * * * *
1651 ACTTAAAAAGGTGCCTCAGAGTTGTGTACTTTAAAAGGGTGCTACGGAGTTGGGG
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* * * * * * *
1706 ACTTAAAAGTGTGCCAAAGAGTTCTGGAATAAAAAGGTTACCACGGAGTTGTAG
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* * * *
1760 ACTTTAAAAGGGTGCCACGGAGCTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTATTG
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1923 ACTATAAAAGGG-GGCACGGAGTTGTCGACTTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTCA
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1 ACTT-AAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGT-TGCCACGGAGTTGTGG
* * * * * * * *
2199 ACTTTAAAAAGGTGCCACGGAGCTATGGACTTAAAAGGTTGCTACGGAGCTATTG
1 AC-TTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * * * * * **
2254 AGTTAAAAGGTTGCCACAGAGCTGTGGACTGAAATGGTTGCCACGGAGCTGTAC
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
** ** * * * *
2308 ACTTAAAAATGTGCCATGGAGTTATGGACCTAAAA-GTGTGCCATGGGGTTGTGG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGT-TGCCACGGAGTTGTGG
** * * * * * *
2362 ACTTAAAAGTTTTCC-CCGAAGCTATGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTCTCG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAG-AGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * * * * *
2416 ACTAAAAAGTGTGCCAAAGAGTTATGGGCTTAAAAGGTTGCCGCGGAGTTGTGG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * * *
2470 AATATAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGAGTTAAAAAGGGTGCCACGGTGTTGTGG
1 ACT-TAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTT-AAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * * * *
2526 ACTTAAAAGAGG-GCCAAAAAGTTATGGCCTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGA
1 ACTTAAAAG-GGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * * * * *
2580 ACTTTGAATGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAAGGGTGCCACGGAGTTATAG
1 AC-TTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTT-AAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * * * **
2636 ACTTAAAAGTGTGCCA-AGGGTTGTGGGCTTTAAAAAGG-TGCCACGGAGCTAAGG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGAC-TT-AAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * * * * *
2690 ACTTCAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAACGGTTGCCACGGAGCTCTGG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
** * * * * *
2744 ACTTAAAAATGTGGCACAGTGTTGTGGACTTAAAAGGGTGACACAGG-GTTATGG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCAC-GGAGTTGTGG
* * * * **
2798 ACTTAAAAGGTTGCCACAAAGCTGAGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAACTGTGG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
** * * *
2852 ACTTAAAAATGTGCCACGGAGTTTTGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * * *
2906 ACTTAAAAGGTTGCCAC-GAAGTTGTGGACCTAAAAGGTTGCCACGGGGCTGTGG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAG-AGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* ** * * * * *
2960 ACATAAAAATGTGCCAC-GAAATTGTAGACTTAAAAAGG-TGCCTCAGAGTTGTGT
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAG-AGTTGTGGACTT-AAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * *
3014 ACTTTAAAAGGGTGCTACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGG
1 AC-TTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * * * * *
3069 ACTTAAAAGGTTGCCATAAAGCTGTGGACTTAGAAGGTTGCCACGGAGCTGTGG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* ** *
3123 ACATAAAAATGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGCG-TGCCAAGGAGTTGTGG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAG-GTTGCCACGGAGTTGTGG
* ** * * * *
3177 ACTTAAAAGGTTGCCATGGAGCTGTGGACTTAAAA-ATGTGCCACGGAATTGTAG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGT-TGCCACGGAGTTGTGG
* * * * * *
3231 ACTTAAAAAGGTGCCTCAGAGTTGTGTAATTTAAAAGGGTGCTACGGAGTTG-GG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTG-GACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * * * * * *
3285 TACTTAAAAGTGTGCCAAAGAGTTCTGGAATAAAAAGGTTACCACGGAGTTGTAG
1 -ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * *
3340 ACTTTAAAAGGGTGCCACGGAGCTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTATGG
1 AC-TTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* ** ** * *
3395 ACTTAAAAGGTTGCCATGGAACTGTGGACTCAAAA-TTGTGCCACGGAGTTGTGG
1 ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGT-TGCCACGGAGTTGTGG
*
3449 ACATT-AAAGGGCGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
1 AC-TTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
* * * *
3503 ACTATAAAAGGG-GGCACGGAGTTGTCGACTTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGT-C
1 ACT-TAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGAC-TTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
** *
3557 AAATATAAAGGGTGCCACAGAGTTATGGA
1 ACTTA-AAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGA
3586 GTTATAACCT
Statistics
Matches: 2616, Mismatches: 633, Indels: 211
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
53 113 0.04
54 1445 0.55
55 723 0.28
56 249 0.10
57 48 0.02
58 34 0.01
59 4 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.31, T:0.25
Consensus pattern (54 bp):
ACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGG
Found at i:552 original size:111 final size:111
Alignment explanation
Indices: 433--642 Score: 280
Period size: 111 Copynumber: 1.9 Consensus size: 111
423 ATGGAGTTAA
* * * * * *
433 AAAGGGTGCTAACGAATTTGTGGACTTTAAAAGTGTGCCACGGT-GATGTGGACTTAAAAGTGTG
1 AAAGGGTGC-AACGAAGTTATAGACTTAAAAAGGGTGCCACGATGGATGTGGACTTAAAAGTGTG
*
497 CGAAAGAGTTATGGAC-TTAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGAACTTTG
65 CCAAAGAGTTATGGACTTTAAAAGG-TGCCACGGAGTTGTGAACTTTG
* * *
544 AAAGGGTGCCACGGAGTTATAGACTTAAAAAGGGTGCCACGATGGTTGTGGACTTAAAAGTGTGC
1 AAAGGGTGCAACGAAGTTATAGACTTAAAAAGGGTGCCACGATGGATGTGGACTTAAAAGTGTGC
* *
609 CAAGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGTGCCACGGAG
66 CAAAGAGTTATGGACTTTAAAAGGTGCCACGGAG
643 CTATGGACTT
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 12, Indels: 4
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
110 26 0.31
111 51 0.60
112 8 0.09
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.32, T:0.25
Consensus pattern (111 bp):
AAAGGGTGCAACGAAGTTATAGACTTAAAAAGGGTGCCACGATGGATGTGGACTTAAAAGTGTGC
CAAAGAGTTATGGACTTTAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGAACTTTG
Found at i:1080 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 895--1104 Score: 201
Period size: 82 Copynumber: 2.6 Consensus size: 82
885 TTGTGGAATA
* * * * * * *
895 TAAAAGGGTGCCACA-GAGTTGTGGAGTTAAAAAGGGTGCCGCGGTGTTGTGGACTTAAAAGGGG
1 TAAAAGGTTGCCA-AGGAGTTGTGAACTTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGC
* * *
959 GCCAAAAAGTTATGGCCT
65 GCCAAAAACTTATAGACT
* * *
977 TAAAAGGTTGCCACGGAGTTGTGAACTTTGAATGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAAGGGC
1 TAAAAGGTTGCCAAGGAGTTGTGAACTTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTT-AAAAGGGC
***
1042 GCCACGTACTTATAGACT
65 GCCAAAAACTTATAGACT
** *
1060 TAAAA-GTGTGCCAAGG-GTTGTGGGCTTTAAAAAGGTGCCACGGAG
1 TAAAAGGT-TGCCAAGGAGTTGTGAACTTTAAAAGGGTGCCACGGAG
1105 CTAAGGACTT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 22, Indels: 6
0.79 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
82 72 0.70
83 31 0.30
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.33, T:0.23
Consensus pattern (82 bp):
TAAAAGGTTGCCAAGGAGTTGTGAACTTTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGCG
CCAAAAACTTATAGACT
Done.