genome.fa.s1815.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1815
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  178430

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5640--5721	1	82.0	1	74	0	56	85	7	3	3	0.82
5640--5691	25	2.1	25	85	3	70	88	7	1	1	0.66
6932--7536	28	21.0	29	87	4	809	28	30	17	23	1.97
6932--7536	85	7.0	86	88	4	812	28	30	17	23	1.97
6932--7537	114	5.3	113	87	4	822	28	30	17	23	1.97
8098--8172	20	3.8	20	74	0	78	32	13	12	42	1.80
10599--12149	807	1.9	794	85	5	2124	28	19	17	34	1.95
22931--23025	11	8.3	11	73	18	61	82	11	2	4	0.90
22929--23025	30	3.2	29	80	10	106	81	12	2	4	0.92
22932--23025	29	3.2	28	83	8	107	81	11	2	4	0.91
23504--23545	20	2.1	20	95	0	75	23	28	28	19	1.98
24117--24521	28	14.1	28	85	8	485	29	29	17	24	1.97
24117--24502	85	4.5	84	85	4	495	29	29	17	23	1.97
24117--24516	113	3.5	112	87	4	548	29	29	17	23	1.97
31250--31297	15	3.2	15	72	0	51	16	2	41	39	1.60
39119--39351	51	4.8	50	75	15	229	42	12	17	27	1.85
39170--39240	20	3.5	20	77	7	81	39	14	14	32	1.85
39273--39355	20	3.3	24	71	27	66	45	10	16	26	1.80
40340--40545	107	1.9	107	82	3	254	45	14	9	30	1.76
41530--41606	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
41641--41695	21	2.7	21	80	5	69	34	12	14	38	1.84
44105--44227	51	2.4	52	83	5	151	31	25	11	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44105--44227	53	2.4	51	83	5	149	31	25	11	31	1.91
44237--44412	76	2.3	78	90	4	268	26	27	15	30	1.96
44364--44564	51	3.9	51	82	3	215	30	24	9	34	1.88
44383--44564	52	3.5	51	83	4	222	30	25	10	33	1.90
44547--44628	28	2.9	29	82	12	91	24	29	17	29	1.97
53637--53678	22	1.9	22	95	0	75	38	4	35	21	1.75
54260--54286	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
54241--54305	32	2.0	33	90	3	105	29	15	13	41	1.86
54270--54325	19	2.9	19	89	2	85	35	16	12	35	1.86
54371--54423	13	4.5	13	73	26	64	32	13	16	37	1.88
55598--55857	129	2.0	129	96	0	475	35	13	8	42	1.75
56905--56968	32	2.0	33	87	3	94	39	12	14	34	1.83
58875--58908	13	2.5	14	95	4	61	8	0	41	50	1.34
61898--63041	570	2.0	570	99	0	2261	32	17	13	36	1.89
66289--66340	20	2.6	20	96	0	95	28	19	17	34	1.94
66382--66420	20	1.9	21	94	5	71	20	17	20	41	1.91
67818--67858	19	2.0	21	86	9	59	31	2	0	65	1.05
67849--67889	21	1.9	23	85	14	61	58	2	0	39	1.11
67848--67896	21	2.3	22	80	19	59	55	2	0	42	1.11
69069--69142	33	2.3	32	88	2	103	45	13	14	25	1.82
80767--80801	14	2.5	14	100	0	70	28	0	0	71	0.86
82710--82753	22	2.0	21	83	16	54	63	4	4	27	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82711--82793	16	4.9	17	72	16	66	61	8	2	27	1.38
83576--83608	12	2.9	12	91	8	52	66	0	0	33	0.92
83576--83628	23	2.4	22	82	17	65	67	0	0	32	0.91
86071--86109	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
86975--87006	11	2.8	12	90	9	57	71	0	0	28	0.86
86972--87061	46	2.0	46	84	8	121	66	4	1	27	1.18
90676--90707	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
91098--91128	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
95436--95477	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
97572--97914	183	1.9	184	93	3	591	37	12	12	37	1.81
99645--99694	16	2.9	18	71	14	52	56	0	0	44	0.99
100699--100724	8	3.2	8	100	0	52	42	0	0	57	0.98
101146--101199	21	2.7	20	82	5	63	53	0	0	46	1.00
101100--101194	25	3.7	26	72	18	74	54	0	1	44	1.07
101735--101783	23	2.1	23	85	14	66	32	0	0	67	0.91
102405--102434	7	4.4	7	91	8	53	70	0	0	30	0.88
105629--105667	15	2.5	16	91	4	62	48	0	15	35	1.45
106075--106114	19	2.2	19	86	13	57	62	0	0	37	0.95
106886--106923	19	2.1	18	85	14	51	36	0	2	60	1.11
108634--108692	21	2.7	21	72	15	57	55	0	1	42	1.09
110699--110776	36	2.2	35	80	11	86	56	2	1	39	1.21
110966--111053	23	3.7	23	66	11	61	46	0	1	52	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111017--111071	28	2.0	28	82	13	69	49	0	0	50	1.00
111686--111876	100	1.9	100	93	0	328	39	5	10	44	1.62
112506--112580	20	3.8	20	76	0	87	34	13	10	41	1.79
112506--112583	40	2.0	39	87	2	111	34	12	11	41	1.80
116839--116876	19	2.0	20	84	5	51	15	7	7	68	1.37
126549--126598	11	4.4	11	83	16	66	86	10	2	2	0.75
127781--128990	28	42.5	28	86	3	1512	28	31	17	22	1.96
127781--128990	57	21.2	56	86	5	1565	28	31	17	22	1.96
127781--128990	85	14.2	85	85	5	1563	28	31	17	22	1.96
129535--129609	20	3.8	20	80	0	87	33	12	12	42	1.79
129535--129612	40	2.0	39	87	2	111	33	11	12	42	1.79
133821--133949	65	2.0	65	96	3	242	38	17	14	29	1.89
134071--134099	12	2.5	12	94	5	51	37	13	31	17	1.89
134584--134610	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
134565--134629	32	2.0	33	87	3	96	29	13	15	41	1.86
134595--134650	19	2.8	20	89	7	80	37	16	12	33	1.86
134683--134731	20	2.5	19	90	9	73	34	14	20	30	1.92
142448--142494	19	2.4	20	82	13	62	34	12	17	36	1.87
143400--143529	57	2.3	57	82	7	158	54	13	6	25	1.62
143654--143767	58	2.0	57	83	8	142	52	8	7	30	1.61
143654--143767	57	2.0	58	83	8	144	52	8	7	30	1.61
143891--143967	38	2.0	38	94	0	136	37	22	2	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145212--145256	20	2.3	20	88	3	65	37	13	17	31	1.89
146048--146105	27	2.1	27	81	15	66	44	0	0	55	0.99
146091--146155	21	3.0	22	78	12	73	56	1	1	40	1.18
146836--146907	17	4.4	16	76	11	67	52	0	0	47	1.00
147331--147384	24	2.3	23	81	6	56	46	1	5	46	1.37
147409--147473	28	2.3	30	79	12	75	47	4	0	47	1.22
147614--147672	31	1.9	31	96	0	109	47	0	3	49	1.18
147937--147997	13	4.5	13	71	13	52	57	0	0	42	0.98
148667--148710	15	2.9	14	80	12	52	70	2	0	27	0.99
149581--149651	23	2.9	24	78	16	74	66	1	2	29	1.15
150219--150265	22	2.1	23	92	4	78	31	0	0	68	0.90
151074--151124	14	3.1	17	78	16	63	37	1	0	60	1.08
151099--151223	34	3.7	34	74	17	127	49	1	0	48	1.10
151150--151256	23	4.8	23	72	13	80	49	4	0	45	1.22
151111--151243	66	2.0	67	97	2	252	50	3	0	46	1.16
151138--151248	31	3.3	34	72	18	124	48	3	0	47	1.19
151864--151902	16	2.4	16	95	0	69	53	2	10	33	1.48
152084--152121	14	2.6	14	88	12	51	68	0	0	31	0.90
153911--153950	21	1.9	21	85	10	55	37	0	0	62	0.95
154099--154144	22	2.0	22	83	4	56	54	0	0	45	0.99
154544--154601	31	1.9	31	85	3	82	65	1	6	25	1.27
154820--154890	33	2.2	33	100	0	142	47	4	8	39	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156410--156452	7	5.5	8	78	15	54	39	0	0	60	0.97
156405--156456	16	3.3	15	86	7	77	46	0	0	53	1.00
156840--156885	22	2.1	21	92	4	74	41	0	0	58	0.98
156861--156891	15	2.0	16	93	6	55	41	0	0	58	0.98
156845--156914	19	3.4	21	79	13	67	41	0	0	58	0.98
156925--156983	29	2.1	28	87	6	84	49	1	0	49	1.11
157228--157261	13	2.6	13	90	0	50	58	0	0	41	0.98
158384--158426	5	8.4	5	82	14	52	60	4	0	34	1.17
158382--158451	15	4.6	16	72	24	62	57	8	0	34	1.29
161055--161107	26	2.0	26	100	0	106	50	11	7	30	1.65

Tables:   1   2