genome.fa.s1833.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1833
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  94647

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1936--1985	20	2.5	20	83	3	64	42	12	16	30	1.84
2046--2083	20	1.9	19	89	5	58	28	21	10	39	1.86
3629--3693	33	2.0	33	84	6	87	30	18	12	38	1.88
3722--3777	19	2.9	19	86	2	76	37	12	17	32	1.88
3762--3786	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
4222--4262	14	2.8	15	92	7	75	24	7	19	48	1.74
7855--8075	49	4.4	49	80	4	228	32	16	24	26	1.96
7851--8087	101	2.4	98	78	6	253	32	16	24	26	1.96
8005--8174	85	2.0	85	87	3	245	29	20	24	26	1.99
8230--9316	34	33.7	33	78	8	1087	36	12	30	19	1.90
8425--8482	27	2.1	27	87	0	80	37	10	29	22	1.87
8283--9316	193	5.4	193	89	2	1526	37	12	30	19	1.89
9291--9760	95	5.0	92	80	7	505	32	14	29	22	1.94
9291--9760	31	14.9	31	81	6	484	32	14	29	22	1.94
8519--9760	33	38.9	32	76	12	484	35	13	29	20	1.92
9288--9757	126	3.7	125	82	6	549	32	14	29	22	1.94
11041--11088	22	2.2	21	88	3	69	0	0	16	83	0.65
18927--19293	49	7.4	49	80	7	366	32	16	25	25	1.96
18861--19293	98	4.4	98	85	4	496	32	16	26	24	1.96
18927--19293	147	2.5	149	82	4	429	32	16	25	25	1.96
19223--19392	85	2.0	85	88	1	252	29	18	25	27	1.98
19445--20166	33	22.3	33	79	8	750	37	13	30	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19475--20089	226	2.7	224	90	2	919	37	12	30	18	1.89
19475--20337	193	4.5	190	80	7	711	36	13	30	19	1.90
19474--20177	226	3.1	226	84	7	866	37	12	31	18	1.89
20121--20620	93	5.3	92	81	6	515	33	14	29	23	1.94
20121--20620	31	15.8	33	78	9	460	33	14	29	23	1.94
20189--20619	128	3.4	125	85	5	577	32	14	28	23	1.94
21902--21940	12	3.5	11	83	16	53	0	0	20	79	0.73
23160--23460	49	5.9	49	78	9	323	32	17	27	22	1.97
23222--23333	58	1.9	58	85	0	152	33	16	27	22	1.95
23172--23454	107	2.7	104	84	3	365	31	18	27	22	1.97
23433--23502	36	1.9	36	85	0	95	25	20	25	28	1.99
23606--24183	33	17.8	33	79	7	592	35	13	32	18	1.90
23606--24183	67	8.9	66	80	7	567	35	13	32	18	1.90
24070--24122	27	2.0	27	92	0	88	28	15	32	24	1.95
24172--24566	31	12.7	31	82	7	428	32	15	29	22	1.95
24105--24498	190	2.1	189	81	6	440	33	15	29	22	1.94
24191--24568	128	3.0	125	84	7	498	33	15	28	22	1.95
24172--24566	92	4.2	93	83	7	428	32	15	29	22	1.95
25211--25235	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
27134--27196	19	3.6	19	72	24	75	31	12	19	36	1.89
27134--27208	32	2.3	32	95	0	141	32	13	18	36	1.90
28326--28398	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28344--28419	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
28326--28419	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
28458--28483	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
32546--32576	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
34590--34668	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
34655--34693	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
37134--37206	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
37152--37227	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
37134--37227	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
37266--37291	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
42629--42666	20	1.9	20	94	0	67	36	15	13	34	1.87
42693--42746	20	2.7	19	88	11	74	33	14	18	33	1.92
45487--45558	35	2.1	35	92	5	119	44	13	18	23	1.85
51294--51349	19	2.8	20	91	2	87	30	16	16	37	1.90
55031--55087	20	2.8	20	87	7	80	28	21	12	38	1.89
55133--55159	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
58993--59410	165	2.5	164	82	6	488	29	9	8	51	1.64
59281--59559	143	1.9	143	84	7	370	26	11	8	53	1.65
59410--59723	166	1.9	165	80	4	373	29	9	7	52	1.62
59117--59720	310	2.0	308	82	5	747	28	9	8	53	1.63
60115--60151	14	2.6	14	95	0	65	78	0	21	0	0.75
60115--60166	16	3.2	16	80	19	56	80	0	17	1	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60115--60156	12	3.4	12	81	15	50	80	0	19	0	0.70
63187--63283	35	2.8	36	78	9	103	39	10	18	31	1.84
64127--66097	989	2.0	989	95	1	3569	32	14	14	39	1.86
65851--65890	15	2.7	15	88	3	55	7	10	0	82	0.84
69697--70088	167	2.4	165	80	5	416	51	7	10	30	1.64
73891--73916	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
76444--76469	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
78550--78580	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
80384--80428	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
82636--82661	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
82742--82795	20	2.7	20	97	0	99	25	11	16	46	1.80
84512--84537	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
86755--86799	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
88603--88633	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
90646--90725	20	3.8	20	72	15	70	26	15	16	42	1.87
90711--90749	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
93179--93231	20	2.7	20	100	0	106	30	15	20	33	1.93
93290--93315	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1

The End!