Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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** *
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* *
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* * *
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*
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** * *
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* *
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* *
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*
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*
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*
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* *
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* *
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*
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* *
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*
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** *
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* *
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*
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*
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* *
4130 AAG-CTCACAAGTCAGTGGCA-CCTTT
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4155 GCAAAGCCAC
Statistics
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AAGTCCACAACTCCGTGGCATCCTTTT
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2113 CAGTGGCATT
* *
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* * *
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* * *
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** * *
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* * * * *
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* * * * *
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** **
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* * * * **
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* * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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** * * * *
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* * * * *
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1 CCTTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCATCCTTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCAC
* * * *
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1 CCTTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCATCCTTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCAC
* * * *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* *
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1 CCTTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCATCCTTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCAC
* * * * * ** *
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1 CCTTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCATCCTTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCAC
* **
3852 CCTTTTAAAGTCCACAACTTCGTGGCATCCTTTTAAGTCCACAACTTTGTGGCAC
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* * * *
3907 CCTTTTAAGTCCACAAGTCCGTGGCATCTTTTTAAGTCCATAACCCCGTGGCAC
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* * * *
3961 CCTTTTAAAGTCCACAACTTCATGGCACCCTTTTAAGTCCACAACTCCATGGCAC
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* * * * * *
4016 CCTTTTAAGTCCACAACTCCATGGCAT-CTTTTAAATTCTATAACTCTGTGGCAT
1 CCTTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCATCCTTTT-AAGTCCACAACTCCGTGGCAC
* * * * *
4070 CCTTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCATCCTTTCATGACCACAACTCCATGGCAT
1 CCTTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCATCCTTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCAC
* * * * * **
4124 TCTTTTAAG-CTCACAAGTCAGTGGCA-CCTTTGCAAAG-CCACAAGTTAGTGGCAC
1 CCTTTTAAGTC-CACAACTCCGTGGCATCCTTT--TAAGTCCACAACTCCGTGGCAC
* * * * * * ** *
4178 CCTTTCAAAGTCCAC-AGTCAGTGACATCCTTTCAAAGCCCACGAA-TTAGTGACAC
1 CCTTT-TAAGTCCACAACTCCGTGGCATCCTTT-TAAGTCCAC-AACTCCGTGGCAC
* * * * * ** *
4233 CCTTTCAAAG-CCACAAGTCAGTGGCATCCTTTCAAAGTCCACAAGTCAATGGTA-
1 CCTTT-TAAGTCCACAACTCCGTGGCATCCTTT-TAAGTCCACAACTCCGTGGCAC
* * * ** * * ** *
4287 TCTTTTCAAAAGCCCACAAGTTAGTGGCATCTTCTTTTTTAAAGCCCACAAGTTAGTGACAC
1 CCTTTT---AAGTCCACAACTCCGTGGCATC--C--TTTT-AAGTCCACAACTCCGTGGCAC
* **
4349 CCTTTTAAAGTCCACAAGTTAGTGGCATCCGTTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCAC
1 CCTTTT-AAGTCCACAACTCCGTGGCATCC-TTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCAC
4405 CCTTT
1 CCTTT
4410 CAAAACCCAC
Statistics
Matches: 1909, Mismatches: 267, Indels: 111
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
50 17 0.01
51 4 0.00
52 84 0.04
53 150 0.08
54 1036 0.54
55 480 0.25
56 70 0.04
57 21 0.01
58 1 0.00
59 1 0.00
60 22 0.01
61 18 0.01
62 5 0.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.30, G:0.15, T:0.30
Consensus pattern (54 bp):
CCTTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCATCCTTTTAAGTCCACAACTCCGTGGCAC
Found at i:4165 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 4135--4482 Score: 267
Period size: 28 Copynumber: 12.1 Consensus size: 28
4125 CTTTTAAGCT
4135 CACAAGTCAGTGGCA-CCTTTGCAAAG-C
1 CACAAGTCAGTGGCACCCTTT-CAAAGTC
*
4162 CACAAGTTAGTGGCACCCTTTCAAAGTC
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* * *
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1 CACAAGTCAGTGGCACCCTTTCAAAGTC
* *
4217 CACGAA-TTAGTGACACCCTTTCAAAG-C
1 CAC-AAGTCAGTGGCACCCTTTCAAAGTC
*
4244 CACAAGTCAGTGGCATCCTTTCAAAGTC
1 CACAAGTCAGTGGCACCCTTTCAAAGTC
* * * * *
4272 CACAAGTCAATGGTATCTTTTCAAAAGCC
1 CACAAGTCAGTGGCACCCTTTC-AAAGTC
* * * *
4301 CACAAGTTAGTGGCATCTTCTTTTTTAAAGCC
1 CACAAGTCAGTGGCA-C--C-CTTTCAAAGTC
* * *
4333 CACAAGTTAGTGACACCCTTTTAAAGTC
1 CACAAGTCAGTGGCACCCTTTCAAAGTC
* * *
4361 CACAAGTTAGTGGCATCCGTTT-TAAGTC
1 CACAAGTCAGTGGCA-CCCTTTCAAAGTC
* * **
4389 CACAACTCCGTGGCACCCTTTCAAAACC
1 CACAAGTCAGTGGCACCCTTTCAAAGTC
*
4417 CACAAGTCAGTGGCACCCTTCTCTAAAGCCC
1 CACAAGTCAGTGGCACCCTT-TC-AAAG-TC
* *
4448 ACACAAGTCGGTGGCAACCCTCTCCAAAGTC
1 -CACAAGTCAGTGGC-ACCCT-TTCAAAGTC
4479 CACA
1 CACA
4483 CAAGTCGCTA
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 38, Indels: 35
0.78 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
26 2 0.01
27 68 0.26
28 108 0.41
29 26 0.10
30 7 0.03
31 4 0.02
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33 10 0.04
34 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.30, G:0.16, T:0.24
Consensus pattern (28 bp):
CACAAGTCAGTGGCACCCTTTCAAAGTC
Found at i:4234 original size:55 final size:54
Alignment explanation
Indices: 4130--4446 Score: 264
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4120 GCATTCTTTT
*
4130 AAGCTCACAAGTCAGTGGCA-CCTTTGCAAAGCCACAAGTTAGTGGCACCCTTTCA
1 AAGC-CACAAGTCAGTGGCATCCTTT-CAAAGCCACAAGTTAGTGACACCCTTTCA
*
4185 AAGTCCAC-AGTCAGTGACATCCTTTCAAAGCCCACGAA-TTAGTGACACCCTTTCA
1 AAG-CCACAAGTCAGTGGCATCCTTTCAAAG-CCAC-AAGTTAGTGACACCCTTTCA
* * ** * *
4240 AAGCCACAAGTCAGTGGCATCCTTTCAAAGTCCACAAGTCAATGGTATCTTTTCAA
1 AAGCCACAAGTCAGTGGCATCCTTTCAAAG-CCACAAGTTAGTGACACCCTTTC-A
* * *
4296 AAGCCCACAAGTTAGTGGCATCTTCTTTTTTAAAGCCCACAAGTTAGTGACACCCTTTTA
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* * * ** *
4356 AAGTCCACAAGTTAGTGGCATCCGTTT-TAAGTCCACAACTCCGTGGCACCCTTTCAA
1 AAG-CCACAAGTCAGTGGCATCC-TTTCAAAG-CCACAAGTTAGTGACACCCTTTC-A
* *
4413 AACCCACAAGTCAGTGGCACCCTTCTCTAAAGCC
1 AAGCCACAAGTCAGTGGCATCCTT-TC-AAAGCC
4447 CACACAAGTC
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 33, Indels: 30
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
54 21 0.10
55 71 0.33
56 46 0.22
57 25 0.12
58 4 0.02
59 1 0.00
60 22 0.10
61 23 0.11
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Consensus pattern (54 bp):
AAGCCACAAGTCAGTGGCATCCTTTCAAAGCCACAAGTTAGTGACACCCTTTCA
Found at i:4303 original size:29 final size:27
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4054 TATAACTCTG
* * **
4064 TGGCATCCTTT-TAAGTCCACAACTCCG
1 TGGCATCCTTTCAAAG-CCACAAGTCAA
* * *
4091 TGGCATCCTTTC-ATGACCACAACTCCA
1 TGGCATCCTTTCAAAG-CCACAAGTCAA
* * *
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1 TGGCATCCTTTCAAAGC-CACAAGTCAA
* *
4145 TGGCA-CCTTTGCAAAGCCACAAGTTAG
1 TGGCATCCTTT-CAAAGCCACAAGTCAA
* *
4172 TGGCACCCTTTCAAAGTCCAC-AGTCAG
1 TGGCATCCTTTCAAAG-CCACAAGTCAA
* * *
4199 TGACATCCTTTCAAAGCCCACGAA-TTAG
1 TGGCATCCTTTCAAAG-CCAC-AAGTCAA
* * *
4227 TGACACCCTTTCAAAGCCACAAGTCAG
1 TGGCATCCTTTCAAAGCCACAAGTCAA
4254 TGGCATCCTTTCAAAGTCCACAAGTCAA
1 TGGCATCCTTTCAAAG-CCACAAGTCAA
* * * *
4282 TGGTATCTTTTCAAAAGCCCACAAGTTAG
1 TGGCATCCTTTC-AAAG-CCACAAGTCAA
* * *
4311 TGGCATCTTCTTTTTTAAAGCCCACAAGTTAG
1 TGGCATC--C--TTTCAAAG-CCACAAGTCAA
* * * * *
4343 TGACACCCTTTTAAAGTCCACAAGTTAG
1 TGGCATCCTTTCAAAG-CCACAAGTCAA
* * **
4371 TGGCATCCGTTT-TAAGTCCACAACTCCG
1 TGGCATCC-TTTCAAAG-CCACAAGTCAA
* * *
4399 TGGCACCCTTTCAAAACCCACAAGTCAG
1 TGGCATCCTTTC-AAAGCCACAAGTCAA
*
4427 TGGCACCCTTCTCTAAAGCC
1 TGGCATCCTT-TC-AAAGCC
4447 CACACAAGTC
Statistics
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32 21 0.07
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ACGTcount: A:0.28, C:0.30, G:0.16, T:0.27
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TGGCATCCTTTCAAAGCCACAAGTCAA
Found at i:4331 original size:32 final size:29
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Indices: 2114--4450 Score: 366
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2104 TCCACGATTC
* * * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
2143 CGTGGCAT-CCTTTT-AAGTCCACAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
2170 CGTGGCA-CCCTTTT-AAGTCCACAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
2197 CGTGGCA-CCCTTTT-AAGTCCACAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * * *
2224 CGTGGTAT-CCTTTT-AAGTCCACAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
2251 CGTGGCAT-CCTTTT-AAGTCCATAAGTG
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
2278 CGTGGCA-CCCTTTTAAAGTCCACAACTCT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGT-T
* **
2307 A-TGGCAT-CCTTTT-AAGTCCACACCTCT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGT-T
* * *
2334 -GTGGCA-CTCTTTT-AAGTCCACAAGTCC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGT-T
* * *
2361 A-T---AACCCTTTTAAAGTCCACAACTCT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGT-T
* * *
2387 -GTGACA-CCCTTTTAAAGTCCACAACTT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGC-CCACAAGT-T
* *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGT-T
*
2468 -GTGGCA-CCCTTTT-AAGTCCACAAGTCT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGT-T
*
2495 -GTGGCAT-CCTTTT-AAGTCCAC-AGTCT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGT-T
* * * * *
2521 -GTGGTA-ACCTTTTAAAGTCCACAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
2548 CGTGGTA-CCCTTTT-AAGTCCACAACTT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGT-T
* * * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
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* * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * ***
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * ** * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* ** * * * *
2846 CGTGGCAT--CTTTTAAATTCTATAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * * *
2873 CGTGGCAT-CCTTTT-AAGTCCATAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * * * *
2900 CGTGGCAT-CC--TTCATGACCACAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
2952 CGTGGCAT-CCTTTT-AAGTCCACAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
2979 CGTGGCA-CCCTTTT-AAGTCCACAAGTG
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
3006 CGTGGCAT-CCTTTT-AAGTCCACAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
3033 CGTGGCA-CCCTTTT-AAGTCCACAAGTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * ***
3060 CGTGGTAT-CCTTTT-AAGTCCACAACAC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
3087 CGTGGCAT-CCTTTT-AAGTCCAGAAGTT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
3114 CGTGGCA-CCCTTTTAAAGTCCACAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
3142 CGTGGCAT-CCTTTT-AAGTCCACAACTCT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGT-T
* * *
3170 -GTGGCA-CTCTTTT-AAGTCCACAAGTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
3196 CGTAGCAT-CCTTTT-AAGTCCACAAGTT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
3223 CGTGGCA-CCCTTTTAAAGTCCACAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
3251 CGTGACA-CCCTTTTAAAGTCCACAACTT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* *
3279 CGTGGCA-CCCTTTT-AA-CTCCACAACTCT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGC-CCACAAGT-T
* * * *
3307 -GTGGCAT--CTTTTTAAGTCCACAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
3333 CGTGGCA-CCCTTTTAAA-TCCAGAAGTCT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGT-T
* * *
3361 -GTGGTAT-CCTTTT-AAGTCCACAACTT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
3442 CGTGGCA-CCCTTTT-AAGTCCACAAGTG
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
3496 CGTGGCA-CCCTTTT-AAGTCCACAAGTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * ***
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * * *
3577 CGTGGCA-CCCTTTTAAAGTCCATAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
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* * *
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* * *
3657 CGTAGCAT-CCTTTT-AAGTCCACAAGTT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGC-CCACAAGT-T
* * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
3790 CGTGGCA-CCCTTTTAAA-TCCAGAAGTCT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGT-T
* * *
3818 -GTGGTAT-CCTTTT-AAGTCCACAACTT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
3844 TGTGGTA-CCCTTTTAAAGTCCACAACTT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
3872 CGTGGCAT-CCTTTT-AAGTCCACAACTT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
3899 TGTGGCA-CCCTTTT-AAGTCCACAAGTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * * ***
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
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1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
3981 CA-TGGCA-CCCTTTT-AAGTCCACAACTCC
1 -AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGT-T
* * *
4009 A-TGGCA-CCCTTTT-AAGTCCACAACTCC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGT-T
** * * *
4036 A-TGGCAT--CTTTTAAATTCTATAACTCT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGT-T
* * *
4063 -GTGGCAT-CCTTTT-AAGTCCACAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * * * *
4089 CGTGGCAT-CC-TTTCATGACCACAACTCC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGT-T
* * *
4117 A-TGGCAT-TCTTTT-AAGCTCACAAGTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
*
4143 AGTGGCA--CCTTTGCAAAG-CCACAAGTT
1 AGTGGCATCCCTTT-TAAAGCCCACAAGTT
* * *
4170 AGTGGCA-CCCTTTCAAAGTCCAC-AGTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* *
4197 AGTGACAT-CCTTTCAAAGCCCACGAA-TT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCAC-AAGTT
* * *
4225 AGTGACA-CCCTTTCAAAG-CCACAAGTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * *
4252 AGTGGCAT-CCTTTCAAAGTCCACAAGTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* *
4280 AATGGTAT--CTTTTCAAAAGCCCACAAGTT
1 AGTGGCATCCCTTTT--AAAGCCCACAAGTT
*
4309 AGTGGCATCTTCTTTTTTAAAGCCCACAAGTT
1 AGTGGCATC--C-CTTTTAAAGCCCACAAGTT
* *
4341 AGTGACA-CCCTTTTAAAGTCCACAAGTT
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
4369 AGTGGCATCCGTTTT-AAGTCCACAACTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
* * * *
4397 CGTGGCA-CCCTTTCAAAACCCACAAGTC
1 AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
4425 AGTGGCA-CCCTTCTCTAAAGCCCACA
1 AGTGGCATCCCTT-T-TAAAGCCCACA
4451 CAAGTCGGTG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.25, C:0.30, G:0.15, T:0.30
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AGTGGCATCCCTTTTAAAGCCCACAAGTT
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4120 GCATTCTTTT
* * * *
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* * *
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* * * *
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* * *
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* * **
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4439 CTAAAGCCCA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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AAGCCACAAGTCAGTGGCATCCTTTCAAAGTCCACAACTCAATGGCACCCTTTCAAAAGCCCACA
AGTCAGTGGCACCTTCTTTTTTAAAGCCCACGAATTAGTGACACCCTTTCA
Found at i:4454 original size:32 final size:30
Alignment explanation
Indices: 4397--4583 Score: 177
Period size: 32 Copynumber: 6.0 Consensus size: 30
4387 TCCACAACTC
* *
4397 CGTGGC-ACCCTTTCAAA-ACC-CACAAGT
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*
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*
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*
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1 C-GTGGCAACCCTCT-CAAAGCCCACACAAGT
*
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1 CG-TGGCAACCCTC-TCAAAGCCCACACAAGT
4584 TTGTGGCATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CGTGGCAACCCTCTCAAAGCCCACACAAGT
Found at i:4486 original size:64 final size:64
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Indices: 4417--4583 Score: 236
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4407 TTTCAAAACC
4417 CACAAGTCAG-TGGC-ACCCTTCTCTAAAGCCCACACAAGTCGGTGGCAACCCTCTCCAAAGTCC
1 CACAAGTC-GCTGGCAACCC-TCTCTAAAGCCCACACAAGTCGGTGGCAACCCTCTCCAAAGTCC
4480 A
64 A
*
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1 CACAAGTCGCTGGCAACCCTC-TCT-AAAGCCCACACAAGTCGGTGGCAACCCTCTCCAAAGTCC
4544 A
64 A
*
4545 CACAAGTCGCTGGCAACCCCCT-TCAAAGCCCACACAAGT
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4584 TTGTGGCATT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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CACAAGTCGCTGGCAACCCTCTCTAAAGCCCACACAAGTCGGTGGCAACCCTCTCCAAAGTCCA
Found at i:4623 original size:64 final size:64
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Indices: 4441--4583 Score: 268
Period size: 64 Copynumber: 2.2 Consensus size: 64
4431 ACCCTTCTCT
*
4441 AAAGCCCACACAAGTCGGTGGCAACCCTCTCCAAAGTCCACACAAGTCGCTAGCAACCCCATTC
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*
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1 AAAGCCCACACAAGTCGGTGGCAACCCTCTCCAAAGTCCACACAAGTCGCTGGCAACCCCATTC
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1 AAAGCCCACACAAGT
4584 TTGTGGCATT
Statistics
Matches: 77, Mismatches: 2, Indels: 0
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AAAGCCCACACAAGTCGGTGGCAACCCTCTCCAAAGTCCACACAAGTCGCTGGCAACCCCATTC
Found at i:10360 original size:13 final size:13
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Indices: 10342--10367 Score: 52
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10332 ACAATTTTTG
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1 TGTATCGATACAT
10368 ACTTGCTGTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TGTATCGATACAT
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Indices: 10323--10385 Score: 92
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10313 TACAAGCCAA
**
10323 TGTATCGATACAATTTTTG-TGTATCGATACAT
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10386 AGTTTGGCTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Indices: 10969--11052 Score: 93
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10959 TTTCTTTTAT
**
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* * *
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Matches: 40, Mismatches: 5, Indels: 4
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Indices: 11055--11098 Score: 54
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11045 CTCCCCTTTA
* *
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Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.30
21 14 0.70
ACGTcount: A:0.25, C:0.32, G:0.05, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
TCTCCCCCGTTAATCAATAAT
Found at i:14986 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 14966--14996 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
14956 AATTTCTTTG
*
14966 GAGCTTCTTCATTTT
1 GAGCTTCCTCATTTT
14981 GAGCTTCCTCATTTT
1 GAGCTTCCTCATTTT
14996 G
1 G
14997 GACATTTTTA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.13, C:0.23, G:0.16, T:0.48
Consensus pattern (15 bp):
GAGCTTCCTCATTTT
Done.