genome.fa.s1860.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1860
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109387

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4367--4422	23	2.4	23	93	0	94	41	12	8	37	1.74
19866--19907	17	2.4	18	80	8	50	78	9	7	4	1.08
21541--21753	79	2.7	79	79	5	191	33	15	23	27	1.94
21661--21950	158	1.8	158	82	2	368	32	13	26	26	1.94
21773--21884	51	2.2	52	84	6	140	34	10	24	30	1.89
21867--21935	28	2.5	28	83	9	88	27	13	34	24	1.92
21888--21943	28	2.0	28	89	0	85	30	17	30	21	1.96
21980--22050	28	2.5	28	86	4	90	29	21	26	22	1.99
21820--22099	110	2.6	106	79	5	337	33	13	25	27	1.93
25959--26207	97	2.5	97	85	1	345	30	12	29	27	1.92
28350--28544	20	8.7	20	67	24	79	42	12	15	29	1.84
28350--28525	51	3.7	48	70	20	156	43	11	16	28	1.83
28350--28543	90	2.1	91	90	0	300	42	12	15	28	1.84
34681--34705	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
34660--34727	19	3.9	18	75	25	74	29	14	14	41	1.86
34660--34724	33	2.0	33	93	3	114	29	15	15	40	1.88
39200--39249	20	2.6	19	84	6	66	26	14	18	42	1.87
39952--40025	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
39970--40045	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
39952--40045	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
40084--40109	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
40561--40627	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42147--42307	84	1.9	84	81	9	195	52	3	18	25	1.61
43745--43769	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
45343--45416	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
45361--45436	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
45343--45436	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
45475--45500	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
45952--46018	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
48685--48711	8	3.4	8	100	0	54	22	11	0	66	1.22
49836--50423	79	7.5	79	77	7	516	35	13	23	28	1.92
49848--50423	157	3.7	155	81	5	599	35	12	23	28	1.92
49877--50423	236	2.3	237	81	4	658	34	13	23	28	1.92
52778--52911	50	2.7	49	80	5	151	44	14	14	26	1.84
52778--52899	51	2.4	51	84	1	147	45	14	13	26	1.83
59554--59579	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
62425--62482	20	3.0	20	84	2	73	31	10	12	46	1.74
62520--62664	52	2.8	52	86	9	208	33	18	17	30	1.94
70920--71004	30	2.8	31	87	3	118	24	27	17	30	1.97
70958--71380	34	12.6	34	84	8	453	19	33	12	34	1.90
71086--71144	27	2.1	28	84	3	75	20	33	15	30	1.93
71391--71552	33	4.9	32	88	8	229	29	35	18	16	1.93
71391--71552	65	2.5	66	90	6	258	29	35	18	16	1.93
71552--72167	49	12.7	49	85	5	801	25	26	17	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72077--72214	52	2.6	51	81	12	145	24	24	16	34	1.96
73038--73104	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
73058--73082	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
73144--73288	52	2.8	52	86	9	208	33	19	17	29	1.94
79931--79956	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
80076--80121	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
81749--81890	67	2.1	68	97	2	268	30	2	23	42	1.68
82573--82598	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
86674--87127	105	4.3	105	77	7	289	42	6	15	35	1.72
86773--87127	105	3.4	102	78	5	329	43	7	14	34	1.73
94053--94181	52	2.5	52	92	0	222	28	17	17	36	1.93
94190--94214	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
94250--94312	19	3.7	18	76	24	73	38	17	11	33	1.85
94244--94327	32	2.6	32	92	0	150	39	16	10	33	1.83
95385--95853	168	2.8	168	82	6	606	51	9	11	28	1.68
97056--97952	44	20.5	43	71	8	432	39	14	23	22	1.91
97012--97559	131	4.2	131	79	4	555	38	14	23	23	1.91
97066--97559	263	1.9	263	87	1	731	39	14	23	23	1.91
97321--98029	219	3.2	218	83	4	847	39	15	23	21	1.91
97012--97953	131	7.2	130	75	9	551	39	14	23	22	1.91
97497--97780	130	2.2	131	82	5	351	37	14	24	23	1.92
97757--98026	131	2.1	132	84	3	348	41	16	23	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97013--98026	44	23.2	44	70	5	428	39	14	23	22	1.91
98425--98479	20	2.7	20	82	2	65	25	12	12	49	1.76
98858--99429	79	7.3	79	80	2	580	29	23	10	36	1.89
98858--99429	158	3.6	156	84	3	693	29	23	10	36	1.89
98858--99425	236	2.4	236	80	2	658	29	23	10	36	1.89
100508--100819	60	5.2	60	73	11	201	40	9	25	24	1.86
100710--100803	30	3.1	30	71	6	82	39	7	26	26	1.82
100809--101043	35	6.7	35	87	0	326	40	11	24	23	1.87
101710--101755	23	2.0	23	83	8	58	36	21	6	34	1.80
102486--102511	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
104719--104763	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
106566--106596	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
108674--108699	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1

The End!