genome.fa.s1869.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1869
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100877

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2242--2297	19	2.9	19	91	2	85	39	16	10	33	1.83
3985--4038	20	2.7	20	91	2	81	37	18	7	37	1.79
5486--5535	19	2.6	19	96	0	91	32	12	18	38	1.87
5587--5612	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
5567--5633	34	2.0	33	91	2	107	25	16	13	44	1.84
7974--8111	51	2.7	51	88	4	215	30	23	10	36	1.88
7973--8137	51	3.2	49	85	5	195	30	23	12	33	1.91
8201--8277	27	2.8	28	84	5	95	24	33	19	22	1.97
8316--8440	52	2.4	52	83	10	150	32	27	8	32	1.86
10504--10536	4	8.2	4	100	0	66	24	0	0	75	0.80
20858--20912	11	4.8	11	84	6	58	85	10	3	0	0.72
20858--20895	20	1.9	20	94	0	67	86	10	2	0	0.66
20863--20913	15	3.5	15	84	15	63	84	11	3	0	0.75
21891--22540	55	11.4	54	82	10	696	27	27	20	25	1.99
21896--22539	170	3.8	169	86	6	826	27	27	20	24	1.99
22406--22493	26	3.3	26	65	14	70	27	31	19	21	1.97
22632--22729	42	2.4	42	77	8	103	16	29	12	41	1.84
23342--23431	19	5.1	18	71	22	75	35	12	15	36	1.85
23388--23412	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
23367--23439	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
23483--23508	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
23463--23529	34	2.0	33	91	2	107	25	16	13	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26005--26179	79	2.2	79	88	4	255	27	28	14	30	1.95
26116--26281	51	3.3	51	81	5	149	29	26	12	31	1.93
26366--26587	51	4.3	51	80	10	209	28	23	12	34	1.92
27850--27884	15	2.2	16	90	5	54	31	5	0	62	1.18
29993--30028	18	2.0	18	89	10	56	41	0	0	58	0.98
30015--30080	15	4.7	15	75	14	52	43	1	0	54	1.09
30667--30704	20	1.9	20	88	0	58	44	0	0	55	0.99
31101--31198	35	3.0	34	72	17	100	48	1	0	50	1.07
31071--31198	63	2.0	63	82	8	154	50	1	2	45	1.23
37359--37414	20	2.8	20	88	2	76	42	7	16	33	1.75
37480--37602	51	2.5	49	82	2	138	30	14	14	40	1.86
38809--39192	155	2.5	154	81	2	466	36	18	19	25	1.94
45103--45227	52	2.4	52	93	0	205	28	16	17	37	1.91
45103--45247	52	2.8	52	84	4	193	30	15	17	36	1.91
45236--45260	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
45280--45346	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
45302--45326	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
46702--46779	20	3.8	20	85	9	95	39	10	11	38	1.76
46906--46957	17	2.7	20	80	20	74	36	15	13	34	1.87
51307--51533	42	5.3	42	78	6	197	35	15	26	22	1.94
51307--51406	43	2.3	43	86	5	132	37	18	25	20	1.94
51307--51567	42	6.1	42	77	3	119	36	15	26	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51338--51571	128	1.8	129	81	0	290	38	14	26	20	1.91
51997--52026	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
52793--53309	42	12.2	42	76	5	380	37	17	25	19	1.93
52851--53383	127	4.2	125	74	7	412	39	17	24	19	1.92
52893--53309	169	2.5	169	78	6	416	38	18	24	18	1.93
52791--53309	85	6.1	83	74	8	341	37	17	25	19	1.93
53420--53593	42	4.1	42	71	4	134	40	19	22	16	1.91
53692--54001	87	3.5	87	81	8	310	39	15	23	21	1.92
53982--54273	88	3.3	86	80	5	318	38	15	24	21	1.92
53674--54229	44	12.7	44	72	7	285	37	14	24	22	1.92
53880--54178	132	2.3	132	78	3	316	38	14	26	21	1.91
55616--55641	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
57857--57901	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
59185--59210	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
60823--60862	20	1.9	22	90	10	66	12	15	17	55	1.70
61759--61784	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
66268--66396	52	2.5	52	89	0	204	29	18	17	34	1.94
66405--66429	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
67090--67778	49	14.6	51	74	15	402	31	17	24	26	1.97
67138--67822	92	7.4	92	93	1	1138	30	18	24	26	1.98
67822--68079	33	7.8	33	83	6	326	19	18	32	29	1.96
67822--68084	66	4.0	64	85	5	364	20	17	33	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68049--68126	27	2.8	29	78	7	88	24	16	34	24	1.95
68079--68378	27	9.8	32	72	15	149	31	14	33	22	1.93
68092--68314	61	3.7	61	78	8	231	30	12	33	22	1.92
68079--68378	122	2.5	121	83	8	326	31	14	33	22	1.93
68105--68283	95	1.9	94	80	10	213	32	12	33	20	1.91
68079--68415	32	11.0	31	73	16	190	31	13	32	22	1.93
68200--68365	88	1.9	89	83	8	221	30	15	31	22	1.95
68140--68398	122	2.1	122	85	8	350	31	14	32	22	1.94
68202--68416	31	7.1	30	76	12	174	29	14	31	23	1.95
76658--76786	52	2.5	52	89	2	206	27	17	18	35	1.94
76864--76926	19	3.7	18	72	24	55	36	20	11	31	1.88
76863--76925	32	2.0	32	90	0	99	34	20	11	33	1.88
89252--89289	14	2.7	14	92	8	60	78	13	5	2	1.02
90293--90360	21	3.3	21	73	8	59	44	13	14	27	1.83
92814--93277	79	6.0	77	75	10	318	28	23	11	36	1.90
97977--98052	12	6.9	11	75	15	52	9	47	2	40	1.49
97968--98053	24	3.8	24	72	17	85	10	44	2	43	1.51
97944--98062	42	2.8	42	90	0	175	9	44	2	43	1.49

Tables:   1

The End!