Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
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*
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**
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*
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*
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* *
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* * *
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* *
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* *
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* *
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456 TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
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*
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* *
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*
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*
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131 CTTTGGGTGATTAATGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAATG
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11109 TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
456 TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
11162 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
1 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
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66 TCTGAGTATCAGGAACAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGCTATGAC
*
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131 CTTTGGGTGATTAATGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAATG
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391 TACGTTGATTCACGGCCAACGATATTGGGTTTAAAGATGAGAAAAAGGATGTCAATGTGCTGATT
11617 TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
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11670 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
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11735 TCTGAGTATCAGGAACAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGCTATGAC
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11800 CTTTGGGTGATTAATGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAATG
131 CTTTGGGTGATTAATGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAATG
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12125 TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
456 TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
12178 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
1 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
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131 CTTTGGGTGATTAATGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAATG
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391 TACGTTGATTCACGGCCAACGATATTGGGTTTAAAGATGAGAAAAAGGATGTCAATGTGCTGATT
12633 TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
456 TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
12686 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
1 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
12751 TCTGAGTATCAGGAACAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGCTATGAC
66 TCTGAGTATCAGGAACAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGCTATGAC
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12946 GTGTAGATTGGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAGATTATGGTCATTGCAATGTGCCACTGT
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13141 TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
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13194 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
1 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
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*
13324 CCTTTGGGTGATTAACGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAAT
130 CCTTTGGGTGATTAATGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAAT
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195 GAGTTTGTAGGGTTTCTCCTCCCTACTAGGTTTTGGAATTTTCTAAGGCTTGACCTCCTTAGATA
13454 GGTGTAGATTGGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAGATTATGGTCATTGCAATGTGCCACTG
260 GGTGTAGATTGGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAGATTATGGTCATTGCAATGTGCCACTG
13519 TGCAGATTCAAGGCCCGCAACACTGGACTTAAAGATGATGAGGATGAAGAGTGATAAAAGGACCA
325 TGCAGATTCAAGGCCCGCAACACTGGACTTAAAGATGATGAGGATGAAGAGTGATAAAAGGACCA
13584 ATACGTTGATTCACGGCCAACGATATTGGGTTTAAAGATGAGAAAAAGGATGTCAATGTGCTGAT
390 ATACGTTGATTCACGGCCAACGATATTGGGTTTAAAGATGAGAAAAAGGATGTCAATGTGCTGAT
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455 TTACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
13703 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
1 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
13768 TCT-AGTATCAGGAACAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGCTATGAC
66 TCTGAGTATCAGGAACAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGCTATGAC
13832 CTTTGGGTGATTAATGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATG-AAAAAATG
131 CTTTGGGTGATTAATGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAATG
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13961 GTGTAGATTGGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAGATTATGGTCATTGCAATGTGCCACTGT
261 GTGTAGATTGGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAGATTATGGTCATTGCAATGTGCCACTGT
14026 GCAGATTCAAGGCCCGCAACACTGGACTTAAAGATGATGAGGATGAAGAGTGATAAAAGGACCAA
326 GCAGATTCAAGGCCCGCAACACTGGACTTAAAGATGATGAGGATGAAGAGTGATAAAAGGACCAA
14091 TACGTTGATTCACGGCCAACGATATTGGGTTTAAAGATGAGAAAAAGGATGTCAATGTGCTGATT
391 TACGTTGATTCACGGCCAACGATATTGGGTTTAAAGATGAGAAAAAGGATGTCAATGTGCTGATT
14156 TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
456 TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
14209 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
1 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
14274 TCT-AGTATCAGGAACAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGCTTATGA
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14338 CCTTTGGGTGATTAACTGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAA
130 CCTTTGGGTGATTAA-TGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAA
14403 TGAGTTTGTAGGGTTTCTCCTCCCTACTAGGTTTTGGAATTTTCTAAGGCTTGACCTCCTTAGAT
194 TGAGTTTGTAGGGTTTCTCCTCCCTACTAGGTTTTGGAATTTTCTAAGGCTTGACCTCCTTAGAT
14468 AGGTGTAGATTGGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAGATTATGGTCATTGCAATGTGCCACT
259 AGGTGTAGATTGGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAGATTATGGTCATTGCAATGTGCCACT
14533 GTGCAGATTCAAGGCCCGCAACACTGGACTTAAAGATGATGAGGATGAAGAGTGATAAAAGGACC
324 GTGCAGATTCAAGGCCCGCAACACTGGACTTAAAGATGATGAGGATGAAGAGTGATAAAAGGACC
14598 AATACGTTGATTCACGGCCAACGATATTGGGTTTAAAGATGAGAAAAAGGATGTCAATGTGCTGA
389 AATACGTTGATTCACGGCCAACGATATTGGGTTTAAAGATGAGAAAAAGGATGTCAATGTGCTGA
14663 TTTACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
454 TTTACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
14718 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
1 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
14783 TCT-AGTATCAGGAACAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGCTATGAC
66 TCTGAGTATCAGGAACAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGCTATGAC
*
14847 CTTTGGGTGATTAACGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAATG
131 CTTTGGGTGATTAATGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAATG
14912 AGTTTGTAGGGTTTCTCCTCCCTACTAGGTTTTGGAATTTTCTAAGGCTTGACCTCCTTAGATAG
196 AGTTTGTAGGGTTTCTCCTCCCTACTAGGTTTTGGAATTTTCTAAGGCTTGACCTCCTTAGATAG
14977 GTGTAGATTGGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAGATTATGGTCATTGCAATGTGCCACTGT
261 GTGTAGATTGGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAGATTATGGTCATTGCAATGTGCCACTGT
15042 GCAGATTCAAGGCCCGCAACACTGGACTTAAAGATGATGAGGATGAAGAGTGATAAAAGGACCAA
326 GCAGATTCAAGGCCCGCAACACTGGACTTAAAGATGATGAGGATGAAGAGTGATAAAAGGACCAA
15107 TACGTTGATTCACGGCCAACGATATTGGGTTTAAAGATGAGAAAAAGGATGTCAATGTGCTGATT
391 TACGTTGATTCACGGCCAACGATATTGGGTTTAAAGATGAGAAAAAGGATGTCAATGTGCTGATT
15172 TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
456 TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
15225 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
1 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
15290 TCT-AGTATCAGGAACAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGCTATGAC
66 TCTGAGTATCAGGAACAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGCTATGAC
*
15354 CTTTGGGTGATTAACGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAATG
131 CTTTGGGTGATTAATGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAATG
*
15419 AGTTTGTAAGGTTTCTCCTCCCTACTAGGTTTTGGAATTTTCTAAGGCTTGACCTCCTTAGATAG
196 AGTTTGTAGGGTTTCTCCTCCCTACTAGGTTTTGGAATTTTCTAAGGCTTGACCTCCTTAGATAG
*
15484 GTGTAGATTAGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAGATTATGGTCATTGCAATGTGCCACTGT
261 GTGTAGATTGGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAGATTATGGTCATTGCAATGTGCCACTGT
15549 GCAGATTCAAGGCCCGCAACACTGGACTTAAAGATGATGAGGATGAAGAGTGATAAAAGGACCAA
326 GCAGATTCAAGGCCCGCAACACTGGACTTAAAGATGATGAGGATGAAGAGTGATAAAAGGACCAA
15614 TACGTTGATTCACGGCCAACGATATTGGGTTTAAAGATGAGAAAAAGGATGTCAATGTGCTGATT
391 TACGTTGATTCACGGCCAACGATATTGGGTTTAAAGATGAGAAAAAGGATGTCAATGTGCTGATT
15679 TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
456 TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
15732 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
1 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
*
15797 TCT-AGTATCAGGAATAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGCTTATGA
66 TCTGAGTATCAGGAACAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGC-TATGA
* *
15861 CCTTTGGGTGATTAACGCTTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAGAA
130 CCTTTGGGTGATTAATGC-TTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAA
*
15926 TGAGTTTGTAGGGTTTGTCCTCCCTACTAGGTTTTGGAATTTTCTAAGGCTTGACCTCCTTAGAT
194 TGAGTTTGTAGGGTTTCTCCTCCCTACTAGGTTTTGGAATTTTCTAAGGCTTGACCTCCTTAGAT
*
15991 AGGTGTAGATTGGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAGATTAAGGTCATTGCAATGTGCCACT
259 AGGTGTAGATTGGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAGATTATGGTCATTGCAATGTGCCACT
* *
16056 ATGCAGATTCAAGGCCCGCAACACTAGGACTTAAAGA--ATGAGGATGAAGAGTGATAAAAGGGC
324 GTGCAGATTCAAGGCCCGCAACACT-GGACTTAAAGATGATGAGGATGAAGAGTGATAAAAGGAC
16119 CAATACGTTGATTCACGGCCAACGATATTGGG-TTAAAGATGAGAAAAAGGATGTCAATGTGCTG
388 CAATACGTTGATTCACGGCCAACGATATTGGGTTTAAAGATGAGAAAAAGGATGTCAATGTGCTG
16183 ATTTTACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
453 A-TTTACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
16240 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
1 CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
16305 TCT-AGTATCAGGAACAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGCTATGAC
66 TCTGAGTATCAGGAACAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGCTATGAC
*
16369 CTTTGGGTGATTAACGGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAAT
131 CTTTGGGTGATTAA-TGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAAT
* * * * *
16434 GAGTTTGAAGGG-TTCTCCTCCCCTACTAGGGTTTGGAATTTTCTAA-GCCTGACCTACTTAAAT
195 GAGTTTGTAGGGTTTCTCCT-CCCTACTAGGTTTTGGAATTTTCTAAGGCTTGACCTCCTTAGAT
* *
16497 AGGGTTGTAGATAGGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAG-CTATGGTCATTGCAATGTGCCA
259 A-GG-TGTAGATTGGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAGATTATGGTCATTGCAATGTGCCA
16561 CTGTGCAGATTCAAG
322 CTGTGCAGATTCAAG
Statistics
Matches: 15931, Mismatches: 98, Indels: 81
0.99 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
501 75 0.00
502 454 0.03
503 163 0.01
504 48 0.00
505 108 0.01
506 1052 0.07
507 2278 0.14
508 10146 0.64
509 1596 0.10
510 11 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.25, T:0.27
Consensus pattern (508 bp):
CCTCAAATTGTCGAAAATTGGCCCGGACAAAATGAGGTGTCTACAGCTGCCCCTCTTTGGCCGTT
TCTGAGTATCAGGAACAGGCCAAAGACAAATAGACACCATTTTGTCCGCGGCCGCATGCTATGAC
CTTTGGGTGATTAATGCTTCGCCGTGATGAAGAGCCTATTGGCGGCGATTCCGATGAAAAAAATG
AGTTTGTAGGGTTTCTCCTCCCTACTAGGTTTTGGAATTTTCTAAGGCTTGACCTCCTTAGATAG
GTGTAGATTGGTGTAGAGTTTGGAAGGGATTTTGGAAGATTATGGTCATTGCAATGTGCCACTGT
GCAGATTCAAGGCCCGCAACACTGGACTTAAAGATGATGAGGATGAAGAGTGATAAAAGGACCAA
TACGTTGATTCACGGCCAACGATATTGGGTTTAAAGATGAGAAAAAGGATGTCAATGTGCTGATT
TACGGTCACCAATTCGTCCCCACATACGTCGAATCTTCCACCTACTAGCTAGG
Done.