genome.fa.s1925.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1925
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106356

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1763--1809	21	2.3	21	76	23	55	44	4	17	34	1.68
4018--4048	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
5847--5891	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
8098--8123	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8646--8686	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
8720--8778	20	2.9	21	82	10	77	40	15	15	28	1.87
8766--8902	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
8926--8986	10	6.0	10	73	16	54	24	27	9	37	1.87
9054--9079	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
14159--14196	17	2.3	17	86	4	51	60	0	2	36	1.11
15303--15357	2	27.5	2	96	0	101	50	1	47	0	1.11
17089--17446	76	4.7	75	84	3	432	38	13	20	27	1.90
19851--19904	20	2.6	20	85	5	72	44	12	12	29	1.80
20573--21326	61	12.5	61	77	6	665	28	17	26	27	1.98
22310--22347	20	2.0	20	94	5	69	5	0	13	81	0.85
31030--31365	51	6.4	52	69	15	199	31	12	26	30	1.92
31029--31198	52	3.3	50	80	4	196	32	11	25	30	1.91
31183--31253	27	2.6	28	86	2	90	19	21	35	23	1.96
30972--31362	211	1.9	211	88	2	597	30	12	27	29	1.93
32147--32173	11	2.5	11	100	0	54	29	25	25	18	1.98
33724--33749	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
33707--33769	33	1.9	33	86	0	90	42	17	14	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33789--33853	19	3.8	18	76	23	77	35	15	12	36	1.85
33811--33835	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
33792--33853	32	1.9	32	96	0	115	35	16	12	35	1.87
34505--35171	55	12.0	54	86	7	845	23	20	28	27	1.99
34661--34805	26	5.3	26	62	23	75	20	18	32	28	1.96
36189--36232	13	3.4	12	81	12	52	0	6	11	81	0.86
50391--50416	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
50370--50436	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
50456--50527	19	4.2	18	77	22	84	37	13	11	37	1.81
50478--50502	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
50459--50521	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
51012--51093	33	2.5	33	91	0	128	45	0	42	12	1.41
51021--51088	12	5.9	12	73	22	65	41	0	45	13	1.43
51042--51122	42	1.9	42	89	0	126	43	1	44	11	1.47
51024--51102	12	6.9	12	71	17	53	43	0	43	13	1.44
51047--51135	42	2.1	42	81	4	99	47	1	40	11	1.47
54735--54815	10	7.9	10	80	9	74	28	27	6	38	1.80
54774--54806	11	3.1	11	91	8	59	24	27	9	39	1.85
59342--59381	21	2.0	19	85	9	53	32	0	30	37	1.58
60430--60458	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
60740--60786	2	23.5	2	95	0	85	51	0	46	2	1.13
61030--61076	23	2.0	23	91	0	76	40	4	8	46	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61527--61582	23	2.5	22	85	8	76	64	8	7	19	1.45
61596--61644	23	2.0	25	88	7	75	28	10	0	61	1.29
64453--64490	13	2.9	14	84	11	53	52	0	0	47	1.00
65002--65044	15	2.8	15	89	3	59	69	0	0	30	0.88
65002--65048	16	3.0	16	84	6	60	68	0	0	31	0.90
68390--68432	21	2.0	21	86	0	59	44	16	9	30	1.79
75667--75778	50	2.2	50	77	4	118	32	12	25	29	1.93
75761--75935	79	2.2	79	84	4	228	30	15	27	26	1.96
75872--75988	51	2.3	52	88	4	175	29	11	26	32	1.92
75793--76040	130	1.9	127	83	7	322	32	12	26	29	1.92
78357--78450	20	4.7	20	78	12	95	40	13	14	30	1.86
78357--78503	60	2.6	60	78	15	161	40	12	15	31	1.85
78468--78505	20	1.9	20	100	0	76	39	10	13	36	1.79
84335--84405	20	3.6	19	87	9	90	35	15	16	32	1.91
90067--90509	155	2.9	152	78	8	454	39	18	16	25	1.91
90602--90744	29	5.0	28	75	6	117	34	21	6	37	1.79
91661--91716	11	5.3	10	79	12	51	10	5	1	82	0.91
91882--91945	6	10.7	6	75	14	53	68	1	3	26	1.13
92061--92398	153	2.2	153	79	6	357	49	7	8	33	1.62
93249--93776	66	8.0	66	76	4	431	41	15	24	18	1.90
93249--93757	198	2.6	198	79	4	490	41	15	23	18	1.89
93661--93810	34	4.5	34	71	15	123	38	22	23	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93606--93922	166	1.9	166	87	1	465	38	19	23	17	1.93
93673--93861	100	1.9	101	84	1	254	40	20	21	17	1.92
93773--94335	66	8.5	66	79	6	496	40	19	21	18	1.91
93757--94335	132	4.4	132	78	6	573	40	19	22	17	1.92
93525--93988	232	2.0	232	81	3	540	40	18	22	17	1.91
93761--94319	198	2.8	196	80	3	611	40	19	21	18	1.92
94289--94368	34	2.4	34	84	0	88	41	18	21	18	1.91
94162--94502	166	2.1	165	84	2	434	39	17	23	18	1.92
94232--94430	100	2.0	100	88	3	294	39	18	23	19	1.92
94323--94537	66	3.3	64	76	3	205	39	16	25	18	1.92
94379--94722	185	1.9	186	79	4	399	39	18	24	17	1.91
94985--95041	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
95097--95164	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
95118--95142	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
95099--95161	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
95204--95229	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
95184--95250	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
97694--97766	27	2.6	29	81	14	91	24	34	20	20	1.97
97584--97919	51	6.4	51	70	13	198	30	26	11	31	1.92
97902--97983	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97

Tables:   1

The End!